BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347P09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 24,208,048 - 24,239,549
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNxph2, LOC664822, 4921517N04Rik, LOC100039149, Sh3d2c-ps1, Hnmt, Tbpl2, Il1f8, LOC215253, Il1f9, Il1f6, LOC620156, Il1f5, Il1f10, Il1rn
Downstream genePsd4, Pax8, LOC433410, LOC664938, Cacna1b, Ehmt1, Arrdc1, Zmynd19, Wdr85, Mrpl41, Pnpla7, Nelf, Entpd8, Noxa1, Nrarp, A830007P12Rik, A730008L03Rik, 4933433C11Rik, BC061039, Tubb2c, Slc34a3, Gm757, 2310002J15Rik, Rnf208, LOC100039232, Ndor1, C730025P13Rik, C430004E15Rik, Ssna1, Anapc2, 4930571C24Rik, BC004853, Grin1, Man1b1, Dpp7, Uap1l1, 2010317E24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347P09.bB6Ng01-347P09.g
ACCGA129404GA129405
length1,1531,159
definitionB6Ng01-347P09.b B6Ng01-347P09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,238,369 - 24,239,549)(24,208,048 - 24,209,200)
sequence
gaattcaggcagtcaactgaacatcgtgcctggagtttaggggctggtgt
ggccccagagaggtatctgaacatggcatggtggggctcaccaggatgga
aggagagtggtctgtaaagtaggctatgaaaaggtaagagaaacagaaga
cagtgttgtcactggaggttgcttctgaatgaggaagtggttggccttgc
tgaagtctgctgggctgtcagaagcaattaaaaagtgagcgagccttcac
tgaacatggccactgagagtttatggaagggtggtactggggtgaaggct
gaagcagacggccatgatgtaagaggcaagcagcattgtcctgttgattg
gggactctgcctcctccccagtggcccacagtactcttagctccctgaag
ctgatcatgctctctaggcagtctgacttcttcagtgctaggttctgctc
atctatgggtcaacagcctcccctgtgaccatgagttgtattcacttgat
agcagagtgcttgacctaagttgtccctcctccatttgacctgattgctc
atctctttcctacttacttcaaaagagaaatatgcctctccctcaccttc
caggctgtgggtcatgaaggacttccctgactgttggagtcctcagtctg
catgcatctcttataacttttatttcttgatattataagaagcaaaactc
tgggtagaggatcccttggtggaggctgaaaaggcctccggctagaggga
cattatggtccctggttccagagtctcaagtagtgagctttaccttcagc
ctccttctccctccactcatgacgtctctctccagtccaccatcctgtcc
aagaacctaaacgcatcctgaccacatagtctgcagcacacagtccacac
agcccaaggtagcattgaccagagtcttccctgccgctgagagatgagct
acttcctgtttgtccacaaaggaagtccttcagcacagtggttgcagtga
gcatgggagtgagacgagacatctcttaagagagagccctcatgagccca
gagagaggagagaatcctgacttattgcacattctctggagccctgtgca
caacgatgccgattcacagttcaatcactgaccttccctaagctcatgga
tga
gaattcccatggtagatgggagttgaagaggagatttcagtgcctaagga
atgtgtctcagagacacatcagggaatctctgatttagactccaaaggga
aacaattttgcctagggtttaaatccttagcataaagttattgggtttag
tggggtctgtatcttggtagcaaataggtccttagtgggcaaacatctgc
ttctttgggctatatttaaaacaacaaatgtgtagacatttgagtttggc
acagctggggtttggagctcttgactttcactgaagaaaccacccacata
ggttccttagcttgcattgaagaaaccagccaatacacaaaatccatctt
tggatttgaaatggtacacagaatggagcacagctcagaaggccaggctt
atgtagcacattcaaggggaagtctcctttcagtttcaattaggaggcag
taaaatggtgagactggtgtgagtctgacaagaaaacttaggttgtgagg
gtcgaaggtgctttaaagtatgtaaatgcaacttgtaaaggtatgagaaa
gtgacttaaggtgaaaaaaacaatgaacaactcttcatatttctttccct
caccacgctattgttatactaagacttcgaaagttcagaattttaacaac
caagagttctgatgagctatgtgttgtaaatcaggtgcttaccagctgtc
tttcagtgactcagcaccagcatcttatgtcatcacccaccactacttga
tgggtcacattgccactatcactgtgagttcatattttcctaagtgaccc
tttaaaaggtcccagccaccccagattgctcctagtctctctgtctatct
gtctctctctcccatgtccccactccaagacagtcttttgccctctccct
ttcccccaggaaccctcttgccctagatctgttgctgtgatttctagtgg
cacccttggcctcaatccaccaacatgcttttcacctgcttatcctaacg
cctctggtaaacactgactactactaccataagtgatagccttaagaatt
ttaatgtcctttgggttgtcttcttaggtattgacttaaaattgttacca
ttggtggccaaaaacattatcttttatcctctatacacccagtcttctgg
attgaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_24238369_24239549
seq2: B6Ng01-347P09.b_47_1199 (reverse)

seq1  TCATCCATGAGCTCTAGAGGGAAAGGGTCAGTGAATTGGGAAAACCTGGT  50
      |||||||||||||    ||||||  |||||||| ||||    |||   ||
seq2  TCATCCATGAGCT---TAGGGAA--GGTCAGTG-ATTG----AAC--TGT  38

seq1  GAAATTCTGCAACCGTTTGTGCACAGGGGGCTCAGGAAAGGATGTTGCAA  100
      |||  || ||| |   |||||||||  ||||||   | || ||| |||||
seq2  GAA--TCGGCATC--GTTGTGCACA--GGGCTC--CAGAGAATG-TGCAA  79

seq1  TAAGTCAGGGTTTCCTTCTCCTCTCTCTGGGCCTCATGAGGGGCTCCTCT  150
      ||||||||| ||    ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||
seq2  TAAGTCAGGATT---CTCTCCTCTCTCTGGG-CTCATGA-GGGCT-CTCT  123

seq1  CTTAAGAGATGTCTCGTCTCACTCCCATGCTCACTGCAACCACCTGTGCT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTAAGAGATGTCTCGTCTCACTCCCATGCTCACTGCAACCA-CTGTGCT  172

seq1  GAAGGACTTCCTTTGTGGACAAACAGGAAGTAGCTCATCTCTCAGCGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTTCCTTTGTGGACAAACAGGAAGTAGCTCATCTCTCAGCGGCA  222

seq1  GGGAAGACTCTGGTCAATGCTACCTTGGGCTGTGTGGACTGTGTGCTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGACTCTGGTCAATGCTACCTTGGGCTGTGTGGACTGTGTGCTGCA  272

seq1  GACTATGTGGTCAGGATGCGTTTAGGTTCTTGGACAGGATGGTGGACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGTGGTCAGGATGCGTTTAGGTTCTTGGACAGGATGGTGGACTGG  322

seq1  AGAGAGACGTCATGAGTGGAGGGAGAAGGAGGCTGAAGGTAAAGCTCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGACGTCATGAGTGGAGGGAGAAGGAGGCTGAAGGTAAAGCTCACT  372

seq1  ACTTGAGACTCTGGAACCAGGGACCATAATGTCCCTCTAGCCGGAGGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGACTCTGGAACCAGGGACCATAATGTCCCTCTAGCCGGAGGCCT  422

seq1  TTTCAGCCTCCACCAAGGGATCCTCTACCCAGAGTTTTGCTTCTTATAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCCTCCACCAAGGGATCCTCTACCCAGAGTTTTGCTTCTTATAAT  472

seq1  ATCAAGAAATAAAAGTTATAAGAGATGCATGCAGACTGAGGACTCCAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAAATAAAAGTTATAAGAGATGCATGCAGACTGAGGACTCCAACA  522

seq1  GTCAGGGAAGTCCTTCATGACCCACAGCCTGGAAGGTGAGGGAGAGGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGAAGTCCTTCATGACCCACAGCCTGGAAGGTGAGGGAGAGGCAT  572

seq1  ATTTCTCTTTTGAAGTAAGTAGGAAAGAGATGAGCAATCAGGTCAAATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCTTTTGAAGTAAGTAGGAAAGAGATGAGCAATCAGGTCAAATGG  622

seq1  AGGAGGGACAACTTAGGTCAAGCACTCTGCTATCAAGTGAATACAACTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGACAACTTAGGTCAAGCACTCTGCTATCAAGTGAATACAACTCA  672

seq1  TGGTCACAGGGGAGGCTGTTGACCCATAGATGAGCAGAACCTAGCACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACAGGGGAGGCTGTTGACCCATAGATGAGCAGAACCTAGCACTGA  722

seq1  AGAAGTCAGACTGCCTAGAGAGCATGATCAGCTTCAGGGAGCTAAGAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCAGACTGCCTAGAGAGCATGATCAGCTTCAGGGAGCTAAGAGTA  772

seq1  CTGTGGGCCACTGGGGAGGAGGCAGAGTCCCCAATCAACAGGACAATGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGCCACTGGGGAGGAGGCAGAGTCCCCAATCAACAGGACAATGCT  822

seq1  GCTTGCCTCTTACATCATGGCCGTCTGCTTCAGCCTTCACCCCAGTACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCTCTTACATCATGGCCGTCTGCTTCAGCCTTCACCCCAGTACCA  872

seq1  CCCTTCCATAAACTCTCAGTGGCCATGTTCAGTGAAGGCTCGCTCACTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCATAAACTCTCAGTGGCCATGTTCAGTGAAGGCTCGCTCACTTT  922

seq1  TTAATTGCTTCTGACAGCCCAGCAGACTTCAGCAAGGCCAACCACTTCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGCTTCTGACAGCCCAGCAGACTTCAGCAAGGCCAACCACTTCCT  972

seq1  CATTCAGAAGCAACCTCCAGTGACAACACTGTCTTCTGTTTCTCTTACCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGAAGCAACCTCCAGTGACAACACTGTCTTCTGTTTCTCTTACCT  1022

seq1  TTTCATAGCCTACTTTACAGACCACTCTCCTTCCATCCTGGTGAGCCCCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAGCCTACTTTACAGACCACTCTCCTTCCATCCTGGTGAGCCCCA  1072

seq1  CCATGCCATGTTCAGATACCTCTCTGGGGCCACACCAGCCCCTAAACTCC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCATGTTCAGATACCTCTCTGGGGCCACACCAGCCCCTAAACTCC  1122

seq1  AGGCACGATGTTCAGTTGACTGCCTGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACGATGTTCAGTTGACTGCCTGAATTC  1153

seq1: chr2_24208048_24209200
seq2: B6Ng01-347P09.g_69_1227

seq1  GAATTCCCATGGTAGATGGGAGTTGAAGAGGAGATTTCAGTGCCTAAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATGGTAGATGGGAGTTGAAGAGGAGATTTCAGTGCCTAAGGA  50

seq1  ATGTGTCTCAGAGACACATCAGGGAATCTCTGATTTAGACTCCAAAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCTCAGAGACACATCAGGGAATCTCTGATTTAGACTCCAAAGGGA  100

seq1  AACAATTTTGCCTAGGGTTTAAATCCTTAGCATAAAGTTATTGGGTTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATTTTGCCTAGGGTTTAAATCCTTAGCATAAAGTTATTGGGTTTAG  150

seq1  TGGGGTCTGTATCTTGGTAGCAAATAGGTCCTTAGTGGGCAAACATCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCTGTATCTTGGTAGCAAATAGGTCCTTAGTGGGCAAACATCTGC  200

seq1  TTCTTTGGGCTATATTTAAAACAACAAATGTGTAGACATTTGAGTTTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGGCTATATTTAAAACAACAAATGTGTAGACATTTGAGTTTGGC  250

seq1  ACAGCTGGGGTTTGGAGCTCTTGACTTTCACTGAAGAAACCACCCACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGGGGTTTGGAGCTCTTGACTTTCACTGAAGAAACCACCCACATA  300

seq1  GGTTCCTTAGCTTGCATTGAAGAAACCAGCCAATACACAAAATCCATCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTTAGCTTGCATTGAAGAAACCAGCCAATACACAAAATCCATCTT  350

seq1  TGGATTTGAAATGGTACACAGAATGGAGCACAGCTCAGAAGGCCAGGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTGAAATGGTACACAGAATGGAGCACAGCTCAGAAGGCCAGGCTT  400

seq1  ATGTAGCACATTCAAGGGGAAGTCTCCTTTCAGTTTCAATTAGGAGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCACATTCAAGGGGAAGTCTCCTTTCAGTTTCAATTAGGAGGCAG  450

seq1  TAAAATGGTGAGACTGGTGTGAGTCTGACAAGAAAACTTAGGTTGTGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGGTGAGACTGGTGTGAGTCTGACAAGAAAACTTAGGTTGTGAGG  500

seq1  GTCGAAGGTGCTTTAAAGTATGTAAATGCAACTTGTAAAGGTATGAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGAAGGTGCTTTAAAGTATGTAAATGCAACTTGTAAAGGTATGAGAAA  550

seq1  GTGACTTAAGGTGAAAAAAACAATGAACAACTCTTCATATTTCTTTCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTAAGGTGAAAAAAACAATGAACAACTCTTCATATTTCTTTCCCT  600

seq1  CACCACGCTATTGTTATACTAAGACTTCGAAAGTTCAGAATTTTAACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACGCTATTGTTATACTAAGACTTCGAAAGTTCAGAATTTTAACAAC  650

seq1  CAAGAGTTCTGATGAGCTATGTGTTGTAAATCAGGTGCTTACCAGCTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTTCTGATGAGCTATGTGTTGTAAATCAGGTGCTTACCAGCTGTC  700

seq1  TTTCAGTGACTCAGCACCAGCATCTTATGTCATCACCCACCACTACTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTGACTCAGCACCAGCATCTTATGTCATCACCCACCACTACTTGA  750

seq1  TGGGTCACATTGCCACTATCACTGTGAGTTCATATTTTCCTAAGTGACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCACATTGCCACTATCACTGTGAGTTCATATTTTCCTAAGTGACCC  800

seq1  TTTAAAAGGTCCCAGCCACCCCAGATTGCTCCTAGTCTCTCTGTCTATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGGTCCCAGCCACCCCAGATTGCTCCTAGTCTCTCTGTCTATCT  850

seq1  GTCTCTCTCTCCCATGTCCCCACTCCAAGACAGTCTTTTGCCCTCTCCC-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTCTCTCTCTCCCATGTCCCCACTCCAAGACAGTCTTTTGCCCTCTCCCT  900

seq1  TTCCCCCAGGAACCCTCTTGCCTTAGATCTGTTGCTGTGATTTCTAGTGG  949
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCAGGAACCCTCTTGCCCTAGATCTGTTGCTGTGATTTCTAGTGG  950

seq1  CACCCTTGGCCTCAATCCACCAACATGCTTTTCA-CTGCTTATCCTAACG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACCCTTGGCCTCAATCCACCAACATGCTTTTCACCTGCTTATCCTAACG  1000

seq1  -CTCTGGTAAACACTGACTACTACTACCAT-AGTGATAAGCTTAAGATTT  1046
       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||
seq2  CCTCTGGTAAACACTGACTACTACTACCATAAGTGATAGCCTTAAGAATT  1050

seq1  TAAATGTCCTTT-GGTTGTCTTC-TAAGTATTGACTTAAAAATTGTTACA  1094
      | |||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||| 
seq2  TTAATGTCCTTTGGGTTGTCTTCTTAGGTATTGACTT-AAAATTGTTAC-  1098

seq1  CATTG--TGCCAAAAACA-TATCTTTTTAATCTCTATACACCCAGTCTTC  1141
      |||||   |||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTGGCCAAAAACATTATC-TTTTATCCTCTATACACCCAGTCTTC  1147

seq1  TGGATAGAGGAA  1153
      ||||| ||||||
seq2  TGGATTGAGGAA  1159