BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336B02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 127,698,392 - 127,829,594
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAcoxl
Upstream geneTrpm7, 2010106G01Rik, Ap4e1, Blvra, Ncaph, 1700041B20Rik, 1810024B03Rik, LOC100043408, Ascc3l1, Ciao1, Tmem127, ENSMUSG00000074822, Stard7, Dusp2, Astl, Adra2b, A530057A03Rik, Fahd2a, Kcnip3, Prom2, Zfp661, Mrps5, Mal, LOC668892, Mall, Nphp1, 1500011K16Rik, Bub1
Downstream geneBcl2l11, LOC100043424, LOC100043729, LOC383791, LOC100043730, Gm355, Anapc1, Mertk, Tmem87b, 1600015H20Rik, Zc3h8, LOC100043735, LOC100043736, Zc3h6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336B02.bB6Ng01-336B02.g
ACCGA121109GA121110
length9361,154
definitionB6Ng01-336B02.b B6Ng01-336B02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,698,392 - 127,699,356)(127,828,465 - 127,829,594)
sequence
gaattctaaaattacacagaagctcaatttccttatataagtagcagagt
gtttgtgtaagacctaccacatcctcctgcatactttatatcatttttga
tgccttctatcatctaatatggtacaggtgtcgtatacctgttgaactgt
atcatttagggaacaaggataagagaacaatgtctgctgattgtcagtat
agttgtaattaatatgtatatcaatgcatagttggttgaatccaatgagg
tgggattcatggagatagatggccagttacttgtgttatgcaatgttctt
tgtgtgtgtttgtatgagtgtgtggtgtatgtgcacatgtgtgcacacgt
gcccgtgtatatggaggctagaagaagacatagagtgccttgcttgatca
ttctccatcacacgatggagacagggtctgtcactgaatctggaaggaat
taggctagcagtcagatcctcctgtctcttccccctcacagtatggggtt
acaggcatgtagggtcacacctggctttttacctgggtcttggggactta
aactcaggtcctcacgtgagcagcaggtattcttccccactgagccatct
cccagcccctacgtggtgttcttaaccatgacttgcatggttttatgcga
cagcctgaaggcagcacactgtcctttgttctccttttacttcatgtgat
gaactctgacctttttcttttcattttgtctttgtgcttctatttttgcc
attattcctttctcttttctttagaatgctaatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatcgatcttcctatctatctatcta
tcatctatcttctatccatctatctatctatttatcttctatcatctatc
tatctatctatcatctatctatctatctatctatct
gaattctgtccccaaatgcctgccttgtgttgtggataccaggctgtcta
taatgaatcagactttgtcctgccctcaagaaagacagaaatcaatggat
agactagtaaaataaaattgatcattaaaaatctgtggtaatgggactgg
ggcaacagatagcccagtaaagtgatggttgtgcatgtgctgggacccag
gttagatccccagaacccatggaaacaaataaaatagcagggtgtgtttg
taatccccccactggggaagcagagacaggtggatccttgtcctacttgg
caaatgccaggcaagtgagagatgctatgttaataagacaaaggtggaca
gtgccagaggaacaacacccaaggttgttctctggcctccatcatataca
taggcacatgcagacagatagacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacaccctgcaagcatagaagatctggtgtaagtcagggacagtaa
gagaaagctgagcaggtgacatgtgcctagagtcttaactactcaaaaga
gagaagcaggaggatgacttgagcctagaactcaaagtatataagctaac
tccaatatttcaatagacaaattgtcctctaaaacagtctccctgctccc
ctgctcctctgcaccctgagactaccagtgtgcaatggccaatcgtggat
aggggaccctcaaaggaacacattcaaatttgtatcaaagtgagagtcag
tgtgacttccccagtggactggtctcaatggtcgtgggacatagggaatc
tagagatgtgaaaaatctggcatggaaatagttctttacctcggcaaagg
attttaaaactccacaaagaagtgcaatctaagtgggacagagaaaggga
agactctaagcaacctcaagaggttagacagaaggagactggcagaggag
attatcaggacagagagaagcctgggctgcctcagcaccagaataccagg
agggaaagggaccacctcggtgtataaggaacctcctacttatccagaat
gcttacctaccggtctagagttggtaagtgcccttttgacctgagtccct
tgggaattacatggtgacttaagaaaacaaggcagaaggaaagaaaggca
gatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_127698392_127699356
seq2: B6Ng01-336B02.b_47_982

seq1  GAATTCTAAAATTACACAGAAGCTCAATTTCCTTATATAAGTAGCAGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAATTACACAGAAGCTCAATTTCCTTATATAAGTAGCAGAGT  50

seq1  GTTTGTGTAAGACCTACCACATCCTCCTGCATACTTTATATCATTTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTAAGACCTACCACATCCTCCTGCATACTTTATATCATTTTTGA  100

seq1  TGCCTTCTATCATCTAATATGGTACAGGTGTCGTATACCTGTTGAACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCTATCATCTAATATGGTACAGGTGTCGTATACCTGTTGAACTGT  150

seq1  ATCATTTAGGGAACAAGGATAAGAGAACAATGTCTGCTGATTGTCAGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTAGGGAACAAGGATAAGAGAACAATGTCTGCTGATTGTCAGTAT  200

seq1  AGTTGTAATTAATATGTATATCAATGCATAGTTGGTTGAATCCAATGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTAATTAATATGTATATCAATGCATAGTTGGTTGAATCCAATGAGG  250

seq1  TGGGATTCATGGAGATAGATGGCCAGTTACTTGTGTTATGCAATGTTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTCATGGAGATAGATGGCCAGTTACTTGTGTTATGCAATGTTCTT  300

seq1  TGTGTGTGTTTGTATGAGTGTGTGGTGTATGTGCACATGTGTGCACACGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTTTGTATGAGTGTGTGGTGTATGTGCACATGTGTGCACACGT  350

seq1  GCCCGTGTATATGGAGGCTAGAAGAAGACATAGAGTGCCTTGCTTGATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGTGTATATGGAGGCTAGAAGAAGACATAGAGTGCCTTGCTTGATCA  400

seq1  TTCTCCATCACACGATGGAGACAGGGTCTGTCACTGAATCTGGAAGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCATCACACGATGGAGACAGGGTCTGTCACTGAATCTGGAAGGAAT  450

seq1  TAGGCTAGCAGTCAGATCCTCCTGTCTCTTCCCCCTCACAGTATGGGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTAGCAGTCAGATCCTCCTGTCTCTTCCCCCTCACAGTATGGGGTT  500

seq1  ACAGGCATGTAGGGTCACACCTGGCTTTTTACCTGGGTCTTGGGGACTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCATGTAGGGTCACACCTGGCTTTTTACCTGGGTCTTGGGGACTTA  550

seq1  AACTCAGGTCCTCACGTGAGCAGCAGGTATTCTTCCCCACTGAGCCATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGTCCTCACGTGAGCAGCAGGTATTCTTCCCCACTGAGCCATCT  600

seq1  CCCAGCCCCTACGTGGTGTTCTTAACCATGACTTGCATGGTTTTATGCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCCCTACGTGGTGTTCTTAACCATGACTTGCATGGTTTTATGCGA  650

seq1  CAGCCTGAAGGCAGCACACTGTCC-TTGTTCTCCTTTTACTTCATGTGAT  699
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGAAGGCAGCACACTGTCCTTTGTTCTCCTTTTACTTCATGTGAT  700

seq1  GAACTCTGACCTTTTTCTTTTCATTTTGTCTTTGTGCTTCTATTTTTGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGACCTTTTTCTTTTCATTTTGTCTTTGTGCTTCTATTTTTGCC  750

seq1  ATTATTCCTTTCTCTTTTCTTTAGAATGCTAATCTATCTATCTATCTATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCCTTTCTCTTTTCTTTAGAATGCTAATCTATCTATCTATCTATC  800

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCGATCTT-CTATCTATCTATCTA  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCGATCTTCCTATCTATCTATCTA  850

seq1  TCATCTATCTTCTATCCATCTATCTATCTATTTATCTTCTATCATCTATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTATCTTCTATCCATCTATCTATCTATTTATCTTCTATCATCTATC  900

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTCTATCATCTATC  948
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||             
seq2  TATCTATCTATC-ATCTATCTATCTATCTATCTATCT-------------  936

seq1  TATCTATCTATCTATCT  965
                       
seq2  -----------------  936

seq1: chr2_127828465_127829594
seq2: B6Ng01-336B02.g_72_1225 (reverse)

seq1  AATCTGCCTTTCTCTCC-TCTGGCTTGTTTTTCTTAAGTCACCATGT-AT  48
      ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  AATCTGCCTTTCTTTCCTTCTGCCTTG-TTTTCTTAAGTCACCATGTAAT  49

seq1  TCCC-AGTGACTCAGTTC-AAAGGGCACTTACCAACTCTAGACC-GTAG-  94
      |||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  TCCCAAGGGACTCAGGTCAAAAGGGCACTTACCAACTCTAGACCGGTAGG  99

seq1  -TAGCATTCTTGAT-AGTAG--AGTTCCTT-TTCA-CGAG--TGTCCCTT  136
        |||||||| ||| |||||   ||||||| | || ||||   |||||||
seq2  TAAGCATTCTGGATAAGTAGGAGGTTCCTTATACACCGAGGTGGTCCCTT  149

seq1  TCCCTC--TGTATTCT-GTGCTGA-GCAGCC--AGCTTCTCTCTGTCCTG  180
      ||||||   ||||||| ||||||| ||||||   ||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTGGTATTCTGGTGCTGAGGCAGCCCAGGCTTCTCTCTGTCCTG  199

seq1  AT-ATCTCCTCTGCCAGTCTCCTTCTGTCTAACCTCTTGAGGTTGCTTAG  229
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTCCTCTGCCAGTCTCCTTCTGTCTAACCTCTTGAGGTTGCTTAG  249

seq1  AGTCTTCCTTTTCTCTGT-CCACTTAGATTGCACTTCTTTGTGGAGTTTT  278
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCCCTTTCTCTGTCCCACTTAGATTGCACTTCTTTGTGGAGTTTT  299

seq1  -AAATCCTTTGCCGAGGT-AAGAACTATTTCCATGCCAGATTTTTCACAT  326
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTTTGCCGAGGTAAAGAACTATTTCCATGCCAGATTTTTCACAT  349

seq1  CTCTAGATTCCCTATGTCCCACGACCATTGAGACCAGTCCACT-GGGAAG  375
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCTAGATTCCCTATGTCCCACGACCATTGAGACCAGTCCACTGGGGAAG  399

seq1  TCACACTGACTCTCACTTTGATACAAATTTGAATGTGTTCCTTTGAGGGT  425
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTGACTCTCACTTTGATACAAATTTGAATGTGTTCCTTTGAGGGT  449

seq1  CCCCTATCCACGATTGGCCATTGCACACTGGTAGTCTCAGGGTGCAGAGG  475
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTATCCACGATTGGCCATTGCACACTGGTAGTCTCAGGGTGCAGAGG  499

seq1  AGCAGGGGAGCAGGGAGACTGTTTTAGAGGACAATTTGTCTATTGAAATA  525
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGGAGCAGGGAGACTGTTTTAGAGGACAATTTGTCTATTGAAATA  549

seq1  TTGGAGTTAGCTTATATACTTTGAGTTCTAGGCTCAAGTCATCCTCCTGC  575
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTTAGCTTATATACTTTGAGTTCTAGGCTCAAGTCATCCTCCTGC  599

seq1  TTCTCTCTTTTGAGTAGTTAAGACTCTAGGCACATGTCACCTGCTCAGCT  625
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTTTTGAGTAGTTAAGACTCTAGGCACATGTCACCTGCTCAGCT  649

seq1  TTCTCTTACTGTCCCTGACTTACACCAGATCTTCTATGCTTGCAGGGTGT  675
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTACTGTCCCTGACTTACACCAGATCTTCTATGCTTGCAGGGTGT  699

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTATCTGTCTGCATGT  725
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTATCTGTCTGCATGT  749

seq1  GCCTATGTATATGATGGAGGCCAGAGAACAACCTTGGGTGTTGTTCCTCT  775
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGTATATGATGGAGGCCAGAGAACAACCTTGGGTGTTGTTCCTCT  799

seq1  GGCACTGTCCACCTTTGTCTTATTAACATAGCATCTCTCACTTGCCTGGC  825
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTGTCCACCTTTGTCTTATTAACATAGCATCTCTCACTTGCCTGGC  849

seq1  ATTTGCCAAGTAGGACAAGGATCCACCTGTCTCTGCTTCCCCAGTGGGGG  875
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCAAGTAGGACAAGGATCCACCTGTCTCTGCTTCCCCAGTGGGGG  899

seq1  GATTACAAACACACCCTGCTATTTTATTTGTTTCCATGGGTTCTGGGGAT  925
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACAAACACACCCTGCTATTTTATTTGTTTCCATGGGTTCTGGGGAT  949

seq1  CTAACCTGGGTCCCAGCACATGCACAACCATCACTTTACTGGGCTATCTG  975
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCTGGGTCCCAGCACATGCACAACCATCACTTTACTGGGCTATCTG  999

seq1  TTGCCCCAGTCCCATTACCACAGATTTTTAATGATCAATTTTATTTTACT  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCCAGTCCCATTACCACAGATTTTTAATGATCAATTTTATTTTACT  1049

seq1  AGTCTATCCATTGATTTCTGTCTTTCTTGAGGGCAGGACAAAGTCTGATT  1075
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATCCATTGATTTCTGTCTTTCTTGAGGGCAGGACAAAGTCTGATT  1099

seq1  CATTATAGACAGCCTGGTATCCACAACACAAGGCAGGCATTTGGGGACAG  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATAGACAGCCTGGTATCCACAACACAAGGCAGGCATTTGGGGACAG  1149

seq1  AATTC  1130
      |||||
seq2  AATTC  1154