BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333C13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 142,175,669 - 142,276,499
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC668913, LOC668914, Kif16b, Snrpb2, Otor, LOC668915
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333C13.bB6Ng01-333C13.g
ACCGA119052GA119053
length1,1631,163
definitionB6Ng01-333C13.b B6Ng01-333C13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,175,669 - 142,176,831)(142,275,328 - 142,276,499)
sequence
gaattcacagagtggcattccaatttaccaccctgcagatccttctgacc
atgactgtaagtaatggcattctattagtgccagaaggctggagcagatg
gcttggtctatgagccagctgcattgcattcagatgttctaagaaatagc
tgttgagaaagactctaggtaaacagaacattgaattgaatagtagagag
gggaagtcccatcctgtctgtacccatttaccatcagctagatctttacc
atcaatgctatcacaggacttctgtaaaaacttcaaaatgagggagggga
tatactggtgcaaattcccatctggccctaacataacaaatatcaaggca
tttcctacagtataggtaatgtcaatatttgtctctagaatttttctact
ttttgccaacaccattaatagcattaaaatacagacctccttgtagtatg
gttcagctctattaccatgtgaggactttgcccaagcagtctcaatacat
gggtggtagctttgttatactgaagatgtcagcattaatagcctggtaat
tatactccctagatcagacaaccagttgtcttaaactacatgtcctgtgt
gaattagtagatagctaggcctaatttccccccttctcatttgcaaagta
acagcctcactattctcaaagagtctacgtgatgaatccaggagagggga
accagatcgccatctgggtttaaaagaagccaagaaaaaaataaccagac
aacttcttcaatatccctggaccatgtcactgtccctttcattcccattt
atcccagccaaagcatccgctgtagtcttcagtgcacctgccttcctatg
catgatctttgtgagaggattccctacaggcaaataaagactctaccctc
accttccttggtaaccaatggctgtaggagaggtccttgtgtgctgtcta
tctgggttgaagagtgtttttatagtttattgaaccaagtatcattgtcc
tcacatctgtacctttctttatgatataggcatgctcctacccaagggtt
ttcacacacttactgtttcttccctcaatgcccccctcttaagctcctaa
tattcctgtagaatcagaggattttttcagttctggctttggagtcctca
gatcagacagtgc

gaattccaatgcttctgtgtattataagcttaaaatgtgcacacatgttc
tccttgatatctattgatttctaggagatatttttcagaattaccagcaa
ttacctatgtctttttgtttcaggtttctttgctaattaaattatcccag
ataccaagtagttttggtcaaccaattaagcagttagtatttctaaatat
tgtgagattccaagacagacaattcacagctttggatccttgagaattca
cacattcatcaccatttcttggtatagtgggagggctctgaaaggcaagt
aggataattaaaatgtaggtttaaaatgtactttaaaatgactattatca
atgcagtttagtagacagactaaaggaatgtggaggaatgggtgtttcca
tttatagtcaggaagacagtacttgcggctttaagactactttgaagttt
ccttggtgacaaatgtttgtcaggatgttatggaggacagagacacaaac
agaagggcctatgatttatatatatatatatatgctagatagaatcatgt
ctccctaaaatgttcatgtcagaatccctagggacctgtgaaaatgcttg
tgtgggcctagcgttagaatctttatcctctttcaaaggtccatgtggta
tcagcttcccaggatagacttttagaaagtagtggacctttaggaggtgg
ggcttaaagtgggtggtctttgggatattaagggctttgaagaccattgt
aggacccacatcacttcctctttctttcctgcttgctccctggctcacaa
taaggtgaaagtctgttgcacaggcatcctgtcaagatgcgatgccaaac
tgcagtccccaaaagcaatgggcccactgatcataggctgaaacctctaa
acttgagccacagtgaactttcactttttttgggttgatcatcccaggtt
aatattatagtgatgacagcagactgatattgctggccaatttaaaaaaa
aaaaggtattgctggccttagagatgagaagagtacagaaatcagcatag
tggtggtctgagagctagaaaagacagaggaatgatcaccatgggtcttc
agaaaagaaccacctctctaacttaagtctactgatgaactaatggtcca
cttcgatctcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_142175669_142176831
seq2: B6Ng01-333C13.b_49_1211

seq1  GAATTCACAGAGTGGCATTCCAATTTACCACCCTGCAGATCCTTCTGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAGTGGCATTCCAATTTACCACCCTGCAGATCCTTCTGACC  50

seq1  ATGACTGTAAGTAATGGCATTCTATTAGTGCCAGAAGGCTGGAGCAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGTAAGTAATGGCATTCTATTAGTGCCAGAAGGCTGGAGCAGATG  100

seq1  GCTTGGTCTATGAGCCAGCTGCATTGCATTCAGATGTTCTAAGAAATAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTCTATGAGCCAGCTGCATTGCATTCAGATGTTCTAAGAAATAGC  150

seq1  TGTTGAGAAAGACTCTAGGTAAACAGAACATTGAATTGAATAGTAGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGAAAGACTCTAGGTAAACAGAACATTGAATTGAATAGTAGAGAG  200

seq1  GGGAAGTCCCATCCTGTCTGTACCCATTTACCATCAGCTAGATCTTTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTCCCATCCTGTCTGTACCCATTTACCATCAGCTAGATCTTTACC  250

seq1  ATCAATGCTATCACAGGACTTCTGTAAAAACTTCAAAATGAGGGAGGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGCTATCACAGGACTTCTGTAAAAACTTCAAAATGAGGGAGGGGA  300

seq1  TATACTGGTGCAAATTCCCATCTGGCCCTAACATAACAAATATCAAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGGTGCAAATTCCCATCTGGCCCTAACATAACAAATATCAAGGCA  350

seq1  TTTCCTACAGTATAGGTAATGTCAATATTTGTCTCTAGAATTTTTCTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACAGTATAGGTAATGTCAATATTTGTCTCTAGAATTTTTCTACT  400

seq1  TTTTGCCAACACCATTAATAGCATTAAAATACAGACCTCCTTGTAGTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCAACACCATTAATAGCATTAAAATACAGACCTCCTTGTAGTATG  450

seq1  GTTCAGCTCTATTACCATGTGAGGACTTTGCCCAAGCAGTCTCAATACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGCTCTATTACCATGTGAGGACTTTGCCCAAGCAGTCTCAATACAT  500

seq1  GGGTGGTAGCTTTGTTATACTGAAGATGTCAGCATTAATAGCCTGGTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTAGCTTTGTTATACTGAAGATGTCAGCATTAATAGCCTGGTAAT  550

seq1  TATACTCCCTAGATCAGACAACCAGTTGTCTTAAACTACATGTCCTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCCCTAGATCAGACAACCAGTTGTCTTAAACTACATGTCCTGTGT  600

seq1  GAATTAGTAGATAGCTAGGCCTAATTTCCCCCCTTCTCATTTGCAAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGTAGATAGCTAGGCCTAATTTCCCCCCTTCTCATTTGCAAAGTA  650

seq1  ACAGCCTCACTATTCTCAAAGAGTCTACGTGATGAATCCAGGAGAGGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTCACTATTCTCAAAGAGTCTACGTGATGAATCCAGGAGAGGGGA  700

seq1  ACCAGATCGCCATCTGGGTTTAAAAGAAGCCAAGAAAAAAATAACCAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATCGCCATCTGGGTTTAAAAGAAGCCAAGAAAAAAATAACCAGAC  750

seq1  AACTTCTTCAATATCCCTGGACCATGTCACTGTCCCTTTCATTCCCATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTTCAATATCCCTGGACCATGTCACTGTCCCTTTCATTCCCATTT  800

seq1  ATCCCAGCCAAAGCATCCGCTGTAGTCTTCAGTGCACCTGCCTTCCTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCCAAAGCATCCGCTGTAGTCTTCAGTGCACCTGCCTTCCTATG  850

seq1  CATGATCTTTGTGAGAGGATTCCCTACAGGCAAATAAAGACTCTACCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCTTTGTGAGAGGATTCCCTACAGGCAAATAAAGACTCTACCCTC  900

seq1  ACCTTCCTTGGTAACCAATGGCTGTAGGAGAGGTCCTTGTGTGCTGTCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCTTGGTAACCAATGGCTGTAGGAGAGGTCCTTGTGTGCTGTCTA  950

seq1  TCTGGGTTGAAGAGTGTTTTTATAGTTTATTGAACCAAGTATCATTGTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTTGAAGAGTGTTTTTATAGTTTATTGAACCAAGTATCATTGTCC  1000

seq1  TCACATCTGTACCTTTCTTTATGATATAGGCATGCTCCTACCCAAGGGTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCTGTACCTTTCTTTATGATATAGGCATGCTCCTACCCAAGGGTT  1050

seq1  TT--CACACTTACTGTTTCTTTCCCTCAATG-CCCCCTCTTAAGCTCCTA  1097
      ||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCACACACTTACTGTTTC-TTCCCTCAATGCCCCCCTCTTAAGCTCCTA  1099

seq1  ATA-TCCTGTAG-ATCAGAGGATTTTTTTCAGTTCTGGCTTTTGAGTCCT  1145
      ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATATTCCTGTAGAATCAGAGGA-TTTTTTCAGTTCTGGCTTTGGAGTCCT  1148

seq1  CAGAATTCAGAACAGTGC  1163
      ||||  |||| |||||||
seq2  CAGA--TCAG-ACAGTGC  1163


seq1: chr2_142275328_142276499
seq2: B6Ng01-333C13.g_66_1228 (reverse)

seq1  TTTGTAGATCAGAAGTGGAACA-TAG-TCATCAGTAGACCTAAGTTTAAG  48
      |||| ||||| |||||||| || ||| |||||||||||| ||||||  ||
seq2  TTTG-AGATC-GAAGTGGACCATTAGTTCATCAGTAGACTTAAGTTAGAG  48

