BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336A13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 53,907,809 - 54,042,007
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRprm
Upstream geneFmnl2, Prpf40a, Arl6ip6, LOC666872, LOC666876, LOC207933
Downstream geneLOC666913, LOC626563, LOC100041792, LOC100042878, Galnt13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336A13.bB6Ng01-336A13.g
ACCGA121083GA121084
length1,1781,130
definitionB6Ng01-336A13.b B6Ng01-336A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,040,834 - 54,042,007)(53,907,809 - 53,908,943)
sequence
gaattctcattacagtttatttagtgtaatttgtgctcattatgttatag
ggttttaaatcattaaagacaacattttgtcatcactaccaacataaact
ctactttggaatacatactatcaagtcatggaaaacatttatcagtagtt
aagatacttagaaatgaaggtcttgatttaccaatgagtttctggcccat
tctgtaccctaaattaagagcagtgaagcatatgagataaatgaacttaa
ggtgtgtctcagtatattgcccttggtgtcagtcatcttctggttcagct
tctccttctggtctttgctttcccaggccttggctttcctactgggacca
ccactcttgctcttgcattgacaataatctcttcaagctgagtttgtcca
attctgacttctatgaacatgaatagttggatctgaccactctgtgcatt
tcatctttctagttgtcatgacttgcccctggggaatcatttcaaaacct
tatatgcattaagagttagaagcagatatttgtaggactccttcagtctt
ttctctcaatcagagatgctcatctaaattagaaagtttttttggtgagt
ggattctcgaccagatcaattcaagaaccatgagaaagttagttcataag
ttctttttttctttttaaatttaaacattttgtctgggattaatatagct
atgatagctctcatctcattaaaatttacccaaattattttctttttgca
cctgaattttaaaattaatcttgttctttgataattgcacacatgtatat
aacatattctgattattctctgttctctgtattcttatctcactcataca
ctcatatatgtaactacactcatatatgtaacagcctctttttttttttt
tttttaacaaaagaccttatttattatttagaatttgggtttcagtatgt
cattcagactgaccaaaactaactatgtagatcagttgggcttgcattta
cagaattcttgttgactttgtctcttctataagatttgttttaattttgt
ttatggatgtgtcttaaagtgcatgcatgcgtgtgtacaggtgccagtgg
aggccatataataggactcgatcaaacccttctctgtgaaacactggagc
tctcttcttagaaattgagtgtcaaata

gaattcaaacctaggtgtgtgtgattccaaagatcgctgcctaattttca
ttcttttccttgtgactccaggtttcattcccaatgtgtcactgactgtg
agcatcctcagctgttgccaggttggcctcaagcttttaccggcggaaaa
cctgaccactatctctaaccacattcaaagctccaatgctaattccttcg
tatgcaataccatcttcatcccattgaagtgactgggaagcacagaaaag
ccacgggcgcatttatctcctggcttctctcatactcaatcaacctttaa
gccatgttagttttccctcttcagtgttgttcaattaaaagacatttttc
tgtgtaaagggctgttactttagatgagactactgtaagctcttgtcttg
ccctcccgtggtagtttcctttggctatggcctcatggctcccatgtgtt
ctccacagaaagccagggagatcctgtacatactgaagtcaatcaccctt
attcaagctgaagtccttgctctctctaaatatttcaacagtgctttcta
tcactctaagtacaaagatcagaatctgtaacaggacctaaaataccacc
tcggctgactcttgtgtccttgccatgacttcacatgctgtgagaccttt
tctcctgctctcttcattttagcttcaaagagaaagcatcacatttctgc
catgtttgggcctttgtacaaagggttctttgtgcctagtaaactccagc
cacccctgtgtgaaaaaatactttgttttgttctcagtttatcttcccaa
gggagaaaagtttccagtacccatagatggattccttccactatttgatg
cccaatttaacttcttttgcaccagtactaaatttaaaattttgtttaac
agtatataattatctgataaattctagacctcattgtatggagttatttt
tacacactattatgtttccaaaacacatctaatttgttggaaagaaaatt
tgatcagcctaggacgatgataaatgcatttgtagcttcttattcctccc
atggaattatgaaatagtcttccctcatatactactgaaaagctttccaa
ccccttttcagtgagcaataagaatacacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_54040834_54042007
seq2: B6Ng01-336A13.b_45_1222 (reverse)

seq1  TATTTG--ACTCAATATCT---AAGAGAGCT-CAGTGGTCTCACAGAGAA  44
      ||||||  ||||||| |||   ||||||||| |||| || ||||||||||
seq2  TATTTGACACTCAATTTCTAAGAAGAGAGCTCCAGT-GTTTCACAGAGAA  49

seq1  GGGTTTTGATCTGATGTCCTAT--TATGGCCTCCACTGGCACCTGTACAC  92
      ||| ||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGG-TTTGATC-GA-GTCCTATTATATGGCCTCCACTGGCACCTGTACAC  96

seq1  ACGCATGCATGCACTCTAAGACACATCCATAAACAAAATTAAAACAAATC  142
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATGCATGCACTTTAAGACACATCCATAAACAAAATTAAAACAAATC  146

seq1  TTTATAG-AGAGACAAAGTCAAC-AGAATTCTGTAAATGCAAGCCCAACC  190
       |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  -TTATAGAAGAGACAAAGTCAACAAGAATTCTGTAAATGCAAGCCCAA-C  194

seq1  TGATCTACATAGTTAGTTTTGGTCAGTCTGAATGACATACTGAAACCCAA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTACATAGTTAGTTTTGGTCAGTCTGAATGACATACTGAAACCCAA  244

seq1  ATTCTAAATAATAAATAAGGTCTTTTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAATAATAAATAAGGTCTTTTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGG  294

seq1  CTGTTACATATATGAGTGTAGTTACATATATGAGTGTATGAGTGAGATAA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACATATATGAGTGTAGTTACATATATGAGTGTATGAGTGAGATAA  344

seq1  GAATACAGAGAACAGAGAATAATCAGAATATGTTATATACATGTGTGCAA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAGAGAACAGAGAATAATCAGAATATGTTATATACATGTGTGCAA  394

seq1  TTATCAAAGAACAAGATTAATTTTAAAATTCAGGTGCAAAAAGAAAATAA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAAGAACAAGATTAATTTTAAAATTCAGGTGCAAAAAGAAAATAA  444

seq1  TTTGGGTAAATTTTAATGAGATGAGAGCTATCATAGCTATATTAATCCCA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTAAATTTTAATGAGATGAGAGCTATCATAGCTATATTAATCCCA  494

seq1  GACAAAATGTTTAAATTTAAAAAGAAAAAAAGAACTTATGAACTAACTTT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAATGTTTAAATTTAAAAAGAAAAAAAGAACTTATGAACTAACTTT  544

seq1  CTCATGGTTCTTGAATTGATCTGGTCGAGAATCCACTCACCAAAAAAACT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGTTCTTGAATTGATCTGGTCGAGAATCCACTCACCAAAAAAACT  594

seq1  TTCTAATTTAGATGAGCATCTCTGATTGAGAGAAAAGACTGAAGGAGTCC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATTTAGATGAGCATCTCTGATTGAGAGAAAAGACTGAAGGAGTCC  644

seq1  TACAAATATCTGCTTCTAACTCTTAATGCATATAAGGTTTTGAAATGATT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATATCTGCTTCTAACTCTTAATGCATATAAGGTTTTGAAATGATT  694

seq1  CCCCAGGGGCAAGTCATGACAACTAGAAAGATGAAATGCACAGAGTGGTC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGGGCAAGTCATGACAACTAGAAAGATGAAATGCACAGAGTGGTC  744

seq1  AGATCCAACTATTCATGTTCATAGAAGTCAGAATTGGACAAACTCAGCTT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCAACTATTCATGTTCATAGAAGTCAGAATTGGACAAACTCAGCTT  794

seq1  GAAGAGATTATTGTCAATGCAAGAGCAAGAGTGGTGGTCCCAGTAGGAAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGATTATTGTCAATGCAAGAGCAAGAGTGGTGGTCCCAGTAGGAAA  844

seq1  GCCAAGGCCTGGGAAAGCAAAGACCAGAAGGAGAAGCTGAACCAGAAGAT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCCTGGGAAAGCAAAGACCAGAAGGAGAAGCTGAACCAGAAGAT  894

seq1  GACTGACACCAAGGGCAATATACTGAGACACACCTTAAGTTCATTTATCT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGACACCAAGGGCAATATACTGAGACACACCTTAAGTTCATTTATCT  944

seq1  CATATGCTTCACTGCTCTTAATTTAGGGTACAGAATGGGCCAGAAACTCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCTTCACTGCTCTTAATTTAGGGTACAGAATGGGCCAGAAACTCA  994

seq1  TTGGTAAATCAAGACCTTCATTTCTAAGTATCTTAACTACTGATAAATGT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAATCAAGACCTTCATTTCTAAGTATCTTAACTACTGATAAATGT  1044

seq1  TTTCCATGACTTGATAGTATGTATTCCAAAGTAGAGTTTATGTTGGTAGT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATGACTTGATAGTATGTATTCCAAAGTAGAGTTTATGTTGGTAGT  1094

seq1  GATGACAAAATGTTGTCTTTAATGATTTAAAACCCTATAACATAATGAGC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAAAATGTTGTCTTTAATGATTTAAAACCCTATAACATAATGAGC  1144

seq1  ACAAATTACACTAAATAAACTGTAATGAGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTACACTAAATAAACTGTAATGAGAATTC  1178


seq1: chr2_53907809_53908943
seq2: B6Ng01-336A13.g_64_1193

seq1  GAATTCAAACCTAGGTGTGTGTGATTCCAAAGATCGCTGCCTAATTTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCTAGGTGTGTGTGATTCCAAAGATCGCTGCCTAATTTTCA  50

seq1  TTCTTTTCCTTGTGACTCCAGGTTTCATTCCCAATGTGTCACTGACTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCCTTGTGACTCCAGGTTTCATTCCCAATGTGTCACTGACTGTG  100

seq1  AGCATCCTCAGCTGTTGCCAGGTTGGCCTCAAGCTTTTACCGGCGGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCTCAGCTGTTGCCAGGTTGGCCTCAAGCTTTTACCGGCGGAAAA  150

seq1  CCTGACCACTATCTCTAACCACATTCAAAGCTCCAATGCTAATTCCTTCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCACTATCTCTAACCACATTCAAAGCTCCAATGCTAATTCCTTCG  200

seq1  TATGCAATACCATCTTCATCCCATTGAAGTGACTGGGAAGCACAGAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAATACCATCTTCATCCCATTGAAGTGACTGGGAAGCACAGAAAAG  250

seq1  CCACGGGCGCATTTATCTCCTGGCTTCTCTCATACTCAATCAACCTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGGCGCATTTATCTCCTGGCTTCTCTCATACTCAATCAACCTTTAA  300

seq1  GCCATGTTAGTTTTCCCTCTTCAGTGTTGTTCAATTAAAAGACATTTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTTAGTTTTCCCTCTTCAGTGTTGTTCAATTAAAAGACATTTTTC  350

seq1  TGTGTAAAGGGCTGTTACTTTAGATGAGACTACTGTAAGCTCTTGTCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAAAGGGCTGTTACTTTAGATGAGACTACTGTAAGCTCTTGTCTTG  400

seq1  CCCTCCCGTGGTAGTTTCCTTTGGCTATGGCCTCATGGCTCCCATGTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCGTGGTAGTTTCCTTTGGCTATGGCCTCATGGCTCCCATGTGTT  450

seq1  CTCCACAGAAAGCCAGGGAGATCCTGTACATACTGAAGTCAATCACCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACAGAAAGCCAGGGAGATCCTGTACATACTGAAGTCAATCACCCTT  500

seq1  ATTCAAGCTGAAGTCCTTGCTCTCTCTAAATATTTCAACAGTGCTTTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGCTGAAGTCCTTGCTCTCTCTAAATATTTCAACAGTGCTTTCTA  550

seq1  TCACTCTAAGTACAAAGATCAGAATCTGTAACAGGACCTAAAATACCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTAAGTACAAAGATCAGAATCTGTAACAGGACCTAAAATACCACC  600

seq1  TCGGCTGACTCTTGTGTCCTTGCCATGACTTCACATGCTGTGAGACCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCTGACTCTTGTGTCCTTGCCATGACTTCACATGCTGTGAGACCTTT  650

seq1  TCTCCTGCTCTCTTCATTTTAGCTTCAAAGAGAAAGCATCACATTTCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGCTCTCTTCATTTTAGCTTCAAAGAGAAAGCATCACATTTCTGC  700

seq1  CATGTTTGGGCCTTTGTACAAAGGGTTCTTTGTGCCTAGTAAACTCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTGGGCCTTTGTACAAAGGGTTCTTTGTGCCTAGTAAACTCCAGC  750

seq1  CACCCCTGTGTGAAAAAATACTTTGTTTTGTTCTCAGTTTATCTTCCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTGTGTGAAAAAATACTTTGTTTTGTTCTCAGTTTATCTTCCCAA  800

seq1  GGGAGAAAAGTTTCCAGTACCCATAGATGGATTCCTTCCACTATTTGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAAAGTTTCCAGTACCCATAGATGGATTCCTTCCACTATTTGATG  850

seq1  CCCAATTTAACTTCTTTTGCACCAGTACTAAATTTAAAATTTTGTTTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTTAACTTCTTTTGCACCAGTACTAAATTTAAAATTTTGTTTAAC  900

seq1  AGTATATAATTATCTGATAAATTCTAGACCTCATTGTATGGAGTTATTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATAATTATCTGATAAATTCTAGACCTCATTGTATGGAGTTATTTT  950

seq1  TACACACTATTATGTTTCCAAAACACATCTAATTTGTTGGAAAGAAAATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACTATTATGTTTCCAAAACACATCTAATTTGTTGGAAAGAAAATT  1000

seq1  TGATCAAGCCTAGGGACGATGAATAAAATGCATTTGTAGCTTC-TATTCC  1049
      ||||| |||||| |||||||||   |||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGATC-AGCCTA-GGACGATGA--TAAATGCATTTGTAGCTTCTTATTCC  1046

seq1  TCCCATGGAATTATGAAATAGTCTTCCCTCATATAACTACTGAAAAAGGC  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||
seq2  TCCCATGGAATTATGAAATAGTCTTCCCTCATAT-ACTACTGAAAA--GC  1093

seq1  TTTTCCCACCCC-TTTCAGTGAGCAATAAG-ATACACC  1135
       ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  -TTTCCAACCCCTTTTCAGTGAGCAATAAGAATACACC  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |