BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328A11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 44,656,867 - 44,791,108
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGtdc1
Upstream geneArhgap15
Downstream geneZeb2, LOC100042661, LOC100041337, LOC666604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328A11.bB6Ng01-328A11.g
ACCGA115399GA115400
length1,0201,141
definitionB6Ng01-328A11.b B6Ng01-328A11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,790,083 - 44,791,108)(44,656,867 - 44,658,015)
sequence
gaattcttagattgagagagatgtgagggcaccaagtagagcagatctcc
attacagcgtgaagtcctcaggacaagtggtcctgaggccgtgccacacc
gaggcccacccatgtggctgtggtaacccaagggctgtattccatgagtt
ctaaagccatttgtcattcctcctgctagccctgggcactttttggagta
tataatgctatgtagctaatgctacaagacagctcagctcttagacattt
aaagatttaattctcaatcataagaaatctcttgagggtctagttgctct
ctgggatacctcctagagatctagaatctcttccttagagaattgggctt
ctctaactagagaactttctagaactagaaaagcaaggtagaacaaaatg
ctattacaaacctatgaccaacagttcaattctcttgaagcccatttcta
agtactagttgtgtgatctcaacctacccacatgagaaggttgaaaaaaa
aaagaaagctgtgttccgtttcaccaacactatttccctgtcctgtctgc
tccctaccagtaagaatgacatggaaaagggggcagaaaaattatgaaag
tcagagattggagaggactgaaggaaaacagtgtcttctggatatgacag
gattaccatggttatgaattcataggagttgtgctgcctgcataagagct
tcacaagatcaagccagtcatgatttcagcacagatacagaaagagtaaa
tgaatccgcagccctgattgaggatctctggtgcttaatggctatggtgg
agtcagtttttagggcataatccctgttagtttgagcaagttccagtgta
tggctccacaccatctctatataggtagaactaatcggacttagtaggtt
ataaagaagatgatgtggagttggaagagaaataagaggatccaggagga
gtagaggaagggtgtggggatgggtgcagttgaattcactgtatacaggt
atgaattctcaagttgatgt

gaattctttatgctgcatattagttttcctagttgaaataaagagctagt
tcctgcatgacttgtttgattagtgatgacaatacagtgtgagatattta
gaagtgggaaaattgccttacatttaacagaaaatgatctatttgatatt
aaagaacaaaagtacagcgatgtactgaggggaaccctaactaaattaca
aggaaatttccataacagagtcaccagtaatgcttatctaataacagctt
cctgtcacgaactatatttatcacacattgcctctctaacatgacattct
atttaatgattttgagatccatattttaatcagattaaactcaaggaaac
tgatatgtatctgtttggctcataactttagttctgtttcttatttagtc
ataagactattattgctggaatctttataaacacatttgctaggaatgca
acaggaatacagattatgttgtcaggtcagaaaaattgtgtgccagtggt
gttcataatctatgcgtaaacttcattgtacaaatgtttaataaattaaa
gactagtaatgaaaaaaatggctttctttctcccaatggtattaagcagc
taaaaagataatttttagattaaagaatactttctaacaaatgaagtcac
tgtattatacagggtttcctagagaaatagagcttatataatcaatatat
attgggtatttattaaaggcttaaaggctgttgtccagctaatgaaataa
caactgaattaaagggtcaaacattcagtagttgttcagaccactagtct
agctatctgagctggtcttcagaatatgccaaaatctggaagaagcaggt
tttaatgctagagaaggaatagacttgctagtgataacaaacaggcagag
agaaagcttcccacttccatgacctttacataggctgccagcagaagtca
tgcccagattaaagatgggcctgcctaccacaaagatctggattcgaaat
gggtcttgatacttcaaatacaatataaaaattcacctcacaggtattac
aaagcttcttggttttagttatacagatgtaataaagttacagtcagaat
attcatgcagtaccaagaaaaatatttcaattgttcaatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_44790083_44791108
seq2: B6Ng01-328A11.b_47_1066 (reverse)

seq1  ACATCAAACTTTGAGAATTTCATACCTGTATACAGTGAATTTCAACTGCA  50
      |||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACATCAA--CTTGAGAA-TTCATACCTGTATACAGTGAA-TTCAACTGCA  46

seq1  CCCATCCCCACACCCTTCCTCTAACTCCTCCTGGATCCTCTTATTTCTCT  100
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCCCACACCCTTCCTCT-ACTCCTCCTGGATCCTCTTATTTCTCT  95

seq1  TCCAACTCCACATCATCTTCTTTTATAACCTACTAAGTCCGATTAGTTCT  150
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTCCACATCATCTTC-TTTATAACCTACTAAGTCCGATTAGTTCT  144

seq1  ACCTATATAGAGATGGTGTGGAGCCATACACTGGAACTTGCTCAAACTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATATAGAGATGGTGTGGAGCCATACACTGGAACTTGCTCAAACTAA  194

seq1  CAGGGATTATGCCCTAAAAACTGACTCCACCATAGCCATTAAGCACCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATTATGCCCTAAAAACTGACTCCACCATAGCCATTAAGCACCAGA  244

seq1  GATCCTCAATCAGGGCTGCGGATTCATTTACTCTTTCTGTATCTGTGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTCAATCAGGGCTGCGGATTCATTTACTCTTTCTGTATCTGTGCTG  294

seq1  AAATCATGACTGGCTTGATCTTGTGAAGCTCTTATGCAGGCAGCACAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATGACTGGCTTGATCTTGTGAAGCTCTTATGCAGGCAGCACAACT  344

seq1  CCTATGAATTCATAACCATGGTAATCCTGTCATATCCAGAAGACACTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGAATTCATAACCATGGTAATCCTGTCATATCCAGAAGACACTGTT  394

seq1  TTCCTTCAGTCCTCTCCAATCTCTGACTTTCATAATTTTTCTGCCCCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCAGTCCTCTCCAATCTCTGACTTTCATAATTTTTCTGCCCCCTT  444

seq1  TTCCATGTCATTCTTACTGGTAGGGAGCAGACAGGACAGGGAAATAGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTCATTCTTACTGGTAGGGAGCAGACAGGACAGGGAAATAGTGT  494

seq1  TGGTGAAACGGAACACAGCTTTCTTTTTTTTTTCAACCTTCTCATGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAAACGGAACACAGCTTTCTTTTTTTTTTCAACCTTCTCATGTGGG  544

seq1  TAGGTTGAGATCACACAACTAGTACTTAGAAATGGGCTTCAAGAGAATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGAGATCACACAACTAGTACTTAGAAATGGGCTTCAAGAGAATTG  594

seq1  AACTGTTGGTCATAGGTTTGTAATAGCATTTTGTTCTACCTTGCTTTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTGGTCATAGGTTTGTAATAGCATTTTGTTCTACCTTGCTTTTCT  644

seq1  AGTTCTAGAAAGTTCTCTAGTTAGAGAAGCCCAATTCTCTAAGGAAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAGAAAGTTCTCTAGTTAGAGAAGCCCAATTCTCTAAGGAAGAGA  694

seq1  TTCTAGATCTCTAGGAGGTATCCCAGAGAGCAACTAGACCCTCAAGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGATCTCTAGGAGGTATCCCAGAGAGCAACTAGACCCTCAAGAGAT  744

seq1  TTCTTATGATTGAGAATTAAATCTTTAAATGTCTAAGAGCTGAGCTGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATGATTGAGAATTAAATCTTTAAATGTCTAAGAGCTGAGCTGTCT  794

seq1  TGTAGCATTAGCTACATAGCATTATATACTCCAAAAAGTGCCCAGGGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCATTAGCTACATAGCATTATATACTCCAAAAAGTGCCCAGGGCTA  844

seq1  GCAGGAGGAATGACAAATGGCTTTAGAACTCATGGAATACAGCCCTTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGGAATGACAAATGGCTTTAGAACTCATGGAATACAGCCCTTGGG  894

seq1  TTACCACAGCCACATGGGTGGGCCTCGGTGTGGCACGGCCTCAGGACCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACAGCCACATGGGTGGGCCTCGGTGTGGCACGGCCTCAGGACCAC  944

seq1  TTGTCCTGAGGACTTCACGCTGTAATGGAGATCTGCTCTACTTGGTGCCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTGAGGACTTCACGCTGTAATGGAGATCTGCTCTACTTGGTGCCC  994

seq1  TCACATCTCTCTCAATCTAAGAATTC  1026
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCTCTCTCAATCTAAGAATTC  1020


seq1: chr2_44656867_44658015
seq2: B6Ng01-328A11.g_66_1206

seq1  GAATTCTTTATGCTGCATATTAGTTTTCCTAGTTGAAATAAAGAGCTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATGCTGCATATTAGTTTTCCTAGTTGAAATAAAGAGCTAGT  50

seq1  TCCTGCATGACTTGTTTGATTAGTGATGACAATACAGTGTGAGATATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCATGACTTGTTTGATTAGTGATGACAATACAGTGTGAGATATTTA  100

seq1  GAAGTGGGAAAATTGCCTTACATTTAACAGAAAATGATCTATTTGATATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGGAAAATTGCCTTACATTTAACAGAAAATGATCTATTTGATATT  150

seq1  AAAGAACAAAAGTACAGCGATGTACTGAGGGGAACCCTAACTAAATTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACAAAAGTACAGCGATGTACTGAGGGGAACCCTAACTAAATTACA  200

seq1  AGGAAATTTCCATAACAGAGTCACCAGTAATGCTTATCTAATAACAGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATTTCCATAACAGAGTCACCAGTAATGCTTATCTAATAACAGCTT  250

seq1  CCTGTCACGAACTATATTTATCACACATTGCCTCTCTAACATGACATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCACGAACTATATTTATCACACATTGCCTCTCTAACATGACATTCT  300

seq1  ATTTAATGATTTTGAGATCCATATTTTAATCAGATTAAACTCAAGGAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATGATTTTGAGATCCATATTTTAATCAGATTAAACTCAAGGAAAC  350

seq1  TGATATGTATCTGTTTGGCTCATAACTTTAGTTCTGTTTCTTATTTAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGTATCTGTTTGGCTCATAACTTTAGTTCTGTTTCTTATTTAGTC  400

seq1  ATAAGACTATTATTGCTGGAATCTTTATAAACACATTTGCTAGGAATGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACTATTATTGCTGGAATCTTTATAAACACATTTGCTAGGAATGCA  450

seq1  ACAGGAATACAGATTATGTTGTCAGGTCAGAAAAATTGTGTGCCAGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAATACAGATTATGTTGTCAGGTCAGAAAAATTGTGTGCCAGTGGT  500

seq1  GTTCATAATCTATGCGTAAACTTCATTGTACAAATGTTTAATAAATTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAATCTATGCGTAAACTTCATTGTACAAATGTTTAATAAATTAAA  550

seq1  GACTAGTAATGAAAAAAATGGCTTTCTTTCTCCCAATGGTATTAAGCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGTAATGAAAAAAATGGCTTTCTTTCTCCCAATGGTATTAAGCAGC  600

seq1  TAAAAAGATAATTTTTAGATTAAAGAATACTTTCTAACAAATGAAGTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGATAATTTTTAGATTAAAGAATACTTTCTAACAAATGAAGTCAC  650

seq1  TGTATTATACAGGGTTTCCTAGAGAAATAGAGCTTATATAATCAATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTATACAGGGTTTCCTAGAGAAATAGAGCTTATATAATCAATATAT  700

seq1  ATTGGGTATTTATTAAAGGCTTAAAGGCTGTTGTCCAGCTAATGAAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTATTTATTAAAGGCTTAAAGGCTGTTGTCCAGCTAATGAAATAA  750

seq1  CAACTGAATTAAAGGGTCAAACATTCAGTAGTTGTTCAGACCACTAGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAATTAAAGGGTCAAACATTCAGTAGTTGTTCAGACCACTAGTCT  800

seq1  AGCTATCTGAGCTGGTCTTCAGAATATGCCAAAATCTGGAAGAAGCAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCTGAGCTGGTCTTCAGAATATGCCAAAATCTGGAAGAAGCAGGT  850

seq1  TTTAATGCTAGAGAAGGAATAGACTTGCTAGTGATAACAAACAGGCAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGCTAGAGAAGGAATAGACTTGCTAGTGATAACAAACAGGCAGAG  900

seq1  AGAAAGCTTCCCACTTCCATGACCTTTACATAGGCTGCCAGCAGAAGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCTTCCCACTTCCATGACCTTTACATAGGCTGCCAGCAGAAGTCA  950

seq1  TGCCCAGATTAAAGATGGGCCTGCCTACCACAAAAGATCTGGATTCGAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGATTAAAGATGGGCCTGCCTACCAC-AAAGATCTGGATTCGAAA  999

seq1  TGGGTCTTGATACTTCAAATAACATAATAAAAAATTCA-CTCACAGGTA-  1048
      |||||||||||||||||||||  |||   ||||||||| |||||||||| 
seq2  TGGGTCTTGATACTTCAAATACAATA--TAAAAATTCACCTCACAGGTAT  1047

seq1  TACAAAGCTTCTTGGTTTTTAGTTAATTACAGATGTAATAAAGTTTACAG  1098
      ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||||
seq2  TACAAAGCTTCTTGG-TTTTAGTTA--TACAGATGTAATAAAG-TTACAG  1093

seq1  TCAAGAATATCATTGCAGTAACCAAG-AAAATATTCAAAATTGTTCCAAT  1147
      || |||||||   |||||| |||||| ||||||||   ||||||| ||||
seq2  TC-AGAATATTCATGCAGT-ACCAAGAAAAATATT-TCAATTGTT-CAAT  1139

seq1  AT  1149
      ||
seq2  AT  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |