BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330M12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 133,731,350 - 133,890,357
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene5830467P10Rik, LOC668908, LOC100043785, A430048G15Rik, Bmp2
Downstream geneHao1, Txndc13, LOC627897, LOC433478, Plcb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330M12.bB6Ng01-330M12.g
ACCGA117337GA117338
length1,1701,156
definitionB6Ng01-330M12.b B6Ng01-330M12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,888,756 - 133,890,357)(133,731,350 - 133,732,508)
sequence
gaattctaatcctttctagccctttctctgctatctcatgtatgtttggc
cttttctatccaataggacattccattccctggcttatttggctctggtc
tttaacctgatccttccatgtaataatgaaattgaccctaaatcaaacat
ttcctgattgtcacttcagcctacttttctgagttacttgacttgtgtat
tgctccttgacttttaaaacattcttttcttattttttggcaataggctg
tggtgttgctgagtgtcttctttaatttgcatccagctaaagttcagatt
tgtctaactaaccaagagttactattgtttaagttccccccccccaggct
ctcatattctacattcaaagagaagctatctcacctagtggcttcactta
ttggctcactatgcttgactcaaaaaaaatcagtgtctctgtcacgaacc
tcatttctgaactgcaaactcgctcatccatctgcctctctgatatctta
gtttgaataatcctaaggcattacaagtgccagagtttttaaaataaatc
ccatgatcctctcatttaagcagttgactttccacttagtattatacgat
ctataacacaacacagttatccatgcatccactggaagcctatccttcaa
gcctcatctcaaatatatgggtggcacatcttgtgactgactcatcctta
tgcacctcatgcaaggatgtcaattctgaacttattccatagcactgctt
tcctatcttgatctgctgctacactgtaagctcatttgtgctcaaatccc
tatggagctcaaatccctttggagtgcccaaatcttcctcctcctcctcc
ttctcctagtcctccttaaacattcttcctctctctctcactctctcttt
ctccccctcccacacaccttgagttttcttaatgtatctaaattttcatt
caaattcatatactgtcttgcaagactgtgatttggtcaccatctaattc
ttcagcatcaattccctggtgctcatgctctgcctcctgtcagtctccct
ttgccatatgtgatttgagctatttatggcctttcaccatgagctatctt
cttcttcatcctataatatattctcccacacatgcctgactgatagaagc
catgtctatatatatacaca

gaattctgtgatcatagagcaagcttgtctcaagtagctttgtgctcaag
tagggtctcactgctcagcattaaagacttgattgacagcatggctgtct
gcagcctttttctttatagtgagaatgcctgaggtccaaagttagctctg
gttttgcccagtggtaactgtagatcccagcaatgcgaatgaagagcaag
agttctcagctttcctctgcatgttccattaactcctatcccgtagtgtc
tgaaacatagctctcattgtccacagcggccggttctgtttaaacatgaa
cgtgtaagtcttctctgtcagtcatctccctacagtgcattgtttcaagt
aaactacctagttcatggagtttattactacttaagcagtgtgaatgcct
gataagatctgacatttatgaacatggtttgaatgtgttatttcaatttc
atatactttcaacttctttcatctctggagtcaagttagcctacacaaaa
gactagatttttgtttgtttgttttaatgtcagctatgggagcaatcaat
tagtaatttctctacacactagcacatggcttgagaaaactattgaagct
cctgggtttgtttgcttatcaactgatcataccctgaagcatcattgtga
gaaaaagaatcagtaactgtcacaagccttttcttcattagttcctctgc
tttccacatgtaaatttgtttttgaagtatttcttttttcttctctccac
tacaagaaacaaatggactgaggttcccctggagcaggggtgacatggcc
gtgtgagtgttgttggctgtcttaagttcttcctgctgtggttctgaaac
ctggcaaagcaagctcaaataaacacagctgtttctatgtcccttctgag
gtggcgtggctgtctgcgtcagccttcctttagaacgaacagagttctct
cggtgcatggaaaagtttcagctttaaatgaggtcagaaagtcacaggag
tgctcctgttccataaagcactcacacactacaggtggaggcctcaccat
gcggatggtcccaagcctcagcctgaacatgatgcctttcatcctcagag
tcatgcaatgatgagggagcactatgatgataacttgcctcctaacttgg
cacttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_133888756_133890357
seq2: B6Ng01-330M12.b_50_1219 (reverse)

seq1  TGTGTATATATATATATATATATATATATATGCAGTTTTTTCAGACCTCA  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AATGTCAATTAATTTATTCCAAATGGTTTTATTGTTATTCCTGCTTTCCT  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CCCTACCCTCATTTTACTGCGTATGCTGCCTCAGGTGATCCAAGCTAGAC  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AGAAATCAATATCAAGACAGACACAGCTCTGCCACTGAGTGACTGACTGC  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TATGAAACTTCTATAGCTATGCATGTAGGAATGTTCTGGCATTTATAAAC  250
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AGAGGAGTTTAGAAACCATTTAAGCAAGAATGTATGCCCAAAGAAGGCTA  300
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CATTACTGGAAAACTGAAACTCGAGGATTCAGAGAAACTAAGGTGAGCAA  350
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACAGGGCAAAAGTTGTGGTTAGAAGAAGTTTCAAGAATTATGCAATGGTT  400
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GAGATGGGAGGATTTTATTTCTGCTGGGCACTGTGTATAT-GATAGACAA  449
                                     |||||||||  ||||||| 
seq2  -------------------------------TGTGTATATATATAGACAT  19

seq1  TGC-TCTATTCAGTCAAGGCATGTGT-GGAGAATATATTATAGGATGAAG  497
       || |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTA-TCAGTC-AGGCATGTGTGGGAGAATATATTATAGGATGAAG  67

seq1  GAG-AGATAGCTCATGGTTGAAGGGCCCATAAATAGCTCAAATCACATAT  546
       || ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGATAGCTCATGGTGAAAGG--CCATAAATAGCTCAAATCACATAT  115

seq1  GGCAAGGGGAGACTGACAGGAAGGCAGAGCATGAGCACCAGGGAATTGAT  596
      ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGGGAGACTGACAGG-AGGCAGAGCATGAGCACCAGGGAATTGAT  164

seq1  GCTGAAGAATTAGATGGTGACCAAATCACAGTCTTGCAAGACAGTATATG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGAATTAGATGGTGACCAAATCACAGTCTTGCAAGACAGTATATG  214

seq1  AATTTGAATGAAAATTTAGATACATTAAGAAAACTCAAGGTGTGTGGGAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAATGAAAATTTAGATACATTAAGAAAACTCAAGGTGTGTGGGAG  264

seq1  GGGGAGAAAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGGAAGAATGTTTAAGGAGGACTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAAAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGGAAGAATGTTTAAGGAGGACTA  314

seq1  GGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAAGATTTGGGCACTCCAAAGGGATTTGAGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAAGATTTGGGCACTCCAAAGGGATTTGAGC  364

seq1  TCCATAGGGATTTGAGCACAAATGAGCTTACAGTGTAGCAGCAGATCAAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGGGATTTGAGCACAAATGAGCTTACAGTGTAGCAGCAGATCAAG  414

seq1  ATAGGAAAGCAGTGCTATGGAATAAGTTCAGAATTGACATCCTTGCATGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAAGCAGTGCTATGGAATAAGTTCAGAATTGACATCCTTGCATGA  464

seq1  GGTGCATAAGGATGAGTCAGTCACAAGATGTGCCACCCATATATTTGAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCATAAGGATGAGTCAGTCACAAGATGTGCCACCCATATATTTGAGA  514

seq1  TGAGGCTTGAAGGATAGGCTTCCAGTGGATGCATGGATAACTGTGTTGTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTTGAAGGATAGGCTTCCAGTGGATGCATGGATAACTGTGTTGTG  564

seq1  TTATAGATCGTATAATACTAAGTGGAAAGTCAACTGCTTAAATGAGAGGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGATCGTATAATACTAAGTGGAAAGTCAACTGCTTAAATGAGAGGA  614

seq1  TCATGGGATTTATTTTAAAAACTCTGGCACTTGTAATGCCTTAGGATTAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGATTTATTTTAAAAACTCTGGCACTTGTAATGCCTTAGGATTAT  664

seq1  TCAAACTAAGATATCAGAGAGGCAGATGGATGAGCGAGTTTGCAGTTCAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTAAGATATCAGAGAGGCAGATGGATGAGCGAGTTTGCAGTTCAG  714

seq1  AAATGAGGTTCGTGACAGAGACACTGATTTTTTTTGAGTCAAGCATAGTG  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGGTTCGTGACAGAGACACTGATTTTTTTTGAGTCAAGCATAGTG  764

seq1  AGCCAATAAGTGAAGCCACTAGGTGAGATAGCTTCTCTTTGAATGTAGAA  1246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATAAGTGAAGCCACTAGGTGAGATAGCTTCTCTTTGAATGTAGAA  814

seq1  TATGAGAGCCTGGGGGGGGGGAACTTAAACAATAGTAACTCTTGGTTAGT  1296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAGCCTGGGGGGGGGGAACTTAAACAATAGTAACTCTTGGTTAGT  864

seq1  TAGACAAATCTGAACTTTAGCTGGATGCAAATTAAAGAAGACACTCAGCA  1346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAAATCTGAACTTTAGCTGGATGCAAATTAAAGAAGACACTCAGCA  914

seq1  ACACCACAGCCTATTGCCAAAAAATAAGAAAAGAATGTTTTAAAAGTCAA  1396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACAGCCTATTGCCAAAAAATAAGAAAAGAATGTTTTAAAAGTCAA  964

seq1  GGAGCAATACACAAGTCAAGTAACTCAGAAAAGTAGGCTGAAGTGACAAT  1446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAATACACAAGTCAAGTAACTCAGAAAAGTAGGCTGAAGTGACAAT  1014

seq1  CAGGAAATGTTTGATTTAGGGTCAATTTCATTATTACATGGAAGGATCAG  1496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAATGTTTGATTTAGGGTCAATTTCATTATTACATGGAAGGATCAG  1064

seq1  GTTAAAGACCAGAGCCAAATAAGCCAGGGAATGGAATGTCCTATTGGATA  1546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGACCAGAGCCAAATAAGCCAGGGAATGGAATGTCCTATTGGATA  1114

seq1  GAAAAGGCCAAACATACATGAGATAGCAGAGAAAGGGCTAGAAAGGATTA  1596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCCAAACATACATGAGATAGCAGAGAAAGGGCTAGAAAGGATTA  1164

seq1  GAATTC  1602
      ||||||
seq2  GAATTC  1170


seq1: chr2_133731350_133732508
seq2: B6Ng01-330M12.g_72_1227

seq1  GAATTCTGTGATCATAGAGCAAGCTTGTCTCAAGTAGCTTTGTGCTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGATCATAGAGCAAGCTTGTCTCAAGTAGCTTTGTGCTCAAG  50

seq1  TAGGGTCTCACTGCTCAGCATTAAAGACTTGATTGACAGCATGGCTGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTCTCACTGCTCAGCATTAAAGACTTGATTGACAGCATGGCTGTCT  100

seq1  GCAGCCTTTTTCTTTATAGTGAGAATGCCTGAGGTCCAAAGTTAGCTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTTTTTCTTTATAGTGAGAATGCCTGAGGTCCAAAGTTAGCTCTG  150

seq1  GTTTTGCCCAGTGGTAACTGTAGATCCCAGCAATGCGAATGAAGAGCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCCCAGTGGTAACTGTAGATCCCAGCAATGCGAATGAAGAGCAAG  200

seq1  AGTTCTCAGCTTTCCTCTGCATGTTCCATTAACTCCTATCCCGTAGTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCAGCTTTCCTCTGCATGTTCCATTAACTCCTATCCCGTAGTGTC  250

seq1  TGAAACATAGCTCTCATTGTCCACAGCGGCCGGTTCTGTTTAAACATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACATAGCTCTCATTGTCCACAGCGGCCGGTTCTGTTTAAACATGAA  300

seq1  CGTGTAAGTCTTCTCTGTCAGTCATCTCCCTACAGTGCATTGTTTCAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTAAGTCTTCTCTGTCAGTCATCTCCCTACAGTGCATTGTTTCAAGT  350

seq1  AAACTACCTAGTTCATGGAGTTTATTACTACTTAAGCAGTGTGAATGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACCTAGTTCATGGAGTTTATTACTACTTAAGCAGTGTGAATGCCT  400

seq1  GATAAGATCTGACATTTATGAACATGGTTTGAATGTGTTATTTCAATTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGATCTGACATTTATGAACATGGTTTGAATGTGTTATTTCAATTTC  450

seq1  ATATACTTTCAACTTCTTTCATCTCTGGAGTCAAGTTAGCCTACACAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTTTCAACTTCTTTCATCTCTGGAGTCAAGTTAGCCTACACAAAA  500

seq1  GACTAGATTTTTGTTTGTTTGTTTTAATGTCAGCTATGGGAGCAATCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGATTTTTGTTTGTTTGTTTTAATGTCAGCTATGGGAGCAATCAAT  550

seq1  TAGTAATTTCTCTACACACTAGCACATGGCTTGAGAAAACTATTGAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATTTCTCTACACACTAGCACATGGCTTGAGAAAACTATTGAAGCT  600

seq1  CCTGGGTTTGTTTGCTTATCAACTGATCATACCCTGAAGCATCATTGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTTGTTTGCTTATCAACTGATCATACCCTGAAGCATCATTGTGA  650

seq1  GAAAAAGAATCAGTAACTGTCACAAGCCTTTTCTTCATTAGTTCCTCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGAATCAGTAACTGTCACAAGCCTTTTCTTCATTAGTTCCTCTGC  700

seq1  TTTCCACATGTAAATTTGTTTTTGAAGTATTTCTTTTTTCTTCTCTCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACATGTAAATTTGTTTTTGAAGTATTTCTTTTTTCTTCTCTCCAC  750

seq1  TACAAGAAACAAATGGACTGAGGTTCCCCTGGAGCAGGGGTGACATGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGAAACAAATGGACTGAGGTTCCCCTGGAGCAGGGGTGACATGGCC  800

seq1  GTGTGAGTGTTGTTGGCTGTCTTAAGTTCTTCCTGCTGTGGTTCTGAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGTGTTGTTGGCTGTCTTAAGTTCTTCCTGCTGTGGTTCTGAAAC  850

seq1  CTGGCAAAGCAAAGCTCAAATAAACACAGCTGTTTCTATGTCCCTTCTGA  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAAAGC-AAGCTCAAATAAACACAGCTGTTTCTATGTCCCTTCTGA  899

seq1  GGTGGCGTGGCTGTCTGCGTCAGCCTTCCTTTAGAACGAACAGAGTTCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCGTGGCTGTCTGCGTCAGCCTTCCTTTAGAACGAACAGAGTTCTC  949

seq1  TCGGTGCATGGAAAAGTTTCAGCTTTAAAATGAGGTCAGAAAGTCACAGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGCATGGAAAAGTTTCAGCTTT-AAATGAGGTCAGAAAGTCACAGG  998

seq1  AGTGCTCCTGTTCCATAAAGCACTCACACACTACAAGGTGAGG-CTCA-C  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||| |
seq2  AGTGCTCCTGTTCCATAAAGCACTCACACACTACAGGTGGAGGCCTCACC  1048

seq1  ATGCGGATGGTCCCAAGCTCAAGCCTG-ACATGATG-CTTCCAT-CTCAG  1095
      ||||||||||||||||||   |||||| |||||||| ||| ||| |||||
seq2  ATGCGGATGGTCCCAAGCCTCAGCCTGAACATGATGCCTTTCATCCTCAG  1098

seq1  AGGCCATGCAATGATGAGGAAGCACCTATGATGGATAACATTGCCTCCTA  1145
      | | ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||
seq2  A-GTCATGCAATGATGAGGGAGCA-CTATGAT-GATAAC-TTGCCTCCTA  1144

seq1  ACCTTGGCAACTTC  1159
      | |||||| |||||
seq2  A-CTTGGC-ACTTC  1156


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |