BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332I04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 43,094,836 - 43,273,276
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLrp1b, LOC100041228
Downstream geneLOC100041245, Kynu, Arhgap15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332I04.bB6Ng01-332I04.g
ACCGA118591GA118592
length1,1411,111
definitionB6Ng01-332I04.b B6Ng01-332I04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,272,143 - 43,273,276)(43,094,836 - 43,095,787)
sequence
gaattcatttatattcaaagcttgagatcacaagattatgtatatcaaga
cagctgtgcagtttttaaaataattctatcctttttgaattaacactatt
tttcccctctccatgtggattcactttgaatataaagtatttgcctaatc
aaaacctaggcaagaaactgagcacttgaagtgcataatgtatttccttg
tccaatggacaatggtggccaaagagagattgagaatttggaaataaatc
ttacttcatagtgttttccttttcatgaaaactgctagtggggagacatg
tggggaacggcgagcacagtagctgttagacattaaatataggacaaaaa
aggctggggaccgatcccaccatgcagcatccatgagctttctagccagt
gaacaataaacagcaaattatgactagcacagatggttcttttacttggg
aaaaaggaaacaaattggaagtgaaacccttctataagactttgtgtagt
ctgctaaatgttttccctggctcaaagtaatgaggggaacatgaggacac
ctggacacatgctaaatactgctcttaatttgttgatttctttggagaca
gaccttcacatcatagctcaagctagcctggaactcaaaagcaccccagg
ttagcctctgttcatagcagcccaccttctctagcctacttagctctgag
attctggacatgaactaccacattaagtactctaagttgttatgcttaag
tgaattgttgctttggcatttagtggtcatgggttatcttatgatatcag
agggacaagagatcggaaacttttaccaatgggaaatgaagaggtgatga
atccctttcatattcatagtagatgggggttgtgcagaaccctttttttt
ttaatggtggaagagaaaatttactgcagataaaaggggaacataagtag
aggcaggggtatggtggggggagtccagagagaacatggagctgggccat
gtaagagtggggaggagccacagactaagtaagctgggtcaagagcagga
ctcattttaattgaggcctgaatggatgtgtatttacatgcagttggaag
caccttgtactgtaggtgtcctcactcaaggtttctgccat

gaattcacacagacttgggagttctccactgaatgtgtgttggtggcctc
atatcagctggtgtatgttgtctgcttggtggtccagtgtttcagagatc
tcaggggtccagattaattgaaacttctggtcctcctgcatgatcacctt
tctcctcagcttctttcatccttccctaattcaacaacaggggtaagttg
cttctgaccattggttgggtgcaaatatctgcatttgactctttcagctg
cttgtttggtctttcagagggcagtcatgatagatccctttttgtgagtg
ttacatggcctcagtaaaagcatgaggccttgagacctccccttaagctg
gatcccactttgggtctgtcactggaccttcttttcctcaggctcctctc
cattttcatccctgtaattctctcagacaggaataattatgagtcagaga
tgtgactgcagcatggcaactccatccctcacttgatatcctgtcttcct
gctggaggtaggctctataagttccttctccttattgtttggcatttcaa
ctaaggtccttcccttggagtcgtgggagtttcttaccgcccaggtttct
ggtgcattctaggggttccccccaatttcctatttcctgagaggttccct
gtttaataaaagaactgcatttctaatgacacatattaagaactaatatt
gcagccttagaaagagtgagaaacactactataaaggatctcagggggga
actcctaggaataggcctcaccaagtagtggaaagacctaaaaagaaaat
ttttttaacactgaagaaagaaatggaggagacactaaacacagtaatat
attgaaattatgcatattacttaaacctttgcatatatgtggtgatgaaa
tcaaaatttcaatgacagtcttcttatgcatagcaaaacccaaaccttag
aatgactgcatgtacaaaagactcccagaatagtaataatcctgagcaaa
tgcctgaagttataaacatggaattcttgtaataaaaatacctttgctat
tcagttaaaaaaaaaaaattgaggaaggaagagaagaaagaagaagtaaa
ggaggaagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_43272143_43273276
seq2: B6Ng01-332I04.b_45_1185 (reverse)

seq1  AGGGCAGGAACCTTGAGTGA-GACACCTACCTGACAAGGTGGCTCC-ACT  48
      | ||||| |||||||||||| |||||||||   ||||||||  ||| |||
seq2  ATGGCAGAAACCTTGAGTGAGGACACCTACAGTACAAGGTGCTTCCAACT  50

seq1  GCATGTAAATTACACATCCA-TCA-GCCTC-ATTAAAATGAGTCCTGCTC  95
      ||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCATGTAAA-TACACATCCATTCAGGCCTCAATTAAAATGAGTCCTGCTC  99

seq1  TTGACCCAGGCTTCTTAGTCTGTGGCTCCTCCCCACTCTTACATGGCCCA  145
      |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCCAGCTTACTTAGTCTGTGGCTCCTCCCCACTCTTACATGGCCCA  149

seq1  GCTCCATGTTCTCTCTGGACTCCCCC--ACATACCCCTGCCTCTACTTAT  193
      ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCATGTTCTCTCTGGACTCCCCCCACCATACCCCTGCCTCTACTTAT  199

seq1  GTTCCCCCTTTTATCTGCAGTAAATTTTCTCTTCCACCATT-AAAAAAAA  242
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTT-CCCCTTTTATCTGCAGTAAATTTTCTCTTCCACCATTAAAAAAAAA  248

seq1  AGGGTTCTGCACAACCCCCATCTACTATGAATATG-AAGGGATTCATCAC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGGGTTCTGCACAACCCCCATCTACTATGAATATGAAAGGGATTCATCAC  298

seq1  CTCTTCATTTCCCATTGGTAAAAGTTTCCGATCTCTTGTCCCTCTGATAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCATTTCCCATTGGTAAAAGTTTCCGATCTCTTGTCCCTCTGATAT  348

seq1  CATAAGATAACCCATGACCACTAAATGCCAAAGCAACAATTCACTTAAGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGATAACCCATGACCACTAAATGCCAAAGCAACAATTCACTTAAGC  398

seq1  ATAACAACTTAGAGTACTTAATGTGGTAGTTCATGTCCAGAATCTCAGAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAACTTAGAGTACTTAATGTGGTAGTTCATGTCCAGAATCTCAGAG  448

seq1  CTAAGTAGGCTAGAGAAGGTGGGCTGCTATGAACAGAGGCTAACCTGGGG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAGGCTAGAGAAGGTGGGCTGCTATGAACAGAGGCTAACCTGGGG  498

seq1  TGCTTTTGAGTTCCAGGCTAGCTTGAGCTATGATGTGAAGGTCTGTCTCC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTGAGTTCCAGGCTAGCTTGAGCTATGATGTGAAGGTCTGTCTCC  548

seq1  AAAGAAATCAACAAATTAAGAGCAGTATTTAGCATGTGTCCAGGTGTCCT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATCAACAAATTAAGAGCAGTATTTAGCATGTGTCCAGGTGTCCT  598

seq1  CATGTTCCCCTCATTACTTTGAGCCAGGGAAAACATTTAGCAGACTACAC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCCCCTCATTACTTTGAGCCAGGGAAAACATTTAGCAGACTACAC  648

seq1  AAAGTCTTATAGAAGGGTTTCACTTCCAATTTGTTTCCTTTTTCCCAAGT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTTATAGAAGGGTTTCACTTCCAATTTGTTTCCTTTTTCCCAAGT  698

seq1  AAAAGAACCATCTGTGCTAGTCATAATTTGCTGTTTATTGTTCACTGGCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAACCATCTGTGCTAGTCATAATTTGCTGTTTATTGTTCACTGGCT  748

seq1  AGAAAGCTCATGGATGCTGCATGGTGGGATCGGTCCCCAGCCTTTTTTGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCTCATGGATGCTGCATGGTGGGATCGGTCCCCAGCCTTTTTTGT  798

seq1  CCTATATTTAATGTCTAACAGCTACTGTGCTCGCCGTTCCCCACATGTCT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATTTAATGTCTAACAGCTACTGTGCTCGCCGTTCCCCACATGTCT  848

seq1  CCCCACTAGCAGTTTTCATGAAAAGGAAAACACTATGAAGTAAGATTTAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTAGCAGTTTTCATGAAAAGGAAAACACTATGAAGTAAGATTTAT  898

seq1  TTCCAAATTCTCAATCTCTCTTTGGCCACCATTGTCCATTGGACAAGGAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAATTCTCAATCTCTCTTTGGCCACCATTGTCCATTGGACAAGGAA  948

seq1  ATACATTATGCACTTCAAGTGCTCAGTTTCTTGCCTAGGTTTTGATTAGG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTATGCACTTCAAGTGCTCAGTTTCTTGCCTAGGTTTTGATTAGG  998

seq1  CAAATACTTTATATTCAAAGTGAATCCACATGGAGAGGGGAAAAATAGTG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACTTTATATTCAAAGTGAATCCACATGGAGAGGGGAAAAATAGTG  1048

seq1  TTAATTCAAAAAGGATAGAATTATTTTAAAAACTGCACAGCTGTCTTGAT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCAAAAAGGATAGAATTATTTTAAAAACTGCACAGCTGTCTTGAT  1098

seq1  ATACATAATCTTGTGATCTCAAGCTTTGAATATAAATGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAATCTTGTGATCTCAAGCTTTGAATATAAATGAATTC  1141


seq1: chr2_43094836_43095787
seq2: B6Ng01-332I04.g_221_1177

seq1  CTCAGCTTCTTTCATCCTTCCCTAATTCAACAACAGGGGTAAGTTGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTTCTTTCATCCTTCCCTAATTCAACAACAGGGGTAAGTTGCTTC  50

seq1  TGACCATTGGTTGGGTGCAAATATCTGCATTTGACTCTTTCAGCTGCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATTGGTTGGGTGCAAATATCTGCATTTGACTCTTTCAGCTGCTTG  100

seq1  TTTGGTCTTTCAGAGGGCAGTCATGATAGATCCCTTTTTGTGAGTGTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCTTTCAGAGGGCAGTCATGATAGATCCCTTTTTGTGAGTGTTAC  150

seq1  ATGGCCTCAGTAAAAGCATGAGGCCTTGAGACCTCCCCTTAAGCTGGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTCAGTAAAAGCATGAGGCCTTGAGACCTCCCCTTAAGCTGGATC  200

seq1  CCACTTTGGGTCTGTCACTGGACCTTCTTTTCCTCAGGCTCCTCTCCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTGGGTCTGTCACTGGACCTTCTTTTCCTCAGGCTCCTCTCCATT  250

seq1  TTCATCCCTGTAATTCTCTCAGACAGGAATAATTATGAGTCAGAGATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCCTGTAATTCTCTCAGACAGGAATAATTATGAGTCAGAGATGTG  300

seq1  ACTGCAGCATGGCAACTCCATCCCTCACTTGATATCCTGTCTTCCTGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGCATGGCAACTCCATCCCTCACTTGATATCCTGTCTTCCTGCTG  350

seq1  GAGGTAGGCTCTATAAGTTCCTTCTCCTTATTGTTTGGCATTTCAACTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGGCTCTATAAGTTCCTTCTCCTTATTGTTTGGCATTTCAACTAA  400

seq1  GGTCCTTCCCTTGGAGTCGTGGGAGTTTCTTACCGCCCAGGTTTCTGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTCCCTTGGAGTCGTGGGAGTTTCTTACCGCCCAGGTTTCTGGTG  450

seq1  CATTCTAGGGGTTCCCCCCAATTTCCTATTTCCTGAGAGGTTCCCTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAGGGGTTCCCCCCAATTTCCTATTTCCTGAGAGGTTCCCTGTTT  500

seq1  AATAAAAGAACTGCATTTCTAATGACACATATTAAGAACTAATATTGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGAACTGCATTTCTAATGACACATATTAAGAACTAATATTGCAG  550

seq1  CCTTAGAAAGAGTGAGAAACACTACTATAAAGGATCTCAGGGGGGAACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGAAAGAGTGAGAAACACTACTATAAAGGATCTCAGGGGGGAACTC  600

seq1  CTAGGAATAGGCCTCACCAAGTAGTGGAAAGACCTAAAAAGAAAATTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAATAGGCCTCACCAAGTAGTGGAAAGACCTAAAAAGAAAATTTTT  650

seq1  TTAACACTGAAGAAAGAAATGGAGGAGACACTAAACACAGTAATATATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACTGAAGAAAGAAATGGAGGAGACACTAAACACAGTAATATATTG  700

seq1  AAATTATGCATATTACTTAAACCTTTGCATATATGTGGTGATGAAATCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATGCATATTACTTAAACCTTTGCATATATGTGGTGATGAAATCAA  750

seq1  AATTTCAATGACAGTCTTCTTATGCATAGCAAAACCAAAACCTTAGAATG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATTTCAATGACAGTCTTCTTATGCATAGCAAAACCCAAACCTTAGAATG  800

seq1  ACTGCATGTACAAAAGAC-CCCAGAATAGTAATAATCCTGAGCAAATGCC  849
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATGTACAAAAGACTCCCAGAATAGTAATAATCCTGAGCAAATGCC  850

seq1  TGAAGTTAT-AACATGGAA-TCTTGTAATAAAAATACC-TTGGTA-TCAG  895
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||
seq2  TGAAGTTATAAACATGGAATTCTTGTAATAAAAATACCTTTGCTATTCAG  900

seq1  TAAAAAAAAAAAAAAATGAAGAAGGAGAAGAAG-AAGAAGAAGAAAAGGA  944
      |  |||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||| ||||||
seq2  T-TAAAAAAAAAAAATTGAGGAAGGAAGAGAAGAAAGAAGAAGTAAAGGA  949

seq1  GGAGGAGG  952
      ||| ||||
seq2  GGAAGAGG  957


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |