BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344B22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 102,406,446 - 102,548,267
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE430002G05Rik, Slc1a2
Upstream geneB230118H07Rik, Rag2, Rag1, LOC100042930, Traf6, 2600010E01Rik, LOC100043302, Commd9, Ldlrad3, LOC674202, Trim44, Fjx1
Downstream geneCd44, Pdhx, Apip, Ehf, Elf5, Cat, Abtb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344B22.bB6Ng01-344B22.g
ACCGA126705GA126706
length1,1261,123
definitionB6Ng01-344B22.b B6Ng01-344B22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,406,446 - 102,407,574)(102,547,151 - 102,548,267)
sequence
gaattcactcaacgtcatggtatgcgcagtgaggtaatgaaggacttggc
tttgtagctgtcattatctgactagcaaaaggggagctgtgagagaggac
gcctgagtcatgtgagattcatcagtgtaggactggggactgctggggga
gacagaattctcaagtctccagaggagtgatggagtcacccaaggccagg
aaatgttctgtctatggggcctagagtcgtattcttctgccctggctcca
gctgttaaccagaccttccagcagggaagaaggttgtgtagtgtgaagaa
gcagtaaaggcagccggacagctgtggagaggtgcggtgagcagcggtga
gtgaggggctccagcagcttaactgttatctccctgtttcctgcaccttc
ccttccattttgtctcagaagattcataaatgaaatagagtttaaggaag
aagtctcagaagttttcatcacatgagactagatgggatggctatggagg
ctttggtgtactcagaagcaatctctgagagttagaagacagcatatgga
ggtcccagcatgctgtaggtaacagtggctttccttgacatcttctgggg
tggtcctgaccagcacctgtgttgtaacaaatgatgtgctacttcaacag
agtatgggacagaaagattcttgttttcactcagagtccccaatcttcag
accaacctcaatggccatcatatccacttatgtcttcaatagcattgaaa
actttgtgttttaagattctactaagggggcataattcccctctgcctct
ctgcatttgtaagtacaatctgctgaaggaattgtttctgtatctaacca
ggggccagataacgctaaagcaaactgctaggacattccaggacagcgga
agtgaatgcagaatagcaacgatgacaatgatgacagcatccactgtctt
ttcctgtctcgctcatttgtttctccattattgcatggatgtggcgctgg
ctgactggagcagcttgttctagttgccttgcatttctcttaatagtcag
agctaagatgatagcgacttcctgtatggttagcctcttttttaaggggc
atagagaactcttggggtgcatatag
gaattccatatctacgttcccatgcgtcgactccagtgtgtttaaaaatt
cgagtatgaagtacatctagtgccttgtcctctcgacctaagagtggtca
ttatctacaatgtccaaggctagaagtgagttaaataagattctacagta
aaatggtctaagtccattttccttaaaacaaaaagtgagagagacaacct
taaagacaggcttaagagcaaaactgcaaaagacagttccagatgtttcc
tcctacgtaatgagtggaaggggacatacttggaggttttgatgtgtatt
acctccatgcaacaagacagtcctcgctcaaaatctatgtggttcttttt
ggtttcctgaaccactgctaccagtagcttctgttttttgtttgtttgat
tttttttaaatcactttcttggacttctgaagctaggaaccagcatgtaa
aagaatgaagtattagaaggttgtctaattacagtgtccccctaaaacta
tgccaagagcctagcaaaggtgtgtggaagaactggggttgccccaccat
tttctttccacatctggaaagggaagagtaacttgaagaggaagttagct
gagggagtgaggtgggctggtgtaactcccacactgtgtttgttgtaaga
agggaagaagcatattctacaaggttccaaagataacataagagcagata
gttcgtggattttgcaatgctagaaaactaccttttcaccatcaacacta
agccagctgctctttcccagcacaccaagaccagagagtctcttaacttg
ggcatcaatctttggcctgcagtgctttcagcaaggataactgaaaataa
aatttcagtagcatctcttgttctgccctgtctctgcaagtacagtgaga
gctgtcacatgacagacagataagacagcagcgctgtgatgttgttggag
tttcatctgaaccttgttcttcagcagttcttcagcagtgaattgcctga
tgatgctcgctttgaactctacaaattagaaccgtgggtcaactcagcac
acatcacctccctctgttatgctgacgcgttatattgaagaaagtcattg
tatgatggcttgggttgacgatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_102406446_102407574
seq2: B6Ng01-344B22.b_46_1171

seq1  GAATTCACTCAACGTCATGGTATGCGCAGTGAGGTAATGAAGGACTTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAACGTCATGGTATGCGCAGTGAGGTAATGAAGGACTTGGC  50

seq1  TTTGTAGCTGTCATTATCTGACTAGCAAAAGGGGAGCTGTGAGAGAGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGCTGTCATTATCTGACTAGCAAAAGGGGAGCTGTGAGAGAGGAC  100

seq1  GCCTGAGTCATGTGAGATTCATCAGTGTAGGACTGGGGACTGCTGGGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGTCATGTGAGATTCATCAGTGTAGGACTGGGGACTGCTGGGGGA  150

