BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332G02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 29,841,158 - 29,961,329
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpna2, Wdr34, Set, Pkn3, Zdhhc12, Zer1
Upstream gene1700101E01Rik, LOC100039666, Ttf1, Setx, Ntng2, Crsp8, Rapgef1, LOC433415, OTTMUSG00000012686, Trub2, Coq4, Slc27a4, Urm1, LOC100041002, Ceecam1, Odf2, Gle1l, LOC665532
Downstream geneLOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1, Crat, Ppp2r4, Ier5l, Cstad, EG665645, 1700001O22Rik, 2610205E22Rik, Asb6, Prrx2, Ptges, Ppia-ps2_387.1, Tor1b, Tor1a, BC005624, Usp20, Fnbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332G02.bB6Ng01-332G02.g
ACCGA118499GA118500
length1,1671,078
definitionB6Ng01-332G02.b B6Ng01-332G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,841,158 - 29,842,323)(29,960,254 - 29,961,329)
sequence
gaattctatgaaactggagttaagagataattgtaagccactatgttggc
actgggaaccaaatctcagtgttctgcaagaccaacaaaggctattaacc
actcaaccatctctctatcatccccagtgtgtttaatatctggtattgga
caggcataggcacaacaacatttgggaggcagaggcaggtatatcactat
gcagcctggtctatatagcaaattccaggccaccaggaataatatagata
ataatatagtcatatactgagactgtctcaaaaagaaaaaacgacaacaa
aaacctggtactgatatttataaccctttacaggctaagcacactctcca
aggaatagaaagtctattcaaagtagatgctttcttgagctgcagctccc
ttcctattagcacagacccagcttctttacagttgggaagactaacttgt
gctcctgaaccaagcccagaataacttgcagaagccactggtgacaggca
gatcagcccattctcttccctgtgtaggagcagcacccggaagaggagct
gatcaagaccaagcaggatgaggtgaatgcagcatggcagcgactgaaag
gcctggctcttcaaaggcagggcaagctgttcggtgctgctgaggtccag
cgctttaacaggtactagggctgtgagaacaaagcagagctcggactctg
gtgttcccagtgcacttggatggctgtatacctggtttgactggttgact
tctgcagggatgtagatgagaccattggttggattaaggagaaagagcag
ttaatggcctctgatgacttcggcagagacttagcaagtgttcaagctct
gcttcgaaagcatgagggtctggagagagatcttgctgctctagaggaca
aggtgagtttgtttgttttgttttgtttttctgaccaggtctcactgtgt
agctctgtctgtcttggaactcactatgtagagcagctgggcctcatact
cagagatccgcctgcctcttgcctctcagtactgggatttaagtgttgtt
gccactacaccagctatagtgggttgaaaaccaactgattatgttagtag
caccagttgggagagtgatgctgaaatgaatcggtttttaggtgaagacc
ctgtgtgcttaggctga
gaattccaggacagcaggacagccagggatacacaaaaaaagcctgtctt
gaaagccacacacacacacacacaaacttttactattacccctgcagaga
acatgggtttagttgccaacacccatttggtggtggctcccaagtggctg
taattccagatccaaggaatccagcactgtctgccctcccctgtcacaat
gcatggtgcatctatgcaggcaaaacactcaaaatatgtttaacaaggaa
gaaaaggagattaaatgacgaccagtatagtacatttatgcatcatcata
aatgttcaggctgggaaagaacaactgagaaggggtgtggccagatgcct
gtacacagccacctggatgacagcctggtgctgtctagcaacatgaacat
gtgtccacctacaccttctgatccagagagccctcaagcaagccaggctt
ggtggagggaagaggatcagaagttcagtgtcattattattttataataa
ataaaacttaaaaaaaagaaaagacagcaagtattagttgagcctggtgg
tatagtaaggcagcaagggtgggagttaaaagctagccctggctacgtga
tcctcagctcagcccggactacgtgagaccctcatctccatctcagaaac
ctacaaaccaaacaaaccaaaaagcctgctagcttcctcttccagagagc
ctccccagctctgggtaacctctgacctggagtcctgtcccaaatctgtc
cctgaacgtgctctgcttgtctcccaacctggcccaggtgcagcggaact
gctgtctgaccctctgcaacttcagcatccccgaggaactggagttccag
taccgccgggtgaacgagctgctgctgggcatcctcagccccacgcgtca
ggacgagtcaatccagcggatcgctgtgcactttgtgcaatgccctggtt
ctgccaggtggaccatgaccaataggaggctgtaggcaagatgggcttcg
tcgtgtatgtgactgactgccctcgtccttcctgttcttctttgagggag
gcctgcagaaggacctggcatcaggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_29841158_29842323
seq2: B6Ng01-332G02.b_46_1212

seq1  GAATTCTATGAAACTGGAGTTAAGAGATAATTGTAAGCCACTATGTTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGAAACTGGAGTTAAGAGATAATTGTAAGCCACTATGTTGGC  50

seq1  ACTGGGAACCAAATCTCAGTGTTCTGCAAGACCAACAAAGGCTATTAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAACCAAATCTCAGTGTTCTGCAAGACCAACAAAGGCTATTAACC  100

seq1  ACTCAACCATCTCTCTATCATCCCCAGTGTGTTTAATATCTGGTATTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAACCATCTCTCTATCATCCCCAGTGTGTTTAATATCTGGTATTGGA  150

seq1  CAGGCATAGGCACAACAACATTTGGGAGGCAGAGGCAGGTATATCACTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATAGGCACAACAACATTTGGGAGGCAGAGGCAGGTATATCACTAT  200

seq1  GCAGCCTGGTCTATATAGCAAATTCCAGGCCACCAGGAATAATATAGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTGGTCTATATAGCAAATTCCAGGCCACCAGGAATAATATAGATA  250

seq1  ATAATATAGTCATATACTGAGACTGTCTCAAAAAGAAAAAACGACAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATAGTCATATACTGAGACTGTCTCAAAAAGAAAAAACGACAACAA  300

seq1  AAACCTGGTACTGATATTTATAACCCTTTACAGGCTAAGCACACTCTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGGTACTGATATTTATAACCCTTTACAGGCTAAGCACACTCTCCA  350

seq1  AGGAATAGAAAGTCTATTCAAAGTAGATGCTTTCTTGAGCTGCAGCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATAGAAAGTCTATTCAAAGTAGATGCTTTCTTGAGCTGCAGCTCCC  400

seq1  TTCCTATTAGCACAGACCCAGCTTCTTTACAGTTGGGAAGACTAACTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATTAGCACAGACCCAGCTTCTTTACAGTTGGGAAGACTAACTTGT  450

seq1  GCTCCTGAACCAAGCCCAGAATAACTTGCAGAAGCCACTGGTGACAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGAACCAAGCCCAGAATAACTTGCAGAAGCCACTGGTGACAGGCA  500

seq1  GATCAGCCCATTCTCTTCCCTGTGTAGGAGCAGCACCCGGAAGAGGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCCCATTCTCTTCCCTGTGTAGGAGCAGCACCCGGAAGAGGAGCT  550

seq1  GATCAAGACCAAGCAGGATGAGGTGAATGCAGCATGGCAGCGACTGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAGACCAAGCAGGATGAGGTGAATGCAGCATGGCAGCGACTGAAAG  600

seq1  GCCTGGCTCTTCAAAGGCAGGGCAAGCTGTTCGGTGCTGCTGAGGTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCTCTTCAAAGGCAGGGCAAGCTGTTCGGTGCTGCTGAGGTCCAG  650

seq1  CGCTTTAACAGGTACTAGGGCTGTGAGAACAAAGCAGAGCTCGGACTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTTAACAGGTACTAGGGCTGTGAGAACAAAGCAGAGCTCGGACTCTG  700

seq1  GTGTTCCCAGTGCACTTGGATGGCTGTATACCTGGTTTGACTGGTTGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCCAGTGCACTTGGATGGCTGTATACCTGGTTTGACTGGTTGACT  750

seq1  TCTGCAGGGATGTAGATGAGACCATTGGTTGGATTAAGGAGAAAGAGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGGGATGTAGATGAGACCATTGGTTGGATTAAGGAGAAAGAGCAG  800

seq1  TTAATGGCCTCTGATGACTTCGGCAGAGACTTAGCAAGTGTTCAAGCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGCCTCTGATGACTTCGGCAGAGACTTAGCAAGTGTTCAAGCTCT  850

seq1  GCTTCGAAAGCATGAGGGTCTGGAGAGAGATCTTGCTGCTCTAGAGGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCGAAAGCATGAGGGTCTGGAGAGAGATCTTGCTGCTCTAGAGGACA  900

seq1  AGGTGAGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCTGACCAGGTCTCACTGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCTGACCAGGTCTCACTGTGT  950

seq1  AGCTCTGTCTGTCTTGGAACTCACTATGTAGAGCAGCT-GGCCTCATACT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGCTCTGTCTGTCTTGGAACTCACTATGTAGAGCAGCTGGGCCTCATACT  1000

seq1  CAGAGATCCGCCTGCCTC-TGCCTCTCAAGTACTGGGATTAAAG-GTGTG  1047
      |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||   
seq2  CAGAGATCCGCCTGCCTCTTGCCTCTC-AGTACTGGGATTTAAGTGTTGT  1049

seq1  TGCCACTACACCAGGCTATAAGGTGGGTTGAAAACC-ACTGATTATGTTA  1096
      ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGCCACTACACCA-GCTATA--GTGGGTTGAAAACCAACTGATTATGTTA  1096

seq1  GTTAGCCACAG-TGGGAGAGTGATGCTGATA-GAATCTGTTTTTAGGTGA  1144
      | ||||  ||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||
seq2  G-TAGCACCAGTTGGGAGAGTGATGCTGAAATGAATCGGTTTTTAGGTGA  1145

seq1  AAGCCCTGTGTGCTGAGGCTGA  1166
      |  ||||||||||| |||||||
seq2  AGACCCTGTGTGCTTAGGCTGA  1167

seq1: chr2_29960254_29961329
seq2: B6Ng01-332G02.g_69_1146 (reverse)

seq1  CCCCCTGATGCCAGGTCCTCTTGCA-GCCTCCCTCACAG-AGAACAGG-A  47
      |||||||||||||||||||  |||| |||||||||| || |||||||| |
seq2  CCCCCTGATGCCAGGTCCTTCTGCAGGCCTCCCTCAAAGAAGAACAGGAA  50

seq1  GGACGAGGGCAGTCAAGTTCACATACCACGACGAAGCCCATCTTGCCTAC  97
      |||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGAGGGCAGTCA--GTCACATA-CACGACGAAGCCCATCTTGCCTAC  97

seq1  AGCCTCCTTATGGTCATTGTCCACCTGGCAG-ACCAGGGCATTGCAC-AA  145
      ||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  AGCCTCCTATTGGTCATGGTCCACCTGGCAGAACCAGGGCATTGCACAAA  147

seq1  GTGCACAGCGATCCGCTGGATTGACTCGTCCTGACGCGTGGGGCTGAGGA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAGCGATCCGCTGGATTGACTCGTCCTGACGCGTGGGGCTGAGGA  197

seq1  TGCCCAGCAGCAGCTCGTTCACCCGGCGGTACTGGAACTCCAGTTCCTCG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGCAGCAGCTCGTTCACCCGGCGGTACTGGAACTCCAGTTCCTCG  247

seq1  GGGATGCTGAAGTTGCAGAGGGTCAGACAGCAGTTCCGCTGCACCTGGGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCTGAAGTTGCAGAGGGTCAGACAGCAGTTCCGCTGCACCTGGGC  297

seq1  CAGGTTGGGAGACAAGCAGAGCACGTTCAGGGACAGATTTGGGACAGGAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGGGAGACAAGCAGAGCACGTTCAGGGACAGATTTGGGACAGGAC  347

seq1  TCCAGGTCAGAGGTTACCCAGAGCTGGGGAGGCTCTCTGGAAGAGGAAGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTCAGAGGTTACCCAGAGCTGGGGAGGCTCTCTGGAAGAGGAAGC  397

seq1  TAGCAGGCTTTTTGGTTTGTTTGGTTTGTAGGTTTCTGAGATGGAGATGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGCTTTTTGGTTTGTTTGGTTTGTAGGTTTCTGAGATGGAGATGA  447

seq1  GGGTCTCACGTAGTCCGGGCTGAGCTGAGGATCACGTAGCCAGGGCTAGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCACGTAGTCCGGGCTGAGCTGAGGATCACGTAGCCAGGGCTAGC  497

seq1  TTTTAACTCCCACCCTTGCTGCCTTACTATACCACCAGGCTCAACTAATA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACTCCCACCCTTGCTGCCTTACTATACCACCAGGCTCAACTAATA  547

seq1  CTTGCTGTCTTTTCTTTTTTTTAAGTTTTATTTATTATAAAATAATAATG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGTCTTTTCTTTTTTTTAAGTTTTATTTATTATAAAATAATAATG  597

seq1  ACACTGAACTTCTGATCCTCTTCCCTCCACCAAGCCTGGCTTGCTTGAGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAACTTCTGATCCTCTTCCCTCCACCAAGCCTGGCTTGCTTGAGG  647

seq1  GCTCTCTGGATCAGAAGGTGTAGGTGGACACATGTTCATGTTGCTAGACA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTGGATCAGAAGGTGTAGGTGGACACATGTTCATGTTGCTAGACA  697

seq1  GCACCAGGCTGTCATCCAGGTGGCTGTGTACAGGCATCTGGCCACACCCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGGCTGTCATCCAGGTGGCTGTGTACAGGCATCTGGCCACACCCC  747

seq1  TTCTCAGTTGTTCTTTCCCAGCCTGAACATTTATGATGATGCATAAATGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTTGTTCTTTCCCAGCCTGAACATTTATGATGATGCATAAATGT  797

seq1  ACTATACTGGTCGTCATTTAATCTCCTTTTCTTCCTTGTTAAACATATTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATACTGGTCGTCATTTAATCTCCTTTTCTTCCTTGTTAAACATATTT  847

seq1  TGAGTGTTTTGCCTGCATAGATGCACCATGCATTGTGACAGGGGAGGGCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTTTTGCCTGCATAGATGCACCATGCATTGTGACAGGGGAGGGCA  897

seq1  GACAGTGCTGGATTCCTTGGATCTGGAATTACAGCCACTTGGGAGCCACC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGCTGGATTCCTTGGATCTGGAATTACAGCCACTTGGGAGCCACC  947

seq1  ACCAAATGGGTGTTGGCAACTAAACCCATGTTCTCTGCAGGGGTAATAGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATGGGTGTTGGCAACTAAACCCATGTTCTCTGCAGGGGTAATAGT  997

seq1  AAAAGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGGCTTTCAAGACAGGCTTTTTTTGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGGCTTTCAAGACAGGCTTTTTTTGTG  1047

seq1  TATCCCTGGCTGTCCTGCTGTCCTGGAATTC  1076
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTGGCTGTCCTGCTGTCCTGGAATTC  1078