BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327N21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 116,573,149 - 116,654,928
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC052040, Mrg1, G630016G05Rik, 2810405F15Rik, LOC433464
Downstream geneTmco5, LOC100043557, LOC241621, Spred1, LOC624574, 2610510H03Rik, Rasgrp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327N21.bB6Ng01-327N21.g
ACCGA115285GA115286
length1,1341,129
definitionB6Ng01-327N21.b B6Ng01-327N21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,573,149 - 116,574,296)(116,653,771 - 116,654,928)
sequence
gaattcactgcttaggtttacattttaagtaactcaatatttgttttaac
aactcaagagaacttttttcatgcaatatttgccatgaaacatttaatgt
agaaaagctaagtacttagcttctgtctgctactcatgtatgataaaaac
aatcagtggagtggaccttgaaaatgcaaatcttattaagtaagtctctt
gctaagaagatcacttaattgatcctcattgcttctaggagaaaataaaa
aaaatgtgttgagtgaaaaacactattctttctttgtctctgagctcgta
ggtttgctacaagttagagaggaagagcatcgaatttccatttggttaac
cttgactcttgctttggagttgaccctgatactgggttgagaaagatata
tcagcagtacaggtcaagtgcttagtacattctcataatcctcacagccc
agctcctacagacatagagcacacaaaaggggacagggcagggtctgcaa
aacaaacatcagaacatggtataggtgacacctcttgaaaatcggagaat
tgaaaggaagttcagactgtctctgggcttctggccagcaaaggcagatg
caggagtctctttagaaaaactctcatctgctcaaccttgtctgtccaga
tagctgatcccgttgtcaggactcatacacctctctgctgttggccttct
cttgagtcagaccttgctgtttgtaaatagctgcaggaatcctagtcagg
ccaagaagggatcaagtgctcattttcaggctttgcctaaataggtgtat
acatgtatggttgatatttaaaaaccaccttgtataccattttaaattat
ttcaaaaactgtcttgtatttattttctatatataataactcaaaaattt
gcattctcaaatgatgcataattttacttacgtctaacaatgttttcaca
ttctgagcaaatagtacatttatgataaagtttcctatgcatcagctatt
aaaagatgaagttatgaaattctaggcaaatggtggactggagggcatta
tcctgagtgagttactatcacaaagaactcaatgatatgtactcactgat
aatgatatttagcagaacctagaataccaagata

gaattccttacatttgcaccaatgactgggaaatagagatcccgaaatga
ccagtgcttccctcaagtccccagttacttagagctgtatacaggctttc
cgactcaacatctttttgtggtcctccatgtttcactggatacttgtcag
ggcatcatatccaaatatcttgtataagcggaagcaagttcctgacaagg
gccagtggatgcctgctttcttgaggcagtggatgcctgctttcttgagg
tagaagaaggttgttgggctaaactgctgtttccgagtggcagctcaggt
tactgtttccttctttcttggtgttattcattgctttcctccatctcttt
cttgtacatatctccagatctcaggcactgcctcctcctttataggcata
ttgcaaatgaaaaggagcaactccactcctttaggagaccagggttgttc
tctgtcttagtcagtgtctctattcctgcacaaacatcatgaccaagaag
caagctggggaagaaagggtttattcggcttacacttccatgctgctgtt
catcaccaaaggaagtcaggactggaactcaggcaggttaggaagcagga
gctgatgcagaggccatggagggatgttccttactagcttgcctcccctg
gcttgctcagcctgctttcttatagaaccaagactaccagcccagagatg
gtcccacccacaaggggcctttcccccttgatcactaattgagaaaatgc
cttacagttgaatctcatggaggcatttcctcaactgaagctcctttctc
tgtgataactccagctgtgtcaagttgacacaaaactagctagtacattc
tccaagctcccatcttgggtatctctcttgcctgtgtgcccccatgccag
tatctctaccatatacatcgtttctttcttcttcttttttttttttatta
cgtattttctcaatacattcatgctatccaaagtcccctctccccccact
cctacccaccatttcatttttggccctgcatccctgtactggggcatata
aagttgcttgacatggacctctctttccagtgtatgcgactagcatcttt
tgatacatgcagctaagtcagagctctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_116573149_116574296
seq2: B6Ng01-327N21.b_44_1177

seq1  GAATTCACTGCTTAGGTTTACATTTTAAGTAACTCAATATTTGTTTTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCTTAGGTTTACATTTTAAGTAACTCAATATTTGTTTTAAC  50

seq1  AACTCAAGAGAACTTTTTTCATGCAATATTTGCCATGAAACATTTAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAAGAGAACTTTTTTCATGCAATATTTGCCATGAAACATTTAATGT  100

seq1  AGAAAAGCTAAGTACTTAGCTTCTGTCTGCTACTCATGTATGATAAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGCTAAGTACTTAGCTTCTGTCTGCTACTCATGTATGATAAAAAC  150

seq1  AATCAGTGGAGTGGACCTTGAAAATGCAAATCTTATTAAGTAAGTCTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTGGAGTGGACCTTGAAAATGCAAATCTTATTAAGTAAGTCTCTT  200

seq1  GCTAAGAAGATCACTTAATTGATCCTCATTGCTTCTAGGAGAAAATAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGAAGATCACTTAATTGATCCTCATTGCTTCTAGGAGAAAATAAAA  250

seq1  AAAATGTGTTGAGTGAAAAACACTATTCTTTCTTTGTCTCTGAGCTCGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGTTGAGTGAAAAACACTATTCTTTCTTTGTCTCTGAGCTCGTA  300

seq1  GGTTTGCTACAAGTTAGAGAGGAAGAGCATCGAATTTCCATTTGGTTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGCTACAAGTTAGAGAGGAAGAGCATCGAATTTCCATTTGGTTAAC  350

seq1  CTTGACTCTTGCTTTGGAGTTGACCCTGATACTGGGTTGAGAAAGATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTCTTGCTTTGGAGTTGACCCTGATACTGGGTTGAGAAAGATATA  400

seq1  TCAGCAGTACAGGTCAAGTGCTTAGTACATTCTCATAATCCTCACAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTACAGGTCAAGTGCTTAGTACATTCTCATAATCCTCACAGCCC  450

seq1  AGCTCCTACAGACATAGAGCACACAAAAGGGGACAGGGCAGGGTCTGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTACAGACATAGAGCACACAAAAGGGGACAGGGCAGGGTCTGCAA  500

seq1  AACAAACATCAGAACATGGTATAGGTGACACCTCTTGAAAATCGGAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACATCAGAACATGGTATAGGTGACACCTCTTGAAAATCGGAGAAT  550

seq1  TGAAAGGAAGTTCAGACTGTCTCTGGGCTTCTGGCCAGCAAAGGCAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGAAGTTCAGACTGTCTCTGGGCTTCTGGCCAGCAAAGGCAGATG  600

seq1  CAGGAGTCTCTTTAGAAAAACTCTCATCTGCTCAACCTTGTCTGTCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTCTCTTTAGAAAAACTCTCATCTGCTCAACCTTGTCTGTCCAGA  650

seq1  TAGCTGATCCCGTTGTCAGGACTCATACACCTCTCTGCTGTTGGCCTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGATCCCGTTGTCAGGACTCATACACCTCTCTGCTGTTGGCCTTCT  700

seq1  CTTGAGTCAGACCTTGCTGTTTGTAAATAGCTGCAGGAATCCTAGTCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTCAGACCTTGCTGTTTGTAAATAGCTGCAGGAATCCTAGTCAGG  750

seq1  CCAAGAAGGGATCAAGTGCTCATTTTCAGGCTTTGCCTAAATAGGTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAGGGATCAAGTGCTCATTTTCAGGCTTTGCCTAAATAGGTGTAT  800

seq1  ACATGTATGGTTGATATTTAAAAACCACCTTGTATACCATTTTAAATTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTATGGTTGATATTTAAAAACCACCTTGTATACCATTTTAAATTAT  850

seq1  TTCAAAAACTGTCTTGTATTTATTTTCTATATATAATAACTCAAAAATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAACTGTCTTGTATTTATTTTCTATATATAATAACTCAAAAATTT  900

seq1  GCATTCTCAAATGATGCATAATTTTACTTACGTCTAACAATGTTTTCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTCAAATGATGCATAATTTTACTTACGTCTAACAATGTTTTCACA  950

seq1  TTCTGAGCAAATAGTACATTTATGATAAAGTTTCCTATGCATCAGCTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGCAAATAGTACATTTATGATAAAGTTTCCTATGCATCAGCTATT  1000

seq1  AAAAAGAATGAAGTTATGAAATTCCTAGGCAAATGGTTGGACCTGGAGGG  1050
      ||||   |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||
seq2  AAAA--GATGAAGTTATGAAATT-CTAGGCAAATGG-TGGA-CTGGAGGG  1045

seq1  CATTATCCTGAGTGAGGTAACCTAATCACAAAGAACTCAAATGATATGTA  1100
      |||||||||||||||| ||  || |||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATTATCCTGAGTGAGTTA--CT-ATCACAAAGAACTC-AATGATATGTA  1091

seq1  CTCACTGATAAATGGATA-TTAGCCCAGAAACTTAGAATACCCAAGATA  1148
      |||||||||||   |||| ||||  ||| ||| ||||||| ||||||||
seq2  CTCACTGATAA--TGATATTTAG--CAG-AACCTAGAATA-CCAAGATA  1134


seq1: chr2_116653771_116654928
seq2: B6Ng01-327N21.g_68_1196 (reverse)

seq1  CCAGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGG  50
      ||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||  ||||||| 
seq2  CCAGAGCTC-TGACT-TAGCTGC--ATGTATCAAAAGATG--CTAGTCG-  43

seq1  CCAT-CACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCAGGCAAACTTTATATGCCCC  99
       ||| ||||||||||||||| ||||  |||| || |||||||||||||||
seq2  -CATACACTGGAAAGAGAGGTCCAT--GTCAAGC-AACTTTATATGCCCC  89

seq1  AGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAAAAATGGAAATGGGTGGGTAGGGGAG  149
      |||||||||  ||| ||||||||||||   ||||| ||||||||  ||||
seq2  AGTACAGGG--ATG-CAGGGCCAAAAA--TGAAAT-GGTGGGTA--GGAG  131

seq1  TGGGGGGGAGAGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAATTGAAGAA  199
      | ||||||||||||||||||  |||||||||    ||||| |||| ||||
seq2  T-GGGGGGAGAGGGGACTTT--GGATAGCAT---GAATGT-ATTG-AGAA  173

seq1  AATACGTAATTAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAACGATGTATATG  249
      ||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  AATACGTAA-TAAAAAAAAAAAAGAA--GAAGAAAGAAACGATGTATATG  220

seq1  GTAGAGATACTGGCATGGGGGCACACAGGCAAGAGAGATACCCAAGATGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGATACTGGCATGGGGGCACACAGGCAAGAGAGATACCCAAGATGG  270

seq1  GAGCTTGGAGAATGTACTAGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGGAGAATGTACTAGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGA  320

seq1  GTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATTC  370

seq1  AACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGT  420

seq1  GGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAAAGCAGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAAAGCAGGC  470

seq1  TGAGCAAGCCAGGGGAGGCAAGCTAGTAAGGAACATCCCTCCATGGCCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAGCCAGGGGAGGCAAGCTAGTAAGGAACATCCCTCCATGGCCTC  520

seq1  TGCATCAGCTCCTGCTTCCTAACCTGCCTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCAGCTCCTGCTTCCTAACCTGCCTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCT  570

seq1  TTGGTGATGAACAGCAGCATGGAAGTGTAAGCCGAATAAACCCTTTCTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGATGAACAGCAGCATGGAAGTGTAAGCCGAATAAACCCTTTCTTC  620

seq1  CCCAGCTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAGACACTGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAGACACTGAC  670

seq1  TAAGACAGAGAACAACCCTGGTCTCCTAAAGGAGTGGAGTTGCTCCTTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAGAGAACAACCCTGGTCTCCTAAAGGAGTGGAGTTGCTCCTTTT  720

seq1  CATTTGCAATATGCCTATAAAGGAGGAGGCAGTGCCTGAGATCTGGAGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCAATATGCCTATAAAGGAGGAGGCAGTGCCTGAGATCTGGAGAT  770

seq1  ATGTACAAGAAAGAGATGGAGGAAAGCAATGAATAACACCAAGAAAGAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACAAGAAAGAGATGGAGGAAAGCAATGAATAACACCAAGAAAGAAG  820

seq1  GAAACAGTAACCTGAGCTGCCACTCGGAAACAGCAGTTTAGCCCAACAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGTAACCTGAGCTGCCACTCGGAAACAGCAGTTTAGCCCAACAAC  870

seq1  CTTCTTCTACCTCAAGAAAGCAGGCATCCACTGCCTCAAGAAAGCAGGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTACCTCAAGAAAGCAGGCATCCACTGCCTCAAGAAAGCAGGCA  920

seq1  TCCACTGGCCCTTGTCAGGAACTTGCTTCCGCTTATACAAGATATTTGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGGCCCTTGTCAGGAACTTGCTTCCGCTTATACAAGATATTTGGA  970

seq1  TATGATGCCCTGACAAGTATCCAGTGAAACATGGAGGACCACAAAAAGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGCCCTGACAAGTATCCAGTGAAACATGGAGGACCACAAAAAGAT  1020

seq1  GTTGAGTCGGAAAGCCTGTATACAGCTCTAAGTAACTGGGGACTTGAGGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTCGGAAAGCCTGTATACAGCTCTAAGTAACTGGGGACTTGAGGG  1070

seq1  AAGCACTGGTCATTTCGGGATCTCTATTTCCCAGTCATTGGTGCAAATGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTGGTCATTTCGGGATCTCTATTTCCCAGTCATTGGTGCAAATGT  1120

seq1  AAGGAATTC  1158
      |||||||||
seq2  AAGGAATTC  1129


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |