BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344H11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 114,558,621 - 114,585,982
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGrem1, LOC100043520, Scg5, Arhgap11a, LOC100043526, Gja9, A530058N18Rik, Actc1, Aqr, Zfp770, Atpbd4, LOC100043219
Downstream geneLOC100043222, LOC100043232, LOC100043236, BC052040
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344H11.bB6Ng01-344H11.g
ACCGA126945GA126946
length1,1351,121
definitionB6Ng01-344H11.b B6Ng01-344H11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,558,621 - 114,559,548)(114,584,859 - 114,585,982)
sequence
gaattcacaaaggattcctaaaacccaattttagcagaccaaatgatgta
attggaaatggggcaaattacaaacaaaaaatcaaaacaatatgagcaga
cattttgccagaccacaaatatagttgtcaataagcacatgaaaagatgc
tcagcacaattaattgtcagggaaggacaggccataacaatgatctatca
tgtatccctatccattgttttaatatgggctggagacatgaattaagggt
taagagtactggctactctttcagaagacatgacttcaagtctcagaatc
cacctggtgattctcaatcatccataactctagtttcaggcctttaatgc
tctcctctggcttctttggtgcaaatgcatacatgcaggtgaaacatctg
tacaaaaagtaaaataaaataaattaaattaaatctttaaacaatgctta
gctaatcaaaactttgtagtaaaattgagtcttgatgatggtgtagaaaa
ttggacattactaatgtcaatgtagaatagtagaaccatttttatttact
ttattttattagaaagttaagtatgggattattatataacgcagaaaaat
gcactcttggccattcagacaggaaaatatgtgctcatattctttatcaa
gtttgtcttagttgctctaaccaagaagaagaataaatgtccttcagtgg
gtgggttaatatgaagtcactctcagggtgcttgtactgagtgaactagt
gcttttaagaggttatataatagtatctctttaatggccctaagtgacaa
aactgtagaaattctggattaattagagtgttaagggatctgcagggagc
tgacatccttgctgtattgctctattctgtagcacaggagtctttccctt
gcaactaactgttttgtacctctgctttcgagatagtctcgggactctac
actagaaataatgttgcgtaggattatattcacatagaaacacagcggat
gaatgtaaagctaagaaatagcactagacacatggattgtatcagtctca
tttctagttgtaaactattacagtattgcagtacatattcatttaacagt
atagtttttataagatttatcatcgaggaatatat

gaattctggcaaacctcaactgttgtcagccagaatgtcctcacccacct
ctaccacagatgctgtccacacccttcctttctctatctgaaagcatgga
ctgagatgtaaagtttcatagtgcagtttaatgagctttctttgtgggaa
ggtagtgctcaccagcagttgaaagggacttcattccttcataagaaatt
ggacatgggaaacaggcagacagatgctgaggatgttaagaaaaggagcc
acgccttctgtggaccaaaccttgcaccttgcatgtgccattctagaagg
agaaatctgggtgagaccactgcacaaaagtaagctgttaggatgaggga
gcgcagtttacctgatcggaggacaaaatgtagctaagagggtactgagg
agctagaggtcgtgaacatgtgcggaggctccatttcccaaagtgatgtt
tgtgatggtgaaatgaatcactgggagataatgggcatacgtataagaca
atgccagcttcacaacagcaaatggccactcctctaaaaggcatttgaat
ttagaagagctagtctcatagctgatgtcttcactagtcaatctcctcca
cttctctgccttctctaatgaagtgggcaatagcactatcttccagtggt
tcaatctagatgcaaaatttcttctcttgtttattttaagattacattca
tttttatttcatgtgtgtgaggactttcatgtatatctgcatgtgcacca
catgtgtacttggtgacttggaggccagaagaaggcactggatcctttgg
agttgcagacttctgtgagttaatatgtgggtatcaggaactaaacttca
actctctgcaaaggcatccaatggttttaactccaagccttctctctacc
ctctagaagcacaagtctctatcctcagctcagctccctgtgctcttctt
tcaatgatctccttaatatttggaaactccaaaccccctaaatagaagtg
tctgttcagggatatggtggaggacacttggagaggccttttggaaacca
ttgggacttctgctattggtagagtttctaaaatacacacattatggaga
ggaatttacgggagtcattat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_114558621_114559548
seq2: B6Ng01-344H11.b_261_1182

seq1  ATTGTTTTAATATGGGCTGGAGACATGAATTAAGGGTTAAGAGTACTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTAATATGGGCTGGAGACATGAATTAAGGGTTAAGAGTACTGGC  50

seq1  TACTCTTTCAGAAGACATGACTTCAAGTCTCAGAATCCACCTGGTGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTTCAGAAGACATGACTTCAAGTCTCAGAATCCACCTGGTGATTC  100

seq1  TCAATCATCCATAACTCTAGTTTCAGGCCTTTAATGCTCTCCTCTGGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCATCCATAACTCTAGTTTCAGGCCTTTAATGCTCTCCTCTGGCTT  150

seq1  CTTTGGTGCAAATGCATACATGCAGGTGAAACATCTGTACAAAAAGTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTGCAAATGCATACATGCAGGTGAAACATCTGTACAAAAAGTAAA  200

seq1  ATAAAATAAATTAAATTAAATCTTTAAACAATGCTTAGCTAATCAAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAATTAAATTAAATCTTTAAACAATGCTTAGCTAATCAAAACT  250

seq1  TTGTAGTAAAATTGAGTCTTGATGATGGTGTAGAAAATTGGACATTACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTAAAATTGAGTCTTGATGATGGTGTAGAAAATTGGACATTACTA  300

seq1  ATGTCAATGTAGAATAGTAGAACCATTTTTATTTACTTTATTTTATTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAATGTAGAATAGTAGAACCATTTTTATTTACTTTATTTTATTAGA  350

seq1  AAGTTAAGTATGGGATTATTATATAACGCAGAAAAATGCACTCTTGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAGTATGGGATTATTATATAACGCAGAAAAATGCACTCTTGGCCA  400

seq1  TTCAGACAGGAAAATATGTGCTCATATTCTTTATCAAGTTTGTCTTAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACAGGAAAATATGTGCTCATATTCTTTATCAAGTTTGTCTTAGTT  450

seq1  GCTCTAACCAAGAAGAAGAATAAATGTCCTTCAGTGGGTGGGTTAATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAACCAAGAAGAAGAATAAATGTCCTTCAGTGGGTGGGTTAATATG  500

seq1  AAGTCACTCTCAGGGTGCTTGTACTGAGTGAACTAGTGCTTTTAAGAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACTCTCAGGGTGCTTGTACTGAGTGAACTAGTGCTTTTAAGAGGT  550

seq1  TATATAATAGTATCTCTTTAATGGCCCTAAGTGACAAAACTGTAGAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAATAGTATCTCTTTAATGGCCCTAAGTGACAAAACTGTAGAAATT  600

seq1  CTGGATTAATTAGAGTGTTAAGGGATCTGCAGGGGAGCTGACATCCTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTAATTAGAGTGTTAAGGGATCTGCA-GGGAGCTGACATCCTTGC  649

seq1  TGTATTGCTCTATTCTGTAGCACAGGAGTCTTTCCCTTGCAACTAACTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGCTCTATTCTGTAGCACAGGAGTCTTTCCCTTGCAACTAACTGT  699

seq1  TTTGTACCTCTGCTTTCGAGATAGTCTCGGGACTCTACACTAGAAATAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACCTCTGCTTTCGAGATAGTCTCGGGACTCTACACTAGAAATAAT  749

seq1  GTTGCGTAGGATTATATTCACATAGAAACACAGCGGAATGAATGTAAAGC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTGCGTAGGATTATATTCACATAGAAACACAGCGG-ATGAATGTAAAGC  798

seq1  TAAAGAAATAGCACTAAGACACATGGATTGTATCAGTCTCATTTCCTAGT  850
      | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  T-AAGAAATAGCACT-AGACACATGGATTGTATCAGTCTCATTT-CTAGT  845

seq1  TGTAAACTATTACAGTATTGCAGTACAATATTCATTAAACAGTATAG-TT  899
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||
seq2  TGTAAACTATTACAGTATTGCAGTAC-ATATTCATTTAACAGTATAGTTT  894

seq1  ATATAAGATTTTATCATCGAGGAATATAT  928
       ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGA-TTTATCATCGAGGAATATAT  922


seq1: chr2_114584859_114585982
seq2: B6Ng01-344H11.g_63_1183 (reverse)

seq1  ATAATGACTCCCTTTAAATTCCTCT-CATATATGTGTGTATTTTAGGAAA  49
      ||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||
seq2  ATAATGACTCCC-GTAAATTCCTCTCCATA-ATGTGTGTATTTTA-GAAA  47

seq1  CTTCTA-CAATAGCAGAGTTCCAAATGGTTTTCAAAAGGCCTCTCAAGTT  98
      | |||| ||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||| |  |
seq2  C-TCTACCAATAGCAGAAGTCCCAATGGTTTCCAAAAGGCCTCTCCAAGT  96

seq1  GTTCCTCCA-CATATCCCTGAACAGACACTTCTATTTAGGGGGTTT-GAG  146
      | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  G-TCCTCCACCATATCCCTGAACAGACACTTCTATTTAGGGGGTTTGGAG  145

seq1  TTTCCAAATATTAAGGAGATTCATTGAAAGAAGAGCACAGGGAGCTGAGC  196
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAATATTAAGGAGA-TCATTGAAAGAAGAGCACAGGGAGCTGAGC  194

seq1  TGAGGATAGAGACTTGTGCTTCTAGAGGGTAGAGAGAAGGCTTGGAGTTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGAGGATAGAGACTTGTGCTTCTAGAGGGTAGAGAGAAGGCTTGGAG-TT  243

seq1  AAAACCATTGGATGCCTTTGCAGAGAGTTGAAGTTTAGTTCCTGATACCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCATTGGATGCCTTTGCAGAGAGTTGAAGTTTAGTTCCTGATACCC  293

seq1  ACATATTAACTCACAGAAGTCTGCAACTCCAAAGGATCCAGTGCCTTCTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTAACTCACAGAAGTCTGCAACTCCAAAGGATCCAGTGCCTTCTT  343

seq1  CTGGCCTCCAAGTCACCAAGTACACATGTGGTGCACATGCAGATATACAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCCAAGTCACCAAGTACACATGTGGTGCACATGCAGATATACAT  393

seq1  GAAAGTCCTCACACACATGAAATAAAAATGAATGTAATCTTAAAATAAAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCCTCACACACATGAAATAAAAATGAATGTAATCTTAAAATAAAC  443

seq1  AAGAGAAGAAATTTTGCATCTAGATTGAACCACTGGAAGATAGTGCTATT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAGAAATTTTGCATCTAGATTGAACCACTGGAAGATAGTGCTATT  493

seq1  GCCCACTTCATTAGAGAAGGCAGAGAAGTGGAGGAGATTGACTAGTGAAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTTCATTAGAGAAGGCAGAGAAGTGGAGGAGATTGACTAGTGAAG  543

seq1  ACATCAGCTATGAGACTAGCTCTTCTAAATTCAAATGCCTTTTAGAGGAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGCTATGAGACTAGCTCTTCTAAATTCAAATGCCTTTTAGAGGAG  593

seq1  TGGCCATTTGCTGTTGTGAAGCTGGCATTGTCTTATACGTATGCCCATTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATTTGCTGTTGTGAAGCTGGCATTGTCTTATACGTATGCCCATTA  643

seq1  TCTCCCAGTGATTCATTTCACCATCACAAACATCACTTTGGGAAATGGAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAGTGATTCATTTCACCATCACAAACATCACTTTGGGAAATGGAG  693

seq1  CCTCCGCACATGTTCACGACCTCTAGCTCCTCAGTACCCTCTTAGCTACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCGCACATGTTCACGACCTCTAGCTCCTCAGTACCCTCTTAGCTACA  743

seq1  TTTTGTCCTCCGATCAGGTAAACTGCGCTCCCTCATCCTAACAGCTTACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCCTCCGATCAGGTAAACTGCGCTCCCTCATCCTAACAGCTTACT  793

seq1  TTTGTGCAGTGGTCTCACCCAGATTTCTCCTTCTAGAATGGCACATGCAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCAGTGGTCTCACCCAGATTTCTCCTTCTAGAATGGCACATGCAA  843

seq1  GGTGCAAGGTTTGGTCCACAGAAGGCGTGGCTCCTTTTCTTAACATCCTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAAGGTTTGGTCCACAGAAGGCGTGGCTCCTTTTCTTAACATCCTC  893

seq1  AGCATCTGTCTGCCTGTTTCCCATGTCCAATTTCTTATGAAGGAATGAAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTGTCTGCCTGTTTCCCATGTCCAATTTCTTATGAAGGAATGAAG  943

seq1  TCCCTTTCAACTGCTGGTGAGCACTACCTTCCCACAAAGAAAGCTCATTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTCAACTGCTGGTGAGCACTACCTTCCCACAAAGAAAGCTCATTA  993

seq1  AACTGCACTATGAAACTTTACATCTCAGTCCATGCTTTCAGATAGAGAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCACTATGAAACTTTACATCTCAGTCCATGCTTTCAGATAGAGAAA  1043

seq1  GGAAGGGTGTGGACAGCATCTGTGGTAGAGGTGGGTGAGGACATTCTGGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGTGTGGACAGCATCTGTGGTAGAGGTGGGTGAGGACATTCTGGC  1093

seq1  TGACAACAGTTGAGGTTTGCCAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACAGTTGAGGTTTGCCAGAATTC  1121


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |