BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336O21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 101,367,140 - 101,527,645
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB230118H07Rik, Rag2, Rag1, LOC100042930, Traf6
Upstream geneLOC668705
Downstream gene2600010E01Rik, LOC100043302, Commd9, Ldlrad3, LOC674202, Trim44, Fjx1, E430002G05Rik, Slc1a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336O21.bB6Ng01-336O21.g
ACCGA121707GA121708
length1,0851,126
definitionB6Ng01-336O21.b B6Ng01-336O21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,367,140 - 101,368,225)(101,526,513 - 101,527,645)
sequence
gaattcctagtactggataaaagataataaagtaccaatgtccctggcaa
ccattttgttcaaagtccagaggaaaagacaaatacaaagatgagagaga
gagagagagaaagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
tctattctgcataggaggatccttggagaaaaaagtttttatgtttttcc
tctcctatcccaagtgtcaccagtgcagtatgggaaacagagtaggagac
atgtgtcaagtctaattttgaatcctcgcctgcctttctcacctgcagcc
tggaagaattgccttaattgtttggtactcggttctcttacaaataaact
caatctgaaattctcttcttctcacaaatattaaggaaatttaagtgata
agacatgcaagtccttggcacagggtaacagatggcccattcctgaactg
tcctctcagccagcaagattctaagaacaagtcgcttgatgcttctcctc
acatgacttcctctagtagtcagtgtgtacttaaatctgagatctcgata
taatatcgtaatatccacccaaggaaaatctgcttgtcccaacacacttc
acaatagtcacaaataatataaaataccttggtgtgactctaactaagga
aacgaaagatctgtaggataagaacttcaagtctctgaagaaagaaattg
aaagatctcaaaagatggaaagacctcccatgctcatggattggcaggat
taatatactaaaaatggctatcctgctgaaagcaatctttagattcaatg
caatccccatcaaaattccaactcaattcttcactgagatgggaagggca
atttgcaaattcatctggaataataataaacttcggatagcaaaaactat
tctcaacaataaaagaacctctggtggaatcaccatgcttgacattaagc
tctactacagagcaatgtgataaaaaaaaaaaaaatggtactggtacagc
gacagacaggtagatcatggaatagaattgaagacccagaacccacacca
cctatggtcacttgatctttgacaagggactcaaa

gaattcatttgtgaaataaatatatagatatagcaccacgctgcctatct
gaggaagccaacaggttgtagattgtggcatcgactccagttagacaatg
cacaaaacattgaataaaatcgtttggttgacataaaaatgaagtgaaga
aacattcgttcaacactgcttttgctgctctgacaggacatggcgtctgc
tctcaagcagcacagaaccaatcaaagtgaagtacagagatttatcttaa
cagggcctgactaggactatagaatgcatgccaggggtgggatctctgtg
cactcagggccagcctgggctacccagggagctcctggaagaccaggtct
acatattcagtctgaaaacagaaacataataaaccatcagattcatttaa
aacccagaaagtcaggaacatatctgtaaaacatacacatctaagagaaa
gtaagaactttacaaagtaagcctacagccatcacccatagttttaaata
atccaaagataatgaaattagacggagagctgttttgatttcttgaatgg
cagtgaatgaagcctttttggaagctgttcttaagggcactgaggtgata
atacacagccacttctaactttgaagaaaatgggggaataaagcctcaga
catccttttgtggaatttgtctctttcatatcactgtcctacaacttccg
aaatcttttgctacaaagacttctaaattaaccagccactttcctggata
ctcagtaaaacagtgcacatctctacctataagaaatcagcatgtcccat
gtgctatcatttttacctaatttaaaacacatatacaggaggatgagcct
aaaccctgatctgccccaggagacaccaagacctcacatgctggactgaa
ggtgacattattagcatctagggaacacatagcagacacagccaatggcc
taacagggagaggacattctaccacaataagaattatctggccccaaata
taatagtgcatggcctgggaaacaaaacacacaaattatacctatctcct
aagcttctttactaatgtatgggaatacattccctcaactgaagagatgt
gtggtccctgtattttaattcaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_101367140_101368225
seq2: B6Ng01-336O21.b_51_1135

seq1  GAATTCCTAGTACTGGATAAAAGATAATAAAGTACCAATGTCCCTGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGTACTGGATAAAAGATAATAAAGTACCAATGTCCCTGGCAA  50

seq1  CCATTTTGTTCAAAGTCCAGAGGAAAAGACAAATACAAAGATGAGAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTGTTCAAAGTCCAGAGGAAAAGACAAATACAAAGATGAGAGAGA  100

seq1  GAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  150

seq1  TCTATTCTGCATAGGAGGATCCTTGGAGAAAAAAGTTTTTATGTTTTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCTGCATAGGAGGATCCTTGGAGAAAAAAGTTTTTATGTTTTTCC  200

seq1  TCTCCTATCCCAAGTGTCACCAGTGCAGTATGGGAAACAGAGTAGGAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTATCCCAAGTGTCACCAGTGCAGTATGGGAAACAGAGTAGGAGAC  250

seq1  ATGTGTCAAGTCTAATTTTGAATCCTCGCCTGCCTTTCTCACCTGCAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCAAGTCTAATTTTGAATCCTCGCCTGCCTTTCTCACCTGCAGCC  300

seq1  TGGAAGAATTGCCTTAATTGTTTGGTACTCGGTTCTCTTACAAATAAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAATTGCCTTAATTGTTTGGTACTCGGTTCTCTTACAAATAAACT  350

seq1  CAATCTGAAATTCTCTTCTTCTCACAAATATTAAGGAAATTTAAGTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGAAATTCTCTTCTTCTCACAAATATTAAGGAAATTTAAGTGATA  400

seq1  AGACATGCAAGTCCTTGGCACAGGGTAACAGATGGCCCATTCCTGAACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGCAAGTCCTTGGCACAGGGTAACAGATGGCCCATTCCTGAACTG  450

seq1  TCCTCTCAGCCAGCAAGATTCTAAGAACAAGTCGCTTGATGCTTCTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCAGCCAGCAAGATTCTAAGAACAAGTCGCTTGATGCTTCTCCTC  500

seq1  ACATGACTTCCTCTAGTAGTCAGTGTGTACTTAAATCTGAGATCTCGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACTTCCTCTAGTAGTCAGTGTGTACTTAAATCTGAGATCTCGATA  550

seq1  TAATATCGTAATATCCACCCAAGGAAAATCTGCTTGTCCCAACACACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATCGTAATATCCACCCAAGGAAAATCTGCTTGTCCCAACACACTTC  600

seq1  ACAATAGTCACAAATAATATAAAATACCTTGGTGTGACTCTAACTAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGTCACAAATAATATAAAATACCTTGGTGTGACTCTAACTAAGGA  650

seq1  AACGAAAGATCTGTAGGATAAGAACTTCAAGTCTCTGAAGAAAGAAATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAAAGATCTGTAGGATAAGAACTTCAAGTCTCTGAAGAAAGAAATTG  700

seq1  -AAGATCTCAAAAGATGGAAAGACCTCCCATGCTCATGGATTGGCAGGAT  749
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCTCAAAAGATGGAAAGACCTCCCATGCTCATGGATTGGCAGGAT  750

seq1  TAATATACTAAAAATGGCTATCCTGCTGAAAGCAATCTTTAGATTCAATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATACTAAAAATGGCTATCCTGCTGAAAGCAATCTTTAGATTCAATG  800

seq1  CAATCCCCATCAAAATTCCAACTCAATTCTTCACTGAGATGGGAAGGGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCCATCAAAATTCCAACTCAATTCTTCACTGAGATGGGAAGGGCA  850

seq1  ATTTGCAAATTCATCTGGAATAATAATAAACTTCGGATAGCAAAAAACTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTTGCAAATTCATCTGGAATAATAATAAACTTCGGATAGC-AAAAACTA  899

seq1  TTCTCAACAATAAAAGAACCTCTGGTGGAATCACCATGCTTGACATTAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAACAATAAAAGAACCTCTGGTGGAATCACCATGCTTGACATTAAG  949

seq1  CTCTACTACAGAGCAATTGTGATAAAAAAAAAAAAAATGGTACTGGTACA  999
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTACAGAGCAA-TGTGATAAAAAAAAAAAAAATGGTACTGGTACA  998

seq1  GCGACAGACAGGTAGATCAATGGAATAGAATTGAAGACCCAGAACCCACA  1049
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACAGACAGGTAGATC-ATGGAATAGAATTGAAGACCCAGAACCCACA  1047

seq1  -CACCTATGGTCACTTGATCTTTGACAAGGGACCCAAA  1086
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCACCTATGGTCACTTGATCTTTGACAAGGGACTCAAA  1085


seq1: chr2_101526513_101527645
seq2: B6Ng01-336O21.g_69_1194 (reverse)

seq1  AGCTTGAATT-AAATACAGGGGAACCACACATCTCTTCAGTTTGAGGGAA  49
      |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCTTGAATTAAAATACAGGG--ACCACACATCTCTTCAG-TTGAGGGAA  47

seq1  TGTATTCCCATTACATTAGT-AAGAGCTTTAGGAGATAGGGTTATTAATT  98
      |||||||||| ||||||||| ||||   ||||||||||||  || |||||
seq2  TGTATTCCCA-TACATTAGTAAAGAAGCTTAGGAGATAGG--TA-TAATT  93

seq1  TGTGTG-TTTGTTTCCCA-GCCATGGCACTATTAATATTTGGGGCCAGAT  146
      |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTTGTTTCCCAGGCCAT-GCACTATT-ATATTTGGGGCCAGAT  141

seq1  AATTCTTTATTGTGGTAGAATGTCCTCTCCCTGTTAGGCCATTGGCTGTG  196
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTC-TTATTGTGGTAGAATGTCCTCTCCCTGTTAGGCCATTGGCTGTG  190

seq1  TCCTGCTATGTGTTCCCTAGATGCTAATAATGTCACCTTCAGTCCAGCAT  246
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CTGCTATGTGTTCCCTAGATGCTAATAATGTCACCTTCAGTCCAGCAT  239

seq1  GTGAGGTCTTGGTGTCTCCTGGGGCAGATCAGGGTTTAGGCTCATCCTCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTCTTGGTGTCTCCTGGGGCAGATCAGGGTTTAGGCTCATCCTCC  289

seq1  TGTATATGTGTTTTAAATTAGGTAAAAATGATAGCACATGGGACATGCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATGTGTTTTAAATTAGGTAAAAATGATAGCACATGGGACATGCTG  339

seq1  ATTTCTTATAGGTAGAGATGTGCACTGTTTTACTGAGTATCCAGGAAAGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTATAGGTAGAGATGTGCACTGTTTTACTGAGTATCCAGGAAAGT  389

seq1  GGCTGGTTAATTTAGAAGTCTTTGTAGCAAAAGATTTCGGAAGTTGTAGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGTTAATTTAGAAGTCTTTGTAGCAAAAGATTTCGGAAGTTGTAGG  439

seq1  ACAGTGATATGAAAGAGACAAATTCCACAAAAGGATGTCTGAGGCTTTAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATATGAAAGAGACAAATTCCACAAAAGGATGTCTGAGGCTTTAT  489

seq1  TCCCCCATTTTCTTCAAAGTTAGAAGTGGCTGTGTATTATCACCTCAGTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCATTTTCTTCAAAGTTAGAAGTGGCTGTGTATTATCACCTCAGTG  539

seq1  CCCTTAAGAACAGCTTCCAAAAAGGCTTCATTCACTGCCATTCAAGAAAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAAGAACAGCTTCCAAAAAGGCTTCATTCACTGCCATTCAAGAAAT  589

seq1  CAAAACAGCTCTCCGTCTAATTTCATTATCTTTGGATTATTTAAAACTAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGCTCTCCGTCTAATTTCATTATCTTTGGATTATTTAAAACTAT  639

seq1  GGGTGATGGCTGTAGGCTTACTTTGTAAAGTTCTTACTTTCTCTTAGATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGATGGCTGTAGGCTTACTTTGTAAAGTTCTTACTTTCTCTTAGATG  689

seq1  TGTATGTTTTACAGATATGTTCCTGACTTTCTGGGTTTTAAATGAATCTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTTTACAGATATGTTCCTGACTTTCTGGGTTTTAAATGAATCTG  739

seq1  ATGGTTTATTATGTTTCTGTTTTCAGACTGAATATGTAGACCTGGTCTTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTATTATGTTTCTGTTTTCAGACTGAATATGTAGACCTGGTCTTC  789

seq1  CAGGAGCTCCCTGGGTAGCCCAGGCTGGCCCTGAGTGCACAGAGATCCCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCTCCCTGGGTAGCCCAGGCTGGCCCTGAGTGCACAGAGATCCCA  839

seq1  CCCCTGGCATGCATTCTATAGTCCTAGTCAGGCCCTGTTAAGATAAATCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGCATGCATTCTATAGTCCTAGTCAGGCCCTGTTAAGATAAATCT  889

seq1  CTGTACTTCACTTTGATTGGTTCTGTGCTGCTTGAGAGCAGACGCCATGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTTCACTTTGATTGGTTCTGTGCTGCTTGAGAGCAGACGCCATGT  939

seq1  CCTGTCAGAGCAGCAAAAGCAGTGTTGAACGAATGTTTCTTCACTTCATT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAGAGCAGCAAAAGCAGTGTTGAACGAATGTTTCTTCACTTCATT  989

seq1  TTTATGTCAACCAAACGATTTTATTCAATGTTTTGTGCATTGTCTAACTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTCAACCAAACGATTTTATTCAATGTTTTGTGCATTGTCTAACTG  1039

seq1  GAGTCGATGCCACAATCTACAACCTGTTGGCTTCCTCAGATAGGCAGCGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCGATGCCACAATCTACAACCTGTTGGCTTCCTCAGATAGGCAGCGT  1089

seq1  GGTGCTATATCTATATATTTATTTCACAAATGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTATATCTATATATTTATTTCACAAATGAATTC  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |