BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326J12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 57,458,190 - 57,630,275
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC227920, Nr4a2, LOC100041900, LOC100042910, Gpd2, LOC271788
Downstream geneGalnt5, A330104H05Rik, LOC667026, Pscdbp, LOC100042926, Acvr1c, LOC667062, Acvr1, LOC674940, Upp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326J12.bB6Ng01-326J12.g
ACCGA114365GA114366
length1,2401,133
definitionB6Ng01-326J12.b B6Ng01-326J12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,629,027 - 57,630,275)(57,458,190 - 57,459,315)
sequence
gaattctataatcaatagacacataatctaaacaaacaaacaaacaaaca
atcacccaacctaaataactttatagatcaagtggacttaaaagtcatct
acagaatataccaccaaaatgctacaggacgctcttaaccacctgcctca
gttaggtttttgttgggataaatgtcatggccaaaagtagctttggcagg
aaagggttgatttcatgatatatttcctggtaacagtccatcccctagag
ggccaaaacctgaaggcaggaattggagcagagtccactggggagttctg
cttactggcttgcccttcttggcttactcagcctggcttcttataaaaag
ctgttcatgctgctgtcaacactgatgcttgtctcccatccctctgagcc
tgggacactgggattcattcacaaagctatgcccacatcatcagtacaca
ctcactcaagatttctctcactctgggctttctctactccctacataatg
ctttctctaaagaatgaacattagtgcaaaggattactgcagaaagagaa
agggctggttatgatatgagaagatattaactcttatttgttctacccag
agaggggaaaccaggaaggaggataacatttgaaatgtaaataaacaaaa
taaccaataattaaaaaaaaaaaaacaaggaagaaaactgagtattcctg
ttgaagaggcacaaaactttaagttattccatttaagtaacaggaaagct
gaaacccactttataatgagagacgttattcctacgataatgacagaaaa
cttggccttcatgtgggctcttgataactttatatgggcagtcattactc
atgggcacccttcctcccttcttcctgcctattttcttgagcttctgtgg
gcacgctcttgcttctccttcctcttatagttgtatttgctattgtgatt
tctaagtataccatttaataatgccagaggaccatttgccatagaatgat
attatcgcatgtgttagccatgaaaatatttatttagatgggggaggaga
gtctcttgtatattcaacacagaagttgctccatgcactcataaagctcc
attacggaagattataacggtataacagtacatttaagtggagatgcatt
gaatcatggttggggttggctaattagcgatccattctgttaggacggat
gttcttaaatcctgccgtgtgtcttaaactataggtattt
gaattcttttgcaaaaacgtttaattcttttcagaagtttccaaaaccat
tgaacaaagcaaaaatagagatagtacacatttaatggtattactcaaac
tatgcacagttcagaatgtagcattcacttaatagagattctccttggtg
gactattagattacaggtaccttgttagtgcagggaacatatgctttctc
tggacttataaggagagtccctactaacaaggctcatctcagaggacagg
agcattatctacctaaaccaggatccattgtggggcaggctgtgatgtgt
tcatagtagctcctgagacagatgtgtgagaatgtggcctacttagactg
taattatcttcagtgaatagaatcctcaacagatgacaagtctagatgca
agtcatttgctgttgctgtgaatttaatccatttaccgttgctgtaagtt
taatccatttacagttgttgtaagtttaatctattatagttgaattccag
tattttatgagatttttatctggtctgtaactcaggtatatagacagggc
tataatcaaagttacagagattcacctctctctatttaccaagagctgaa
attaaaggcatacaccacttaccctggtctacaatttcttgattgttgac
taatttgggaaggtctagtccactgtgggtagtgcagctcttgatgctgg
tcctggattctatagaaggtcaagatgaggaaaccatggagaaccaggga
gtcagcaacactccaaaatagtctctgcttcaattctctcttctaggtcc
ctcccttgacttccctcagtcacggactgtgatctttaatccaaatgaac
cctttccttcccaagtaatttttggtgatggtgtttatcacaaaaataga
aagcaagctaggatggacaagagtgtgatgccaactgagccctttttaaa
tgtagaacacttagttcatgaggagcaagttcaaatattcttgcatcgcc
atccacttcccaaggtgatgcctggtgagctgaagaatagattttttact
tctcttcaattctgactcaaagtataggaagttctcttgctgcaaaaggt
gtgagcccaggtgctctgcctcgaacctgcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_57629027_57630275
seq2: B6Ng01-326J12.b_47_1286 (reverse)

seq1  AAATACCTATAGATTTAAG-CA-ACGGCAGGATATTAAAGACATCCGGTT  48
      |||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||  |||||||  |
seq2  AAATACCTATAG-TTTAAGACACACGGCAGGAT-TTAAGAACATCCG--T  46

seq1  CTTACAGAGATTTGATCTGCTAATTAGCC-ACACCAATTTCATGGATCAT  97
      | || | ||| | |||| ||||||||||| || ||||   ||||  ||| 
seq2  CCTA-ACAGAATGGATC-GCTAATTAGCCAACCCCAA--CCATGATTCAA  92

seq1  TGCATCT-CACTTAAAATGTACTGTTATACGTTTATAATCTTTCCGTAAT  146
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||
seq2  TGCATCTCCACTT-AAATGTACTGTTATACCGTTATAATC-TTCCGTAAT  140

seq1  -GAGCTTTTATTGAGTGCATGGGCCAACTTCTGTGT--GATATACAAGAG  193
       |||||||   |||||||||||  ||||||||||||   |||||||||||
seq2  GGAGCTTT--ATGAGTGCATGGAGCAACTTCTGTGTTGAATATACAAGAG  188

seq1  ACTCTCCCTTCCCCCATCTAAAT-AATATTTTCATGGCCTAACACATTGC  242
      |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||
seq2  ACTCTCC--TCCCCCATCTAAATAAATATTTTCATGG-CTAACACA-TGC  234

seq1  GATAATATTCATTCTATGGCAAATGGTCCTCTTGGCATTATTAAATGGTA  292
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GATAATA-TCATTCTATGGCAAATGGTCCTC-TGGCATTATTAAATGGTA  282

seq1  TACTTAG-AATCACAATAGCAAATACAACTATAAGAGGAAGGAGAAGCAA  341
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAGAAATCACAATAGCAAATACAACTATAAGAGGAAGGAGAAGCAA  332

seq1  GAGCGTGCCCACAGAAGCTCAAGAAAATAGGCAGGAAGAAGGGAGGAAGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGTGCCCACAGAAGCTCAAGAAAATAGGCAGGAAGAAGGGAGGAAGG  382

seq1  GTGCCCATGAGTAATGACTGCCCATATAAAGTTATCAAGAGCCCACATGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCATGAGTAATGACTGCCCATATAAAGTTATCAAGAGCCCACATGA  432

seq1  AGGCCAAGTTTTCTGTCATTATCGTAGGAATAACGTCTCTCATTATAAAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAGTTTTCTGTCATTATCGTAGGAATAACGTCTCTCATTATAAAG  482

seq1  TGGGTTTCAGCTTTCCTGTTACTTAAATGGAATAACTTAAAGTTTTGTGC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTCAGCTTTCCTGTTACTTAAATGGAATAACTTAAAGTTTTGTGC  532

seq1  CTCTTCAACAGGAATACTCAGTTTTCTTCCTTGTTTTTTTTTTTTTAATT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAACAGGAATACTCAGTTTTCTTCCTTGTTTTTTTTTTTTTAATT  582

seq1  ATTGGTTATTTTGTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCTCCTTCCTGGTT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTATTTTGTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCTCCTTCCTGGTT  632

seq1  TCCCCTCTCTGGGTAGAACAAATAAGAGTTAATATCTTCTCATATCATAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTCTGGGTAGAACAAATAAGAGTTAATATCTTCTCATATCATAA  682

seq1  CCAGCCCTTTCTCTTTCTGCAGTAATCCTTTGCACTAATGTTCATTCTTT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTTTCTCTTTCTGCAGTAATCCTTTGCACTAATGTTCATTCTTT  732

seq1  AGAGAAAGCATTATGTAGGGAGTAGAGAAAGCCCAGAGTGAGAGAAATCT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGCATTATGTAGGGAGTAGAGAAAGCCCAGAGTGAGAGAAATCT  782

seq1  TGAGTGAGTGTGTACTGATGATGTGGGCATAGCTTTGTGAATGAATCCCA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAGTGTGTACTGATGATGTGGGCATAGCTTTGTGAATGAATCCCA  832

seq1  GTGTCCCAGGCTCAGAGGGATGGGAGACAAGCATCAGTGTTGACAGCAGC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCCAGGCTCAGAGGGATGGGAGACAAGCATCAGTGTTGACAGCAGC  882

seq1  ATGAACAGCTTTTTATAAGAAGCCAGGCTGAGTAAGCCAAGAAGGGCAAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAGCTTTTTATAAGAAGCCAGGCTGAGTAAGCCAAGAAGGGCAAG  932

seq1  CCAGTAAGCAGAACTCCCCAGTGGACTCTGCTCCAATTCCTGCCTTCAGG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGCAGAACTCCCCAGTGGACTCTGCTCCAATTCCTGCCTTCAGG  982

seq1  TTTTGGCCCTCTAGGGGATGGACTGTTACCAGGAAATATATCATGAAATC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGCCCTCTAGGGGATGGACTGTTACCAGGAAATATATCATGAAATC  1032

seq1  AACCCTTTCCTGCCAAAGCTACTTTTGGCCATGACATTTATCCCAACAAA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTTCCTGCCAAAGCTACTTTTGGCCATGACATTTATCCCAACAAA  1082

seq1  AACCTAACTGAGGCAGGTGGTTAAGAGCGTCCTGTAGCATTTTGGTGGTA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAACTGAGGCAGGTGGTTAAGAGCGTCCTGTAGCATTTTGGTGGTA  1132

seq1  TATTCTGTAGATGACTTTTAAGTCCACTTGATCTATAAAGTTATTTAGGT  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGTAGATGACTTTTAAGTCCACTTGATCTATAAAGTTATTTAGGT  1182

seq1  TGGGTGATTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTAGATTATGTGTCTATTGATTA  1241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGATTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTAGATTATGTGTCTATTGATTA  1232

seq1  TAGAATTC  1249
      ||||||||
seq2  TAGAATTC  1240

seq1: chr2_57458190_57459315
seq2: B6Ng01-326J12.g_67_1199

seq1  GAATTCTTTTGCAAAAACGTTTAATTCTTTTCAGAAGTTTCCAAAACCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGCAAAAACGTTTAATTCTTTTCAGAAGTTTCCAAAACCAT  50

seq1  TGAACAAAGCAAAAATAGAGATAGTACACATTTAATGGTATTACTCAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAAGCAAAAATAGAGATAGTACACATTTAATGGTATTACTCAAAC  100

seq1  TATGCACAGTTCAGAATGTAGCATTCACTTAATAGAGATTCTCCTTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACAGTTCAGAATGTAGCATTCACTTAATAGAGATTCTCCTTGGTG  150

seq1  GACTATTAGATTACAGGTACCTTGTTAGTGCAGGGAACATATGCTTTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATTAGATTACAGGTACCTTGTTAGTGCAGGGAACATATGCTTTCTC  200

seq1  TGGACTTATAAGGAGAGTCCCTACTAACAAGGCTCATCTCAGAGGACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTATAAGGAGAGTCCCTACTAACAAGGCTCATCTCAGAGGACAGG  250

seq1  AGCATTATCTACCTAAACCAGGATCCATTGTGGGGCAGGCTGTGATGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTATCTACCTAAACCAGGATCCATTGTGGGGCAGGCTGTGATGTGT  300

seq1  TCATAGTAGCTCCTGAGACAGATGTGTGAGAATGTGGCCTACTTAGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGTAGCTCCTGAGACAGATGTGTGAGAATGTGGCCTACTTAGACTG  350

seq1  TAATTATCTTCAGTGAATAGAATCCTCAACAGATGACAAGTCTAGATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATCTTCAGTGAATAGAATCCTCAACAGATGACAAGTCTAGATGCA  400

seq1  AGTCATTTGCTGTTGCTGTGAATTTAATCCATTTACCGTTGCTGTAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTGCTGTTGCTGTGAATTTAATCCATTTACCGTTGCTGTAAGTT  450

seq1  TAATCCATTTACAGTTGTTGTAAGTTTAATCTATTATAGTTGAATTCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCATTTACAGTTGTTGTAAGTTTAATCTATTATAGTTGAATTCCAG  500

seq1  TATTTTATGAGATTTTTATCTGGTCTGTAACTCAGGTATATAGACAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGAGATTTTTATCTGGTCTGTAACTCAGGTATATAGACAGGGC  550

seq1  TATAATCAAAGTTACAGAGATTCACCTCTCTCTATTTACCAAGAGCTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCAAAGTTACAGAGATTCACCTCTCTCTATTTACCAAGAGCTGAA  600

seq1  ATTAAAGGCATACACCACTTACCCTGGTCTACAATTTCTTGATTGTTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGCATACACCACTTACCCTGGTCTACAATTTCTTGATTGTTGAC  650

seq1  TAATTTGGGAAGGTCTAGTCCACTGTGGGTAGTGCAGCTCTTGATGCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGGGAAGGTCTAGTCCACTGTGGGTAGTGCAGCTCTTGATGCTGG  700

seq1  TCCTGGATTCTATAGAAGGTCAAGATGAGGAAACCATGGAGAACCAGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGATTCTATAGAAGGTCAAGATGAGGAAACCATGGAGAACCAGGGA  750

seq1  GTCAGCAACACTCCAAAATAGTCTCTGCTTCAATTCTCTCTTCTAGGTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAACACTCCAAAATAGTCTCTGCTTCAATTCTCTCTTCTAGGTCC  800

seq1  CTCCCTTGACTTCCCTCAGTCACGGACTGTGATCTTTAATCCAAATGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTGACTTCCCTCAGTCACGGACTGTGATCTTTAATCCAAATGAAC  850

seq1  CCTTTCCTTCCCAAGTAATTTTTGGTGATGGTGTTTATCACAAAAATAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTTCCCAAGTAATTTTTGGTGATGGTGTTTATCACAAAAATAGA  900

seq1  AAGCAAGCTAGGATGGACAAGAGTGTGATGCCAACTGAG-CCTTTTTAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGCAAGCTAGGATGGACAAGAGTGTGATGCCAACTGAGCCCTTTTTAAA  950

seq1  TGTAG-ACACTTAGTTCATGAGGAGCAAGTTCAAATATTC-TGCATCGCC  997
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTAGAACACTTAGTTCATGAGGAGCAAGTTCAAATATTCTTGCATCGCC  1000

seq1  ATCCACTTCCC-AGGTGATGCCTGGTGAGCTG-AGAATAGA-TTTTTACT  1044
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  ATCCACTTCCCAAGGTGATGCCTGGTGAGCTGAAGAATAGATTTTTTACT  1050

seq1  TCTCTTCAATCCTGACTCAAAGTATAGG-AGTTCTC-TGCTGGCAAAAGG  1092
      |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||
seq2  TCTCTTCAATTCTGACTCAAAGTATAGGAAGTTCTCTTGCT-GCAAAAGG  1099

seq1  TGTGAG-CCAGTGGCTCTGCTTTCAGACCTGCCTG  1126
      |||||| ||||  |||||||  ||  |||||||||
seq2  TGTGAGCCCAGGTGCTCTGC-CTCGAACCTGCCTG  1133