BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321F08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 24,170,798 - 24,303,314
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl1rn, Psd4, Pax8
Upstream geneNxph2, LOC664822, 4921517N04Rik, LOC100039149, Sh3d2c-ps1, Hnmt, Tbpl2, Il1f8, LOC215253, Il1f9, Il1f6, LOC620156, Il1f5, Il1f10
Downstream geneLOC433410, LOC664938, Cacna1b, Ehmt1, Arrdc1, Zmynd19, Wdr85, Mrpl41, Pnpla7, Nelf, Entpd8, Noxa1, Nrarp, A830007P12Rik, A730008L03Rik, 4933433C11Rik, BC061039, Tubb2c, Slc34a3, Gm757, 2310002J15Rik, Rnf208, LOC100039232, Ndor1, C730025P13Rik, C430004E15Rik, Ssna1, Anapc2, 4930571C24Rik, BC004853, Grin1, Man1b1, Dpp7, Uap1l1, 2010317E24Rik, Entpd2, Npdc1, Fut7, Abca2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321F08.bB6Ng01-321F08.g
ACCGA110470GA110471
length1,1621,206
definitionB6Ng01-321F08.b B6Ng01-321F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,302,159 - 24,303,314)(24,170,798 - 24,171,993)
sequence
gaattcacccaacacctctggctcttataatcttcttacccccttttctg
cgtagtcctctgaccttgaggggaggatgtaatatttatgttccatttag
ggctaagcattccaaagtcacttcctctcttcacagtgaacggctatggg
tctctgacaaacaaaaatgcttggttccaccctagattaactgatttaaa
aacttaaggtattgtactcaataggtctttattcaataaaccctacaatt
gaccctggtgtgtatttcaatttgagaactccttggtcttagggtcaaat
cagagttaccaccatgttatatcaaccacattattgctacaatgaaaacc
tttacatttatatcaagacttttagctaatgagatgattctttatcttca
tcccaacattgctgttgctattgtcagtagcaggtacaatgaaaaatgct
gtcaaactctatgtcatgcctacagctagaaacaaacaaatctactcaaa
tgatatgactaaaacacatagaatcaaggcagaaatatgacccaagctct
tccccaataaaataataccttagagaactcagagttcagggtccagtgtt
gtgattgtctgctgtgtatgtagtgagcttcagtagggttctgagcatgt
ggatatccaaggatgctgagtcagcccttaggataatttaggactctagt
ttgtaccatctctattggagaaccacatgagtaaattgtgcttttttgtt
ttgttttgttttcaggcaaaatgttcaatttgtgccacctctataacaca
cacacacacacacatacacacacacacacacatacacaatctgacttcta
gatagactctagcacaaaagatctatactccatgcagcaaaggttctgga
aaatagtgacaaagtagagctgcctaatgtcttgtacatttgggatagcc
atctcatgtgccttgggtgttcagagtgtagatcccaaagaatcaaaagg
gcaaccatgagaaagtgggaggtaatttttccaccaaaggtagcgtggcc
agtgaggggtcagagggaattgagttttaagagcccacactggctattgc
ctgtgctgggacttgaaggtccttgagaatcatctaacctcatggaagga
ttcatcaggaca
gaattcaacagtggtactcagggtcattttttccccttgcataactgact
atgcatgattggctagacatggctatgctcatagtagaaagtcaagccaa
gacgttttacatccctctctaaggaagcctgggtacttattttcttggtt
tctactttgcagctgagcatccagctcagcatcagtgtatttgggtatag
ttagtgctcatgtgacttctgactcacaaagacacactgatattcactaa
gttgggtagcagatttgcccttctatgaggtgttctcctctgtgattgta
taatctaatcctgtttgtgctgtttgaataagaatggcccccataggctc
atatttgaatgcttagcaatcaggaagtgtcactatttgagaagaataag
gattaggaggtgtggccttgttggaggaagtatatcactgggaagcatat
catcctgttcttccttaacagccagaaaataagattgcactgaaggtagt
tatgttcatattcgtaccacaagggccctcacaatgaggcaggcgctgat
aagacacatagactataggaggaggtaagtaacacagccataaactaaaa
aataggtgagcttactagaagctgtgcagagacagaaaaggaagtggccc
ttttctactcacaacttaagagccaaaagaagaattaacaaggcaaaggt
ataataaatctatttggtcaaaatcgaagattaaaatctcaatctcagag
taaactgcccactttttaaattagttacatagtaggtttccataatactt
ttttcatatatccctagtttcggttagtcctccaaatcccacctcccttg
gctttcccacctccatttaaactttcaacctccattatcccctctctgtg
cttccttgtagcatgtgtcctgtgcccatacacacacatttaggacacac
ctcctggctttattacttttcttggcactatatatacacacccaaactca
aatactgaaagctaaaaatataaaagctaagattgctcaacgatcgggct
ttactggaggtggtcaacttgacttcaatctgagcttctaacagcctgga
cacaccttataggagggggttcttctttgattgaatcattggagggtgaa
aagactaatctaatctgtatgatttgagcctctggcagtccacataaact
gggccg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_24302159_24303314
seq2: B6Ng01-321F08.b_46_1207 (reverse)

seq1  TGTCCTGATGAATCCTTTTCCATGA-GTTAGATGATGTCTCAGGGACTTT  49
      |||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||| |||| ||
seq2  TGTCCTGATGAATCC--TTCCATGAGGTTAGATGAT-TCTCAAGGACCTT  47

seq1  C-AGT-CCAGCACAGGCAATAACCAGTGT-GGCTCTTTAAACTC-ATTTC  95
      | ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||| |
seq2  CAAGTCCCAGCACAGGCAATAGCCAGTGTGGGCTCTTAAAACTCAATTCC  97

seq1  CTCTGACCCCTCACTGGCCACGCTACCCTTTGTGGAAAAATTACCTCCCA  145
      ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACCCCTCACTGGCCACGCTACCTTTGGTGGAAAAATTACCTCCCA  147

seq1  CTTTCTCATGGTTG-CCTTTTGATTCTTTGGGATCTACACTCTGAACA-C  193
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTTTCTCATGGTTGCCCTTTTGATTCTTTGGGATCTACACTCTGAACACC  197

seq1  CAAGGCACATGAGATGGCTAT-CCAAATGTACAAGACATTAGGCAGCTCT  242
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCACATGAGATGGCTATCCCAAATGTACAAGACATTAGGCAGCTCT  247

seq1  ACTTTGTCACTATTTTCCAGAACCTTTGCTGCATGGAGTATAGATC-TTT  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACTTTGTCACTATTTTCCAGAACCTTTGCTGCATGGAGTATAGATCTTTT  297

seq1  GTGCTAGAGTCTATCTAGAAGTCAGATTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAGAGTCTATCTAGAAGTCAGATTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGT  347

seq1  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTATAGAGGTGGCACAAATTGAACATTTTGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTATAGAGGTGGCACAAATTGAACATTTTGC  397

seq1  CTGAAAACAAAACAAAACAAAAAAGCACAATTTACTCATGTGGTTCTCCA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAACAAAACAAAACAAAAAAGCACAATTTACTCATGTGGTTCTCCA  447

seq1  ATAGAGATGGTACAAACTAGAGTCCTAAATTATCCTAAGGGCTGACTCAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGATGGTACAAACTAGAGTCCTAAATTATCCTAAGGGCTGACTCAG  497

seq1  CATCCTTGGATATCCACATGCTCAGAACCCTACTGAAGCTCACTACATAC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTGGATATCCACATGCTCAGAACCCTACTGAAGCTCACTACATAC  547

seq1  ACAGCAGACAATCACAACACTGGACCCTGAACTCTGAGTTCTCTAAGGTA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGACAATCACAACACTGGACCCTGAACTCTGAGTTCTCTAAGGTA  597

seq1  TTATTTTATTGGGGAAGAGCTTGGGTCATATTTCTGCCTTGATTCTATGT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTATTGGGGAAGAGCTTGGGTCATATTTCTGCCTTGATTCTATGT  647

seq1  GTTTTAGTCATATCATTTGAGTAGATTTGTTTGTTTCTAGCTGTAGGCAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGTCATATCATTTGAGTAGATTTGTTTGTTTCTAGCTGTAGGCAT  697

seq1  GACATAGAGTTTGACAGCATTTTTCATTGTACCTGCTACTGACAATAGCA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGAGTTTGACAGCATTTTTCATTGTACCTGCTACTGACAATAGCA  747

seq1  ACAGCAATGTTGGGATGAAGATAAAGAATCATCTCATTAGCTAAAAGTCT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAATGTTGGGATGAAGATAAAGAATCATCTCATTAGCTAAAAGTCT  797

seq1  TGATATAAATGTAAAGGTTTTCATTGTAGCAATAATGTGGTTGATATAAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATAAATGTAAAGGTTTTCATTGTAGCAATAATGTGGTTGATATAAC  847

seq1  ATGGTGGTAACTCTGATTTGACCCTAAGACCAAGGAGTTCTCAAATTGAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGTAACTCTGATTTGACCCTAAGACCAAGGAGTTCTCAAATTGAA  897

seq1  ATACACACCAGGGTCAATTGTAGGGTTTATTGAATAAAGACCTATTGAGT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACCAGGGTCAATTGTAGGGTTTATTGAATAAAGACCTATTGAGT  947

seq1  ACAATACCTTAAGTTTTTAAATCAGTTAATCTAGGGTGGAACCAAGCATT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACCTTAAGTTTTTAAATCAGTTAATCTAGGGTGGAACCAAGCATT  997

seq1  TTTGTTTGTCAGAGACCCATAGCCGTTCACTGTGAAGAGAGGAAGTGACT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTCAGAGACCCATAGCCGTTCACTGTGAAGAGAGGAAGTGACT  1047

seq1  TTGGAATGCTTAGCCCTAAATGGAACATAAATATTACATCCTCCCCTCAA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGCTTAGCCCTAAATGGAACATAAATATTACATCCTCCCCTCAA  1097

seq1  GGTCAGAGGACTACGCAGAAAAGGGGGTAAGAAGATTATAAGAGCCAGAG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAGGACTACGCAGAAAAGGGGGTAAGAAGATTATAAGAGCCAGAG  1147

seq1  GTGTTGGGTGAATTC  1156
      |||||||||||||||
seq2  GTGTTGGGTGAATTC  1162

seq1: chr2_24170798_24171993
seq2: B6Ng01-321F08.g_67_1272

seq1  GAATTCAACAGTGGTACTCAGGGTCATTTTTTCCCCTTGCATAACTGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAGTGGTACTCAGGGTCATTTTTTCCCCTTGCATAACTGACT  50

seq1  ATGCATGATTGGCTAGACATGGCTATGCTCATAGTAGAAAGTCAAGCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGATTGGCTAGACATGGCTATGCTCATAGTAGAAAGTCAAGCCAA  100

seq1  GACGTTTTACATCCCTCTCTAAGGAAGCCTGGGTACTTATTTTCTTGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTTTTACATCCCTCTCTAAGGAAGCCTGGGTACTTATTTTCTTGGTT  150

seq1  TCTACTTTGCAGCTGAGCATCCAGCTCAGCATCAGTGTATTTGGGTATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTGCAGCTGAGCATCCAGCTCAGCATCAGTGTATTTGGGTATAG  200

seq1  TTAGTGCTCATGTGACTTCTGACTCACAAAGACACACTGATATTCACTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGCTCATGTGACTTCTGACTCACAAAGACACACTGATATTCACTAA  250

seq1  GTTGGGTAGCAGATTTGCCCTTCTATGAGGTGTTCTCCTCTGTGATTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGTAGCAGATTTGCCCTTCTATGAGGTGTTCTCCTCTGTGATTGTA  300

seq1  TAATCTAATCCTGTTTGTGCTGTTTGAATAAGAATGGCCCCCATAGGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTAATCCTGTTTGTGCTGTTTGAATAAGAATGGCCCCCATAGGCTC  350

seq1  ATATTTGAATGCTTAGCAATCAGGAAGTGTCACTATTTGAGAAGAATAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGAATGCTTAGCAATCAGGAAGTGTCACTATTTGAGAAGAATAAG  400

seq1  GATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAAGTATATCACTGGGAAGCATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAAGTATATCACTGGGAAGCATAT  450

seq1  CATCCTGTTCTTCCTTAACAGCCAGAAAATAAGATTGCACTGAAGGTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGTTCTTCCTTAACAGCCAGAAAATAAGATTGCACTGAAGGTAGT  500

seq1  TATGTTCATATTCGTACCACAAGGGCCCTCACAATGAGGCAGGCGCTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCATATTCGTACCACAAGGGCCCTCACAATGAGGCAGGCGCTGAT  550

seq1  AAGACACATAGACTATAGGAGGAGGTAAGTAACACAGCCATAAACTAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACATAGACTATAGGAGGAGGTAAGTAACACAGCCATAAACTAAAA  600

seq1  AATAGGTGAGCTTACTAGAAGCTGTGCAGAGACAGAAAAGGAAGTGGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTGAGCTTACTAGAAGCTGTGCAGAGACAGAAAAGGAAGTGGCCC  650

seq1  TTTTCTACTCACAACTTAAGAGCCAAAAGAAGAATTAACAAGGCAAAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTACTCACAACTTAAGAGCCAAAAGAAGAATTAACAAGGCAAAGGT  700

seq1  ATAATAAATCTATTTGGTCAAAATCGAAGATTAAAATCTCAATCTCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAATCTATTTGGTCAAAATCGAAGATTAAAATCTCAATCTCAGAG  750

seq1  TAAACTGCCCACTTTTTAAATTAGTTACATAGTAGGTTTCCATAATAC-T  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAAACTGCCCACTTTTTAAATTAGTTACATAGTAGGTTTCCATAATACTT  800

seq1  TTTTCATATATCCCTAGTTTCGGTTAGTCCTCCAAATCCCACCTCCCCTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTTCATATATCCCTAGTTTCGGTTAGTCCTCCAAATCCCACCT-CCCTT  849

seq1  GGCTTTCCCACCTCCATTTAAACTTTCCACCTCCA-TATCCCCTCTCTGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  GGCTTTCCCACCTCCATTTAAACTTTCAACCTCCATTATCCCCTCTCTGT  899

seq1  GCTTCCTTGTAGCATGTGTCCTGTGCCCATACACACACATTTAGGACACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTTGTAGCATGTGTCCTGTGCCCATACACACACATTTAGGACACA  949

seq1  CCTCCTGGCTTTATAAC-TTTCTTGGCACTATATATACACACCCAAACTC  997
      |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGGCTTTATTACTTTTCTTGGCACTATATATACACACCCAAACTC  999

seq1  AAATACTGAAAGCTAAAAATATAAAAGCTAAGATTGCACAACGATCGG--  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  
seq2  AAATACTGAAAGCTAAAAATATAAAAGCTAAGATTGCTCAACGATCGGGC  1049

seq1  CTTACT-GAGGTTGTCAACTTGACTACAA-CTGAGCTCTAAACAG-CTGG  1092
       ||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||   ||||| ||||
seq2  TTTACTGGAGGTGGTCAACTTGACTTCAATCTGAGCTTCTAACAGCCTGG  1099

seq1  ACACA-CTTAT--GA-GGGGTTCTTC-TTGATTGGATCATTTGA-GGTGG  1136
      ||||| |||||  || |||||||||| ||||||| |||||| || |||| 
seq2  ACACACCTTATAGGAGGGGGTTCTTCTTTGATTGAATCATTGGAGGGTGA  1149

seq1  AAAGACCTATCCTAAATCTGGATGATTTGAG-CTCTGCAGGCCCACCCTA  1185
      ||||||  |||   |||||| |||||||||| |||||   | |||  |  
seq2  AAAGACTAATC--TAATCTGTATGATTTGAGCCTCTGGCAGTCCA--CAT  1195

seq1  AAACTGGGCCG  1196
      |||||||||||
seq2  AAACTGGGCCG  1206