BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332H18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 7,040,814 - 7,072,168
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene5430407P10Rik, LOC634939, Echdc3, 1700014B07Rik, Usp6nl, LOC100040387, Cugbp2, LOC100040659
Downstream geneLOC100040648, LOC672230
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332H18.bB6Ng01-332H18.g
ACCGA118571GA118572
length1,1841,144
definitionB6Ng01-332H18.b B6Ng01-332H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,040,814 - 7,042,010)(7,071,006 - 7,072,168)
sequence
gaattccactccctctaaattgacagaactggaaatgaggctagagataa
tcatatgaggtcaaacatttatccttttgtgaatattatttttaatgtat
atatacatatatgtatatttctctctctctctctgatgtgtgggagccag
aggacatgttcatgaacacagtccatatcctttgagaaagagtctctaat
gagcctcaaactcactaattagactagactgggtggccagcaaacccagg
cgtctttctgcctctgcttcctttcttcccagtgctggaattacaagcat
gcaccatcacacaggttctagtgaaaaaacttatgtccctgtgtttacaa
ggcaagtactttactgactgagccatcttctgaactcatgcatcacattt
tgttgtagatgttaacaagtaaacagacgcaaaaatgggcaagaaccaca
ccccactcctgcttcactcatacatttctcctttgaaaattagaatccat
gaaagtttaaaaattgcaatgtattatctccaaagtcaaagggaaataaa
tttctgaagtattggcttcaaattctaattcacagtatgacttaagatat
aagttcacaaacagacacaaacacaaatgttttactgagtaacttatctt
gtatcaaaggcactcagaatcatttgttttatggtatctttaatttaaaa
ataaaatagaaagccgtaatgtatgtcattgatttggaaactcactaaga
gggcatatcaattggaaaacactgtcatcaggtcattatgcaagatgtgt
gaacaactgtgatgtacgtaaacaagtgtagtattaactgttgactagtg
gggctggagttctcttaagccagagattagaagtagaataactctgagac
tttatattgtactttaattcatattatggtggcttattattattactttc
tctctgggttgtatcagtaaactacttagtctgaattctttttcctctct
agaaaatataatgaacaccaggacctgctttgtcctagcactttatgaca
tttatagagcatattatttgggatgcctctagtgccagttagctcacaca
aaggattctatatctgagagactgatagaagtttggtcagaccgatggcc
aggcaagtggagcgtgctccacttgataacacac

gaattctagagaaggcaaacattaagagcagcaatagagatttcagaatc
agtgaagacattttagaaaccatccacatattttatttaaaatcacatct
cactggcaatattcttcctctttgggggaagtgggtactttcgggattat
tgtaaagacagtaagatctcagttggacatttttttaaagtggagccatg
gattgatctaaaaggactgacatttattcatactcatctattagatgaac
attatatggaaatgaaaataggtgtactcaagaagtaaccatttaaattc
ctcctatgtgagccccaggttcactgacctcaaaatgaagagaaaccgag
atgccatctttgaacctcgtgacaattttagatgccttcactttgtgtct
tcctttaaaaaatcccattcctttagagtccagaacaagaaccaagttct
ggatactagccaggatgtgttttacatcccaggtccgtgactctcaagct
gtgcaaataatggggacttgaccctgggttcagcttcagtttccttgatg
agagagtgaaggcttcacagattctctgaacctttcaagctttaaaagtg
caaggttatacgcctgcctggattcttggactttataagttatgcccttg
aacctggcattcatacagaaattcacattcaagctgactgttcacatcgt
tttctagccttgtgtaaatgtttctcagtcctaaaattcttagaaatggt
ccactatacatttacagaactgacataaacattgtgtttgcttggatatt
ggtaaatggtggcactttggttgtcaattccgaaagctatgaagagagtg
tgattttgagtgtagtcctaaaagttaaaataccatagctcaacttcaaa
cgtctcatcctgggtcatataactgccttcagctcgttttctgtgttttg
taaacatgttcaatgtgaacactaacgtctgtgatttattcctggatttg
ctttagcttttactgcatcaatcaagctctctatgactgtaatctcctag
gagctttctttcgtgtacagacatcgattgtttgtttctgatatgaatga
aaaggagtcaatagctgaaggtatcaaataatgcatatagcaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_7040814_7042010
seq2: B6Ng01-332H18.b_51_1234

seq1  GAATTCCACTCCCTCTAAATTGACAGAACTGGAAATGAGGCTAGAGATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCCCTCTAAATTGACAGAACTGGAAATGAGGCTAGAGATAA  50

seq1  TCATATGAGGTCAAACATTTATCCTTTTGTGAATATTATTTTTAATGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGAGGTCAAACATTTATCCTTTTGTGAATATTATTTTTAATGTAT  100

seq1  ATATACATATATGTATATTTCTCTCTCTCTCTCTGATGTGTGGGAGCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATATATGTATATTTCTCTCTCTCTCTCTGATGTGTGGGAGCCAG  150

seq1  AGGACATGTTCATGAACACAGTCCATATCCTTTGAGAAAGAGTCTCTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATGTTCATGAACACAGTCCATATCCTTTGAGAAAGAGTCTCTAAT  200

seq1  GAGCCTCAAACTCACTAATTAGACTAGACTGGGTGGCCAGCAAACCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCAAACTCACTAATTAGACTAGACTGGGTGGCCAGCAAACCCAGG  250

seq1  CGTCTTTCTGCCTCTGCTTCCTTTCTTCCCAGTGCTGGAATTACAAGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTTCTGCCTCTGCTTCCTTTCTTCCCAGTGCTGGAATTACAAGCAT  300

seq1  GCACCATCACACAGGTTCTAGTGAAAAAACTTATGTCCCTGTGTTTACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATCACACAGGTTCTAGTGAAAAAACTTATGTCCCTGTGTTTACAA  350

seq1  GGCAAGTACTTTACTGACTGAGCCATCTTCTGAACTCATGCATCACATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTACTTTACTGACTGAGCCATCTTCTGAACTCATGCATCACATTT  400

seq1  TGTTGTAGATGTTAACAAGTAAACAGACGCAAAAATGGGCAAGAACCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTAGATGTTAACAAGTAAACAGACGCAAAAATGGGCAAGAACCACA  450

seq1  CCCCACTCCTGCTTCACTCATACATTTCTCCTTTGAAAATTAGAATCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTCCTGCTTCACTCATACATTTCTCCTTTGAAAATTAGAATCCAT  500

seq1  GAAAGTTTAAAAATTGCAATGTATTATCTCCAAAGTCAAAGGGAAATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTTAAAAATTGCAATGTATTATCTCCAAAGTCAAAGGGAAATAAA  550

seq1  TTTCTGAAGTATTGGCTTCAAATTCTAATTCACAGTATGACTTAAGATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAAGTATTGGCTTCAAATTCTAATTCACAGTATGACTTAAGATAT  600

seq1  AAGTTCACAAACAGACACAAACACAAATGTTTTACTGAGTAACTTATCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCACAAACAGACACAAACACAAATGTTTTACTGAGTAACTTATCTT  650

seq1  GTATCAAAGGCACTCAGAATCATTTGTTTTATGGTATCTTTAATTTAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAAAGGCACTCAGAATCATTTGTTTTATGGTATCTTTAATTTAAAA  700

seq1  ATAAAATAGAAAGCCGTAATGTATGTCATTGATTTGGAAACTCACTAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAGAAAGCCGTAATGTATGTCATTGATTTGGAAACTCACTAAGA  750

seq1  GGGCATATCAATTGGAAAACACTGTCATCAGGTCATTATGCAAGATGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATATCAATTGGAAAACACTGTCATCAGGTCATTATGCAAGATGTGT  800

seq1  GAACAACTGTGATGTACGTAAACAAGTGTAGTATTAACTGTTGACTAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACTGTGATGTACGTAAACAAGTGTAGTATTAACTGTTGACTAGTG  850

seq1  GGGCTGGAGTTCTCTTAAGCCAGAGATTAGAAGTAGAATAACTCTGAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGAGTTCTCTTAAGCCAGAGATTAGAAGTAGAATAACTCTGAGAC  900

seq1  TTTATATTGTACTTTAATTCATATTATGGTGGCTTATTATTATTACTTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTGTACTTTAATTCATATTATGGTGGCTTATTATTATTACTTTC  950

seq1  TCCTCTGGGTTGTATCAGTAAACTACTTAGTCTGAATTCTTTTTCCTCTC  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CTCTGGGTTGTATCAGTAAACTACTTAGTCTGAATTCTTTTTCCTCTC  999

seq1  TAG-AAATATAATGAACACCAGGACCTGCTTTGTCCTAGCACTTTATGAC  1049
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAATATAATGAACACCAGGACCTGCTTTGTCCTAGCACTTTATGAC  1049

seq1  ATTTATAGAGCCAATATTATTT-GGATGCCTCTAGTGCCAGTTTAGCTCA  1098
      |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTTATAGAGC--ATATTATTTGGGATGCCTCTAGTGCCAG-TTAGCTCA  1096

seq1  CACAAAGGATTCTATAATCTGAGAGACTGATTAGAAAAGTTTGTCAAGAA  1148
      ||||||||||||||| |||||||||||||||   | |||||||   || |
seq2  CACAAAGGATTCTAT-ATCTGAGAGACTGAT---AGAAGTTTGGTCAG-A  1141

seq1  CAGAAGAGCACAGGCAAGTGGAGCCGTGGTTCCCACTTGATACACACAC  1197
      | || | || ||||||||||||| |||| |  |||||||||| ||||||
seq2  CCGATG-GC-CAGGCAAGTGGAG-CGTGCT--CCACTTGATA-ACACAC  1184


seq1: chr2_7071006_7072168
seq2: B6Ng01-332H18.g_67_1210 (reverse)

seq1  ATTGCTAT---TATT-TTTGATACTTTCAGCTAATTGGACTCACTTTTCC  46
      ||||||||    ||| |||||||| ||||||||  | ||||| ||||| |
seq2  ATTGCTATATGCATTATTTGATACCTTCAGCTA--TTGACTC-CTTTT-C  46

seq1  ATTCATATCCAGAAACAAAAACAATCGATTTGTCTGTAACACGGAAAGAA  96
      |||||||| |||||||  ||||||||||  ||||||| |||| |||||||
seq2  ATTCATAT-CAGAAAC--AAACAATCGA--TGTCTGT-ACAC-GAAAGAA  89

seq1  AGCTTCCCTTAGGGAGATTACAGTCAATAGAGAGCTTGGAATTGGAATGC  146
      ||||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||  ||||  ||||
seq2  AGCT--CCT--AGGAGATTACAGTC-ATAGAGAGCTTG--ATTG--ATGC  130

seq1  AGGTAAAAGCTAAAGCAAATCCAGGAATAAATTCACAGACGTTAGTGTTC  196
      | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  A-GTAAAAGCTAAAGCAAATCCAGGAATAAA-TCACAGACGTTAGTGTTC  178

seq1  ACATTGAACATGTTTACAAAACAACAGAAAACGAGCTGAAGGCAGTTATA  246
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAACATGTTTACAAAAC-ACAGAAAACGAGCTGAAGGCAGTTATA  227

seq1  TGACCCAGGATGAGACGTTTGAAGTTGAGCTATGGTATTTTAACTTTTAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAGGATGAGACGTTTGAAGTTGAGCTATGGTATTTTAACTTTTAG  277

seq1  GACTACACTCAAAATCACACTCTCTTCATAGCTTTCGGAATTGACAACCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACACTCAAAATCACACTCTCTTCATAGCTTTCGGAATTGACAACCA  327

seq1  AAGTGCCACCATTTACCAATATCCAAGCAAACACAATGTTTATGTCAGTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCCACCATTTACCAATATCCAAGCAAACACAATGTTTATGTCAGTT  377

seq1  CTGTAAATGTATAGTGGACCATTTCTAAGAATTTTAGGACTGAGAAACAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAATGTATAGTGGACCATTTCTAAGAATTTTAGGACTGAGAAACAT  427

seq1  TTACACAAGGCTAGAAAACGATGTGAACAGTCAGCTTGAATGTGAATTTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAAGGCTAGAAAACGATGTGAACAGTCAGCTTGAATGTGAATTTC  477

seq1  TGTATGAATGCCAGGTTCAAGGGCATAACTTATAAAGTCCAAGAATCCAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGAATGCCAGGTTCAAGGGCATAACTTATAAAGTCCAAGAATCCAG  527

seq1  GCAGGCGTATAACCTTGCACTTTTAAAGCTTGAAAGGTTCAGAGAATCTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCGTATAACCTTGCACTTTTAAAGCTTGAAAGGTTCAGAGAATCTG  577

seq1  TGAAGCCTTCACTCTCTCATCAAGGAAACTGAAGCTGAACCCAGGGTCAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCTTCACTCTCTCATCAAGGAAACTGAAGCTGAACCCAGGGTCAA  627

seq1  GTCCCCATTATTTGCACAGCTTGAGAGTCACGGACCTGGGATGTAAAACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCATTATTTGCACAGCTTGAGAGTCACGGACCTGGGATGTAAAACA  677

seq1  CATCCTGGCTAGTATCCAGAACTTGGTTCTTGTTCTGGACTCTAAAGGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGGCTAGTATCCAGAACTTGGTTCTTGTTCTGGACTCTAAAGGAA  727

seq1  TGGGATTTTTTAAAGGAAGACACAAAGTGAAGGCATCTAAAATTGTCACG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTTTTTAAAGGAAGACACAAAGTGAAGGCATCTAAAATTGTCACG  777

seq1  AGGTTCAAAGATGGCATCTCGGTTTCTCTTCATTTTGAGGTCAGTGAACC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCAAAGATGGCATCTCGGTTTCTCTTCATTTTGAGGTCAGTGAACC  827

seq1  TGGGGCTCACATAGGAGGAATTTAAATGGTTACTTCTTGAGTACACCTAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTCACATAGGAGGAATTTAAATGGTTACTTCTTGAGTACACCTAT  877

seq1  TTTCATTTCCATATAATGTTCATCTAATAGATGAGTATGAATAAATGTCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTCCATATAATGTTCATCTAATAGATGAGTATGAATAAATGTCA  927

seq1  GTCCTTTTAGATCAATCCATGGCTCCACTTTAAAAAAATGTCCAACTGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTTAGATCAATCCATGGCTCCACTTTAAAAAAATGTCCAACTGAG  977

seq1  ATCTTACTGTCTTTACAATAATCCCGAAAGTACCCACTTCCCCCAAAGAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACTGTCTTTACAATAATCCCGAAAGTACCCACTTCCCCCAAAGAG  1027

seq1  GAAGAATATTGCCAGTGAGATGTGATTTTAAATAAAATATGTGGATGGTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATATTGCCAGTGAGATGTGATTTTAAATAAAATATGTGGATGGTT  1077

seq1  TCTAAAATGTCTTCACTGATTCTGAAATCTCTATTGCTGCTCTTAATGTT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAATGTCTTCACTGATTCTGAAATCTCTATTGCTGCTCTTAATGTT  1127

seq1  TGCCTTCTCTAGAATTC  1163
      |||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCTCTAGAATTC  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |