BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341H11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 168,207,804 - 168,317,473
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668952, Nfatc2
Upstream geneSlc9a8, Spata2, Zfp313, Snai1, Ube2v1, AI840826, Cebpb, LOC100043728, Ptpn1, 2310033K02Rik, Pard6b, Adnp, Dpm1, Mocs3, LOC100043908, Kcng1
Downstream geneAtp9a, Sall4, Zfp64, LOC100043909
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341H11.bB6Ng01-341H11.g
ACCGA124840GA124841
length1,204366
definitionB6Ng01-341H11.b B6Ng01-341H11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(168,316,265 - 168,317,473)(168,207,804 - 168,208,175)
sequence
gaattctagtccgcacgtgtcgcagcctgaggcagctggtactctgtgag
agcagggaagacctgtggggacaggatgtgatttgtactttggatcctcc
cactctgaagatacagttactcccaaggggaaggtccttagaagcaggaa
gagggccatgtggatgtaggatggatgtaggccaaaagtcagccgtcttc
tgtagtggttcccatattacagataaggacactgaggcttgaagctgtga
aaacaggctttttttgcctcaatgcctgtgacatcatcttggctgtgtct
tagccatcaccaatgccctccaaagctggaagttaggaatgcctgttgtt
acctttacagaggtggcccagagaacagtcccatgaaaggacgtggcaga
tttggagcccagcagactggctatgaacagggtcttcctatgatgcttgt
cctgagtctcttccctctgtatgtggccccgtactgagcagttgacatct
gccctccctgagtcggatggatagctgctgagtaaggccgctagctggag
aaagctggaggccggtgaggatgccaggggctgagaaagatgggtaagga
tgcaaagaagcaaggcagagctgacggcagcatctgctctttgggtaaaa
cctgctataggctagccctgtggtcctgggtaggctggataaagtctgcc
acaggctagccctgtggtcctgggcaggcagtcccttaaccttgaagcct
gccagtgagtgtggctcgggacatcgtggaggaattactttggtaaaacg
agcctcttgagatggcagcagtcactcaggttgtgtgacgagatctcata
agcatctctcccctcagagttctggggctaaatgcctaagatcagagtcg
tgtggacagggaccccatccttaaatgccaccaaacaagggttaacagct
cacatacagatctgagggtcagagtgagtttgtagtaagtctcagagaga
gttggactgagaggatgaaccaaggtgaggctgtgtctgagtcaaagaca
cacacagctcttgaggcagaagttacagaactgggtcgatggctgtctac
ctagagaagagttaagataggtcttggcctgtggtgaaatcctgttgggc
tcctcccaggccagtcaagggatcctgaatgtatgaagggaggcgcagtg
cctg
tagggtgtaatgtgggtatgacccatgcacaaggtgcttttaaatggcaa
acttaaagtattatttcctttttgcacttgtatatgtgtgcatgtgtgtg
tgtgtatgtgtgtatgtgtgtgtatgcatgcgaatgcatttgtgcacaca
agtgtgtatacatgtgtgagtgtgtgtgtatgtgcatgtatgtatgcatg
tgtatatttgtgagcatgtgtgtgtgcatgtgtgcatgcatgtgagaatg
tgtttgtgcatacacatgtgtatgtgtgtgtgtgtgcgtgtgcgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtatacaggccaaaggctgatgtcaagtatctttc
tccataaagctgggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_168316265_168317473
seq2: B6Ng01-341H11.b_46_1249 (reverse)

seq1  CAGGCACTGGCGCCTCCC-TCCTACATTCCAGATCCTTTTTACCTGCCTG  49
      |||||||| ||||||||| || |||||||  |||||  || ||  |||||
seq2  CAGGCACT-GCGCCTCCCTTCATACATTCAGGATCC-CTTGACTGGCCTG  48

seq1  GAAAGAAGCCCCACAGGATTTCACACAAGGCCTAGACCCTATCTTAACTC  99
      |  || ||||| ||||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||
seq2  G-GAGGAGCCCAACAGGATTTCACCACAGGCCAAGA-CCTATCTTAACTC  96

seq1  TTCTCTAG--TGACAGCCATCGGCCCAGTCCTGGTACTTCTGCCTCAGAG  147
      ||||||||   ||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||   
seq2  TTCTCTAGGTAGACAGCCATCGACCCAGTTCTGTAACTTCTGCCTCAAGA  146

seq1  GCTGTGTGTGTCTTTGACTCAGACACAGCCTTCACCCTGGTTCATCCTCT  197
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  GCTGTGTGTGTCTTTGACTCAGACACAGCC-TCACCTTGGTTCATCCTCT  195

seq1  CAGTCCAACTCTCCTCCTGAGAACTTACTACAAACTCACTCTGACCCTCA  247
      |||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCAACTCTC--TCTGAG-ACTTACTACAAACTCACTCTGACCCTCA  242

seq1  GATCTGTATTGTGAGCTGTTAACCCTTGTTTGGTGGCATTTAAAGATGGG  297
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GATCTGTA-TGTGAGCTGTTAACCCTTGTTTGGTGGCATTTAAGGATGGG  291

seq1  GTCCCTGTCCACACGACTCTGATCTTAGGCATTTAGCCCCAGAACTCTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGTCCACACGACTCTGATCTTAGGCATTTAGCCCCAGAACTCTGA  341

seq1  GGGGAGAGATGCTTATGAGATCTCGTCACACAACCTGAGTGACTGCTGCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAGATGCTTATGAGATCTCGTCACACAACCTGAGTGACTGCTGCC  391

seq1  ATCTCAAGAGGCTCGTTTTACCAAAGTAATTCCTCCACGATGTCCCGAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAGAGGCTCGTTTTACCAAAGTAATTCCTCCACGATGTCCCGAGC  441

seq1  CACACTCACTGGCAGGCTTCAAGGTTAAGGGACTGCCTGCCCAGGACCAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCACTGGCAGGCTTCAAGGTTAAGGGACTGCCTGCCCAGGACCAC  491

seq1  AGGGCTAGCCTGTGGCAGACTTTATCCAGCCTACCCAGGACCACAGGGCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAGCCTGTGGCAGACTTTATCCAGCCTACCCAGGACCACAGGGCT  541

seq1  AGCCTATAGCAGGTTTTACCCAAAGAGCAGATGCTGCCGTCAGCTCTGCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATAGCAGGTTTTACCCAAAGAGCAGATGCTGCCGTCAGCTCTGCC  591

seq1  TTGCTTCTTTGCATCCTTACCCATCTTTCTCAGCCCCTGGCATCCTCACC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTTTGCATCCTTACCCATCTTTCTCAGCCCCTGGCATCCTCACC  641

seq1  GGCCTCCAGCTTTCTCCAGCTAGCGGCCTTACTCAGCAGCTATCCATCCG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCCAGCTTTCTCCAGCTAGCGGCCTTACTCAGCAGCTATCCATCCG  691

seq1  ACTCAGGGAGGGCAGATGTCAACTGCTCAGTACGGGGCCACATACAGAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGGAGGGCAGATGTCAACTGCTCAGTACGGGGCCACATACAGAGG  741

seq1  GAAGAGACTCAGGACAAGCATCATAGGAAGACCCTGTTCATAGCCAGTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGACTCAGGACAAGCATCATAGGAAGACCCTGTTCATAGCCAGTCT  791

seq1  GCTGGGCTCCAAATCTGCCACGTCCTTTCATGGGACTGTTCTCTGGGCCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCTCCAAATCTGCCACGTCCTTTCATGGGACTGTTCTCTGGGCCA  841

seq1  CCTCTGTAAAGGTAACAACAGGCATTCCTAACTTCCAGCTTTGGAGGGCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTAAAGGTAACAACAGGCATTCCTAACTTCCAGCTTTGGAGGGCA  891

seq1  TTGGTGATGGCTAAGACACAGCCAAGATGATGTCACAGGCATTGAGGCAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGATGGCTAAGACACAGCCAAGATGATGTCACAGGCATTGAGGCAA  941

seq1  AAAAAGCCTGTTTTCACAGCTTCAAGCCTCAGTGTCCTTATCTGTAATAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCCTGTTTTCACAGCTTCAAGCCTCAGTGTCCTTATCTGTAATAT  991

seq1  GGGAACCACTACAGAAGACGGCTGACTTTTGGCCTACATCCATCCTACAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACCACTACAGAAGACGGCTGACTTTTGGCCTACATCCATCCTACAT  1041

seq1  CCACATGGCCCTCTTCCTGCTTCTAAGGACCTTCCCCTTGGGAGTAACTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGGCCCTCTTCCTGCTTCTAAGGACCTTCCCCTTGGGAGTAACTG  1091

seq1  TATCTTCAGAGTGGGAGGATCCAAAGTACAAATCACATCCTGTCCCCACA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCAGAGTGGGAGGATCCAAAGTACAAATCACATCCTGTCCCCACA  1141

seq1  GGTCTTCCCTGCTCTCACAGAGTACCAGCTGCCTCAGGCTG-ACCACGTG  1196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  GGTCTTCCCTGCTCTCACAGAGTACCAGCTGCCTCAGGCTGCGACACGTG  1191

seq1  CGGACTAGAATTC  1209
      |||||||||||||
seq2  CGGACTAGAATTC  1204

seq1: chr2_168207804_168208175
seq2: B6Ng01-341H11.g_68_439

seq1  GAATTCTAGGGTGTAATGTGGGTATGACCCATGCACAAGGTGCTTTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGGTGTAATGTGGGTATGACCCATGCACAAGGTGCTTTTAAA  50

seq1  TGGCAAACTTAAAGTATTATTTCCTTTTTGCACTTGTATATGTGTGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAACTTAAAGTATTATTTCCTTTTTGCACTTGTATATGTGTGCATG  100

seq1  TGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTATGCATGCGAATGCATTTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTATGCATGCGAATGCATTTGTG  150

seq1  CACACAAGTGTGTATACATGTGTGAGTGTGTGTGTATGTGCATGTATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAGTGTGTATACATGTGTGAGTGTGTGTGTATGTGCATGTATGTA  200

seq1  TGCATGTGTATATTTGTGAGCATGTGTGTGTGCATGTGTGCATGCATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGTATATTTGTGAGCATGTGTGTGTGCATGTGTGCATGCATGTG  250

seq1  AGAATGTGTTTGTGCATACACATGTGTATGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTGTTTGTGCATACACATGTGTATGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCG  300

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACAGGCCAAAGGCTGATGTCAAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACAGGCCAAAGGCTGATGTCAAGTA  350

seq1  TCTTTCTCCAGAAGGCTGGGAT  372
      |||||||||| || ||||||||
seq2  TCTTTCTCCATAAAGCTGGGAT  372