BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320M17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 112,963,180 - 113,107,091
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOlfr1316, Olfr1317, Olfr1318, GA_x5J8B7W3P0G-705890-705633, LOC100043187, Agpat7, Nut, Nola3, Slc12a6, Tmem85, EG668839, 2410042D21Rik, 2900064A13Rik, Chrm5, Aven, Ryr3
Downstream gene4930563P21Rik, Fmn1, Grem1, LOC100043520, Scg5, Arhgap11a, LOC100043526, Gja9, A530058N18Rik, Actc1, Aqr, Zfp770
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320M17.bB6Ng01-320M17.g
ACCGA110071GA110072
length4311,060
definitionB6Ng01-320M17.b B6Ng01-320M17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,106,655 - 113,107,091)(112,963,180 - 112,964,245)
sequence
tgttctcacctccatgtggtcctttgagaaatggggtcacagatgctgag
accatcaacctttaccagttgatcccagaggctggtaacagtgctgggtg
ttccttcagtggttttggttgtgaatgctatgttcttcaccagactctgc
tcctgatcaactttccactttgctgaatactgttgtcattaatgctttgg
aggcagagttgcagagacagggaataaatatttgttggatgaatatgatc
atagttccttcaactaaatcccaaaataaagcacttcaatgttataaagc
tgccttagttttatttagtcaatataattgtgtcaatcactctattatac
tgcattgatcacaaatggtaataacatagattcaataaaactgaggtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattcaaagtttggaaggaatgaaagaggtaaaggattgacctgggcta
agtcaacagcagaagtggggacagactgaacagtctttggtcttgggaag
taagcttggtttcaagtcatacacacatgtttgtgtgaccttggtgaacc
ttaacaacccaaggaccaattttaatacgtaaggaggaagcaatatttac
cacttaggtctattgtaaagattatgtgagtgcataaatatgtaaatatt
caataaacatgaattactttccctctagagatcactgatatgttccattc
tttatagtcaccagggtacgcaaaaaaatatagcacagcaataatttgat
ttttacatcctatcatcatttctgttaatggaaggcatgactccagatgc
aagctcaccattatttcaccacctcagacaccttgagaggcacaagcaag
aaaagaaaaaatctaaaaacacagtaacacgtggcttgctgttgtaagaa
atggctataagttgctattataagaaatggctataagaaacaactgtttg
tttctgagttgacaattcattccatatgtttttgccaatagcacttgttt
tttaaacagctactctgaaattatagctagctaagaatttctcctctggc
tttaatctggaatccatccaaaatttatttaaagcacaagcttagccaag
cccaactaggaataaagatattttggaggaattgaagaaatcagtgtact
tgtctacatacccttatacagtctacacaaaagcaatgtttatcagggac
acatagaaacacttgaacagaaagactaatgaaacaaatgggagacacaa
tgatagcattttatttcacagaaataaaaaggagcatatgcattttaagt
tttataaaattatactcattaagagtaatgtattgtgcatgttgatggag
agctttggcatagactatctgtactaaaactcacaagttgacgagaaaaa
tctcaaagattctaatatattcctatataatgtatctatttacatagtat
atgctacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_113106655_113107091
seq2: B6Ng01-320M17.b_49_485 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTCAGTTTTATTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTCAGTTTTATTGA  50

seq1  ATCTATGTTATTACCATTTGTGATCAATGCAGTATAATAGAGTGATTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATGTTATTACCATTTGTGATCAATGCAGTATAATAGAGTGATTGAC  100

seq1  ACAATTATATTGACTAAATAAAACTAAGGCAGCTTTATAACATTGAAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTATATTGACTAAATAAAACTAAGGCAGCTTTATAACATTGAAGTG  150

seq1  CTTTATTTTGGGATTTAGTTGAAGGAACTATGATCATATTCATCCAACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTTGGGATTTAGTTGAAGGAACTATGATCATATTCATCCAACAA  200

seq1  ATATTTATTCCCTGTCTCTGCAACTCTGCCTCCAAAGCATTAATGACAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATTCCCTGTCTCTGCAACTCTGCCTCCAAAGCATTAATGACAAC  250

seq1  AGTATTCAGCAAAGTGGAAAGTTGATCAGGAGCAGAGTCTGGTGAAGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTCAGCAAAGTGGAAAGTTGATCAGGAGCAGAGTCTGGTGAAGAAC  300

seq1  ATAGCATTCACAACCAAAACCACTGAAGGAACACCCAGCACTGTTACCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATTCACAACCAAAACCACTGAAGGAACACCCAGCACTGTTACCAG  350

seq1  CCTCTGGGATCAACTGGTAAAGGTTGATGGTCTCAGCATCTGTGACCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGGATCAACTGGTAAAGGTTGATGGTCTCAGCATCTGTGACCCCA  400

seq1  TTTCTCAAAGGACCACATGGAGGTGAGAACAGAATTC  437
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAAAGGACCACATGGAGGTGAGAACAGAATTC  437

seq1: chr2_112963180_112964245
seq2: B6Ng01-320M17.g_69_1128

seq1  GAATTCAAAGTTTGGAAGGAATGAAAGAGGTAAAGGATTGACCTGGGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTTTGGAAGGAATGAAAGAGGTAAAGGATTGACCTGGGCTA  50

seq1  AGTCAACAGCAGAAGTGGGGACAGACTGAACAGTCTTTGGTCTTGGGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAACAGCAGAAGTGGGGACAGACTGAACAGTCTTTGGTCTTGGGAAG  100

seq1  TAAGCTTGGTTTCAAGTCATACACACATGTTTGTGTGACCTTGGTGAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTGGTTTCAAGTCATACACACATGTTTGTGTGACCTTGGTGAACC  150

seq1  TTAACAACCCAAGGACCAATTTTAATACGTAAGGAGGAAGCAATATTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAACCCAAGGACCAATTTTAATACGTAAGGAGGAAGCAATATTTAC  200

seq1  CACTTAGGTCTATTGTAAAGATTATGTGAGTGCATAAATATGTAAATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGGTCTATTGTAAAGATTATGTGAGTGCATAAATATGTAAATATT  250

seq1  CAATAAACATGAATTACTTTCCCTCTAGAGATCACTGATATGTTCCATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAACATGAATTACTTTCCCTCTAGAGATCACTGATATGTTCCATTC  300

seq1  TTTATAGTCACCAGGGTACGCAAAAAAATATAGCACAGCAATAATTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGTCACCAGGGTACGCAAAAAAATATAGCACAGCAATAATTTGAT  350

seq1  TTTTACATCCTATCATCATTTCTGTTAATGGAAGGCATGACTCCAGATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATCCTATCATCATTTCTGTTAATGGAAGGCATGACTCCAGATGC  400

seq1  AAGCTCACCATTATTTCACCACCTCAGACACCTTGAGAGGCACAAGCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCACCATTATTTCACCACCTCAGACACCTTGAGAGGCACAAGCAAG  450

seq1  AAAAGAAAAAATCTAAAAACACAGTAACACGTGGCTTGCTGTTGTAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAAAATCTAAAAACACAGTAACACGTGGCTTGCTGTTGTAAGAA  500

seq1  ATGGCTATAAGTTGCTATTATAAGAAATGGCTATAAGAAACAACTGTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTATAAGTTGCTATTATAAGAAATGGCTATAAGAAACAACTGTTTG  550

seq1  TTTCTGAGTTGACAATTCATTCCATATGTTTTTGCCAATAGCACTTGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGTTGACAATTCATTCCATATGTTTTTGCCAATAGCACTTGTTT  600

seq1  TTTAAACAGCTACTCTGAAATTATAGCTAGCTAAGAATTTCTCCTCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACAGCTACTCTGAAATTATAGCTAGCTAAGAATTTCTCCTCTGGC  650

seq1  TTTAATCTGGAATCCATCCAAAATTTATTTAAAGCACAAGCTTAGCCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCTGGAATCCATCCAAAATTTATTTAAAGCACAAGCTTAGCCAAG  700

seq1  CCCAACTAGGAATAAAGATATTTTGGAGGAATTGAAGAAATCAGTGTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTAGGAATAAAGATATTTTGGAGGAATTGAAGAAATCAGTGTACT  750

seq1  TGTCTACATACCCTTATACAGTCTACACAAAAGCAATGTTTATCAGGGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACATACCCTTATACAGTCTACACAAAAGCAATGTTTATCAGGGAC  800

seq1  ACATAGAAACACTTGAACAGAAAGACTAATGAAACAAATGGGAGACACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAAACACTTGAACAGAAAGACTAATGAAACAAATGGGAGACACAA  850

seq1  TGATAGCATTTTATTTCACAGAAATAAAAAGGAGCATATGCATTTTAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCATTTTATTTCACAGAAATAAAAAGGAGCATATGCATTTTAAGT  900

seq1  TTTATAAAATTATACTCATTAAGAGTAATGTATTGTGCATGTTGATGGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAAATTATACTCATTAAGAGTAATGTATTGTGCATGTTGATGGAG  950

seq1  AGCTTTGGCATAGGACTATTCTGTACTAAAACTCACAAGTTGACCGAGAA  1000
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGCTTTGGCATA-GACTA-TCTGTACTAAAACTCACAAGTTGA-CGAGAA  997

seq1  AAATTCTCAAAGATTCTAATATATTCCTATATTAAATGTATCTATTTACA  1050
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  AAA-TCTCAAAGATTCTAATATATTCCTATAT--AATGTATCTATTTACA  1044

seq1  TAGTATATGCTACACA  1066
      ||||||||||||||||
seq2  TAGTATATGCTACACA  1060