BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004F22
ChromosomeX (Build37)
Map Location 162,526,606 - 162,643,365
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGemin8
Upstream geneGlra2, LOC100040753
Downstream geneGpm6b, Ofd1, Trappc2, Rab9, LOC100040795, A630018P17Rik, Egfl6, LOC100041912, LOC641660, LOC667791, EG667794, LOC100040850, LOC627268
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004F22.bB6Ng01-004F22.g
ACCDH841798DH841799
length1,1211,126
definitionDH841798|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004F22, 5' end.DH841799|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004F22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(162,642,236 - 162,643,365)(162,526,606 - 162,527,737)
sequence
gaattctacttttccaactacaacaaaaatcagatcccccctcctcccag
aaagatgacataaaagaactgtgtgttggcaaatgtacaggatggattaa
tattcttttttcataacttgggcaacaatgttcgtttgtgacttacagag
acacacttatcttctaagacagaaatgacatacgtgcatgtctaccataa
aaagaaccttgcacagggagtgccatatacccccagggaagcagaaggga
gtgacaggagagagcagcaatgccttttatggcttcctttcagaaactgg
cttcttatgccctttgcatttcacttcctgcataatgaggttcatgcata
atgagagtctctgctacttgtgttgtttctatttggcaactagttctatt
tctactgtacttcaaaggaaaagaagacccttgaaatattgtaggaaatg
gtcctaggcaaaaatagaaagggaattgactacttttagagaaatgaaaa
gttggaaagagcaagttactatatatgtggcacaggtgggcaggagatgt
aagttgggagtcaatgatgggcaaagtctgtgatggtttcagcttctctc
catcttttaatctctctctctctgggttcatgtacataaatatgggtgca
catgtaccacagtacatgtgtgaaggtcagaggacagccttggatgttgg
tccttgccttctatctttgttggagacagactcttttgtccactgtgtac
accaggctcgttggccagtaagcttctggggatctcttgcccctacctcc
catctcagcatagaaactttaggattaaagatgtgtgctaacatgtctgg
ctttatgtggacttaaactcaggtctttatgcaggatgtgttttatccac
tgaaccatcgtttaaattttgctttgagacaggatctccttataagggcc
agcctagccttgaattcataattcttcagagtagctcactttccttcatt
tttatagcccagatcttcaccatcttcctaggggggtggcttttctcacc
atggccagcacttgatcaattattagggacagctgcaggtaacccactcc
agacttcaatctagcagctca
gaattcctaccccacaataaacagaaatgagctaggagtgtataaggcaa
catgggaagggcatcatttacactaagtggagaaaaagtccaattcacgg
ggctctgtgtatatgaagtgctagaaaagacataactcatctatggtggt
gaaaatcagggctgtaagtgactggtgaagagaattgactcaataaatga
aaaaagggaattttccagagtaacagaaaacctcatagattggagaacca
gctacaagggtataaatattgtgaaaactcatggaattgtacacataagg
ttggagaatttcagagtatctaattatatttcactgtaaagtttaagaaa
acagaaagcagagcaggaggaacagctgataaaacatgtttatgacattg
ttccatgtgctcttttttttttccttcaaccatggttagcactgtggagt
gctattttcataatataagtcatagaggtagaagttgcatcggtttaact
tgcttcatacaattctaatccgactgctaattattactgaggttgaagga
ggaggaatatgagagctgatggatggttaaggaacaaaaacttgaatttt
agtgtagtaaaaaataacagaagcagagatggtggtatgtatcttaaagc
atttcaatttaaggtgtatcatttgtaaagcaatttgtacccctggagta
tgaagaacatcagggaaacaactgctaaccctttgaataagttatggttc
cagttcttctatgctgtggagttcaattgtgccatcggttacatgccttt
aaaacagaggcttccccactgctggtgttttatgttatctgtcaaagcaa
gggaaggtaggcccattaggtgatatttagatggtatgtcagtgttggtc
taagaaggtaattaaacatgaagactatgacttctcttcatctttaaaaa
ggcttggcataattaaatgaaaaacatcaggtagactacaatttcatgac
caacaacctctaaaaatagaaaagagcttcactgagtcagcagattgatc
agaaaaagaaggggaaacgattcgcatattgttatgatgtccatgagagg
aattttattcttgagaaacaagtcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_162642236_162643365
seq2: B6Ng01-004F22.b_48_1168 (reverse)

seq1  TGAGCTGCTATGAATTGAAGTCTGGAGTGTGTTACCTGCAGCTGTCCCTA  50
      ||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGCTA--GATTGAAGTCTGGAGTGGGTTACCTGCAGCTGTCCCTA  48

seq1  ATTTATTTTGATCAGTTGCTGGCCATGGTGAGGAAAAGCCACCCCCCTAG  100
      ||     |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AT---AATTGATCAAGTGCTGGCCATGGTGA-GAAAAGCCACCCCCCTAG  94

seq1  GAAGATGGTGAAGATCTGGGCTATTAAAAATGAAGGGAAGTGAGCTACTC  150
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAAGATGGTGAAGATCTGGGCTA-TAAAAATGAAGGAAAGTGAGCTACTC  143

seq1  TGGAAGAATTTATGAATTCAAGGCTAGGCTGGCCTTTATAAGGAGATCCT  200
      | |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  T-GAAGAA-TTATGAATTCAAGGCTAGGCTGGCCCTTATAAGGAGATCCT  191

seq1  GTCTCAAAGCAAAATTTAAACGATGGTTCAGTGGATAAAACACATCCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAAAGCAAAATTTAAACGATGGTTCAGTGGATAAAACACATCCTGC  241

seq1  ATAAAGACCTGAGTTTAAGTCCACATAAAGCCAGACATGTTAGCACACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACCTGAGTTTAAGTCCACATAAAGCCAGACATGTTAGCACACAT  291

seq1  CTTTAATCCTAAAGTTTCTATGCTGAGATGGGAGGTAGGGGCAAGAGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATCCTAAAGTTTCTATGCTGAGATGGGAGGTAGGGGCAAGAGATC  341

seq1  CCCAGAAGCTTACTGGCCAACGAGCCTGGTGTACACAGTGGACAAAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAGCTTACTGGCCAACGAGCCTGGTGTACACAGTGGACAAAAGAG  391

seq1  TCTGTCTCCAACAAAGATAGAAGGCAAGGACCAACATCCAAGGCTGTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCCAACAAAGATAGAAGGCAAGGACCAACATCCAAGGCTGTCCT  441

seq1  CTGACCTTCACACATGTACTGTGGTACATGTGCACCCATATTTATGTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTTCACACATGTACTGTGGTACATGTGCACCCATATTTATGTACA  491

seq1  TGAACCCAGAGAGAGAGAGATTAAAAGATGGAGAGAAGCTGAAACCATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCAGAGAGAGAGAGATTAAAAGATGGAGAGAAGCTGAAACCATCA  541

seq1  CAGACTTTGCCCATCATTGACTCCCAACTTACATCTCCTGCCCACCTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTTGCCCATCATTGACTCCCAACTTACATCTCCTGCCCACCTGTG  591

seq1  CCACATATATAGTAACTTGCTCTTTCCAACTTTTCATTTCTCTAAAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATATATAGTAACTTGCTCTTTCCAACTTTTCATTTCTCTAAAAGTA  641

seq1  GTCAATTCCCTTTCTATTTTTGCCTAGGACCATTTCCTACAATATTTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTCCCTTTCTATTTTTGCCTAGGACCATTTCCTACAATATTTCAA  691

seq1  GGGTCTTCTTTTCCTTTGAAGTACAGTAGAAATAGAACTAGTTGCCAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTCTTTTCCTTTGAAGTACAGTAGAAATAGAACTAGTTGCCAAAT  741

seq1  AGAAACAACACAAGTAGCAGAGACTCTCATTATGCATGAACCTCATTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAACACAAGTAGCAGAGACTCTCATTATGCATGAACCTCATTATG  791

seq1  CAGGAAGTGAAATGCAAAGGGCATAAGAAGCCAGTTTCTGAAAGGAAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGTGAAATGCAAAGGGCATAAGAAGCCAGTTTCTGAAAGGAAGCC  841

seq1  ATAAAAGGCATTGCTGCTCTCTCCTGTCACTCCCTTCTGCTTCCCTGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGGCATTGCTGCTCTCTCCTGTCACTCCCTTCTGCTTCCCTGGGG  891

seq1  GTATATGGCACTCCCTGTGCAAGGTTCTTTTTATGGTAGACATGCACGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGGCACTCCCTGTGCAAGGTTCTTTTTATGGTAGACATGCACGTA  941

seq1  TGTCATTTCTGTCTTAGAAGATAAGTGTGTCTCTGTAAGTCACAAACGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTTCTGTCTTAGAAGATAAGTGTGTCTCTGTAAGTCACAAACGAA  991

seq1  CATTGTTGCCCAAGTTATGAAAAAAGAATATTAATCCATCCTGTACATTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTGCCCAAGTTATGAAAAAAGAATATTAATCCATCCTGTACATTT  1041

seq1  GCCAACACACAGTTCTTTTATGTCATCTTTCTGGGAGGAGGGGGGATCTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACACACAGTTCTTTTATGTCATCTTTCTGGGAGGAGGGGGGATCTG  1091

seq1  ATTTTTGTTGTAGTTGGAAAAGTAGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTTGTAGTTGGAAAAGTAGAATTC  1121

seq1: chrX_162526606_162527737
seq2: B6Ng01-004F22.g_67_1192

seq1  GAATTCCTACCCCACAATAAACAGAAATGAGCTAGGAGTGTATAAGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACCCCACAATAAACAGAAATGAGCTAGGAGTGTATAAGGCAA  50

seq1  CATGGGAAGGGCATCATTTACACTAAGTGGAGAAAAAGTCCAATTCACGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAAGGGCATCATTTACACTAAGTGGAGAAAAAGTCCAATTCACGG  100

seq1  GGCTCTGTGTATATGAAGTGCTAGAAAAGACATAACTCATCTATGGTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGTGTATATGAAGTGCTAGAAAAGACATAACTCATCTATGGTGGT  150

seq1  GAAAATCAGGGCTGTAAGTGACTGGTGAAGAGAATTGACTCAATAAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCAGGGCTGTAAGTGACTGGTGAAGAGAATTGACTCAATAAATGA  200

seq1  AAAAAGGGAATTTTCCAGAGTAACAGAAAACCTCATAGATTGGAGAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGGAATTTTCCAGAGTAACAGAAAACCTCATAGATTGGAGAACCA  250

seq1  GCTACAAGGGTATAAATATTGTGAAAACTCATGGAATTGTACACATAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAAGGGTATAAATATTGTGAAAACTCATGGAATTGTACACATAAGG  300

seq1  TTGGAGAATTTCAGAGTATCTAATTATATTTCACTGTAAAGTTTAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGAATTTCAGAGTATCTAATTATATTTCACTGTAAAGTTTAAGAAA  350

seq1  ACAGAAAGCAGAGCAGGAGGAACAGCTGATAAAACATGTTTATGACATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGCAGAGCAGGAGGAACAGCTGATAAAACATGTTTATGACATTG  400

seq1  TTCCATGTGCTCTTTTTTTTTTCCTTCAACCATGGTTAGCACTGTGGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTGCTCTTTTTTTTTTCCTTCAACCATGGTTAGCACTGTGGAGT  450

seq1  GCTATTTTCATAATATAAGTCATAGAGGTAGAAGTTGCATCGGTTTAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTCATAATATAAGTCATAGAGGTAGAAGTTGCATCGGTTTAACT  500

seq1  TGCTTCATACAATTCTAATCCGACTGCTAATTATTACTGAGGTTGAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCATACAATTCTAATCCGACTGCTAATTATTACTGAGGTTGAAGGA  550

seq1  GGAGGAATATGAGAGCTGATGGATGGTTAAGGAACAAAAACTTGAATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAATATGAGAGCTGATGGATGGTTAAGGAACAAAAACTTGAATTTT  600

seq1  AGTGTAGTAAAAAATAACAGAAGCAGAGATGGTGGTATGTATCTTAAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGTAAAAAATAACAGAAGCAGAGATGGTGGTATGTATCTTAAAGC  650

seq1  ATTTCAATTTAAGGTGTATCATTTGTAAAGCAATTTGTACCCCTGGAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAATTTAAGGTGTATCATTTGTAAAGCAATTTGTACCCCTGGAGTA  700

seq1  TGAAGAACATCAGGGAAACAACTGCTAACCCTTTGAATAAGTTATGGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAACATCAGGGAAACAACTGCTAACCCTTTGAATAAGTTATGGTTC  750

seq1  CAGTTCTTCTATGCTGTGGAGTTCAAATTGTGCCATCGGTTACATGCCTT  800
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTCTATGCTGTGGAGTTC-AATTGTGCCATCGGTTACATGCCTT  799

seq1  TAAAACAGAGGCTTCCCCACTGCTGGTGTTTTATGTTATCTGTCAAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAGAGGCTTCCCCACTGCTGGTGTTTTATGTTATCTGTCAAAGCA  849

seq1  AGGGAAGGTAGG-CCAATAGGTGATATATAGATGATATGTCAGTGTT-GT  898
      |||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||
seq2  AGGGAAGGTAGGCCCATTAGGTGATATTTAGATGGTATGTCAGTGTTGGT  899

seq1  CTAAGAA-GTAATTAAACATGAAGACCTATGACTTCTC-TCATCTTTAAA  946
      ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  CTAAGAAGGTAATTAAACATGAAGA-CTATGACTTCTCTTCATCTTTAAA  948

seq1  AAAAGCTGGCATAATTAAATGAAAACAATCAGTTAGAACTACAATTTCAT  996
      ||    |||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||
seq2  AAGGCTTGGCATAATTAAATGAAAAACATCAGGTAG-ACTACAATTTCAT  997

seq1  GACCAACAACCCCTAAAAATAGAAAAGAGCTTCACTGAGTCAGCCAAGAT  1046
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  GACCAACAACCTCTAAAAATAGAAAAGAGCTTCACTGAGTCAGC--AGAT  1045

seq1  TGATCAGAAAAAGAGGGGGAAACGATTCCGCACTATTGTTATTTGATGTC  1096
      |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||  |||||||
seq2  TGATCAGAAAAAGAAGGGGAAACGATT-CGCA-TATTGTTA--TGATGTC  1091

seq1  CATGAGAGGAATTGTA-TCTTGAGAGAACAAGGTCAA  1132
      ||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||
seq2  CATGAGAGGAATTTTATTCTTGAGA-AACAA-GTCAA  1126