BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347F11
Chromosome2 (Build37)9 (Build37)
Map Location 135,715,790 - 135,717,0055,943,894 - 5,944,238
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genePlcb4
Upstream genePlcb1, LOC100043487, LOC100043786, LOC100043788
Downstream gene6330527O06Rik, Pak7, LOC668910, LOC100043492, BC034902, Ankrd5, Snap25, LOC668911, Mkks, 2210009G21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347F11.bB6Ng01-347F11.g
ACCGA128972GA128973
length1,214569
definitionB6Ng01-347F11.b B6Ng01-347F11.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,715,790 - 135,717,005)(5,943,894 - 5,944,238)
sequence
gaattctctgcatctgtgtggcctatcttaaagtggtggaaatgtggcta
gacacagcctatccctagtacttcccagcatatactgctgtggaaccagt
gtttaccaagcaaagctattctttcttctaagatttgtttttgtttttaa
tcatgggtatggatgatgtctctgaatatgtgtgttcatgtgagtgcatg
tgccctctgagagcagaagagggcgccagatacctggagctggattgaca
ggtgggtatgggcagcctgctgtaggtgttgaagatcctatgcaagagca
gtgcttacttttaaccatgaagccatccctccagccctaaactatttaat
aaggcccattcaccacttacaaatgttcattagaacatacagtctttgta
aggaggtattactctattacatctttatcaagtcatgtgttttcatattt
aattataaaattgaacttagtttcaaatatcaactttcaactccacatct
cctatgtggtggtatggtttgttgatcacctggctgaatggatgttgtca
cctggtcctcacattccaagtgtgtctttaagtgaagtactttgtattta
taaggatttttattttgaaggtgattggtctacctataaagaaaaattag
caaattatcatgttagatggatgcatgtgcactgaaatgaattaaaagag
ctcattattatactttaaacattgcacataagaattttttattgtttctg
taattttgctaaatgatcaagtccccatcaaaaggacccaagcatgaata
aaattaggttaaattaaacaacaacaaaacaaaacagtacaagtggtcgt
ttctgtgggagaggatgctgcaaataggcatgcctgtatctcacccaacc
tctaattcccttggaagcggcagggcagtgtggttcttaaggacaatggt
agcacatttctacaaaccacagcagtcacagactgccctgcctcagcacg
gagatgagagaatacacatggatagcaaggatggcaggacggtgaggacc
gtgacccctttacatcacctccgtttcttccacgtgctctctacagtgtg
cagtccaccgccagcataaccttttcgttaacaacccacatggcatgttt
tagggtgtgggggacatggctctcacactgctgtacctttacctgttcag
cacagaaagtgtcc

gaattcaagccctgtgtcacctataaacacagcaagcacttttggatgct
gatccacctctctagcacacagcaaaggtcataattttgctgttatttta
tatgttttgactttaatgttgttccagtagatcctttatgggtaaatatg
tctcaaatactccacagaccacatgaggctcaagaagaaggaaggccaaa
gtgtgggtgcttccgtccttcttggagaacaaaatattcgcaggagcaaa
tatggagataaagtgtagagcagagacggaaggaaaggccatccagagac
tgccccacctggggattcatcccatatacagttaccaaacccagacacta
ttgtggatgccaagaagtgtatgctgaaaggagcctgatatggctgtctc
ctgagaggccctgccagagcctgacaaatacagaggaggatgctcgcagt
caaccattgaactgagcatgaggtcccctatagaggagttagagaaagga
ctgaaggagttgaaggggtctgcaaccccataggaagaacaacaatgtca
accaaccagagcccccaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_135715790_135717005
seq2: B6Ng01-347F11.b_47_1260

seq1  GAATTCTCTGCATCTGTGTGGCCTATCTTAAAGTGGTGGAAATGTGGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCATCTGTGTGGCCTATCTTAAAGTGGTGGAAATGTGGCTA  50

seq1  GACACAGCCTATCCCTAGTACTTCCCAGCATATACTGCTGTGGAACCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGCCTATCCCTAGTACTTCCCAGCATATACTGCTGTGGAACCAGT  100

seq1  GTTTACCAAGCAAAGCTATTCTTTCTTCTAAGATTTGTTTTTGTTTTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACCAAGCAAAGCTATTCTTTCTTCTAAGATTTGTTTTTGTTTTTAA  150

seq1  TCATGGGTATGGATGATGTCTCTGAATATGTGTGTTCATGTGAGTGCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGTATGGATGATGTCTCTGAATATGTGTGTTCATGTGAGTGCATG  200

seq1  TGCCCTCTGAGAGCAGAAGAGGGCGCCAGATACCTGGAGCTGGATTGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCTGAGAGCAGAAGAGGGCGCCAGATACCTGGAGCTGGATTGACA  250

seq1  GGTGGGTATGGGCAGCCTGCTGTAGGTGTTGAAGATCCTATGCAAGAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTATGGGCAGCCTGCTGTAGGTGTTGAAGATCCTATGCAAGAGCA  300

seq1  GTGCTTACTTTTAACCATGAAGCCATCCCTCCAGCCCTAAACTATTTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTACTTTTAACCATGAAGCCATCCCTCCAGCCCTAAACTATTTAAT  350

seq1  AAGGCCCATTCACCACTTACAAATGTTCATTAGAACATACAGTCTTTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCATTCACCACTTACAAATGTTCATTAGAACATACAGTCTTTGTA  400

seq1  AGGAGGTATTACTCTATTACATCTTTATCAAGTCATGTGTTTTCATATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTATTACTCTATTACATCTTTATCAAGTCATGTGTTTTCATATTT  450

seq1  AATTATAAAATTGAACTTAGTTTCAAATATCAACTTTCAACTCCACATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAAAATTGAACTTAGTTTCAAATATCAACTTTCAACTCCACATCT  500

seq1  CCTATGTGGTGGTATGGTTTGTTGATCACCTGGCTGAATGGATGTTGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTGGTGGTATGGTTTGTTGATCACCTGGCTGAATGGATGTTGTCA  550

seq1  CCTGGTCCTCACATTCCAAGTGTGTCTTTAAGTGAAGTACTTTGTATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCCTCACATTCCAAGTGTGTCTTTAAGTGAAGTACTTTGTATTTA  600

seq1  TAAGGATTTTTATTTTGAAGGTGATTGGTCTACCTATAAAGAAAAATTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATTTTTATTTTGAAGGTGATTGGTCTACCTATAAAGAAAAATTAG  650

seq1  CAAATTATCATGTTAGATGGATGCATGTGCACTGAAATGAATTAAAAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTATCATGTTAGATGGATGCATGTGCACTGAAATGAATTAAAAGAG  700

seq1  CTCATTATTATACTTTAAACATTGCACATAAGAATTTTTTATTGTTTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTATTATACTTTAAACATTGCACATAAGAATTTTTTATTGTTTCTG  750

seq1  TAATTTTGCTAAATGATCAAGTCCCCATCAAAAGGACCCAAGCATGAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTGCTAAATGATCAAGTCCCCATCAAAAGGACCCAAGCATGAATA  800

seq1  AAATTAGGTTAAATTAAACAACAACAAAACAAAACAGTACAAGTGGTCGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGGTTAAATTAAACAACAACAAAACAAAACAGTACAAGTGGTCGT  850

seq1  TTCTGTGGGAGAGGATGCTGCAAATAGGCATGCCTGTATCTCACCCAACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGGGAGAGGATGCTGCAAATAGGCATGCCTGTATCTCACCCAACC  900

seq1  TCTAATTCCCTTGGAAGCGGCAGGGCAGTGTGGTTCTTAAGGACAATGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTCCCTTGGAAGCGGCAGGGCAGTGTGGTTCTTAAGGACAATGGT  950

seq1  AGCACA-TTCTACAAACCACAGCAAGTCACAGACTGCCCTGCCTCAGCAC  999
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATTTCTACAAACCACAGC-AGTCACAGACTGCCCTGCCTCAGCAC  999

seq1  GGGAGATGAGAGAATACAACATGGATAGCAAAGGATGGCAGGGACGGTGA  1049
       |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| 
seq2  -GGAGATGAGAGAATAC-ACATGGATAGC-AAGGATGGCA-GGACGGTG-  1044

seq1  AGGACCGTGACCCCTTTACATCAACCTCCGTTTC-TCCACGTGCTCTCTA  1098
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGGACCGTGACCCCTTTACATC-ACCTCCGTTTCTTCCACGTGCTCTCTA  1093

seq1  CAGTGTGCAGTCCAC--GCAGCAT-ACCTTTTCGTTAAACAAACACACAA  1145
      |||||||||||||||   |||||| |||||||||||||   ||| |||| 
seq2  CAGTGTGCAGTCCACCGCCAGCATAACCTTTTCGTTAA--CAACCCACAT  1141

seq1  TGGATGTTTTA-GGTGTGGGGAGACAT-GCTCTCACAACTGCTGTACCTT  1193
       | |||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  GGCATGTTTTAGGGTGTGGGG-GACATGGCTCTCAC-ACTGCTGTACCTT  1189

seq1  GGCCTG-TCAGCACAG-AAGTGTCC  1216
        |||| ||||||||| ||||||||
seq2  TACCTGTTCAGCACAGAAAGTGTCC  1214


seq1: chr9_5943894_5944238
seq2: B6Ng01-347F11.g_291_635 (reverse)

seq1  TCTGGGGGGTCTGGTAGGTTGATATTGTTGTTCTTCTTATCGGGTTGCAA  50
      |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||| 
seq2  TCTGGGGGCTCTGGTTGGTTGACATTGTTGTTCTTCCTATGGGGTTGCAG  50

seq1  ACCCATTTAGCTCCTTCAGTCCTTTCTCTAACTCCTCTATTAGGGACCCC  100
      |||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |
seq2  ACCCCTTCAACTCCTTCAGTCCTTTCTCTAACTCCTCTATAGGGGACCTC  100

seq1  ATACTCAGTCCAATGGTTGGCTGCTAGCATCCGCCTCTGCATTTGTAAAG  150
      || |||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||| | |
seq2  ATGCTCAGTTCAATGGTTGACTGCGAGCATCCTCCTCTGTATTTGTCAGG  150

seq1  TGCTGGCAGAGCCTCTTAGGAAACATCCATATCAGGCTCCTTTCAGCATG  200
        ||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCTGGCAGGGCCTCTCAGGAGACAGCCATATCAGGCTCCTTTCAGCATA  200

seq1  TACTTCTTGGCATCCACAGTAGTGTCTGGGTTTGGTAACTGTATATGGGA  250
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTTGGCATCCACAATAGTGTCTGGGTTTGGTAACTGTATATGGGA  250

seq1  TGAATCCTCATGTAGGACAGTCTCTGGATGGCATTTCCTTCAGTCTCTGC  300
      ||||||| || || || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  TGAATCCCCAGGTGGGGCAGTCTCTGGATGGCCTTTCCTTCCGTCTCTGC  300

seq1  TCTACATTTTATTTCCATATTTGCTCCTGTGAGAATTTTGTTATC  345
      |||||| ||||| |||||||||||||||| ||  |||||||| ||
seq2  TCTACACTTTATCTCCATATTTGCTCCTGCGAATATTTTGTTCTC  345


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |