BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335N24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 24,886,221 - 25,075,295
singlet/doubletdoublet
Overlap genePnpla7, Nelf, Entpd8, Noxa1, Nrarp, A830007P12Rik, A730008L03Rik, 4933433C11Rik, BC061039
Upstream geneHnmt, Tbpl2, Il1f8, LOC215253, Il1f9, Il1f6, LOC620156, Il1f5, Il1f10, Il1rn, Psd4, Pax8, LOC433410, LOC664938, Cacna1b, Ehmt1, Arrdc1, Zmynd19, Wdr85, Mrpl41
Downstream geneTubb2c, Slc34a3, Gm757, 2310002J15Rik, Rnf208, LOC100039232, Ndor1, C730025P13Rik, C430004E15Rik, Ssna1, Anapc2, 4930571C24Rik, BC004853, Grin1, Man1b1, Dpp7, Uap1l1, 2010317E24Rik, Entpd2, Npdc1, Fut7, Abca2, Clic3, BC029214, Ptgds, EG665070, Lcn12, C8g, Fbxw5, Traf2, Edf1, Mamdc4, Phpt1, Gm996, LOC100039887, B230208H17Rik, 4921530D09Rik, Tmem141, Fcna, Lcn8, Lcn5, LOC620709, Lcn10, Lcn13, Bmyc, LOC383678, Lcn3, Lcn11, LOC620858, Glt6d1, Lcn9, Sohlh1, Kcnt1, Camsap1, LOC100040100, LOC665199, Ubadc1, Btbd14a, C330006A16Rik, Lhx3, Qscn6l1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335N24.bB6Ng01-335N24.g
ACCGA120966GA120967
length9581,015
definitionB6Ng01-335N24.b B6Ng01-335N24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,074,339 - 25,075,295)(24,886,221 - 24,887,225)
sequence
gaattcaacctacattatctagaagacttgcaaatgattttttaaaaaaa
ttttttgcaaatgcttttaatagctaaaccatctctccagctcagcaccc
aaccattctcaacactctccatccacgagctggcgagatggctcagaggg
taagagcactgactcctcttctgaaggtcctgagttcaaatcccagcaac
cacatggtggctcacaaccaccagtaatgagatctgacaccctcttctgg
tgtgtctgatacagtgtacttacatataacaaataaatctttaacaaaaa
aacaaaaaacactctccatcccttacccctcggacagctccaaaagagac
aaattttaaaaggaggtatataggtccttcagttaatcgcctatcttatg
tgctccaacgttgcacttaagtctgtgtaggtatgcacgcacagtctttg
gagttgttttttttcttttttcttttgcagtgctggagattttgcatgtg
tatgctaggcaagcaccctacctctgtaaggctacatctgtcttgtctgt
ttttgggttttcttggcttacacttatcccatctctaaaccacttcttcc
tatggaaagaaagtctagcatttgcttatccagtttctgccagctattta
cctgccacagtttttgcccttgacagacatgcattcaggttgaggccaca
gggaggggcaaggcctagccttcctctacagttccacctcagagttttcc
tgtcccagagctcttcatccctggtgatttctattccatccttagtagcc
ctggctttgggcctcttcagcattggtcctcatcctcttggagtccagga
agccccagccctactgcacatcccttgcccagccccaaccgttctctctg
tagagctcccagctcttactccagggatgtagtggggttctggagtgaag
aggttgtg
gaattctctatgtagaccaggctggctttgaactcacagaaatcagtctg
cccctgcttccacagtcctggaattaaaggcatgtgtcccccatgcctgg
cttgtttggtattcttgaaacatactacaggtgtagaggaagtcccgttc
atttgaggtgacactggtcggatagtttaagcagagtccagtgcaatgtt
gggttgctcgatagagaaaacttctttattttgagacaattgtaggataa
caagaaatggccaatcaatgaggaaaggcccccatggcctttcccagtgt
cacctctgatgacactgtatatgaggctaagatcagcaacatgatatttt
gtattctgtaaaggttagctccagattcattagctgtttttgtgtatgta
tatacacatgtatgtatgtgaatgcacatgtgcttcctcctttgacacag
acatagctaagaccacaccaaagctgcaactctcattgctatagaaacct
tgcagctgccacttagaagccgccacattctatcaactccctactgactg
atatctaaacagctgtccttgatactgactgctatccttctgatctgaga
aatttatacacatagaattatagcatgtggccatatgagatttctttttt
caaatacggagcccttcacacactggcatgccatctttgttcagaggcca
tgctaatctttgtactttttcagttttagtatatgtgctgccagagcaag
catggcttgctttctttactgctagagtgtattcacaccactaaagggca
tgattcagttaactttagttacccattattgaagggtgctttggatggtt
tcccagttttgggaatattgtgaattaaattgctgttatcatttgtgtag
tagatgtgttagggtctaggagtggccccacaaaccacatgaacaccaat
gtcagttaaaaggggatggaatggcttattgaatgcacacccctcaagta
ctgattccaccgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_25074339_25075295
seq2: B6Ng01-335N24.b_49_1006 (reverse)

seq1  CACAACCTCTTCACTCCAGAACCCCACTACATCCCTGG-GTAAGAGCTGG  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CACAACCTCTTCACTCCAGAACCCCACTACATCCCTGGAGTAAGAGCTGG  50

seq1  GAGCTCTACAGAGAGAACGGTTGGGGCTGGGCAAGGGATGTGCAGTAGGG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTACAGAGAGAACGGTTGGGGCTGGGCAAGGGATGTGCAGTAGGG  100

seq1  CTGGGGCTTCCTGGACTCCAAGAGGATGAGGACCAATGCTGAAGAGGCCC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCTTCCTGGACTCCAAGAGGATGAGGACCAATGCTGAAGAGGCCC  150

seq1  AAAGCCAGGGCTACTAAGGATGGAATAGAAATCACCAGGGATGAAGAGCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGGGCTACTAAGGATGGAATAGAAATCACCAGGGATGAAGAGCT  200

seq1  CTGGGACAGGAAAACTCTGAGGTGGAACTGTAGAGGAAGGCTAGGCCTTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACAGGAAAACTCTGAGGTGGAACTGTAGAGGAAGGCTAGGCCTTG  250

seq1  CCCCTCCCTGTGGCCTCAACCTGAATGCATGTCTGTCAAGGGCAAAAACT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCTGTGGCCTCAACCTGAATGCATGTCTGTCAAGGGCAAAAACT  300

seq1  GTGGCAGGTAAATAGCTGGCAGAAACTGGATAAGCAAATGCTAGACTTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGGTAAATAGCTGGCAGAAACTGGATAAGCAAATGCTAGACTTTC  350

seq1  TTTCCATAGGAAGAAGTGGTTTAGAGATGGGATAAGTGTAAGCCAAGAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATAGGAAGAAGTGGTTTAGAGATGGGATAAGTGTAAGCCAAGAAA  400

seq1  ACCCAAAAACAGACAAGACAGATGTAGCCTTACAGAGGTAGGGTGCTTGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAAAACAGACAAGACAGATGTAGCCTTACAGAGGTAGGGTGCTTGC  450

seq1  CTAGCATACACATGCAAAATCTCCAGCACTGCAAAAGAAAAAAGAAAAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATACACATGCAAAATCTCCAGCACTGCAAAAGAAAAAAGAAAAAA  500

seq1  AACAACTCCAAAGACTGTGCGTGCATACCTACACAGACTTAAGTGCAACG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTCCAAAGACTGTGCGTGCATACCTACACAGACTTAAGTGCAACG  550

seq1  TTGGAGCACATAAGATAGGCGATTAACTGAAGGACCTATATACCTCCTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCACATAAGATAGGCGATTAACTGAAGGACCTATATACCTCCTTT  600

seq1  TAAAATTTGTCTCTTTTGGAGCTGTCCGAGGGGTAAGGGATGGAGAGTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTGTCTCTTTTGGAGCTGTCCGAGGGGTAAGGGATGGAGAGTGT  650

seq1  TTTTTGTTTTTTTGTTAAAGATTTATTTGTTATATGTAAGTACACTGTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTTTTTGTTAAAGATTTATTTGTTATATGTAAGTACACTGTAT  700

seq1  CAGACACACCAGAAGAGGGTGTCAGATCTCATTACTGGTGGTTGTGAGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACACCAGAAGAGGGTGTCAGATCTCATTACTGGTGGTTGTGAGCC  750

seq1  ACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCAGAAGAGGAGTCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCAGAAGAGGAGTCAG  800

seq1  TGCTCTTACCCTCTGAGCCATCTCGCCAGCTCGTGGATGGAGAGTGTTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTACCCTCTGAGCCATCTCGCCAGCTCGTGGATGGAGAGTGTTGA  850

seq1  GAATGGTTGGGTGCTGAGCTGGAGAGATGGTTTAGCTATTAAAAGCATTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGTTGGGTGCTGAGCTGGAGAGATGGTTTAGCTATTAAAAGCATTT  900

seq1  GCAAAAAATTTTTTTAAAAAATCATTTGCAAGTCTTCTAGATAATGTAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAATTTTTTTAAAAAATCATTTGCAAGTCTTCTAGATAATGTAGG  950

seq1  TTGAATTC  957
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  958

seq1: chr2_24886221_24887225
seq2: B6Ng01-335N24.g_70_1084

seq1  GAATTCTCTATGTAGACCAGGCTGGCTTTGAACTCACAGAAATCAGTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATGTAGACCAGGCTGGCTTTGAACTCACAGAAATCAGTCTG  50

seq1  CCCCTGCTTCCACAGTCCTGGAATTAAAGGCATGTGTCCCCCATGCCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCTTCCACAGTCCTGGAATTAAAGGCATGTGTCCCCCATGCCTGG  100

seq1  CTTGTTTGGTATTCTTGAAACATACTACAGGTGTAGAGGAAGTCCCGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTGGTATTCTTGAAACATACTACAGGTGTAGAGGAAGTCCCGTTC  150

seq1  ATTTGAGGTGACACTGGTCGGATAGTTTAAGCAGAGTCCAGTGCAATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGGTGACACTGGTCGGATAGTTTAAGCAGAGTCCAGTGCAATGTT  200

seq1  GGGTTGCTCGATAGAGAAAACTTCTTTATTTTGAGACAATTGTAGGATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGCTCGATAGAGAAAACTTCTTTATTTTGAGACAATTGTAGGATAA  250

seq1  CAAGAAATGGCCAATCAATGAGGAAAGGCCCCCATGGCCTTTCCCAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAATGGCCAATCAATGAGGAAAGGCCCCCATGGCCTTTCCCAGTGT  300

seq1  CACCTCTGATGACACTGTATATGAGGCTAAGATCAGCAACATGATATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTGATGACACTGTATATGAGGCTAAGATCAGCAACATGATATTTT  350

seq1  GTATTCTGTAAAGGTTAGCTCCAGATTCATTAGCTGTTTTTGTGTATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTGTAAAGGTTAGCTCCAGATTCATTAGCTGTTTTTGTGTATGTA  400

seq1  TATACACATGTATGTATGTGAATGCACATGTGCTTCCTCCTTTGACACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACATGTATGTATGTGAATGCACATGTGCTTCCTCCTTTGACACAG  450

seq1  ACATAGCTAAGACCACACCAAAGCTGCAACTCTCATTGCTATAGAAACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCTAAGACCACACCAAAGCTGCAACTCTCATTGCTATAGAAACCT  500

seq1  TGCAGCTGCCACTTAGAAGCCGCCACATTCTATCAACTCCCTACTGACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTGCCACTTAGAAGCCGCCACATTCTATCAACTCCCTACTGACTG  550

seq1  ATATCTAAACAGCTGTCCTTGATACTGACTGCTATCCTTCTGATCTGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAAACAGCTGTCCTTGATACTGACTGCTATCCTTCTGATCTGAGA  600

seq1  AATTTATACACATAGAATTATAGCATGTGGCCATATGAGATTTCTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATACACATAGAATTATAGCATGTGGCCATATGAGATTTCTTTTTT  650

seq1  CAAATACGGAGCCCTTCACACACTGGCATGCCATCTTTGTTCAGAGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACGGAGCCCTTCACACACTGGCATGCCATCTTTGTTCAGAGGCCA  700

seq1  TGCTAATCTTTGTACTTTTTCAGTTTTAGTATATGTGCTGCCAGAGCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAATCTTTGTACTTTTTCAGTTTTAGTATATGTGCTGCCAGAGCAAG  750

seq1  CATGGCTTGCTTTCTTTACTGCTAGAGTGTATTCACACCACTAAA-GGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATGGCTTGCTTTCTTTACTGCTAGAGTGTATTCACACCACTAAAGGGCA  800

seq1  TGATTCAGTTAAC-TTAGTTACCCATTATTGAAGGGTGC-TTGGATGGTT  847
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGATTCAGTTAACTTTAGTTACCCATTATTGAAGGGTGCTTTGGATGGTT  850

seq1  T-CCAG-TTTGGGAATATTGTGAATTAAATTGCTGTTATCATTTGTGTAG  895
      | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTTTTGGGAATATTGTGAATTAAATTGCTGTTATCATTTGTGTAG  900

seq1  TAGATGTGTTAGGGTCTAGGAGTTGCCCCACAAACCACATGAACACCAAT  945
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTGTTAGGGTCTAGGAGTGGCCCCACAAACCACATGAACACCAAT  950

seq1  GTCAGTTAAAAGGGGATGG-ATGGCTTATTGAATGCACACCC--CAAG-A  991
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |
seq2  GTCAGTTAAAAGGGGATGGAATGGCTTATTGAATGCACACCCCTCAAGTA  1000

seq1  CTGA-TCCACCGGGG  1005
      |||| ||||||||||
seq2  CTGATTCCACCGGGG  1015