BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330D17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 152,970,941 - 153,108,511
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHck, Tm9sf4, Tspyl3, Plagl2, Pofut1
Upstream geneTcf15, LOC100043843, Csnk2a1, Tbc1d20, Rbck1, Trib3, LOC628060, Nrsn2, Sox12, Zcchc3, 6820408C15Rik, EG629114, LOC668930, 9230107O10Rik, 9230002F21Rik, EG654457, OTTMUSG00000015852, Defb29, 4930525K10Rik, Defb19, OTTMUSG00000015859, Defb36, OTTMUSG00000015862, Rem1, H13, Mcts2, Id1, LOC629170, Cox4i2, Bcl2l1, Tpx2, Mylk2, Fkhl18, Dusp15, Ttll9, Pdrg1, Xkr7, BC020535
Downstream geneKif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik, Commd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp, LOC100043652, 1700058C13Rik, Plunc, 2310021H06Rik, U46068, BC018465, 5430413K10Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330D17.bB6Ng01-330D17.g
ACCGA116970GA116971
length755890
definitionB6Ng01-330D17.b B6Ng01-330D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,107,758 - 153,108,511)(152,970,941 - 152,971,827)
sequence
gaattcttacaaagttcctcaagtcctcttgggcactaggcatgggaaac
aaacaagcctctatttaaatacttgtttaaggacgtggttccaggcgctg
gaaagaaataaaagacacttctaagttctaactgcctcagtttccctgtg
atatttgagctccaggagaattggtgaggagctcagcctgaggctcagcc
gccaggggtggtagtcatgggtggtagccaggggtggtagtcatgggtgg
tagccatgggtggtagccaggggtggtagtcatgggtgatagccatgggt
ggtagccagtggtggtagtcatgggtggtagccatgggtggtagtcatgg
gtggtagccaggggtggtagtcatgggtgatagccagtggtgatagtcat
gggtggtagccaggggtggtagccaggggtagtagtcatgggtggtagcc
aggggtggtagccaggggtggtagtcatgggtggtagccaggggtggtag
ccaggggtggtagtcatgggtggtagccaggggtggtagtcatgggtggt
agccatgggtggtagccaggggtggtagtcatgggtgatagccatgggtg
gtagccagtggtggtagccatgggtggtagccatgggtggtagtcatggg
tggtagccaggggtggtagtcatgggtgatagccagtggtgatagtcatg
ggtggtagccaggggtgggtagccgggggtagtagtcatgggtggtagcc
agggg
gaattcaaaaccaggcaaaagtcatctctgaaggtcacagtgttcttcat
gatcgccccagacttaaacactgtaactgatgcccatcagctgatgacca
gagggagaacatgtgggcatccataccacggaatagtgtctgtgtctgtg
acagaacagagacaactgttggaaaccctgggagcatgctaagtagaggc
caggcaccaatatctgttacccttgaaatgaaattcccagaatggcgcag
gggttgccaagggctgggtgggagactcaagaaaggggttctgagcgcca
gggatggggctggataacatgtgatgaaacattgtgcaattcacaattct
tccgctattatgaaagtcgtcaggagctgtggtggctgcgcctttattcc
cagcactgcattcaaagccagtctggtctgcagggtgagttccaggacag
cctggacagggctacacagagaaaccctgtctttaaaaaaaaaatcattg
gagcatacactttaaatgtgtggattttatggcttgtgcattatatatca
ttaaagctgtaaaattcacttataccaacaaagctgtgaagggaggtggg
gggagtgctagctgaagcagggaggtactgcctcagaatagctggaagga
gccttctgaaggggctactttagctacagatcatcaaagtcagaccttaa
gcatctgtatactttagctggggtctagaagtgcaggcttgtaatgtagg
ctactctggagacatatcacaagttcaaggtctgccagggtagttactga
ccctgtctcaaaataaaaagtaaaggggctgtgggttctgtggcaaaaca
cttgcctgacatgtgtatggtactagactcagtctccggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_153107758_153108511
seq2: B6Ng01-330D17.b_47_801 (reverse)

seq1  CCCCTGGCTACCACCCATGACTACTACCCCTGGCTA-CCACCCCTGGCTA  49
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  CCCCTGGCTACCACCCATGACTACTACCCCCGGCTACCCACCCCTGGCTA  50

seq1  CCACCCATGACTATCACCACTGGCTATCACCCATGACTACCACCCCTGGC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCATGACTATCACCACTGGCTATCACCCATGACTACCACCCCTGGC  100

seq1  TACCACCCATGACTACCACCCATGGCTACCACCCATGGCTACCACCACTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCCATGACTACCACCCATGGCTACCACCCATGGCTACCACCACTG  150

seq1  GCTACCACCCATGGCTATCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCACCCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCACCCATGGCTATCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCACCCA  200

seq1  TGGCTACCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCACCCATGACTACCACC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCACCCATGACTACCACC  250

seq1  CCTGGCTACCACCCCTGGCTACCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTACCACCCCTGGCTACCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCA  300

seq1  CCCCTGGCTACCACCCATGACTACTACCCCTGGCTACCACCCCTGGCTAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGCTACCACCCATGACTACTACCCCTGGCTACCACCCCTGGCTAC  350

seq1  CACCCATGACTATCACCACTGGCTATCACCCATGACTACCACCCCTGGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATGACTATCACCACTGGCTATCACCCATGACTACCACCCCTGGCT  400

seq1  ACCACCCATGACTACCACCCATGGCTACCACCCATGACTACCACCACTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCATGACTACCACCCATGGCTACCACCCATGACTACCACCACTGG  450

seq1  CTACCACCCATGGCTATCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCACCCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACCCATGGCTATCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCACCCAT  500

seq1  GGCTACCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCACCCATGACTACCACCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACCACCCATGACTACCACCCCTGGCTACCACCCATGACTACCACCC  550

seq1  CTGGCGGCTGAGCCTCAGGCTGAGCTCCTCACCAATTCTCCTGGAGCTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCGGCTGAGCCTCAGGCTGAGCTCCTCACCAATTCTCCTGGAGCTCA  600

seq1  AATATCACAGGGAAACTGAGGCAGTTAGAACTTAGAAGTGTCTTTTATTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCACAGGGAAACTGAGGCAGTTAGAACTTAGAAGTGTCTTTTATTT  650

seq1  CTTTCCAGCGCCTGGAACCACGTCCTTAAACAAGTATTTAAATAGAGGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAGCGCCTGGAACCACGTCCTTAAACAAGTATTTAAATAGAGGCT  700

seq1  TGTTTGTTTCCCATGCCTAGTGCCCAAGAGGACTTGAGGAACTTTGTAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTCCCATGCCTAGTGCCCAAGAGGACTTGAGGAACTTTGTAAG  750

seq1  AATTC  754
      |||||
seq2  AATTC  755

seq1: chr2_152970941_152971827
seq2: B6Ng01-330D17.g_69_958

seq1  GAATTCAAAACCAGGCAAAAGTCATCTCTGAAGGTCACAGTGTTCTTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACCAGGCAAAAGTCATCTCTGAAGGTCACAGTGTTCTTCAT  50

seq1  GATCGCCCCAGACTTAAACACTGTAACTGATGCCCATCAGCTGATGACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGCCCCAGACTTAAACACTGTAACTGATGCCCATCAGCTGATGACCA  100

seq1  GAGGGAGAACATGTGGGCATCCATACCACGGAATAGTGTCTGTGTCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAACATGTGGGCATCCATACCACGGAATAGTGTCTGTGTCTGTG  150

seq1  ACAGAACAGAGACAACTGTTGGAAACCCTGGGAGCATGCTAAGTAGAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACAGAGACAACTGTTGGAAACCCTGGGAGCATGCTAAGTAGAGGC  200

seq1  CAGGCACCAATATCTGTTACCCTTGAAATGAAATTCCCAGAATGGCGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACCAATATCTGTTACCCTTGAAATGAAATTCCCAGAATGGCGCAG  250

seq1  GGGTTGCCAAGGGCTGGGTGGGAGACTCAAGAAAGGGGTTCTGAGCGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGCCAAGGGCTGGGTGGGAGACTCAAGAAAGGGGTTCTGAGCGCCA  300

seq1  GGGATGGGGCTGGATAACATGTGATGAAACATTGTGCAATTCACAATTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGGGCTGGATAACATGTGATGAAACATTGTGCAATTCACAATTCT  350

seq1  TCCGCTATTATGAAAGTCGTCAGGAGCTGTGGTGGCTGCGCCTTTATTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCTATTATGAAAGTCGTCAGGAGCTGTGGTGGCTGCGCCTTTATTCC  400

seq1  CAGCACTGCATTCAAAGCCAGTCTGGTCTGCAGGGTGAGTTCCAGGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTGCATTCAAAGCCAGTCTGGTCTGCAGGGTGAGTTCCAGGACAG  450

seq1  CCTGGACAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTTAAAAAAAAAATCATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGACAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTTAAAAAAAAAATCATTG  500

seq1  GAGCATACACTTTAAATGTGTGGATTTTATGGCTTGTGCATTATATATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATACACTTTAAATGTGTGGATTTTATGGCTTGTGCATTATATATCA  550

seq1  TTAAAGCTGTAAAATTCACTTATACCAACAAAGCTGTGAAGGGAGGTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCTGTAAAATTCACTTATACCAACAAAGCTGTGAAGGGAGGTGGG  600

seq1  GGGAGTGCTAGCTGAAGCAGGGAGGTACTGCCTCAGAATAGCTGGAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGCTAGCTGAAGCAGGGAGGTACTGCCTCAGAATAGCTGGAAGGA  650

seq1  GCCTTCTGAAGGGGCTAC-TTAGCTACAGATCATCAAAGTCAGACCTTAA  699
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTGAAGGGGCTACTTTAGCTACAGATCATCAAAGTCAGACCTTAA  700

seq1  GCATCTGTATACTTTAGCT-GGGTCTAGAAGTGCAGGCTTGTAATGTAGG  748
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGTATACTTTAGCTGGGGTCTAGAAGTGCAGGCTTGTAATGTAGG  750

seq1  CTACTCTGGAGACATATCACAAGTTCAAGGTCTGCCAGGGTAGTTACTGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCTGGAGACATATCACAAGTTCAAGGTCTGCCAGGGTAGTTACTGA  800

seq1  CCCTGTCTCAAAATAAAAAGTAAAGGGGCTGT-GGTTCTGTGGCAGAACA  847
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  CCCTGTCTCAAAATAAAAAGTAAAGGGGCTGTGGGTTCTGTGGCAAAACA  850

seq1  CTTGCCTGACATGTGTATGGTACTAGACTCAGTCTCCAGT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTGCCTGACATGTGTATGGTACTAGACTCAGTCTCCGGT  890