BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004J20
ChromosomeX (Build37)
Map Location 80,415,862 - 80,507,796
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDmd
Upstream geneEG629310
Downstream geneTsga8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004J20.bB6Ng01-004J20.g
ACCDH841974DH841975
length1,139936
definitionDH841974|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004J20, 5' end.DH841975|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,415,862 - 80,417,004)(80,506,866 - 80,507,796)
sequence
gaattcaaatggagtgaaaaacaaagcaaaagaaaactattttaaggctt
agttcccctgcctttttgatgtaggattgttgactagaaatagtcttgca
ttcttgactagtagaacaatgtcagaatcagtttatcctatcctgatctc
agatctgtttgacagtatttgtttttcacagcaatattagccacttcaga
aacatctccttaataatctcaaacacacagaagcttgcaatagaatatat
ttcaatttccgatgtcctttcatgcagtgttctgaaacataaatggaaaa
gtcatctttaagaagaattaaaaccatctcttactacactgaaatgaagt
agaagacaaggatatgtttctctttggaagctctatcattcagttatgta
aactaatggaaactatatttttcaggttgggcaatgaatctaaacctcct
tcatgcttagcttgttttgtactacaaagccatttccctaaaacttgtac
tgttcttgaaaattgtttcgatatatctatttcaaatctcacagtatttg
tttcaatgctgaagtagaaggaaagcaactgagcactaaaatagcacctc
caggattcattattttctcccccctccagaagttttgttaatttgatgtc
atctgactaagaaggtatgacattacatgctcatcattttaactgttgtg
gctgtaatatgttgtgtatatacaagattctttgccagtgagcttaagta
agtctcacctggaaaactcattaaagtgagttgattgttttgtaaattat
ttcctattcttgtcgtttctaaaataatcaaatattgtaaatggtagtat
atttatatttaatatatttatatttagaaaatattcagccaaattttcaa
aatacccactccaagtaaacagtaatgtctgacaaatgatttgtgaacaa
gccttgaataatttgatttagctatcttggtgtaatcctagcaacattga
tgaaataatatgtacttaacaaaataattgtgtgcttaatgtgctgaata
tggaaaactgttaagtaaatcacatattataatttcactttcttaactta
aaatattaactatgatgttcattttcgacaagaaaacat
gaattcttaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtatgtgtttgtatgccttaagttggaatatatgttacatgttatc
cttttgaagggtttggtaagaaatctaaaactgcttgctacaacacaaac
atgttttataagtatatatatatatatatatatatatatatgcatatata
tgcatacataatagtaatcataaatattaaaattgggatggagaaaaagt
gtggtttcaatgcagctgcatatgcatggattgggagtctaaagaggagg
cttaaagttatattacagcctggcctatacagcaaatcctgtctcaagga
ggaagagaaggaggagcaggaagaggaagagaagttgcatgagcagaaag
gcatcttccaatcagaatctctatgatgctagattccttttgaaaattaa
ttataaggaatagttcaatattgcatttcaatattatattctttatataa
ataaatcacattttctatgaagcaaaggagttttccttggactactaggc
ctatgtatgtgtcacaaggaagaaaaaccaaagcaactcaaagtgaggat
gtttttatcaaaaaactgtcaagtattagaaatgtttattcattaatatt
caattaagccagaagtatggaaatatttgttgtagatatgcctgaagttt
atgggagtttagaagatactcttcatatgacactgaaaatatgtttgtta
ttttttttaaaaaggcaaattatagtgtgttgcttatttatgtgtgtata
catatgtgggtatgtgatgtgttccatgaatatgtgggtacttgcaccca
tgcatgtcatgtgatggccagagaagatggctttgatgtcttcctatgtc
acaactcatacttattcatgtgggggctattatctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_80415862_80417004
seq2: B6Ng01-004J20.b_46_1184

seq1  GAATTCAAATGGAGTGAAAAACAAAGCAAAAGAAAACTATTTTAAGGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGGAGTGAAAAACAAAGCAAAAGAAAACTATTTTAAGGCTT  50

seq1  AGTTCCCCTGCCTTTTTGATGTAGGATTGTTGACTAGAAATAGTCTTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCCTGCCTTTTTGATGTAGGATTGTTGACTAGAAATAGTCTTGCA  100

seq1  TTCTTGACTAGTAGAACAATGTCAGAATCAGTTTATCCTATCCTGATCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGACTAGTAGAACAATGTCAGAATCAGTTTATCCTATCCTGATCTC  150

seq1  AGATCTGTTTGACAGTATTTGTTTTTCACAGCAATATTAGCCACTTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGTTTGACAGTATTTGTTTTTCACAGCAATATTAGCCACTTCAGA  200

seq1  AACATCTCCTTAATAATCTCAAACACACAGAAGCTTGCAATAGAATATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCTCCTTAATAATCTCAAACACACAGAAGCTTGCAATAGAATATAT  250

seq1  TTCAATTTCCGATGTCCTTTCATGCAGTGTTCTGAAACATAAATGGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTTCCGATGTCCTTTCATGCAGTGTTCTGAAACATAAATGGAAAA  300

seq1  GTCATCTTTAAGAAGAATTAAAACCATCTCTTACTACACTGAAATGAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTTTAAGAAGAATTAAAACCATCTCTTACTACACTGAAATGAAGT  350

seq1  AGAAGACAAGGATATGTTTCTCTTTGGAAGCTCTATCATTCAGTTATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAAGGATATGTTTCTCTTTGGAAGCTCTATCATTCAGTTATGTA  400

seq1  AACTAATGGAAACTATATTTTTCAGGTTGGGCAATGAATCTAAACCTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATGGAAACTATATTTTTCAGGTTGGGCAATGAATCTAAACCTCCT  450

seq1  TCATGCTTAGCTTGTTTTGTACTACAAAGCCATTTCCCTAAAACTTGTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTTAGCTTGTTTTGTACTACAAAGCCATTTCCCTAAAACTTGTAC  500

seq1  TGTTCTTGAAAATTGTTTCGATATATCTATTTCAAATCTCACAGTATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTGAAAATTGTTTCGATATATCTATTTCAAATCTCACAGTATTTG  550

seq1  TTTCAATGCTGAAGTAGAAGGAAAGCAACTGAGCACTAAAATAGCACCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATGCTGAAGTAGAAGGAAAGCAACTGAGCACTAAAATAGCACCTC  600

seq1  CAGGATTCATTATTTTCTCCCCCCTCCAGAAGTTTTGTTAATTTGATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTCATTATTTTCTCCCCCCTCCAGAAGTTTTGTTAATTTGATGTC  650

seq1  ATCTGACTAAGAAGGTATGACATTACATGCTCATCATTTTAACTGTTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACTAAGAAGGTATGACATTACATGCTCATCATTTTAACTGTTGTG  700

seq1  GCTGTAATATGTTGTGTATATACAAGATTCTTTGCCAGTGAGCTTAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAATATGTTGTGTATATACAAGATTCTTTGCCAGTGAGCTTAAGTA  750

seq1  AGTCTCACCTGGAAAACTCATTAAAGTGAGTTGATTGTTTTGTAAATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCACCTGGAAAACTCATTAAAGTGAGTTGATTGTTTTGTAAATTAT  800

seq1  TTCCTATTCTTGTCGTTTCTAAAATAATCAAATATTGTAAATGGTAGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATTCTTGTCGTTTCTAAAATAATCAAATATTGTAAATGGTAGTAT  850

seq1  ATTTATATTTAATATATTTATATTTAGAAAATATTCAGCCAAATTTTCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATTTAATATATTTATATTTAGAAAATATTCAGCCAAATTTTCAA  900

seq1  AATACCCACTCCAAGTAAACAGTAATGTCTGACAAATGATTTGTGAACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCCACTCCAAGTAAACAGTAATGTCTGACAAATGATTTGTGAACAA  950

seq1  GCCTTGAATAATTTGATTTAGCTATCTTGGTGTAATCCTAGCAACATTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAATAATTTGATTTAGCTATCTTGGTGTAATCCTAGCAACATTGA  1000

seq1  TGACATAATAATGTACTTAACAAAATAATTGTGTGCTTAATTGTGCTGAA  1050
      ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGAAATAAT-ATGTACTTAACAAAATAATTGTGTGCTTAA-TGTGCTGAA  1048

seq1  TATGGAAAACTGTTAAGTAAATCACATATTATAATTTCACTTTCTTACCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATGGAAAACTGTTAAGTAAATCACATATTATAATTTCACTTTCTTAACT  1098

seq1  TAAAATATT-ACTATGATGTTCCATTTTCCAGACAAGAAAACAT  1143
      ||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||
seq2  TAAAATATTAACTATGATGTT-CATTTTC--GACAAGAAAACAT  1139

seq1: chrX_80506866_80507796
seq2: B6Ng01-004J20.g_67_1002 (reverse)

seq1  GAGATAACTAG-CCCCACATGAATAAGTATGAG-TGTGACATTGGAAGAC  48
      ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  GAGATAA-TAGCCCCCACATGAATAAGTATGAGTTGTGACATAGGAAGAC  49

seq1  ATCAAAGCCATCCTTCTCTGGCCTTCACATGACATGCATGGGTGCAAGTA  98
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGCCAT-CTTCTCTGGCCATCACATGACATGCATGGGTGCAAGTA  98

seq1  CCCACATATTCATGG-ACACATCACATACCCACATATGTATACACACATA  147
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATATTCATGGAACACATCACATACCCACATATGTATACACACATA  148

seq1  AATAAGC-ACACACTATTATTTGCCTTTTT-AAAAAAATAACAAACATAT  195
      ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCAACACACTATAATTTGCCTTTTTAAAAAAAATAACAAACATAT  198

seq1  TTTCAGTGTCATATGAAGAGTATCTTCT-AACTCCCATAAACTTCAGGCA  244
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTGTCATATGAAGAGTATCTTCTAAACTCCCATAAACTTCAGGCA  248

seq1  TATCTACAACAAATATTTCCATACTTCTGGCTTAATTGAATATTAATGAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACAACAAATATTTCCATACTTCTGGCTTAATTGAATATTAATGAA  298

seq1  TAAACATTTCTAATACTTGACAGTTTTTTGAT-AAAACATCCTCACTTTG  343
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAAACATTTCTAATACTTGACAGTTTTTTGATAAAAACATCCTCACTTTG  348

seq1  AGTTGCTTTGGTTTTTCTTCCTTGTGACACATACATAGGCCTAGTAGTCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTTTGGTTTTTCTTCCTTGTGACACATACATAGGCCTAGTAGTCC  398

seq1  AAGGAAAACTCCTTTGCTTCATAGAAAATGTGATTTATTTATATAAAGAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAACTCCTTTGCTTCATAGAAAATGTGATTTATTTATATAAAGAA  448

seq1  TATAATATTGAAATGCAATATTGAACTATTCCTTATAATTAATTTTCAAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATATTGAAATGCAATATTGAACTATTCCTTATAATTAATTTTCAAA  498

seq1  AGGAATCTAGCATCATAGAGATTCTGATTGGAAGATGCCTTTCTGCTCAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCTAGCATCATAGAGATTCTGATTGGAAGATGCCTTTCTGCTCAT  548

seq1  GCAACTTCTCTTCCTCTTCCTGCTCCTCCTTCTCTTCCTCCTTGAGACAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTCTCTTCCTCTTCCTGCTCCTCCTTCTCTTCCTCCTTGAGACAG  598

seq1  GATTTGCTGTATAGGCCAGGCTGTAATATAACTTTAAGCCTCCTCTTTAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCTGTATAGGCCAGGCTGTAATATAACTTTAAGCCTCCTCTTTAG  648

seq1  ACTCCCAATCCATGCATATGCAGCTGCATTGAAACCACACTTTTTCTCCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAATCCATGCATATGCAGCTGCATTGAAACCACACTTTTTCTCCA  698

seq1  TCCCAATTTTAATATTTATGATTACTATTATGTATGCATATATATGCATA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAATTTTAATATTTATGATTACTATTATGTATGCATATATATGCATA  748

seq1  TATATATATATATATATATATATATACTTATAAAACATGTTTGTGTTGTA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATACTTATAAAACATGTTTGTGTTGTA  798

seq1  GCAAGCAGTTTTAGATTTCTTACCAAACCCTTCAAAAGGATAACATGTAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAGTTTTAGATTTCTTACCAAACCCTTCAAAAGGATAACATGTAA  848

seq1  CATATATTCCAACTTAAGGCATACAAACACATACACACACACACACACAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTCCAACTTAAGGCATACAAACACATACACACACACACACACAC  898

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACTTAAGAATTC  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACTTAAGAATTC  936