BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324K21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 101,561,048 - 101,737,848
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2600010E01Rik, LOC100043302, Commd9
Upstream geneB230118H07Rik, Rag2, Rag1, LOC100042930, Traf6
Downstream geneLdlrad3, LOC674202, Trim44, Fjx1, E430002G05Rik, Slc1a2, Cd44
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324K21.bB6Ng01-324K21.g
ACCGA112931GA112932
length1,1771,004
definitionB6Ng01-324K21.b B6Ng01-324K21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,736,662 - 101,737,848)(101,561,048 - 101,562,051)
sequence
ctccatggactagactatattttacatttaactattaaaaataaccctca
ggtcatttactgaagtgtcaccaatattaatagtttgctgaaaataagta
agctctgaaatggcaaggtcctgtctgctaaaaacaaaaccggaagatca
gcttctccgtatgtatgcagagagaagcagcccagttctccccttcaagc
caggagtgggagcccagcacttgggaagtggcagtagaaggaccacaagt
tcaatgtcatccttggccaaaaagggagttcaaggccagtctcagctaca
tgagactcttcctcaaataacagaaataagcaaagggatgaacagctttc
cattaaggcaattaagctctgggtgtggggttacaggctcttattttctt
tcatcatttatcatattacagtatgcactttcaagcacaacacttacatt
tctagaacagtagtaacaagaactctgaaagtctgagggactctcaacac
acacgcacttacatgtgctccacgatgatttttgtcagcaggtttttgag
gttttggtggaaattttccggaaagagagccagaatcgcctcagcagagg
acaggtcacggaaggccaccagcctggtgaagtggtgcagagcctgcagc
agctgtcagacagagagggcagccctgtagctgaagggtaggagcaggag
ggtgcatgcagaggggcaggggtggagctctgtacactcaccccaggggc
acactatcagtcacattaatgagttaactgcagtgtgggggcctccgtaa
cacatgctgacactcagtatgactctgttagttcactggtacttttagaa
gacagaggcagctgcctgatgtaggaagccatcagcttgtcagaaacttg
ttagttgtgggcaaagggataatatctttttgccttctgtagaagaaatg
tgacctcacttaactttgtgatgctgtttcctggtaactgaaagaagtga
aaatccagctaggttactaggcaacctgccatggcccaatggacttagga
gactgtgtaaacacctaagtgcacttccttgagtgaggcctgcacctctg
gcaagacctctgaaaccagtgcttatatgattgctaagagaaactggtcc
ttggaagagaacttcatctaagtggaa
gaattcccctgacacaatgcctgaagttcagcctggtctgcctacagttc
tgagaaagctgtaattttcctggtttgtttgtttggtttggtttttgatc
ttttattcacttttcttttcgatgctgacttaaaacacacggatgctttt
cctgacaccgcaggcttccttactctttctctgccgctctcgtccttgcc
acatggccacttgttaccacatgatgtgccccgttccagtaagtcaaacc
gtatgcccaatccctcagactttctcctccgggcagctgctgaaatttat
accttgcctgtcctggtgtaatttcttttgtttttagtatttttatcttc
tttgaaattccatacaccgtattttattttgatcatattcacctccagcc
ccttcccctaattcatgccagacccatccctcgccctcctacaaccccac
tgatacggctttcaatcttttgttttagtgggcccctccccactccatcc
ccccaggacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactc
tgtagactgggctagccttgaactcagagctccatttatgttgcctccag
aatgctgagattaaaggcgtggaccacaccagtgctgctaaatcaaagga
cattccccctaatagaagtttttcatttcaactccaataaaattgtcctt
caacttcctcttaaaattattgtattaatgagactaagaaccctaagatg
caaccttggtttccctgatatcaatgtgaaaaatgtcagagtagaggtac
caagagtatcctggaaatccagagaaccgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgagagacatatatctcacatgtacacatacatgtgtgtgg
acttgcttatggaggctctctctacatattctccacttagatttttgaag
actggctcctaccctgtaccttgggcccccactatccagcaagctcaagg
gatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_101736662_101737848
seq2: B6Ng01-324K21.b_55_1231 (reverse)

seq1  TTCCACTCTAGATTGAAGTTCTCTCTCCAGGGGAACCAGTGTCTCCTCTA  50
      ||||||| |||| ||||||||||| |||| ||  |||||| ||||   ||
seq2  TTCCACT-TAGA-TGAAGTTCTCT-TCCAAGG--ACCAGTTTCTC--TTA  43

seq1  ACAACTCA-ATAAGCAC-GGGTTCAGA-GTCTTGCAAGGAGGGTGCA-GC  96
       ||| ||| |||||||| || |||||| ||||||| ||   |||||| ||
seq2  GCAA-TCATATAAGCACTGGTTTCAGAGGTCTTGCCAG--AGGTGCAGGC  90

seq1  CTCACTCAAGGAAGTGCACCTTAGTGTTTACACAGTCTTCTTAGTCCATT  146
      ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| || ||||||||
seq2  CTCACTCAAGGAAGTGCACTTAGGTGTTTACACAGTCTCCTAAGTCCATT  140

seq1  GGGCCAATGCAGGGTTGCCTAGTAACCTAGCTGGATTTCCACTTCTTTCA  196
      ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGGCCATGGCA-GGTTGCCTAGTAACCTAGCTGGATTTTCACTTCTTTCA  189

seq1  GGTTACCAGGGAAACAGCATCACAAAGTTAAGTGGAGGTCACATTTCTTC  246
       ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -GTTACCA-GGAAACAGCATCACAAAGTTAAGT-GAGGTCACATTTCTTC  236

seq1  TACAGAAGGCAAAAAGATATTATCCCTTTGCCCACAACTAACAAGTTTCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAGGCAAAAAGATATTATCCCTTTGCCCACAACTAACAAGTTTCT  286

seq1  GACAAGCTGATGGCTTCCTACATCAGGCAGCTGCCTCTGTCTTCTAAAAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCTGATGGCTTCCTACATCAGGCAGCTGCCTCTGTCTTCTAAAAG  336

seq1  TACCAGTGAACTAACAGAGTCATACTGAGTGTCAGCATGTGTTACGGAGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTGAACTAACAGAGTCATACTGAGTGTCAGCATGTGTTACGGAGG  386

seq1  CCCCCACACTGCAGTTAACTCATTAATGTGACTGATAGTGTGCCCCTGGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACACTGCAGTTAACTCATTAATGTGACTGATAGTGTGCCCCTGGG  436

seq1  GTGAGTGTACAGAGCTCCACCCCTGCCCCTCTGCATGCACCCTCCTGCTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGTACAGAGCTCCACCCCTGCCCCTCTGCATGCACCCTCCTGCTC  486

seq1  CTACCCTTCAGCTACAGGGCTGCCCTCTCTGTCTGACAGCTGCTGCAGGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCTTCAGCTACAGGGCTGCCCTCTCTGTCTGACAGCTGCTGCAGGC  536

seq1  TCTGCACCACTTCACCAGGCTGGTGGCCTTCCGTGACCTGTCCTCTGCTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACCACTTCACCAGGCTGGTGGCCTTCCGTGACCTGTCCTCTGCTG  586

seq1  AGGCGATTCTGGCTCTCTTTCCGGAAAATTTCCACCAAAACCTCAAAAAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGATTCTGGCTCTCTTTCCGGAAAATTTCCACCAAAACCTCAAAAAC  636

seq1  CTGCTGACAAAAATCATCGTGGAGCACATGTAAGTGCGTGTGTGTTGAGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGACAAAAATCATCGTGGAGCACATGTAAGTGCGTGTGTGTTGAGA  686

seq1  GTCCCTCAGACTTTCAGAGTTCTTGTTACTACTGTTCTAGAAATGTAAGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCAGACTTTCAGAGTTCTTGTTACTACTGTTCTAGAAATGTAAGT  736

seq1  GTTGTGCTTGAAAGTGCATACTGTAATATGATAAATGATGAAAGAAAATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGCTTGAAAGTGCATACTGTAATATGATAAATGATGAAAGAAAATA  786

seq1  AGAGCCTGTAACCCCACACCCAGAGCTTAATTGCCTTAATGGAAAGCTGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTGTAACCCCACACCCAGAGCTTAATTGCCTTAATGGAAAGCTGT  836

seq1  TCATCCCTTTGCTTATTTCTGTTATTTGAGGAAGAGTCTCATGTAGCTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCCTTTGCTTATTTCTGTTATTTGAGGAAGAGTCTCATGTAGCTGA  886

seq1  GACTGGCCTTGAACTCCCTTTTTGGCCAAGGATGACATTGAACTTGTGGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCCTTGAACTCCCTTTTTGGCCAAGGATGACATTGAACTTGTGGT  936

seq1  CCTTCTACTGCCACTTCCCAAGTGCTGGGCTCCCACTCCTGGCTTGAAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTACTGCCACTTCCCAAGTGCTGGGCTCCCACTCCTGGCTTGAAGG  986

seq1  GGAGAACTGGGCTGCTTCTCTCTGCATACATACGGAGAAGCTGATCTTCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACTGGGCTGCTTCTCTCTGCATACATACGGAGAAGCTGATCTTCC  1036

seq1  GGTTTTGTTTTTAGCAGACAGGACCTTGCCATTTCAGAGCTTACTTATTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGTTTTTAGCAGACAGGACCTTGCCATTTCAGAGCTTACTTATTT  1086

seq1  TCAGCAAACTATTAATATTGGTGACACTTCAGTAAATGACCTGAGGGTTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAACTATTAATATTGGTGACACTTCAGTAAATGACCTGAGGGTTA  1136

seq1  TTTTTAATAGTTAAATGTAAAATATAGTCTAGTCCATGGAG  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATAGTTAAATGTAAAATATAGTCTAGTCCATGGAG  1177

seq1: chr2_101561048_101562051
seq2: B6Ng01-324K21.g_65_1068

seq1  GAATTCCCCTGACACAATGCCTGAAGTTCAGCCTGGTCTGCCTACAGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCTGACACAATGCCTGAAGTTCAGCCTGGTCTGCCTACAGTTC  50

seq1  TGAGAAAGCTGTAATTTTCCTGGTTTGTTTGTTTGGTTTGGTTTTTGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAGCTGTAATTTTCCTGGTTTGTTTGTTTGGTTTGGTTTTTGATC  100

seq1  TTTTATTCACTTTTCTTTTCGATGCTGACTTAAAACACACGGATGCTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCACTTTTCTTTTCGATGCTGACTTAAAACACACGGATGCTTTT  150

seq1  CCTGACACCGCAGGCTTCCTTACTCTTTCTCTGCCGCTCTCGTCCTTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACACCGCAGGCTTCCTTACTCTTTCTCTGCCGCTCTCGTCCTTGCC  200

seq1  ACATGGCCACTTGTTACCACATGATGTGCCCCGTTCCAGTAAGTCAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCCACTTGTTACCACATGATGTGCCCCGTTCCAGTAAGTCAAACC  250

seq1  GTATGCCCAATCCCTCAGACTTTCTCCTCCGGGCAGCTGCTGAAATTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCCCAATCCCTCAGACTTTCTCCTCCGGGCAGCTGCTGAAATTTAT  300

seq1  ACCTTGCCTGTCCTGGTGTAATTTCTTTTGTTTTTAGTATTTTTATCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCCTGTCCTGGTGTAATTTCTTTTGTTTTTAGTATTTTTATCTTC  350

seq1  TTTGAAATTCCATACACCGTATTTTATTTTGATCATATTCACCTCCAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATTCCATACACCGTATTTTATTTTGATCATATTCACCTCCAGCC  400

seq1  CCTTCCCCTAATTCATGCCAGACCCATCCCTCGCCCTCCTACAACCCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCCTAATTCATGCCAGACCCATCCCTCGCCCTCCTACAACCCCAC  450

seq1  TGATACGGCTTTCAATCTTTTGTTTTAGTGGGCCCCTCCCCACTCCATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACGGCTTTCAATCTTTTGTTTTAGTGGGCCCCTCCCCACTCCATCC  500

seq1  CCCCAGGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTC  550

seq1  TGTAGACTGGGCTAGCCTTGAACTCAGAGCTCCATTTATGTTGCCTCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACTGGGCTAGCCTTGAACTCAGAGCTCCATTTATGTTGCCTCCAG  600

seq1  AATGCTGAGATTAAAGGCGTGGACCACACCAGTGCTGCTAAATCAAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGAGATTAAAGGCGTGGACCACACCAGTGCTGCTAAATCAAAGGA  650

seq1  CATTCCCCCTAATAGAAGTTTTTCATTTCAACTCCAATAAAATTGTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCCCTAATAGAAGTTTTTCATTTCAACTCCAATAAAATTGTCCTT  700

seq1  CAACTTCCTCTTAAAATTATTGTATTAATGAGACTAAGAACCCTAAGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTCCTCTTAAAATTATTGTATTAATGAGACTAAGAACCCTAAGATG  750

seq1  CAACCTTGGTTTCCCTGATATCAATGTGAAAAATGTCAGAGTAGAGGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTGGTTTCCCTGATATCAATGTGAAAAATGTCAGAGTAGAGGTAC  800

seq1  CAAGAGTATCCTGGAAATCCAGAGAACCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTATCCTGGAAATCCAGAGAACCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  850

seq1  GTGTGTGTGTAAGAGACATATATCTCACATGTACACATACATGTGTGTGG  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGAGAGACATATATCTCACATGTACACATACATGTGTGTGG  900

seq1  ACATGCTTATGGAGGCTCTCTCAACCACTTCTCCACCTTAGATTTTTG-A  949
      || ||||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||||||| |
seq2  ACTTGCTTATGGAGGCTCTCTCTACATATTCTCCA-CTTAGATTTTTGAA  949

seq1  GACTGGCTCTCACCCTGAACC-TGGGCCCCCACCAATTCAGCAAGCTCCA  998
      |||||||||  |||||| ||| |||||||||| | || |||||||||| |
seq2  GACTGGCTCCTACCCTGTACCTTGGGCCCCCA-CTATCCAGCAAGCTCAA  998

seq1  GGGATC  1004
      ||||||
seq2  GGGATC  1004