seq1  AGAGTGG-TCTTTTCTGGAAGACCCATGGTGAATTCATTCTCTTGTCTTT  97
      || |||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||   |||||||
seq2  AG-GTGGTTCTTTTCT-GAAGACCCATGGTGA--TCATTCCTCTGTCTTT  94

seq1  TCTAGCTTCTCAGACCACCACTATGCCTGATTTCTGTACTCTTTCTCATC  147
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TCTAGC-TCTCAGACCACCACTATG-CTGATTTCTGTACTC-TTCTCAT-  140

seq1  CTCTAAGGCCAGCAATACCTTTTTTTTTTTAAATTGGCCAGCAATATCAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGGCCAGCAATACCTTTTTTTTTTTAAATTGGCCAGCAATATCAG  190

seq1  TCTGCTTGTCATCACTATAATATTAACCTGGGATGATCAACCCAAAAAAA  247
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGC-TGTCATCACTATAATATTAACCTGGGATGATCAACCCAAAAAAA  239

seq1  GTGAAAGTTCACTGTGGCTCAAGTTTAGAGGTTTCAGCCTATGATCAGTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGTTCACTGTGGCTCAAGTTTAGAGGTTTCAGCCTATGATCAGTG  289

seq1  GGCCCATTGCTTTTGGGGACTGCAGTTTGGCATCGCATCTTGACAGGATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCATTGCTTTTGGGGACTGCAGTTTGGCATCGCATCTTGACAGGATG  339

seq1  CCTGTGCAACAGACTTTCACCTTATTGTGAGCCAGGGAGCAAGCAGGAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCAACAGACTTTCACCTTATTGTGAGCCAGGGAGCAAGCAGGAAA  389

seq1  GAAAGAGGAAGTGATGTGGGTCCTACAATGGTCTTCAAAGCCCTTAATAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGGAAGTGATGTGGGTCCTACAATGGTCTTCAAAGCCCTTAATAT  439

seq1  CCCAAAGACCACCCCACTTTAAGCCCCACCTCCTAAAGGTCCACTACTTT  497
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGACCA-CCCACTTTAAGCCCCACCTCCTAAAGGTCCACTACTTT  488

seq1  CTAAAAGTCTATCCTGGGAAGCTGATACCACATGGACCTTTGAAAGAGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGTCTATCCTGGGAAGCTGATACCACATGGACCTTTGAAAGAGGA  538

seq1  TAAAGATTCTAACGCTAGGCCCACACAAGCATTTTCACAGGTCCCTAGGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATTCTAACGCTAGGCCCACACAAGCATTTTCACAGGTCCCTAGGG  588

seq1  ATTCTGACATGAACATTTTAGGGAGACATGATTCTATCTAGCATATATAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGACATGAACATTTTAGGGAGACATGATTCTATCTAGCATATATAT  638

seq1  ATATATATAAATCATAGGCCCTTCTGTTTGTGTCTCTGTCCTCCATAACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATAAATCATAGGCCCTTCTGTTTGTGTCTCTGTCCTCCATAACA  688

seq1  TCCTGACAAACATTTGTCACCAAGGAAACTTCAAAGTAGTCTTAAAGCCG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACAAACATTTGTCACCAAGGAAACTTCAAAGTAGTCTTAAAGCCG  738

seq1  CAAGTACTGTCTTCCTGACTATAAATGGAAACACCCATTCCTCCACATTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACTGTCTTCCTGACTATAAATGGAAACACCCATTCCTCCACATTC  788

seq1  CTTTAGTCTGTCTACTAAACTGCATTGATAATAGTCATTTTAAAGTACAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTCTGTCTACTAAACTGCATTGATAATAGTCATTTTAAAGTACAT  838

seq1  TTTAAACCTACATTTTAATTATCCTACTTGCCTTTCAGAGCCCTCCCACT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACCTACATTTTAATTATCCTACTTGCCTTTCAGAGCCCTCCCACT  888

seq1  ATACCAAGAAATGGTGATGAATGTGTGAATTCTCAAGGATCCAAAGCTGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAAGAAATGGTGATGAATGTGTGAATTCTCAAGGATCCAAAGCTGT  938

seq1  GAATTGTCTGTCTTGGAATCTCACAATATTTAGAAATACTAACTGCTTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTCTGTCTTGGAATCTCACAATATTTAGAAATACTAACTGCTTAA  988

seq1  TTGGTTGACCAAAACTACTTGGTATCTGGGATAATTTAATTAGCAAAGAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGACCAAAACTACTTGGTATCTGGGATAATTTAATTAGCAAAGAA  1038

seq1  ACCTGAAACAAAAAGACATAGGTAATTGCTGGTAATTCTGAAAAATATCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAAACAAAAAGACATAGGTAATTGCTGGTAATTCTGAAAAATATCT  1088

seq1  CCTAGAAATCAATAGATATCAAGGAGAACATGTGTGCACATTTTAAGCTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAAATCAATAGATATCAAGGAGAACATGTGTGCACATTTTAAGCTT  1138

seq1  ATAATACACAGAAGCATTGGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACACAGAAGCATTGGAATTC  1163


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |