BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349O23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 19,788,907 - 19,901,429
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041302
Upstream genePip5k2a, 4930426L09Rik, LOC667521, Armc3, Msrb2, LOC100041196, Ptf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik, LOC100041244, Otud1, LOC667564
Downstream geneLOC433406, LOC654360, LOC667609, Etl4, Arhgap21, LOC433408
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349O23.bB6Ng01-349O23.g
ACCGA130767GA130768
length1,0431,057
definitionB6Ng01-349O23.b B6Ng01-349O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,788,907 - 19,789,949)(19,900,408 - 19,901,429)
sequence
gaattccttgtgttggaagcacacatttggatgtttttccttttatatat
ttatttatatatttacttattgattgattgattgattgattgattcagta
tactcccattgcagtttcccttcccttcatccctccaataccccctgacc
tccctttgcacaagatccactcctgtattttaactccttaaatggaagat
tttggactttctcttgatctgctggctgtcttaagtaaaatgaacactaa
gtttcagtgaagatagatcagcaggtaaagacacttgggttgcatgagtt
tgtcaatccaagtttgagctccataatccacataaagatggaaggagaga
tactgttccataaagatgttctctgccttctacatacatgcatgtacact
ttcacatattacacacactatacatacacatacactataatacacgtgtt
atagacacataatacaatcacacattataatattaaaaaataaaatgaat
cttaaattaaggactgtcagtcaaacagccagcagaatcaccctttgcca
atacccactatttcaacactacataagcaccttggggcagctacataatg
atcagaattgtttgttctagctcctgggatatagccctagcaacaactgt
tttaagaagattgcacttgattttccctgcaacaatttctatctcggcaa
gatgggacatgtttgctggtggcatagcagtgagactattaaaacaggta
caaaaggaagaatgccaagactggtataaacaccaaaataaaggtttgct
ggaatttgtgcaaggaaccattttctggctacttaagcagctcatgcact
gagctggttaagtgacatggtcctatgctgtcttcctccatgacctaaga
ttcaatttaagacttctctgagctggacatattggtctgcctgtctatct
atctatctatctatctatctacctatctatctatctgtcatctatttgtc
tgtctgtctgcccatcctatcatgctatttcaatcgatatatt

gaattccttggtcagattttcatcttagaaagataacagctggcctcttg
aattagatgaaaggtgagaatagaggcctggaaagcaactcaaacaagga
ttctgaaaaccctggaaattaatggtgatagcctgggtgcttctgaaggg
tggaactggaaataaggaagccaaagcaagacagaaggtttaagaaatag
aaagaatggaagagggagagagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagaatgaataaatgaatgagagaaagacggacaagatcagaa
gaaaagcagttctagggaagaactctaggaagaggttgggaagtgatagg
ttgagtacatagcagataaaatggaaggtcaagttgagttctgggagaaa
ccatagaaaatatctgtccatatctgtccatccttcacaaaactgaccag
aatgactttcaacttgaatgacatctctttgcaaatgattaaagaagcca
tgggtgtgcaaagaacatgtgaaaaagaagaatatcaagggaagaacaga
gaaccaatatcaaggaactctaacattcagaaatggccccagtacaaaag
aatggagagatggagatggggatggccaagagagagtgagtctggagaaa
ttcaaagacaaacaattttgaaatcagagataatgccaagttatcaactg
acataaagactaagagaacaaagaaagaagttcagaaagggttggggtga
cagatgaaatggggactgtggggaccataatcactttattggggttgaaa
taagatgtgtcttagggaggatgaatttactgaaaagaagcttgaaaaat
acatttgctaaagacactaattcttccacttcctggaaattgccatccct
aacaaaagcagtaattatcattatgttgaggaactgcatctaacaaatgt
tcaggaaccttttgatgcaggtgtgtgtcttgtaattaaggtaatagtta
cttgttggggtcattgggcttatggccacagaacaggtctggtcttccag
ttgagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_19788907_19789949
seq2: B6Ng01-349O23.b_53_1095

seq1  GAATTCCTTGTGTTGGAAGCACACATTTGGATGTTTTTCCTTTTATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTGTTGGAAGCACACATTTGGATGTTTTTCCTTTTATATAT  50

seq1  TTATTTATATATTTACTTATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTCAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATATATTTACTTATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTCAGTA  100

seq1  TACTCCCATTGCAGTTTCCCTTCCCTTCATCCCTCCAATACCCCCTGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCCATTGCAGTTTCCCTTCCCTTCATCCCTCCAATACCCCCTGACC  150

seq1  TCCCTTTGCACAAGATCCACTCCTGTATTTTAACTCCTTAAATGGAAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGCACAAGATCCACTCCTGTATTTTAACTCCTTAAATGGAAGAT  200

seq1  TTTGGACTTTCTCTTGATCTGCTGGCTGTCTTAAGTAAAATGAACACTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACTTTCTCTTGATCTGCTGGCTGTCTTAAGTAAAATGAACACTAA  250

seq1  GTTTCAGTGAAGATAGATCAGCAGGTAAAGACACTTGGGTTGCATGAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGTGAAGATAGATCAGCAGGTAAAGACACTTGGGTTGCATGAGTT  300

seq1  TGTCAATCCAAGTTTGAGCTCCATAATCCACATAAAGATGGAAGGAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATCCAAGTTTGAGCTCCATAATCCACATAAAGATGGAAGGAGAGA  350

seq1  TACTGTTCCATAAAGATGTTCTCTGCCTTCTACATACATGCATGTACACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTCCATAAAGATGTTCTCTGCCTTCTACATACATGCATGTACACT  400

seq1  TTCACATATTACACACACTATACATACACATACACTATAATACACGTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATATTACACACACTATACATACACATACACTATAATACACGTGTT  450

seq1  ATAGACACATAATACAATCACACATTATAATATTAAAAAATAAAATGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACACATAATACAATCACACATTATAATATTAAAAAATAAAATGAAT  500

seq1  CTTAAATTAAGGACTGTCAGTCAAACAGCCAGCAGAATCACCCTTTGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATTAAGGACTGTCAGTCAAACAGCCAGCAGAATCACCCTTTGCCA  550

seq1  ATACCCACTATTTCAACACTACATAAGCACCTTGGGGCAGCTACATAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCACTATTTCAACACTACATAAGCACCTTGGGGCAGCTACATAATG  600

seq1  ATCAGAATTGTTTGTTCTAGCTCCTGGGATATAGCCCTAGCAACAACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAATTGTTTGTTCTAGCTCCTGGGATATAGCCCTAGCAACAACTGT  650

seq1  TTTAAGAAGATTGCACTTGATTTTCCCTGCAACAATTTCTATCTCGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAAGATTGCACTTGATTTTCCCTGCAACAATTTCTATCTCGGCAA  700

seq1  GATGGGACATGTTTGCTGGTGGCATAGCAGTGAGACTATTAAAACAGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGACATGTTTGCTGGTGGCATAGCAGTGAGACTATTAAAACAGGTA  750

seq1  CAAAAGGAAGAATGCCAAGACTGGTATAAACACC-AAATAAAGGTTTGCT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAAAAGGAAGAATGCCAAGACTGGTATAAACACCAAAATAAAGGTTTGCT  800

seq1  GGAATTTGTGCAAGGAACCATTTTCTGGCTACTTAAGCAGCTCATGCACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTGTGCAAGGAACCATTTTCTGGCTACTTAAGCAGCTCATGCACT  850

seq1  GAGCTGGTTAAGTGACATGGTCCTATGCTGTCTTCCTCCATGACCTAAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGTTAAGTGACATGGTCCTATGCTGTCTTCCTCCATGACCTAAGA  900

seq1  TTCAATTAAAGACTTCTCTGAGCTGGACATATTGGTCTGCCTGTCTATCT  949
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTTAAGACTTCTCTGAGCTGGACATATTGGTCTGCCTGTCTATCT  950

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTACCTATCTATCTATCTGTCATCTATTTGTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTACCTATCTATCTATCTGTCATCTATTTGTC  1000

seq1  TGTCTGTCTGCCTAT-CTATCATGTCTATTTTCTATCTATATATT  1043
      |||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||| |||||||
seq2  TGTCTGTCTGCCCATCCTATCATG-CTA-TTTCAATCGATATATT  1043


seq1: chr2_19900408_19901429
seq2: B6Ng01-349O23.g_67_1123 (reverse)

seq1  AGCTCAACTGG-AGACCAG-CCTG-TCTGTG--CAT-AGCCCAATG-CCC  43
      ||||||||||| ||||||| |||| ||||||  ||| ||||||||| |||
seq2  AGCTCAACTGGAAGACCAGACCTGTTCTGTGGCCATAAGCCCAATGACCC  50

seq1  CA--CAGT-ACTAT--CCCTTATTAC-AGGCACACACTTGCATCAAA--G  85
      ||   ||| |||||  || | ||||| || ||||||| |||||||||  |
seq2  CAACAAGTAACTATTACCTTAATTACAAGACACACACCTGCATCAAAAGG  100

seq1  TTCTTG-ACCTTTGTT-GGTG-TGTT-CTC-ACAT-ATGAT-ATTGCTGC  128
      ||| || || |||||| | ||  ||| ||| |||| ||||| ||| ||||
seq2  TTCCTGAACATTTGTTAGATGCAGTTCCTCAACATAATGATAATTACTGC  150

seq1  TTTTGTTA-GGATG--CATTTCCA-GAAGTGG-AGAATTAGTGTCTTTAG  173
      |||||||| |||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTAGGGATGGCAATTTCCAGGAAGTGGAAGAATTAGTGTCTTTAG  200

seq1  C-AATGTATTTTTC-AGCTTCTTTTCAGT-TATTCAT-CTCC--TAGACA  217
      | |||||||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||   |||||
seq2  CAAATGTATTTTTCAAGCTTCTTTTCAGTAAATTCATCCTCCCTAAGACA  250

seq1  CATCTTAATTCAA-CCCAATAAAGTGATTATGGT-CCCACAGTCCCCATT  265
      ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CATCTTATTTCAACCCCAATAAAGTGATTATGGTCCCCACAGTCCCCATT  300

seq1  TCATCTGTCA-CCCAACCCTTTCTGAACTTCTTTCTTTGTTCTCTTAGTC  314
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGTCACCCCAACCCTTTCTGAACTTCTTTCTTTGTTCTCTTAGTC  350

seq1  TTTATGTCAGTTGATAACTTGGCATTATCTCTGATTTC-AAATTGTTTGT  363
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTATGTCAGTTGATAACTTGGCATTATCTCTGATTTCAAAATTGTTTGT  400

seq1  CTTTGAATTTCTCCAGACTCACTCTCTCTTGGCCATCCCCATCTCCATCT  413
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAATTTCTCCAGACTCACTCTCTCTTGGCCATCCCCATCTCCATCT  450

seq1  CTCCATTCTTTTGTACTGGGGCCATTTCTGAATGTTAGAGTTCCTTGATA  463
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTCTTTTGTACTGGGGCCATTTCTGAATGTTAGAGTTCCTTGATA  500

seq1  TTGGTTCTCTGTTCTTCCCTTGATATTCTTCTTTTTCACATGTTCTTTGC  513
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCTCTGTTCTTCCCTTGATATTCTTCTTTTTCACATGTTCTTTGC  550

seq1  ACACCCATGGCTTCTTTAATCATTTGCAAAGAGATGTCATTCAAGTTGAA  563
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCATGGCTTCTTTAATCATTTGCAAAGAGATGTCATTCAAGTTGAA  600

seq1  AGTCATTCTGGTCAGTTTTGTGAAGGATGGACAGATATGGACAGATATTT  613
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTCTGGTCAGTTTTGTGAAGGATGGACAGATATGGACAGATATTT  650

seq1  TCTATGGTTTCTCCCAGAACTCAACTTGACCTTCCATTTTATCTGCTATG  663
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGTTTCTCCCAGAACTCAACTTGACCTTCCATTTTATCTGCTATG  700

seq1  TACTCAACCTATCACTTCCCAACCTCTTCCTAGAGTTCTTCCCTAGAACT  713
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAACCTATCACTTCCCAACCTCTTCCTAGAGTTCTTCCCTAGAACT  750

seq1  GCTTTTCTTCTGATCTTGTCCGTCTTTCTCTCATTCATTTATTCATTCTC  763
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  GCTTTTCTTCTGATCTTGTCCGTCTTTCTCTCATTCATTTATTCAT--TC  798

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTT  813
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTT  848

seq1  CCATTCTTTCTATTTCTTAAACCTTCTGTCTTGCTTTGGCTTCCTTATTT  863
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTTTCTATTTCTTAAACCTTCTGTCTTGCTTTGGCTTCCTTATTT  898

seq1  CCAGTTCCACCCTTCAGAAGCACCCAGGCTATCACCATTAATTTCCAGGG  913
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCCACCCTTCAGAAGCACCCAGGCTATCACCATTAATTTCCAGGG  948

seq1  TTTTCAGAATCCTTGTTTGAGTTGCTTTCCAGGCCTCTATTCTCACCTTT  963
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGAATCCTTGTTTGAGTTGCTTTCCAGGCCTCTATTCTCACCTTT  998

seq1  CATCTAATTCAAGAGGCCAGCTGTTATCTTTCTAAGATGAAAATCTGACC  1013
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAATTCAAGAGGCCAGCTGTTATCTTTCTAAGATGAAAATCTGACC  1048

seq1  AAGGAATTC  1022
      |||||||||
seq2  AAGGAATTC  1057


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |