BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321K04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 161,177,406 - 161,381,067
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383770, Ptprt
Upstream geneMafb, LOC100043892, Top1, Plcg1, Zhx3, Lpin3, Emilin3, Chd6, LOC100043693, LOC100043694, LOC383769, LOC629655
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321K04.bB6Ng01-321K04.g
ACCGA110688GA110689
length1,101410
definitionB6Ng01-321K04.b B6Ng01-321K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,177,406 - 161,178,496)(161,380,653 - 161,381,067)
sequence
gaattccaacctgtatttggtggcacatggcagctccctggttgaatttg
tctttagtgcccagatccaaatgcctcccttattctactacataactgtg
tcttgttgacccggtgacaccttatgaactgctgtgagagggggtgaagt
tctagattaaaaatacagtgggacagagataataaaatccctggtgaatt
tggagcccatgtcatgatgtcaatccatttagagtctgttctccaggtgc
ccttgagagatggctagtgctcttttgagtgtctggcatcagctgatgaa
ctaccttcagcgccctgctgggagaattcatggtagaagcctctggcttt
gagttatagatgctgctgctgcgaataatttcagcaattactgatgttca
gtaattatgctaatgctgacacacaaagcgctgttatttgctcggcatgt
tatgtgcgaattatctcttttcctgactaacagtgttttctctctacagt
tagtacagtttgcttgtcacattaagtgacgttcgcatctctggacttgt
caagacaccaggattagagctgaatttatgtaaccactgtataacaaggc
tttcttttttctcttttggtgaaaaaggaaggaattgaacagaaggaaag
ggaagtaggaaatggagccctacaggctggtgtgaaagttaaggtttaga
ggtaaagtgagcctctcaaggatgtgagagctagactttacacttgggtc
tttctggtctccatttttaacaaagaaacagggctttgttttgctcaaga
gggttaagtatactctgagtctatgtcaagtggcaagaattctttagaca
tcattggaaagagtaattctcaaggtatgcttatgagagacacaaattct
tggtgtccacctgactggctgaattagaaacttccaaaattcattttaac
gtagccatctgtgtttcaacaagtcatttcctggtgatttgggtccacac
ttgaggttaagaaattacaggaaagggccctttgattatgttttcacagc
gtgacaatcatgtaggaacttgtttccaaaggcaaccttcttcagaacca
c

ctgcagaaagagatgttcctgtataactactggtacagggtacctatata
actcgatatggggagatgtccagaccaatgctgggactctctggtatagg
aacttctggaagcattaactggtgagttctctagctctacagtcatccaa
gtaagattgaataacgttgttagagatgatgtttgagccttggatgaagg
aatggagagggagaggaggtattgatatttatggaatgccttctttgtgc
caaacgctcggacagaccttaatagaaatggcttaaccaacatagtgatt
ttttttaaacatttatttacttcattttatgtgtctaattgttttgtctg
catgtgtgtaagtgcaccacatgtgtgcctggtgctcacagaagttttta
aggtcctgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_161177406_161178496
seq2: B6Ng01-321K04.b_49_1149

seq1  GAATTCCAACCTGTATTTGGTGGCACATGGCAGCTCCCTGGTTGAATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACCTGTATTTGGTGGCACATGGCAGCTCCCTGGTTGAATTTG  50

seq1  TCTTTAGTGCCCAGATCCAAATGCCTCCCTTATTCTACTACATAACTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGTGCCCAGATCCAAATGCCTCCCTTATTCTACTACATAACTGTG  100

seq1  TCTTGTTGACCCGGTGACACCTTATGAACTGCTGTGAGAGGGGGTGAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTGACCCGGTGACACCTTATGAACTGCTGTGAGAGGGGGTGAAGT  150

seq1  TCTAGATTAAAAATACAGTGGGACAGAGATAATAAAATCCCTGGTGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATTAAAAATACAGTGGGACAGAGATAATAAAATCCCTGGTGAATT  200

seq1  TGGAGCCCATGTCATGATGTCAATCCATTTAGAGTCTGTTCTCCAGGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCCATGTCATGATGTCAATCCATTTAGAGTCTGTTCTCCAGGTGC  250

seq1  CCTTGAGAGATGGCTAGTGCTCTTTTGAGTGTCTGGCATCAGCTGATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGAGATGGCTAGTGCTCTTTTGAGTGTCTGGCATCAGCTGATGAA  300

seq1  CTACCTTCAGCGCCCTGCTGGGAGAATTCATGGTAGAAGCCTCTGGCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTCAGCGCCCTGCTGGGAGAATTCATGGTAGAAGCCTCTGGCTTT  350

seq1  GAGTTATAGATGCTGCTGCTGCGAATAATTTCAGCAATTACTGATGTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATAGATGCTGCTGCTGCGAATAATTTCAGCAATTACTGATGTTCA  400

seq1  GTAATTATGCTAATGCTGACACACAAAGCGCTGTTATTTGCTCGGCATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTATGCTAATGCTGACACACAAAGCGCTGTTATTTGCTCGGCATGT  450

seq1  TATGTGCGAATTATCTCTTTTCCTGACTAACAGTGTTTTCTCTCTACAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCGAATTATCTCTTTTCCTGACTAACAGTGTTTTCTCTCTACAGT  500

seq1  TAGTACAGTTTGCTTGTCACATTAAGTGACGTTCGCATCTCTGGACTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACAGTTTGCTTGTCACATTAAGTGACGTTCGCATCTCTGGACTTGT  550

seq1  CAAGACACCAGGATTAGAGCTGAATTTATGTAACCACTGTATAACAAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACACCAGGATTAGAGCTGAATTTATGTAACCACTGTATAACAAGGC  600

seq1  TTTCTTTTTTCTCTTTTGGTGAAAAAGGAAGGAATTGAACAGAAGGAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTTCTCTTTTGGTGAAAAAGGAAGGAATTGAACAGAAGGAAAG  650

seq1  GGAAGTAGGAAATGGAGCCCTACAGGCTGGTGTGAAAGTTAAGGTTTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTAGGAAATGGAGCCCTACAGGCTGGTGTGAAAGTTAAGGTTTAGA  700

seq1  GGTAAAGTGAGCCTCTCAAGGATGTGAGAGCTAGACTTTACACTTGGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGTGAGCCTCTCAAGGATGTGAGAGCTAGACTTTACACTTGGGTC  750

seq1  TTTCTGGTCTCCATTTTTAACAAAGAAACAGGGCTTTGTTTTGCTCAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGTCTCCATTTTTAACAAAGAAACAGGGCTTTGTTTTGCTCAAGA  800

seq1  GGGTTAAGTATACTCTGAGTCTATGTCAAGTGGCAAGAATTC-TTAGACA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGGTTAAGTATACTCTGAGTCTATGTCAAGTGGCAAGAATTCTTTAGACA  850

seq1  TCATTGGAAAGAGTAATTCTCAAGGTATGCTTATGAGAGACACAAATTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGAAAGAGTAATTCTCAAGGTATGCTTATGAGAGACACAAATTCT  900

seq1  TGGTGTCCACCTGACTGGCTGAATTAGAAACTTCCAAAATTCATTTTAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCCACCTGACTGGCTGAATTAGAAACTTCCAAAATTCATTTTAAC  950

seq1  GTAGCCATCTGTGTTTCAACAAGTCA-TTCCTGGTGATTTTGGTCCACAC  998
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  GTAGCCATCTGTGTTTCAACAAGTCATTTCCTGGTGATTTGGGTCCACAC  1000

seq1  TTGAGTTTAAG-AATTACAGGAAAGG--CCCTTGA-TATG-TTTCACAGC  1043
      ||||| ||||| ||||||||||||||  || |||| |||| |||||||||
seq2  TTGAGGTTAAGAAATTACAGGAAAGGGCCCTTTGATTATGTTTTCACAGC  1050

seq1  GTGAACATCATGTAGGAACTTGTTTCC-AAGGCAACC-TCTTCAG-ACCA  1090
      ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||
seq2  GTGACAATCATGTAGGAACTTGTTTCCAAAGGCAACCTTCTTCAGAACCA  1100

seq1  C  1091
      |
seq2  C  1101


seq1: chr2_161380653_161381067
seq2: B6Ng01-321K04.g_69_484 (reverse)

seq1  AACAGGACCTT-CTGACTTCTGTGAGCACCAGGCACACATGTGGTGCACT  49
      |||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGACCTTAAAAACTTCTGTGAGCACCAGGCACACATGTGGTGCACT  50

seq1  TACACACATGCAGACAAAACACTTAGACACATAAAATGAAGTAAATAAAT  99
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACATGCAGACAAAACAATTAGACACATAAAATGAAGTAAATAAAT  100

seq1  GTTTAAAAAAAATCACTATGTTGGTTAAGCCATTTCTATTAAGGTCTGTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAAAAAATCACTATGTTGGTTAAGCCATTTCTATTAAGGTCTGTC  150

seq1  CGAGCGTTTGGCACAAAGAAGGCATTCCATAAATATCAATACCTCCTCTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCGTTTGGCACAAAGAAGGCATTCCATAAATATCAATACCTCCTCTC  200

seq1  CCTCTCCATTCCTTCATCCAAGGCTCAAACATCATCTCTAACAACGTTAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCATTCCTTCATCCAAGGCTCAAACATCATCTCTAACAACGTTAT  250

seq1  TCAATCTTACTTGGATGACTGTAGAGCTAGAGAACTCACCAGTTAATGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTTACTTGGATGACTGTAGAGCTAGAGAACTCACCAGTTAATGCT  300

seq1  TCCAGAAGTTCCTATACCAGAGAGTCCCAGCATTGGTCTGGACATCTCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAGTTCCTATACCAGAGAGTCCCAGCATTGGTCTGGACATCTCCC  350

seq1  CATATCGAGTTATATAGGTACCCTGTACCAGTAGTTATACAGGAACATCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCGAGTTATATAGGTACCCTGTACCAGTAGTTATACAGGAACATCT  400

seq1  CTTTCTGCAGGAATTC  415
      ||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCAGGAATTC  416


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |