BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336C19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 76,887,396 - 77,031,764
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2610301F02Rik, Sestd1
Upstream genePde11a, Cyct, Drbp1, Osbpl6, Prkra, Dfnb59, Fkbp7, Plekha3, Ttn
Downstream geneLOC623706, LOC667906, Zfp533, BC003993, LOC667920
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336C19.bB6Ng01-336C19.g
ACCGA121175GA121176
length1,1961,177
definitionB6Ng01-336C19.b B6Ng01-336C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,030,571 - 77,031,764)(76,887,396 - 76,888,575)
sequence
gaattccacttgcttcgtttcacgaataggttgtgtttttcatgcatcca
ggacttccttatcttcttgttttctgtccagtggatgcttatgctaggca
agtgagtcacgtgttctctccactccccacaaagctgctgggtctgtaac
agtctttatcatcttacctatctaaaattcattccccaggaacattttcc
aaactgacactgtgtgctttgataacatacaatttaaatgtaagctgtct
tactttcccaatgacacaaaatatgtttgcgcttttatgtgtcaattgtc
tttattattaatgtgtcttagatattttgttttatattttggaaacaatt
atcattatttctcttctgttgcttgtagacttaccttaagaagctgtatt
gtagcataggctgagactgagaatctttacctaaaaagtagtctggtgta
agctggtcctgggttatcattagacttctcaggacactgacggtagagcc
tggggcctggtgaattacttgtttctgatatgtggggctttataagagat
cccttccttctttctcacgggactgtgtgggagtgaagaaatggatcaga
tcttagttacaccaagacactgttacagtctgctctgtacattatttgtg
ctgaccacagtgagaccagactcagaagatctgtgggctttcttaaaaag
tatacataaacattttaaattcagaatttaatattatttcagctcatata
atttgataaattaattaaattttcaagaaacattatcttctaaactctta
cacttttatctttgaagctaggttaataaagttggcgatggaagtttctc
tgggttttggtagactactgcatttatgctttgcttcaatattttgcaga
atccatgctatcctcaagagggtttgtcattcagtatcattccaggtatt
ttgaggtcttgatgtaacatagataatagattagatattcataaacttct
gacaagtcagtacaaaatagttgcagttcttagcataggactaagtactt
tagtgttctgttaaacaccgcatgtcagacaaccgcctgaagcccgaata
ataagctgagtgtgtgcctgtccattaaatgtgaagaacatgtgaatggc
cggaggctgaagaatgctttccgatggtgcattgtttaagtgtgaa
gaattctgtaataataatcacgtagcacttgaatcagagtagctagtgca
gctttcttgtgacacatgggctctgcgacagtaaaacttagagttgctgg
cttcagaactagtccatagtgactgaagttgaggaggcctccctcgggca
gcatggctaactaacagacaagctgaatgtaattctgactttgaggaata
atatctacaaaaggtgctggcttcttaatgttattctcaccatgtttatt
aagttcagaaactcgaggctcaagtcctgggtcaaaaaactcttctttaa
aaacagctgccatttcctctcagcggagttagactggcacttgaccacag
catcgtcttcatctttccaaggaatttcagtcagataaaattcctttagg
ctctgaagctgctcctctgcctaaaacaggaggaggcaaatgagagttaa
gaaatattttagataaaaaggacacagagtccatttggagccagtataaa
attaaactgaaactctagttttcagcattctttaaataattattgactat
tttcagggttctgaataccacaagaatctgcttagatagctgacggacaa
aaggaagtggtaaggttgttgccaatcagaaatatttattgcaccctaga
ttatttttatgtatattctacaatgagaataatttatttcagagatcagg
tggctgctctgtttaaaactgagttttataattaaaaaaggaacaaataa
aaatcaaagcatacaaatcagaaaaagagcaattcagcaaaagacaatag
tacttaatatattacagtattatgatttgttattttaatgtaatagttta
ttaattctttgaaaatttaatacaatgtgttttgatcatagtcaccacct
acttctctaattttcccagatccaccccccacctcccgactccctcccaa
cttcttgttctcttcttgtttataactataacctactgagtccaacttgt
gttgccgatctatactcacaggcgtgggaccatccactggagcacagtca
acctaccagaggttagcccttaaagaaaactatctcaaggctgtagatat
tggctcatggctaagaaccattggctgctccttccaggagactcagtcca
tctaatattcatgtggatggctcacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_77030571_77031764
seq2: B6Ng01-336C19.b_45_1240 (reverse)

seq1  TTCACACTTAAACAACTGCACCATCTG-AAGCA-TCTTCAGCCTCCGCAC  48
      ||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||  |
seq2  TTCACACTTAAACAA-TGCACCATCGGAAAGCATTCTTCAGCCTCCGGCC  49

seq1  ATCTACCATG-TCCTCACATCTAATGGACCAAGCACACACTCAGCTTATT  97
      || |  |||| || |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  AT-TCACATGTTCTTCACATTTAATGGA-CAGGCACACACTCAGCTTATT  97

seq1  ATTCGGGCTTCA-GCGGTTGTCTGACATGC-GTGTTTAACAGAACACTAA  145
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTCGGGCTTCAGGCGGTTGTCTGACATGCGGTGTTTAACAGAACACTAA  147

seq1  AGTACTTAGTCCTATGCTAAGAACTGCAACTATTTTGTACTGACTTGTCA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTAGTCCTATGCTAAGAACTGCAACTATTTTGTACTGACTTGTCA  197

seq1  GAAGTTTATGAATATCTAATCTATTATCTATGTTACATCAAGACCTCAAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTATGAATATCTAATCTATTATCTATGTTACATCAAGACCTCAAA  247

seq1  ATACCTGGAATGATACTGAATGACAAACCCTCTTGAGGATAGCATGGATT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGGAATGATACTGAATGACAAACCCTCTTGAGGATAGCATGGATT  297

seq1  CTGCAAAATATTGAAGCAAAGCATAAATGCAGTAGTCTACCAAAACCCAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAAATATTGAAGCAAAGCATAAATGCAGTAGTCTACCAAAACCCAG  347

seq1  AGAAACTTCCATCGCCAACTTTATTAACCTAGCTTCAAAGATAAAAGTGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTCCATCGCCAACTTTATTAACCTAGCTTCAAAGATAAAAGTGT  397

seq1  AAGAGTTTAGAAGATAATGTTTCTTGAAAATTTAATTAATTTATCAAATT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTTAGAAGATAATGTTTCTTGAAAATTTAATTAATTTATCAAATT  447

seq1  ATATGAGCTGAAATAATATTAAATTCTGAATTTAAAATGTTTATGTATAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGCTGAAATAATATTAAATTCTGAATTTAAAATGTTTATGTATAC  497

seq1  TTTTTAAGAAAGCCCACAGATCTTCTGAGTCTGGTCTCACTGTGGTCAGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAGAAAGCCCACAGATCTTCTGAGTCTGGTCTCACTGTGGTCAGC  547

seq1  ACAAATAATGTACAGAGCAGACTGTAACAGTGTCTTGGTGTAACTAAGAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAATGTACAGAGCAGACTGTAACAGTGTCTTGGTGTAACTAAGAT  597

seq1  CTGATCCATTTCTTCACTCCCACACAGTCCCGTGAGAAAGAAGGAAGGGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCATTTCTTCACTCCCACACAGTCCCGTGAGAAAGAAGGAAGGGA  647

seq1  TCTCTTATAAAGCCCCACATATCAGAAACAAGTAATTCACCAGGCCCCAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTATAAAGCCCCACATATCAGAAACAAGTAATTCACCAGGCCCCAG  697

seq1  GCTCTACCGTCAGTGTCCTGAGAAGTCTAATGATAACCCAGGACCAGCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACCGTCAGTGTCCTGAGAAGTCTAATGATAACCCAGGACCAGCTT  747

seq1  ACACCAGACTACTTTTTAGGTAAAGATTCTCAGTCTCAGCCTATGCTACA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGACTACTTTTTAGGTAAAGATTCTCAGTCTCAGCCTATGCTACA  797

seq1  ATACAGCTTCTTAAGGTAAGTCTACAAGCAACAGAAGAGAAATAATGATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCTTCTTAAGGTAAGTCTACAAGCAACAGAAGAGAAATAATGATA  847

seq1  ATTGTTTCCAAAATATAAAACAAAATATCTAAGACACATTAATAATAAAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTCCAAAATATAAAACAAAATATCTAAGACACATTAATAATAAAG  897

seq1  ACAATTGACACATAAAAGCGCAAACATATTTTGTGTCATTGGGAAAGTAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGACACATAAAAGCGCAAACATATTTTGTGTCATTGGGAAAGTAA  947

seq1  GACAGCTTACATTTAAATTGTATGTTATCAAAGCACACAGTGTCAGTTTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTTACATTTAAATTGTATGTTATCAAAGCACACAGTGTCAGTTTG  997

seq1  GAAAATGTTCCTGGGGAATGAATTTTAGATAGGTAAGATGATAAAGACTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGTTCCTGGGGAATGAATTTTAGATAGGTAAGATGATAAAGACTG  1047

seq1  TTACAGACCCAGCAGCTTTGTGGGGAGTGGAGAGAACACGTGACTCACTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGACCCAGCAGCTTTGTGGGGAGTGGAGAGAACACGTGACTCACTT  1097

seq1  GCCTAGCATAAGCATCCACTGGACAGAAAACAAGAAGATAAGGAAGTCCT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCATAAGCATCCACTGGACAGAAAACAAGAAGATAAGGAAGTCCT  1147

seq1  GGATGCATGAAAAACACAACCTATTCGTGAAACGAAGCAAGTGGAATTC  1194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCATGAAAAACACAACCTATTCGTGAAACGAAGCAAGTGGAATTC  1196

seq1: chr2_76887396_76888575
seq2: B6Ng01-336C19.g_68_1244

seq1  GAATTCTGTAATAATAATCACGTAGCACTTGAATCAGAGTAGCTAGTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAATAATAATCACGTAGCACTTGAATCAGAGTAGCTAGTGCA  50

seq1  GCTTTCTTGTGACACATGGGCTCTGCGACAGTAAAACTTAGAGTTGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTTGTGACACATGGGCTCTGCGACAGTAAAACTTAGAGTTGCTGG  100

seq1  CTTCAGAACTAGTCCATAGTGACTGAAGTTGAGGAGGCCTCCCTCGGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAACTAGTCCATAGTGACTGAAGTTGAGGAGGCCTCCCTCGGGCA  150

seq1  GCATGGCTAACTAACAGACAAGCTGAATGTAATTCTGACTTTGAGGAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCTAACTAACAGACAAGCTGAATGTAATTCTGACTTTGAGGAATA  200

seq1  ATATCTACAAAAGGTGCTGGCTTCTTAATGTTATTCTCACCATGTTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTACAAAAGGTGCTGGCTTCTTAATGTTATTCTCACCATGTTTATT  250

seq1  AAGTTCAGAAACTCGAGGCTCAAGTCCTGGGTCAAAAAACTCTTCTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAGAAACTCGAGGCTCAAGTCCTGGGTCAAAAAACTCTTCTTTAA  300

seq1  AAACAGCTGCCATTTCCTCTCAGCGGAGTTAGACTGGCACTTGACCACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCTGCCATTTCCTCTCAGCGGAGTTAGACTGGCACTTGACCACAG  350

seq1  CATCGTCTTCATCTTTCCAAGGAATTTCAGTCAGATAAAATTCCTTTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGTCTTCATCTTTCCAAGGAATTTCAGTCAGATAAAATTCCTTTAGG  400

seq1  CTCTGAAGCTGCTCCTCTGCCTAAAACAGGAGGAGGCAAATGAGAGTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAGCTGCTCCTCTGCCTAAAACAGGAGGAGGCAAATGAGAGTTAA  450

seq1  GAAATATTTTAGATAAAAAGGACACAGAGTCCATTTGGAGCCAGTATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTTTAGATAAAAAGGACACAGAGTCCATTTGGAGCCAGTATAAA  500

seq1  ATTAAACTGAAACTCTAGTTTTCAGCATTCTTTAAATAATTATTGACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACTGAAACTCTAGTTTTCAGCATTCTTTAAATAATTATTGACTAT  550

seq1  TTTCAGGGTTCTGAATACCACAAGAATCTGCTTAGATAGCTGACGGACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGGTTCTGAATACCACAAGAATCTGCTTAGATAGCTGACGGACAA  600

seq1  AAGGAAGTGGTAAGGTTGTTGCCAATCAGAAATATTTATTGCACCCTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTGGTAAGGTTGTTGCCAATCAGAAATATTTATTGCACCCTAGA  650

seq1  TTATTTTTATGTATATTCTACAATGAGAATAATTTATTTCAGAGATCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTATGTATATTCTACAATGAGAATAATTTATTTCAGAGATCAGG  700

seq1  TGGCTGCTCTGTTTAAAACTGAGTTTTATAATTAAAAAAGGAACAAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCTCTGTTTAAAACTGAGTTTTATAATTAAAAAAGGAACAAATAA  750

seq1  AAATCAAAGCATACAAATCAGAAAAAGAGCAATTCAGCAAAAGACAATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAAGCATACAAATCAGAAAAAGAGCAATTCAGCAAAAGACAATAG  800

seq1  TACTTAATATATTACAGTATTATGATTTGTTATTTTAATGTAATAGTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATATATTACAGTATTATGATTTGTTATTTTAATGTAATAGTTTA  850

seq1  TTAATTCTTTGAAAATTTAATACAATGTGTTTTGATCATAGTCACCACCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCTTTGAAAATTTAATACAATGTGTTTTGATCATAGTCACCACCT  900

seq1  ACTTCTCTAATTTTCCCAGATCCA-CCCCCACCTCCCGACTCCCTCCCAA  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTAATTTTCCCAGATCCACCCCCCACCTCCCGACTCCCTCCCAA  950

seq1  CTTCTTGTTCTCTTCTTTGTTTTATAACTATAACCTACTGAGTCCAACTT  999
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGTTCTCTTCTT--GTTTATAACTATAACCTACTGAGTCCAACTT  998

seq1  GTGTTGCCGATCTATACTCACAGGCGTGGGACCATCCACTGGAGCACAGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCCGATCTATACTCACAGGCGTGGGACCATCCACTGGAGCACAGT  1048

seq1  CAACCTACCAGAGGTTAGCCCCTTAAGGAAAACTATCTCAGGGCTGTAGA  1099
      |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  CAACCTACCAGAGGTTAG-CCCTTAAAGAAAACTATCTCAAGGCTGTAGA  1097

seq1  TA-TGGCTCAGTGGCTAAGAA-CAATGGCTGCT-CTTCCAGAGGACTCAG  1146
      || ||||||| |||||||||| || |||||||| |||||||  |||||||
seq2  TATTGGCTCA-TGGCTAAGAACCATTGGCTGCTCCTTCCAGGAGACTCAG  1146

seq1  GTTCAATTCCTAATATTCATGT-GATGGCTCACAA  1180
        || ||  ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  --TCCAT--CTAATATTCATGTGGATGGCTCACAA  1177