seq1  GACAGAATTCTCAAGTCTCCAGAGGAGTGATGGAGTCACCCAAGGCCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAATTCTCAAGTCTCCAGAGGAGTGATGGAGTCACCCAAGGCCAGG  200

seq1  AAATGTTCTGTCTATGGGGCCTAGAGTCGTATTCTTCTGCCCTGGCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTCTGTCTATGGGGCCTAGAGTCGTATTCTTCTGCCCTGGCTCCA  250

seq1  GCTGTTAACCAGACCTTCCAGCAGGGAAGAAGGTTGTGTAGTGTGAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTAACCAGACCTTCCAGCAGGGAAGAAGGTTGTGTAGTGTGAAGAA  300

seq1  GCAGTAAAGGCAGCCGGACAGCTGTGGAGAGGTGCGGTGAGCAGCGGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAAGGCAGCCGGACAGCTGTGGAGAGGTGCGGTGAGCAGCGGTGA  350

seq1  GTGAGGGGCTCCAGCAGCTTAACTGTTATCTCCCTGTTTCCTGCACCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGGCTCCAGCAGCTTAACTGTTATCTCCCTGTTTCCTGCACCTTC  400

seq1  CCTTCCATTTTGTCTCAGAAGATTCATAAATGAAATAGAGTTTAAGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCATTTTGTCTCAGAAGATTCATAAATGAAATAGAGTTTAAGGAAG  450

seq1  AAGTCTCAGAAGTTTTCATCACATGAGACTAGATGGGATGGCTATGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCAGAAGTTTTCATCACATGAGACTAGATGGGATGGCTATGGAGG  500

seq1  CTTTGGTGTACTCAGAAGCAATCTCTGAGAGTTAGAAGACAGCATATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTGTACTCAGAAGCAATCTCTGAGAGTTAGAAGACAGCATATGGA  550

seq1  GGTCCCAGCATGCTGTAGGTAACAGTGGCTTTCCTTGACATCTTCTGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAGCATGCTGTAGGTAACAGTGGCTTTCCTTGACATCTTCTGGGG  600

seq1  TGGTCCTGACCAGCACCTGTGTTGTAACAAATGATGTGCTACTTCAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTGACCAGCACCTGTGTTGTAACAAATGATGTGCTACTTCAACAG  650

seq1  AGTATGGGACAGAAAGATTCTTGTTTTCACTCAGAGTCCCCAATCTTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGGACAGAAAGATTCTTGTTTTCACTCAGAGTCCCCAATCTTCAG  700

seq1  ACCAACCTCAATGGCCATCATATCCACTTATGTCTTCAATAGCATTGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCTCAATGGCCATCATATCCACTTATGTCTTCAATAGCATTGAAA  750

seq1  ACTTTGTGTTTTAAGATTCTACTAAGGGGGCATAATTCCCCTCTGCCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTGTTTTAAGATTCTACTAAGGGGGCATAATTCCCCTCTGCCTCT  800

seq1  CTGCATTTGTAAGTACAATCTGCTGAAGGAATTGTTTCTGTATCTAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTTGTAAGTACAATCTGCTGAAGGAATTGTTTCTGTATCTAACCA  850

seq1  -GGGCCAGATAACGCTAAAGCAAACTGCTAGGACATTCCAGGACAGCGGA  899
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCAGATAACGCTAAAGCAAACTGCTAGGACATTCCAGGACAGCGGA  900

seq1  AGTGAATGCAGAATAGCAACGATGACAATGATGACAGCATCCAACTGTC-  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  AGTGAATGCAGAATAGCAACGATGACAATGATGACAGCATCC-ACTGTCT  949

seq1  TTTCCTGTCTCGCTCATTTGTTTCTCCAT--ATGCATGGATGTGGGCGCT  996
      |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||
seq2  TTTCCTGTCTCGCTCATTTGTTTCTCCATTATTGCATGGATGT-GGCGCT  998

seq1  GGGCTGACT-GAGCAGCCTTGTCTAGGTTGCCTTGGCATTCTCTTAATAA  1045
       |||||||| ||||||| |  |||| |||||||||   |||||||||| |
seq2  -GGCTGACTGGAGCAGCTTGTTCTA-GTTGCCTTGCATTTCTCTTAAT-A  1045

seq1  GTCAGAGCTAAGATGATAAGCGACTCCTGGTATTGGTTAGCTCTTTTTTT  1095
      ||||||||||||||||| ||||||| |  ||| |||||||| || |||||
seq2  GTCAGAGCTAAGATGAT-AGCGACTTCCTGTA-TGGTTAGC-CTCTTTTT  1092

seq1  TAAAGGGGGCATAGAAGAACTCTT---GTGCATATAG  1129
      |||  ||||||||| |||||||||   ||||||||||
seq2  TAA--GGGGCATAG-AGAACTCTTGGGGTGCATATAG  1126

seq1: chr2_102547151_102548267
seq2: B6Ng01-344B22.g_67_1189 (reverse)

seq1  GATCGTCAA-CCAAACCATCAT-CCATGACTTTCT--CATATAACGCGTC  46
      ||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||   ||||||||||||
seq2  GATCGTCAACCCAAGCCATCATACAATGACTTTCTTCAATATAACGCGTC  50

seq1  AGCAT-ACAGAGGGGAGGTGATGTGTGCTGAGTTGACCCACGGGTTCTAT  95
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  AGCATAACAGA-GGGAGGTGATGTGTGCTGAGTTGACCCAC-GGTTCTAA  98

seq1  TTTGTAGAGGTTCAAAGGCGAGCATCATCA-GCAA-TCACTGCTGAAGAA  143
      |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  TTTGTAGA-GTTCAAA-GCGAGCATCATCAGGCAATTCACTGCTGAAGAA  146

seq1  CTGCTGAAGAAC-AGGTTCAGATGAAACTCCA--CACATCACAGCGCTGC  190
      |||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  CTGCTGAAGAACAAGGTTCAGATGAAACTCCAACAACATCACAGCGCTGC  196

seq1  TGTCTTATCTGTCTGTCATGTGACAGCTCTCACTGTACTTGCAGAGACAG  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTATCTGTCTGTCATGTGACAGCTCTCACTGTACTTGCAGAGACAG  246

seq1  GGCAGAACAAGAGATGCTACTGAAATTTTATTTTCAGTTATCCTTGCTGA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAACAAGAGATGCTACTGAAATTTTATTTTCAGTTATCCTTGCTGA  296

seq1  AAGCACTGCAGGCCAAAGATTGATGCCCAAGTTAAGAGACTCTCTGGTCT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTGCAGGCCAAAGATTGATGCCCAAGTTAAGAGACTCTCTGGTCT  346

seq1  TGGTGTGCTGGGAAAGAGCAGCTGGCTTAGTGTTGATGGTGAAAAGGTAG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGCTGGGAAAGAGCAGCTGGCTTAGTGTTGATGGTGAAAAGGTAG  396

seq1  TTTTCTAGCATTGCAAAATCCACGAACTATCTGCTCTTATGTTATCTTTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGCATTGCAAAATCCACGAACTATCTGCTCTTATGTTATCTTTG  446

seq1  GAACCTTGTAGAATATGCTTCTTCCCTTCTTACAACAAACACAGTGTGGG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTGTAGAATATGCTTCTTCCCTTCTTACAACAAACACAGTGTGGG  496

seq1  AGTTACACCAGCCCACCTCACTCCCTCAGCTAACTTCCTCTTCAAGTTAC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACACCAGCCCACCTCACTCCCTCAGCTAACTTCCTCTTCAAGTTAC  546

seq1  TCTTCCCTTTCCAGATGTGGAAAGAAAATGGTGGGGCAACCCCAGTTCTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCTTTCCAGATGTGGAAAGAAAATGGTGGGGCAACCCCAGTTCTT  596

seq1  CCACACACCTTTGCTAGGCTCTTGGCATAGTTTTAGGGGGACACTGTAAT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACACCTTTGCTAGGCTCTTGGCATAGTTTTAGGGGGACACTGTAAT  646

seq1  TAGACAACCTTCTAATACTTCATTCTTTTACATGCTGGTTCCTAGCTTCA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAACCTTCTAATACTTCATTCTTTTACATGCTGGTTCCTAGCTTCA  696

seq1  GAAGTCCAAGAAAGTGATTTAAAAAAAATCAAACAAACAAAAAACAGAAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCAAGAAAGTGATTTAAAAAAAATCAAACAAACAAAAAACAGAAG  746

seq1  CTACTGGTAGCAGTGGTTCAGGAAACCAAAAAGAACCACATAGATTTTGA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGTAGCAGTGGTTCAGGAAACCAAAAAGAACCACATAGATTTTGA  796

seq1  GCGAGGACTGTCTTGTTGCATGGAGGTAATACACATCAAAACCTCCAAGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGGACTGTCTTGTTGCATGGAGGTAATACACATCAAAACCTCCAAGT  846

seq1  ATGTCCCCTTCCACTCATTACGTAGGAGGAAACATCTGGAACTGTCTTTT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCCTTCCACTCATTACGTAGGAGGAAACATCTGGAACTGTCTTTT  896

seq1  GCAGTTTTGCTCTTAAGCCTGTCTTTAAGGTTGTCTCTCTCACTTTTTGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTTGCTCTTAAGCCTGTCTTTAAGGTTGTCTCTCTCACTTTTTGT  946

seq1  TTTAAGGAAAATGGACTTAGACCATTTTACTGTAGAATCTTATTTAACTC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGAAAATGGACTTAGACCATTTTACTGTAGAATCTTATTTAACTC  996

seq1  ACTTCTAGCCTTGGACATTGTAGATAATGACCACTCTTAGGTCGAGAGGA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAGCCTTGGACATTGTAGATAATGACCACTCTTAGGTCGAGAGGA  1046

seq1  CAAGGCACTAGATGTACTTCATACTCGAATTTTTAAACACACTGGAGTCG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCACTAGATGTACTTCATACTCGAATTTTTAAACACACTGGAGTCG  1096

seq1  ACGCATGGGAACGTAGATATGGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATGGGAACGTAGATATGGAATTC  1123