BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339I15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 72,949,906 - 73,080,853
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGtpbp9, LOC620110
Upstream geneRapgef4, B230120H23Rik, Cdca7, LOC383712, LOC635960, LOC100039928, 6430710C18Rik, Sp3, Hspe1-ps5
Downstream geneSp9, 1700023B02Rik, Scrn3, Gpr155, Wipf1, Chrna1, Chn1, Atf2, Atp5g3, LOC667729, LOC100040172
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339I15.bB6Ng01-339I15.g
ACCGA123512GA123513
length1,1111,142
definitionB6Ng01-339I15.b B6Ng01-339I15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,079,740 - 73,080,853)(72,949,906 - 72,951,064)
sequence
gaattcagatgcaccaaaagagggtgtcagatctcattacaggtggttgt
gagccaccatgtgattgtgggatttgaactcaggaccttcggaaagcagt
cagtgctcttaccctctgagccatcttgtcagcctgtatatacgttttcc
accatagtttcaaggcccttaatactcatctgttgcttgctgccatccta
tttttcaggtatcctttatgatatgactatcttcttggtatcattgctta
atttttattagggcatgtggaagaatcaatctttgatcctaatgtcttca
gagaagcaatttgccggtgtcccctggtgagatgatctttagagaaacag
agcagtgcacagatgcaaaagtgaaggcttaaaactcatctctcgattgc
tctcctgctcctgctctgtaccctcttgctctctctccccacccactgct
tttctctgtctctactaccctctgaactcccctccccatgtcttgaataa
actctattctatactaaaacaaagcaaagcaaaacaaaactaaactcgtc
tctcatctttgccagggacatgagggagagtttgaaattcccaagggtca
gcatctagtaactgaatgtacgatccaacccagaggcgtgaaccttgaac
ttgaaaggtcctgagttcttcctggactggtgtgaacacccagtgtaaaa
gctgggatgcatgaagttgctgaagaagcaaatgtcccttaaaagccttc
aaatctcaccactgaaggaacttcagaaactccaaaggaaccaagaagaa
aagtgtagggtcatctttatcaatgtaacagaaacaactagtcagttcat
acaggatttctccaaagaagtttatctcttctcttgagacaaggcatcac
tatataattccaggctgggcctacctcagcctcccaagtgatgaaattag
agatatatacatcatgtcctcgcccacactgctgcacacatcacagacag
tgtgggtctggctctcccaagctcacaccctagggtcctcctcacaccca
tcaggtcagctctttctgtgtttgccaaggtgaggtgcagggactgcttc
ccagtgctgcc
gaattcctgtgtatgttactggaatcccaacactttcgaggtggcaatct
tctagaagtatgctcaactagaggtttcttctttgctcatgagagctttg
acctttagtgagtatgtttatgagctatgcccaggctggtcaaacaggaa
ggacagccttttaaatacctgtctatagagacaaatgtgaaccaaggaaa
agcagttgtgaaaaaaatccatagcagagaagtaccaatctctgtaagat
cgagcctgacttttagtgagattattatgtaaaactgtatagttatgcta
cacaggctcttcctcttcctgctcctatggcttacacagtgtgccctcta
aatgccactgtatatcgggaaaccttgtgaagagccagagtgctccaatt
ttaagaagacaatcttcttccaagtctggaaagttgaaagcaataacctt
tagaccatttagactgagctggtccagacaaaacaaaaaagtagattctc
cactggaaagcctagaagaaatgaaaactcatgtagagaaacaaacaaga
cgtgccatcctcatctctactgagatgaagaacaaaaccatcagaagaga
gcagagcggtacctctgtgaagacaagatgaacgtggagctggaaaggat
ggcgatgaagacagaagaagagcaaagagctgtcgtggttcaaggatgag
gaagaggccgagcaaggcgaggatgaagacacggtgtggtgctaatggcg
atgtgcctctcaagcttagggttcagaaagcttatgccactatttctgta
ccttgctcccagtccctccatgggctcactgatttataagtgtcctgcac
ctaattcctctttacttcttttcattttgttagtagttttgttaagtctt
accctgtaatttttgccttgttatgacttaataaaaaagacgttggccct
ttattttatactagaataggcccagacagtgcatgcctttaatcctgcac
tcagtaggaagagacaggcagatttctgagttcaggcagctgatctacaa
gcagctcagacagtcagggtacagagaactctgtctcaaaccaaacatac
ctccgacacactacaagtagaacagcaggtccaattccattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_73079740_73080853
seq2: B6Ng01-339I15.b_44_1154 (reverse)

seq1  GGCAGCACTGGGGAAGCAGTCCCTGCACCTCACCTGGGC-AACACAG-AA  48
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||
seq2  GGCAGCACT-GGGAAGCAGTCCCTGCACCTCACCTTGGCAAACACAGAAA  49

seq1  GAGCTGACCCTGGATGGGTGTGA-GAGGACCCTAGGGTGTGAGCTTGGGA  97
      |||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGACC--TGATGGGTGTGAGGAGGACCCTAGGGTGTGAGCTTGGGA  97

seq1  GAGCCAGACCCACAACTTGTCTGTGATGTGGTGCAGCAGTGTGGGCGAGG  147
      ||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGACCCACA--CTGTCTGTGATGT-GTGCAGCAGTGTGGGCGAGG  144

seq1  ACATGATTGTATATATCTCTAATTTCATCACTTGGGAGGCTGAGGTAGG-  196
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACATGA-TGTATATATCTCTAATTTCATCACTTGGGAGGCTGAGGTAGGC  193

seq1  CCAGCCTGGAATTATATAGTGATGCCTTGTCTCAAGAGAAGAGATAAACT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGGAATTATATAGTGATGCCTTGTCTCAAGAGAAGAGATAAACT  243

seq1  TCTTTGGAGAAATCCTGTATGAACTGACTAGTTGTTTCTGTTACATTGAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGAGAAATCCTGTATGAACTGACTAGTTGTTTCTGTTACATTGAT  293

seq1  AAAGATGACCCTACACTTTTCTTCTTGGTTCCTTTGGAGTTTCTGAAGTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGACCCTACACTTTTCTTCTTGGTTCCTTTGGAGTTTCTGAAGTT  343

seq1  CCTTCAGTGGTGAGATTTGAAGGCTTTTAAGGGACATTTGCTTCTTCAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGTGGTGAGATTTGAAGGCTTTTAAGGGACATTTGCTTCTTCAGC  393

seq1  AACTTCATGCATCCCAGCTTTTACACTGGGTGTTCACACCAGTCCAGGAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCATGCATCCCAGCTTTTACACTGGGTGTTCACACCAGTCCAGGAA  443

seq1  GAACTCAGGACCTTTCAAGTTCAAGGTTCACGCCTCTGGGTTGGATCGTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAGGACCTTTCAAGTTCAAGGTTCACGCCTCTGGGTTGGATCGTA  493

seq1  CATTCAGTTACTAGATGCTGACCCTTGGGAATTTCAAACTCTCCCTCATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGTTACTAGATGCTGACCCTTGGGAATTTCAAACTCTCCCTCATG  543

seq1  TCCCTGGCAAAGATGAGAGACGAGTTTAGTTTTGTTTTGCTTTGCTTTGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGCAAAGATGAGAGACGAGTTTAGTTTTGTTTTGCTTTGCTTTGT  593

seq1  TTTAGTATAGAATAGAGTTTATTCAAGACATGGGGAGGGGAGTTCAGAGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTATAGAATAGAGTTTATTCAAGACATGGGGAGGGGAGTTCAGAGG  643

seq1  GTAGTAGAGACAGAGAAAAGCAGTGGGTGGGGAGAGAGAGCAAGAGGGTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGAGACAGAGAAAAGCAGTGGGTGGGGAGAGAGAGCAAGAGGGTA  693

seq1  CAGAGCAGGAGCAGGAGAGCAATCGAGAGATGAGTTTTAAGCCTTCACTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGGAGCAGGAGAGCAATCGAGAGATGAGTTTTAAGCCTTCACTT  743

seq1  TTGCATCTGTGCACTGCTCTGTTTCTCTAAAGATCATCTCACCAGGGGAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCTGTGCACTGCTCTGTTTCTCTAAAGATCATCTCACCAGGGGAC  793

seq1  ACCGGCAAATTGCTTCTCTGAAGACATTAGGATCAAAGATTGATTCTTCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGCAAATTGCTTCTCTGAAGACATTAGGATCAAAGATTGATTCTTCC  843

seq1  ACATGCCCTAATAAAAATTAAGCAATGATACCAAGAAGATAGTCATATCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCCTAATAAAAATTAAGCAATGATACCAAGAAGATAGTCATATCA  893

seq1  TAAAGGATACCTGAAAAATAGGATGGCAGCAAGCAACAGATGAGTATTAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGATACCTGAAAAATAGGATGGCAGCAAGCAACAGATGAGTATTAA  943

seq1  GGGCCTTGAAACTATGGTGGAAAACGTATATACAGGCTGACAAGATGGCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTGAAACTATGGTGGAAAACGTATATACAGGCTGACAAGATGGCT  993

seq1  CAGAGGGTAAGAGCACTGACTGCTTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGTAAGAGCACTGACTGCTTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCC  1043

seq1  ACAATCACATGGTGGCTCACAACCACCTGTAATGAGATCTGACACCCTCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCACATGGTGGCTCACAACCACCTGTAATGAGATCTGACACCCTCT  1093

seq1  TTTGGTGCATCTGAATTC  1114
      ||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGCATCTGAATTC  1111

seq1: chr2_72949906_72951064
seq2: B6Ng01-339I15.g_66_1207

seq1  GAATTCCTGTGTATGTTACTGGAATCCCAACACTTTCGAGGTGGCAATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTGTATGTTACTGGAATCCCAACACTTTCGAGGTGGCAATCT  50

seq1  TCTAGAAGTATGCTCAACTAGAGGTTTCTTCTTTGCTCATGAGAGCTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAGTATGCTCAACTAGAGGTTTCTTCTTTGCTCATGAGAGCTTTG  100

seq1  ACCTTTAGTGAGTATGTTTATGAGCTATGCCCAGGCTGGTCAAACAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTAGTGAGTATGTTTATGAGCTATGCCCAGGCTGGTCAAACAGGAA  150

seq1  GGACAGCCTTTTAAATACCTGTCTATAGAGACAAATGTGAACCAAGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCCTTTTAAATACCTGTCTATAGAGACAAATGTGAACCAAGGAAA  200

seq1  AGCAGTTGTGAAAAAAATCCATAGCAGAGAAGTACCAATCTCTGTAAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTGTGAAAAAAATCCATAGCAGAGAAGTACCAATCTCTGTAAGAT  250

seq1  CGAGCCTGACTTTTAGTGAGATTATTATGTAAAACTGTATAGTTATGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCCTGACTTTTAGTGAGATTATTATGTAAAACTGTATAGTTATGCTA  300

seq1  CACAGGCTCTTCCTCTTCCTGCTCCTATGGCTTACACAGTGTGCCCTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCTCTTCCTCTTCCTGCTCCTATGGCTTACACAGTGTGCCCTCTA  350

seq1  AATGCCACTGTATATCGGGAAACCTTGTGAAGAGCCAGAGTGCTCCAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCACTGTATATCGGGAAACCTTGTGAAGAGCCAGAGTGCTCCAATT  400

seq1  TTAAGAAGACAATCTTCTTCCAAGTCTGGAAAGTTGAAAGCAATAACCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAGACAATCTTCTTCCAAGTCTGGAAAGTTGAAAGCAATAACCTT  450

seq1  TAGACCATTTAGACTGAGCTGGTCCAGACAAAACAAAAAAGTAGATTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCATTTAGACTGAGCTGGTCCAGACAAAACAAAAAAGTAGATTCTC  500

seq1  CACTGGAAAGCCTAGAAGAAATGAAAACTCATGTAGAGAAACAAACAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAAAGCCTAGAAGAAATGAAAACTCATGTAGAGAAACAAACAAGA  550

seq1  CGTGCCATCCTCATCTCTACTGAGATGAAGAACAAAACCATCAGAAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCCATCCTCATCTCTACTGAGATGAAGAACAAAACCATCAGAAGAGA  600

seq1  GCAGAGCGGTACCTCTGTGAAGACAAGATGAACGTGGAGCTGGAAAGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCGGTACCTCTGTGAAGACAAGATGAACGTGGAGCTGGAAAGGAT  650

seq1  GGCGATGAAGACAGAAGAAGAGCAAAGAGCTGTCGTGGTTCAAGGATGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGATGAAGACAGAAGAAGAGCAAAGAGCTGTCGTGGTTCAAGGATGAG  700

seq1  GAAGAGGCCGAGCAAGGCGAGGATGAAGACACGGTGTGGTGCTAATGGCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGCCGAGCAAGGCGAGGATGAAGACACGGTGTGGTGCTAATGGCG  750

seq1  ATGTGCCTCTCAAGCTTAGGGTTCAGAAAGCTTATGCCACTATTTCTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCTCTCAAGCTTAGGGTTCAGAAAGCTTATGCCACTATTTCTGTA  800

seq1  CCTTGCTCCCAGTCCCTCCATGGGCTCACTGATTTATAAGTGTCCTGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTCCCAGTCCCTCCATGGGCTCACTGATTTATAAGTGTCCTGCAC  850

seq1  CTAATTCCTCTTTACTTCTTTTCATTTTGTTAGTAGTTTTGTTAAGTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCCTCTTTACTTCTTTTCATTTTGTTAGTAGTTTTGTTAAGTCTT  900

seq1  ACCCTGTAATTTTTGCCTTGTTATGACTTAATAAAAAAAGACGTTGG-CC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  ACCCTGTAATTTTTGCCTTGTTATGACTTAAT-AAAAAAGACGTTGGCCC  949

seq1  TTTATTTTATACTAGAATAGG-CCAGACAGTGCATGCCTTTAATCCTGGC  998
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTATTTTATACTAGAATAGGCCCAGACAGTGCATGCCTTTAATCCT-GC  998

seq1  ACTCAGTAGGAAGAGACAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGGCAGCCTGGTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||
seq2  ACTCAGTAGGAAGAGACAGGCAGATTTCTGAGTTCA--GGCAG-CTGATC  1045

seq1  TACAAAGCAAGCTCCAGGACAGTCAGGGGTACAGAGAAACTCTGTCTCAA  1098
      ||| |||| |||||   |||||||| |||||||||| ||||||||||| |
seq2  TAC-AAGC-AGCTC--AGACAGTCA-GGGTACAGAG-AACTCTGTCTC-A  1088

seq1  AAACAAACATAACCCCCCAAACAACAACAACAAAAGTAGAACAGCAGGGT  1148
      || ||||||| ||| || | ||    || ||  |||||||||||||||  
seq2  AACCAAACAT-ACCTCCGACAC----ACTAC--AAGTAGAACAGCAGGTC  1131

seq1  CAAATCCATTC  1159
      ||| |||||||
seq2  CAATTCCATTC  1142