BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325A23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 26,310,512 - 26,444,780
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNotch1, Egfl7
Upstream geneClic3, BC029214, Ptgds, EG665070, Lcn12, C8g, Fbxw5, Traf2, Edf1, Mamdc4, Phpt1, Gm996, LOC100039887, B230208H17Rik, 4921530D09Rik, Tmem141, Fcna, Lcn8, Lcn5, LOC620709, Lcn10, Lcn13, Bmyc, LOC383678, Lcn3, Lcn11, LOC620858, Glt6d1, Lcn9, Sohlh1, Kcnt1, Camsap1, LOC100040100, LOC665199, Ubadc1, Btbd14a, C330006A16Rik, Lhx3, Qscn6l1, C030048H21Rik, 4932418E24Rik, Gpsm1, D2Bwg1335e, Card9, Snapc4, Sdccag3, Pmpca, Inpp5e, AU024582
Downstream geneAgpat2, B230317C12Rik, 5730588L14Rik, LOC100039446, Lcn4, LOC669582, Abo, Surf6, Surf5-ps, Surf5, Rpl7a, Surf1, Surf2, Surf4, Gm711, Rexo4, Adamts13, 5930434B04Rik, Slc2a6, LOC665315, 1110002H13Rik, Adamtsl2, C630035N08Rik, Dbh, Sardh, Vav2, D2Bwg1423e, Brd3, Wdr5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325A23.bB6Ng01-325A23.g
ACCGA113216GA113217
length1,1391,119
definitionB6Ng01-325A23.b B6Ng01-325A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,310,512 - 26,311,646)(26,443,666 - 26,444,780)
sequence
gaattctagcattgacgggtctgggaccttcacagtgccatgcagccttc
tgccttagacgtacacagtgctggactatccatgcaaagtcaaatgtata
ggcattgtcagtcatacccatttccctggacccaggaatggccactctgt
tctctgtctttgtggctttacttactgaggacatttcataaagatgaaat
catgtggtcatttttgagatgtctttcacgagccctgtgtcctcctgcag
ctcacccacatgttagtaggtctcagagctttgttccttctaatggctga
aaaatactccactgaatgtttactagggtagatacaaagagaggttgtgg
ggttggcaagtccccagagctgtacctggcaagctggagacccaagaaca
ggcaatctttccgtgggagcctggaggggagaggattcatgttctgccgc
agtaggcaggatccatcccctcttccctgaccttttgttgtttggtctct
cactggagaagatttgcccacatgggtaggcccttgctttgatctgcaaa
catcaatgtttttcaccccgaacccagtccagatgtgttctcagtggtcc
agccatcagttgtgaaccctgggctgcacatgccattgtggatgatgctc
tagagaacacccaggcatatgagcctgctaagccctttccgagctgacat
ttccattccggatggaattttggagatgctagttctccgggcagaattca
ggctccgaccttccccttgagggcaagaatgagacaagttatcacaattc
tgtgtgtgagcaccccttctgggcccctgggccccctccgctttcacagt
gtgcaacactgagccggggcaagacatctgaacttgatggattcacactt
gtcctcagatgtcaggctcagagagggcatcacattccccattgtcactt
tgggttagagactcctgctgtgctccaaggtgtgggcccaatggagaggc
ctaggcaagtgttcttagtcaggtttctattcctgcacaaacatcatgag
cagaaacaagtttgggggaggaaggcttattccggctttactacttccat
actgctggtcatcacccaaggaagtcaggactggcactc
gaattctcctcaggtattggggtctgctgtgggcacagctaagagcctct
ggtcatgaccccagtaccccaaggcccaagcccttcctcacctgggtctg
tagacatgctcagtagtaccatctgctgccaacactagaaaccatgctac
aagcagttctccggagccccacatggtctgcatctgtaagtggggtagcc
ttcttctttttgtggcctaaggcaaaatgtctcctgtcagtctcctatgg
aacccccggctcaggcctccagcagagtctgtgcccttggccacttcctg
ggttctgaagccacccctatcccagggatagcattcaaaggcagtgacag
ctctctcctgcctctggcccatctctaccagctcagctggtcccttatca
accacagagagctaggcctgctgaccaggactcctggggaaggagaaacc
tgagtcctgctagggtcagaggcaacccctgaggctctgggcggggcctg
ggcagagtgagcaaccaagccagtcctccccctgagcaggagtgagggct
ttctggtatctctcactgtcggaaaaggaatgctgtggatggagcagaat
ccagtgcagcaggaaactcgccatcctatgtgcccgtttggcaaaggctt
ggcaagccccagggcactatggatttcacagtacacaaatgtcagctacc
tctaggtgaacacaggcaaggcccttgtggggtgtgaataatctgagcag
caaggggatctacagctcacagggcaccactcgtggaccagagcatgtgt
acaaacacctcccacctgcaaagggcagtggccctcatgtgcttacccct
ggggaacctccccccccccccccaccgcctttggagcccatctccagccc
tcttctggctgtgttaagaggcaggaaggctgttgaggaatgtccccaga
tctaaagtctgtgatagtgctgaagtgctgggtcagacatgtgcaagggg
acgacagctgtctcactgtcctacacagagtcggggcagtggctgacggg
cttcccactcaagggctctttctcaagggcttctaaaggagcagctccac
cttacccaaccccacgccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_26310512_26311646
seq2: B6Ng01-325A23.b_49_1187

seq1  GAATTCTAGCATTGACGGGTCTGGGACCTTCACAGTGCCATGCAGCCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGCATTGACGGGTCTGGGACCTTCACAGTGCCATGCAGCCTTC  50

seq1  TGCCTTAGACGTACACAGTGCTGGACTATCCATGCAAAGTCAAATGTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTAGACGTACACAGTGCTGGACTATCCATGCAAAGTCAAATGTATA  100

seq1  GGCATTGTCAGTCATACCCATTTCCCTGGACCCAGGAATGGCCACTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGTCAGTCATACCCATTTCCCTGGACCCAGGAATGGCCACTCTGT  150

seq1  TCTCTGTCTTTGTGGCTTTACTTACTGAGGACATTTCATAAAGATGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTCTTTGTGGCTTTACTTACTGAGGACATTTCATAAAGATGAAAT  200

seq1  CATGTGGTCATTTTTGAGATGTCTTTCACGAGCCCTGTGTCCTCCTGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGTCATTTTTGAGATGTCTTTCACGAGCCCTGTGTCCTCCTGCAG  250

seq1  CTCACCCACATGTTAGTAGGTCTCAGAGCTTTGTTCCTTCTAATGGCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCACATGTTAGTAGGTCTCAGAGCTTTGTTCCTTCTAATGGCTGA  300

seq1  AAAATACTCCACTGAATGTTTACTAGGGTAGATACAAAGAGAGGTTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACTCCACTGAATGTTTACTAGGGTAGATACAAAGAGAGGTTGTGG  350

seq1  GGTTGGCAAGTCCCCAGAGCTGTACCTGGCAAGCTGGAGACCCAAGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCAAGTCCCCAGAGCTGTACCTGGCAAGCTGGAGACCCAAGAACA  400

seq1  GGCAATCTTTCCGTGGGAGCCTGGAGGGGAGAGGATTCATGTTCTGCCGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATCTTTCCGTGGGAGCCTGGAGGGGAGAGGATTCATGTTCTGCCGC  450

seq1  AGTAGGCAGGATCCATCCCCTCTTCCCTGACCTTTTGTTGTTTGGTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCAGGATCCATCCCCTCTTCCCTGACCTTTTGTTGTTTGGTCTCT  500

seq1  CACTGGAGAAGATTTGCCCACATGGGTAGGCCCTTGCTTTGATCTGCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAGAAGATTTGCCCACATGGGTAGGCCCTTGCTTTGATCTGCAAA  550

seq1  CATCAATGTTTTTCACCCCGAACCCAGTCCAGATGTGTTCTCAGTGGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATGTTTTTCACCCCGAACCCAGTCCAGATGTGTTCTCAGTGGTCC  600

seq1  AGCCATCAGTTGTGAACCCTGGGCTGCACATGCCATTGTGGATGATGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCAGTTGTGAACCCTGGGCTGCACATGCCATTGTGGATGATGCTC  650

seq1  TAGAGAACACCCAGGCATATGAGCCTGCTAAGCCCTTTCCGAGCTGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAACACCCAGGCATATGAGCCTGCTAAGCCCTTTCCGAGCTGACAT  700

seq1  TTCCATTCCGGATGGAATTTTGGAGATGCTAGTTCTCCGGGCAGAATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTCCGGATGGAATTTTGGAGATGCTAGTTCTCCGGGCAGAATTCA  750

seq1  GGCTCCGACCTTCCCCTTGAGGGCAAGAATGAGACAAGTTATCACAATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCGACCTTCCCCTTGAGGGCAAGAATGAGACAAGTTATCACAATTC  800

seq1  TGTGTGTGAGCACCCCTTCTGGGCCCCTGGGCCCCCTCCGCTTTCACAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGAGCACCCCTTCTGGGCCCCTGGGCCCCCTCCGCTTTCACAGT  850

seq1  GTGCAACACTGAGCCGGGGCAAGACATCTGAACTTGATGGATTCACACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAACACTGAGCCGGGGCAAGACATCTGAACTTGATGGATTCACACTT  900

seq1  GTCCTCAGATGTCAGGCTCAGAGAGGGCATCACATTCCCCATTGTCACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAGATGTCAGGCTCAGAGAGGGCATCACATTCCCCATTGTCACTT  950

seq1  T-GGTTAGAGACTCCTGCTGTGCTCCAAGGTGTGGGCCAAATGGAGAGGC  999
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGGTTAGAGACTCCTGCTGTGCTCCAAGGTGTGGGCCCAATGGAGAGGC  1000

seq1  CTAGGCAGGTG-TCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGA  1048
      ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCAAGTGTTCTTAGTCA-GGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGA  1049

seq1  GCAAGAAACAAGTT--GGGGAGGAAAGGGTTTATT-CGGC-TTAC-ACTT  1093
      || |||||||||||  |||||||||  || ||||| |||| |||| ||||
seq2  GC-AGAAACAAGTTTGGGGGAGGAA--GGCTTATTCCGGCTTTACTACTT  1096

seq1  CCATACTGCTGTTCATCA-CCAAGGAAGTCAGGACTGGAACTC  1135
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCATACTGCTGGTCATCACCCAAGGAAGTCAGGACTGGCACTC  1139

seq1: chr2_26443666_26444780
seq2: B6Ng01-325A23.g_65_1183 (reverse)

seq1  GGGCGTGGGG-TGGGT-AGGTGGAGCTGCCTCTTTAAGAAGCCC-TGAG-  46
      |||||||||| ||||| ||||||||||| ||| || |||||||| |||| 
seq2  GGGCGTGGGGTTGGGTAAGGTGGAGCTG-CTCCTTTAGAAGCCCTTGAGA  49

seq1  AAGAGCCC-TGAGT-GGAGCCCCGTCAGCCACCTGCCCCCGACTCTGTGT  94
      |||||||| ||||| |||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  AAGAGCCCTTGAGTGGGAAGCCCGTCAGCCA-CTG-CCCCGACTCTGTGT  97

seq1  AGGACAGTGAGACAGCTGTCCGTCCCCTTGCACATGTCTGACCCAGCACT  144
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGTGAGACAGCTGT-CGTCCCCTTGCACATGTCTGACCCAGCACT  146

seq1  TCAGCACTATCACAGACTTTAGATCTGGGGACATTCCTCAACAGCCTTCC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACTATCACAGACTTTAGATCTGGGGACATTCCTCAACAGCCTTCC  196

seq1  TGCCTCTTAACACAGCCAGAAGAGGGCTGGAGATGGGCTCCAAAGGCGGT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTTAACACAGCCAGAAGAGGGCTGGAGATGGGCTCCAAAGGCGGT  246

seq1  -GGGGGGGGGGGGGAGGTTCCCCAGGGGTAAGCACATGAGGGCCACTGCC  293
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGGGGGAGGTTCCCCAGGGGTAAGCACATGAGGGCCACTGCC  296

seq1  C-TTGCAGGTGGGAGGTGTTTGTACACATGCTCTGGTCCACGAGTGGTGC  342
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCAGGTGGGAGGTGTTTGTACACATGCTCTGGTCCACGAGTGGTGC  346

seq1  CCTGTGAGCTGTAGATCCCCTTGCTGCTCAGATTATTCACACCCCACAAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAGCTGTAGATCCCCTTGCTGCTCAGATTATTCACACCCCACAAG  396

seq1  GGCCTTGCCTGTGTTCACCTAGAGGTAGCTGACATTTGTGTACTGTGAAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGCCTGTGTTCACCTAGAGGTAGCTGACATTTGTGTACTGTGAAA  446

seq1  TCCATAGTGCCCTGGGGCTTGCCAAGCCTTTGCCAAACGGGCACATAGGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGTGCCCTGGGGCTTGCCAAGCCTTTGCCAAACGGGCACATAGGA  496

seq1  TGGCGAGTTTCCTGCTGCACTGGATTCTGCTCCATCCACAGCATTCCTTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGAGTTTCCTGCTGCACTGGATTCTGCTCCATCCACAGCATTCCTTT  546

seq1  TCCGACAGTGAGAGATACCAGAAAGCCCTCACTCCTGCTCAGGGGGAGGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGACAGTGAGAGATACCAGAAAGCCCTCACTCCTGCTCAGGGGGAGGA  596

seq1  CTGGCTTGGTTGCTCACTCTGCCCAGGCCCCGCCCAGAGCCTCAGGGGTT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTGGTTGCTCACTCTGCCCAGGCCCCGCCCAGAGCCTCAGGGGTT  646

seq1  GCCTCTGACCCTAGCAGGACTCAGGTTTCTCCTTCCCCAGGAGTCCTGGT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGACCCTAGCAGGACTCAGGTTTCTCCTTCCCCAGGAGTCCTGGT  696

seq1  CAGCAGGCCTAGCTCTCTGTGGTTGATAAGGGACCAGCTGAGCTGGTAGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGCCTAGCTCTCTGTGGTTGATAAGGGACCAGCTGAGCTGGTAGA  746

seq1  GATGGGCCAGAGGCAGGAGAGAGCTGTCACTGCCTTTGAATGCTATCCCT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGCCAGAGGCAGGAGAGAGCTGTCACTGCCTTTGAATGCTATCCCT  796

seq1  GGGATAGGGGTGGCTTCAGAACCCAGGAAGTGGCCAAGGGCACAGACTCT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGGGGTGGCTTCAGAACCCAGGAAGTGGCCAAGGGCACAGACTCT  846

seq1  GCTGGAGGCCTGAGCCGGGGGTTCCATAGGAGACTGACAGGAGACATTTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGGCCTGAGCCGGGGGTTCCATAGGAGACTGACAGGAGACATTTT  896

seq1  GCCTTAGGCCACAAAAAGAAGAAGGCTACCCCACTTACAGATGCAGACCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGGCCACAAAAAGAAGAAGGCTACCCCACTTACAGATGCAGACCA  946

seq1  TGTGGGGCTCCGGAGAACTGCTTGTAGCATGGTTTCTAGTGTTGGCAGCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGCTCCGGAGAACTGCTTGTAGCATGGTTTCTAGTGTTGGCAGCA  996

seq1  GATGGTACTACTGAGCATGTCTACAGACCCAGGTGAGGAAGGGCTTGGGC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTACTACTGAGCATGTCTACAGACCCAGGTGAGGAAGGGCTTGGGC  1046

seq1  CTTGGGGTACTGGGGTCATGACCAGAGGCTCTTAGCTGTGCCCACAGCAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGTACTGGGGTCATGACCAGAGGCTCTTAGCTGTGCCCACAGCAG  1096

seq1  ACCCCAATACCTGAGGAGAATTC  1115
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAATACCTGAGGAGAATTC  1119