BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349N23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 144,611,725 - 144,748,100
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700010M22Rik
Upstream genePcsk2, Bfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn, Rrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9, Sec23b, Gm561, Dtd1
Downstream geneSlc24a3, LOC627312, OTTMUSG00000015643, LOC433482, LOC100043810, Rin2, Nat5, Crnkl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349N23.bB6Ng01-349N23.g
ACCGA130727GA130728
length1,027956
definitionB6Ng01-349N23.b B6Ng01-349N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,747,073 - 144,748,100)(144,611,725 - 144,612,670)
sequence
gaattctttcagctcagaataggactgcatgaaaacatggataccataga
agtaaatgtcatgggagtggggacagggtaggatattgagagggtaggaa
gatattctcagcctccagcacagccttctctcacaatgagcctggttaga
cttagcctggatgtttacatctcagactgtatctgtaaatgttttctaaa
atacctctagaatcacagacatggagcattcatagataagttcggggcta
caataagggggaaaaaaatcaagcaatccctgggcctcctcggagctggg
aaaacagtgctgactcctggtgtgtcctcagaagctaactgatctgtccc
tgcaagataatctctcaggaaattgactgcctgagagcacagtgactcac
ttcttttcaagcaagaggacaagcaagcacctgcttgtccatgtattaaa
ttgggtttttaaagcattgatctttttaatatctttaaatgctctccaag
cctttcattagaaggaagccctctagaagcaaacaaaatgtctggtactc
cgacgacaatgtccaaatgtcagcagtaaatggaaaggaagagcagggta
gaggcagagctgggcccaagtaaaagaacaagagactcttcgagtggtag
ttttggtggtggtctgccctgacttataccaaaatgcaagatgtgcaaga
gggaaggagtcagaagagccatcaactaccctgccatgtagttcagcaag
ttcctgacattgccttgttctcaaaaggatggctcacagtgtccccattg
gcaatgtctgattctgtcctgggggccggggagggggagtggcagggtat
ttcatcccctacctatgtagacatgtgtaagcctgccacacagacataca
gccacattaacatatctctactttcttctagtcatggtattaagtcatct
caatgaatcaatagaatctaatgctatctatcgttagcttcaacattctg
cgtcttaaatgccttcaataacaatga
gaattctggtcaatttgggagactgtcctacttggaaacaatggccagct
ccctctgtgaatatgttgtgctctgtctgtctgctctgattcccaaagtg
ctgcagagatagatgaagaattcagcatagacagcagccatgagacacac
ctcacaggggctggaaccccaacctagggcccagatgttagccttttatc
taccgggaactttcttgctaaccttctcagtgtaccatcccagacctcaa
gcactctctggtcttcaatagcagccctccccataagaggagagatttaa
tagacattctgcaggtcacatggaaggggaaggcagagaatggggcaggg
gcaggggtgaaagctgttataaaatagtgtgcaataatttcaacatgttt
tgataaataccagtaagcatgagtgatttatatgtagtaaaactgtgata
cacacacacacacacacacacacacacacacatatatatatatatatata
taaatgaagtggaagcttaagggctctttggaaagtcagttgtgttgtgt
ggtgttttgttggggcacacatgtaaaggaatgttttgatgaagtcgata
caggagaaaaggatgttctgctgaagcaagcatgtgaaaagacatgtaat
aaaggattctttgttaacaacatgcatgtattggtctgccttatattgca
tagttgagctccatttgtcaggactccatagaagcacactaaaaaaacaa
caacaacaacacaacaacaacaacaacaacaacaacaaaaaaaaacctga
aaccaaaccaaaccaaaccaaacaaaaaaaacttctggtggtgtgctgtc
gtttcttgccacttccatgaaatttgggctgattggcagggtgatgtcag
ctgagacaactcacatgctgaaacaaaacacctgatgaaagaaggaagac
ctatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_144747073_144748100
seq2: B6Ng01-349N23.b_52_1078 (reverse)

seq1  TCATTGTTATTAGAATGCATTTAAGACCGCAG-ATGTTGAGGCTAACGAT  49
      ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||
seq2  TCATTGTTATT-GAAGGCATTTAAGA-CGCAGAATGTTGAAGCTAACGAT  48

seq1  AGATAGCATTAGAATCTATTGATTCATTGAGATGAACTTAATACCATGAC  99
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGATAGCATTAGATTCTATTGATTCATTGAGATG-ACTTAATACCATGAC  97

seq1  TAGAAG-AAGTAGAGATATGTTTATGTGGCTGTATGTCTGTGT-GCAGGC  147
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAGAAGAAAGTAGAGATATGTTAATGTGGCTGTATGTCTGTGTGGCAGGC  147

seq1  TTACACATGTCTACATAGGTAGGGGATGAAATACCCCTGCCACTCCCCCT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTACACATGTCTACATAGGTAGGGGATGAAATA-CCCTGCCACTCCCCCT  196

seq1  CCCCGGCCCCCAGGACAGAATCAGACATTGCCAATGGGGACACTGTGAGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGCCCCCAGGACAGAATCAGACATTGCCAATGGGGACACTGTGAGC  246

seq1  CATCCTTTTGAGAACAAGGCAATGTCAGGAACTTGCTGAACTACATGGCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTTTGAGAACAAGGCAATGTCAGGAACTTGCTGAACTACATGGCA  296

seq1  GGGTAGTTGATGGCTCTTCTGACTCCTTCCCTCTTGCACATCTTGCATTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGTTGATGGCTCTTCTGACTCCTTCCCTCTTGCACATCTTGCATTT  346

seq1  TGGTATAAGTCAGGGCAGACCACCACCAAAACTACCACTCGAAGAGTCTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATAAGTCAGGGCAGACCACCACCAAAACTACCACTCGAAGAGTCTC  396

seq1  TTGTTCTTTTACTTGGGCCCAGCTCTGCCTCTACCCTGCTCTTCCTTTCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTTTACTTGGGCCCAGCTCTGCCTCTACCCTGCTCTTCCTTTCC  446

seq1  ATTTACTGCTGACATTTGGACATTGTCGTCGGAGTACCAGACATTTTGTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTGCTGACATTTGGACATTGTCGTCGGAGTACCAGACATTTTGTT  496

seq1  TGCTTCTAGAGGGCTTCCTTCTAATGAAAGGCTTGGAGAGCATTTAAAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTAGAGGGCTTCCTTCTAATGAAAGGCTTGGAGAGCATTTAAAGA  546

seq1  TATTAAAAAGATCAATGCTTTAAAAACCCAATTTAATACATGGACAAGCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAAAGATCAATGCTTTAAAAACCCAATTTAATACATGGACAAGCA  596

seq1  GGTGCTTGCTTGTCCTCTTGCTTGAAAAGAAGTGAGTCACTGTGCTCTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTGCTTGTCCTCTTGCTTGAAAAGAAGTGAGTCACTGTGCTCTCA  646

seq1  GGCAGTCAATTTCCTGAGAGATTATCTTGCAGGGACAGATCAGTTAGCTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCAATTTCCTGAGAGATTATCTTGCAGGGACAGATCAGTTAGCTT  696

seq1  CTGAGGACACACCAGGAGTCAGCACTGTTTTCCCAGCTCCGAGGAGGCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACACACCAGGAGTCAGCACTGTTTTCCCAGCTCCGAGGAGGCCC  746

seq1  AGGGATTGCTTGATTTTTTTCCCCCTTATTGTAGCCCCGAACTTATCTAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTGCTTGATTTTTTTCCCCCTTATTGTAGCCCCGAACTTATCTAT  796

seq1  GAATGCTCCATGTCTGTGATTCTAGAGGTATTTTAGAAAACATTTACAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTCCATGTCTGTGATTCTAGAGGTATTTTAGAAAACATTTACAGA  846

seq1  TACAGTCTGAGATGTAAACATCCAGGCTAAGTCTAACCAGGCTCATTGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCTGAGATGTAAACATCCAGGCTAAGTCTAACCAGGCTCATTGTG  896

seq1  AGAGAAGGCTGTGCTGGAGGCTGAGAATATCTTCCTACCCTCTCAATATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGGCTGTGCTGGAGGCTGAGAATATCTTCCTACCCTCTCAATATC  946

seq1  CTACCCTGTCCCCACTCCCATGACATTTACTTCTATGGTATCCATGTTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCTGTCCCCACTCCCATGACATTTACTTCTATGGTATCCATGTTTT  996

seq1  CATGCAGTCCTATTCTGAGCTGAAAGAATTC  1028
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGTCCTATTCTGAGCTGAAAGAATTC  1027

seq1: chr2_144611725_144612670
seq2: B6Ng01-349N23.g_66_1012

seq1  GAATTCTGGTCAATTTGGGAGACTGTCCTACTTGGAAACAATGGCCAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTCAATTTGGGAGACTGTCCTACTTGGAAACAATGGCCAGCT  50

seq1  CCCTCTGTGAATATGTTGTGCTCTGTCTGTCTGCTCTGATTCCCAAAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGTGAATATGTTGTGCTCTGTCTGTCTGCTCTGATTCCCAAAGTG  100

seq1  CTGCAGAGATAGATGAAGAATTCAGCATAGACAGCAGCCATGAGACACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAGATAGATGAAGAATTCAGCATAGACAGCAGCCATGAGACACAC  150

seq1  CTCACAGGGGCTGGAACCCCAACCTAGGGCCCAGATGTTAGCCTTTTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGGGGCTGGAACCCCAACCTAGGGCCCAGATGTTAGCCTTTTATC  200

seq1  TACCGGGAACTTTCTTGCTAACCTTCTCAGTGTACCATCCCAGACCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGGGAACTTTCTTGCTAACCTTCTCAGTGTACCATCCCAGACCTCAA  250

seq1  GCACTCTCTGGTCTTCAATAGCAGCCCTCCCCATAAGAGGAGAGATTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCTGGTCTTCAATAGCAGCCCTCCCCATAAGAGGAGAGATTTAA  300

seq1  TAGACATTCTGCAGGTCACATGGAAGGGGAAGGCAGAGAATGGGGCAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATTCTGCAGGTCACATGGAAGGGGAAGGCAGAGAATGGGGCAGGG  350

seq1  GCAGGGGTGAAAGCTGTTATAAAATAGTGTGCAATAATTTCAACATGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGTGAAAGCTGTTATAAAATAGTGTGCAATAATTTCAACATGTTT  400

seq1  TGATAAATACCAGTAAGCATGAGTGATTTATATGTAGTAAAACTGTGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAATACCAGTAAGCATGAGTGATTTATATGTAGTAAAACTGTGATA  450

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATA  500

seq1  TAAATGAAGTGGAAGCTTAAGGGCTCTTTGGAAAGTCAGTTGTGTTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAAGTGGAAGCTTAAGGGCTCTTTGGAAAGTCAGTTGTGTTGTGT  550

seq1  GGTGTTTTGTTGGGGCACACATGTAAAGGAATGTTTTGATGAAGTCGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTTGTTGGGGCACACATGTAAAGGAATGTTTTGATGAAGTCGATA  600

seq1  CAGGAGAAAAGGATGTTCTGCTGAAGCAAGCATGTGAAAAGACATGTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAAAAGGATGTTCTGCTGAAGCAAGCATGTGAAAAGACATGTAAT  650

seq1  AAAGGATTCTTTGTTAACAACATGCATGTATTGGTCTGCCTTATATTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATTCTTTGTTAACAACATGCATGTATTGGTCTGCCTTATATTGCA  700

seq1  TAGTTGAGCTCCATTTGTCAGGACTCCATAGAAGCACACTAAAAAAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGAGCTCCATTTGTCAGGACTCCATAGAAGCACACTAAAAAAACAA  750

seq1  CAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAAAAAAAAACCTG  800
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAAC-ACAACAACAACAACAACAACAACAACAAAAAAAAACCTG  799

seq1  AAACCAAACCAAACCAAACCAAAC-AAAAAAACTTCTGGTGGTGTGCTGT  849
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAACCAAACCAAACCAAACAAAAAAAACTTCTGGTGGTGTGCTGT  849

seq1  CGTTTCTTGCCACTTCCATG-AATTTGGGCTGATTGGCAGGGTGATGTCA  898
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTCTTGCCACTTCCATGAAATTTGGGCTGATTGGCAGGGTGATGTCA  899

seq1  GCTGAGACAACTCACATGCTGAAACAAAACACCTGATGAAAGAAGGAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGACAACTCACATGCTGAAACAAAACACCTGATGAAAGAAGGAA  947