BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-011K07
ChromosomeX (Build37)
Map Location 137,095,726 - 137,281,449
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTsc22d3, Mid2
Upstream geneRnf128, LOC622432, Tbc1d8b, Ripply1, Cldn2, Morc4, Rbm41, Gm719, E230019M04Rik, LOC622213, LOC100041446, EG245643, LOC666424, Prps1
Downstream geneLOC619612, Tex13, LOC632685, Vsig1, Psmd10, Atg4a, LOC100038961, Col4a6, Col4a5, Irs4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-011K07.bB6Ng01-011K07.g
ACCDH846968DH846969
length1,1471,073
definitionDH846968|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011K07, 5' end.DH846969|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011K07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(137,280,302 - 137,281,449)(137,095,726 - 137,096,802)
sequence
gaattccccttgaatgccttagcagtggactttttaagtcacctatgaat
aagcagtaagtgaggtggtaatgcggcaggatagtaggacagggacatga
gggactatcttctcgaagctgtcaactgttaaggaatctcacaatcacca
ccacatttctagtaaaaggcacatcttaacagccttgtacaacctgcgga
cccctggttttacctgatcaggttgcactcttacccaaggctcctacaga
gccattccattcttctccttattaaaacgaagaaaagagacagaggagtg
gtgttccctttgaaacaccttgatgtatataatttcaaaaacctccaaaa
tcttatattgagctaccactaaggcattcaagggggtttctcgcatgaga
agctcaggctgacgctcacaggtgtatttcatccttttcctgagcacttt
tctattaacacccccaaggtcaaatctgtgtcaaacactcttcctgataa
actccaactctgcttcaaactgactccatctgaaattctgcttgcagtcg
aaaaccttggcttcatttgagtgcaggtctctgaaaagaactcaggttgc
tactggtggcatcctagtgccttgtctccttccagaatcccactgtctgt
gacagggcacaagagtgtaatcaaaagtgaaaaaggagtagaggacttat
taagcagtcacaaatccccgggttgaatccactgatttactgtacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacgaataagttcattca
aaaatcatggaaacaacggtgctttgagatgggcaatgagtcacggtgtt
tgttgtcttccctgcctgagtgtgatctccagaccccacaaagtgaaagc
acaccatcggctcttcagaagtggtttttctgaccttacacatgctcact
ggagagaacgcataggataaataataaattaaataatgtaaacattaaat
gacacagcagcacccaaaacaagtcagatgtggtgcatacctgtcattca
gaactcagcagcttggatttccccaatttgaggctagcatggactacagg
gaaattctaggtcacaaacctgggagctttttttttttttaaagttt
gaattccaaagaaaacatgagaagtgagtgggatgttggcaaggtagaca
ataaactgtcatttactgacagtagtggtagtagaagtaatcatagaaag
gatgatgaaaatggtaatgattatagctactactgttgaaaatttgtaat
gtattaggcattgtgctaagtgtttttcacacattaattcatttatttgt
aattatccaatgagaaacattacagatgataaataagcagaaacctaaag
aggttgtaactagcctaaagaggttgtaactagcctaagatctagttaac
tgtggactcatatccttcccccttatatagcccttattgcctgtgccagg
ctcaagttttcaactacccaaccaaccaaacaaggaaacaaaccatcaag
ttccagcctttgtatattggcctcttaggagcttaagagaccagttacct
ggaatttgtttttctttactgctatttctgataggctaacatttcacctt
ggggtttgtttatgaacacccagttgatggaataagaatgacacacaaat
actccaacaacttttgctcctggttctgccatgaaattgttacagggttc
ttggtaagtttcatccatagacacacagactttgtctctttaggtataaa
agctaatagtgggctgatgatatggctcacttggagaatgcttgcatagc
acgcgtgaagccctagctttaacatctggcactatataaatgggatgtgg
aaagcaggaggattaaaaaagaagtttagggtcaccttcaactacataga
taaattcaaggccagtatgggctacatgagagcctgcctcaaaaatcaat
caattgatcaatagaataaaatctataagtgccaaatatgttttgaagga
cccatgaaccaggttctgcatgtactccctcaacctgctaacctcaaagt
gttctcccctacttccatttaaggttgggtcttttttttttttttgtgga
gtcttgctgcagggttggctctcatcagactgatttcaaccaagtcttct
ctcactaaacatgaacacatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_137280302_137281449
seq2: B6Ng01-011K07.b_45_1191 (reverse)

seq1  AAACATTTAAAAAAAAAAAAGCT-CCAGGTTTTGGTGACCTAGAATATCC  49
      |||| || ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||
seq2  AAACTTTAAAAAAAAAAAAAGCTCCCAGGTTT--GTGACCTAGAATTTCC  48

seq1  CTTGTAGTCCATGCTAGCCTCAAATTTGTGGAAATCC-AGCTGCTTGAGT  98
      | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||
seq2  C-TGTAGTCCATGCTAGCCTCAAA-TTGGGGAAATCCAAGCTGC-TGAGT  95

seq1  TCTGGAATGACAGGTATGCAACACATCTGGCTTGTTTTTGTGTTGCTGCT  148
      ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||   | |||||||
seq2  TCT-GAATGACAGGTATGCACCACATCTGACTTGTTTT--GGGTGCTGCT  142

seq1  GTTGTCATTTAATGTTTACATTATTT-ATTTATTATTTAT-CTATGCG-T  195
      | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
seq2  G-TGTCATTTAATGTTTACATTATTTAATTTATTATTTATCCTATGCGTT  191

seq1  CTCT-CAGTGGGCATGTGTAAGGTCAG-AAAACCACTTCTG-AGAGCCGA  242
      |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCTCCAGTGAGCATGTGTAAGGTCAGAAAAACCACTTCTGAAGAGCCGA  241

seq1  TGGTGTGCTTTCACTTTGTGGGGTCTGGAGATCACACTCAGGCAGGG-AG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGTGTGCTTTCACTTTGTGGGGTCTGGAGATCACACTCAGGCAGGGAAG  291

seq1  GCAACAAACACCGTGACTCATTGCCCATCTCAAGGCACCGTTGTTTCCAT  341
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACAACAAACACCGTGACTCATTGCCCATCTCAAAGCACCGTTGTTTCCAT  341

seq1  GATTTTTGAATGAACTTTATTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  391
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTGAATGAAC-TTATTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  390

seq1  GTGTGTGTGTGTGTACAGTAAATCAGTGGATTCAACCCGGGGATTTGTGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTACAGTAAATCAGTGGATTCAACCCGGGGATTTGTGA  440

seq1  CTGCTTAATAAGTCCTCTACTCCTTTTTCACTTTTGATTACACTCTTGTG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTAATAAGTCCTCTACTCCTTTTTCACTTTTGATTACACTCTTGTG  490

seq1  CCCTGTCACAGACAGTGGGATTCTGGAAGGAGACAAGGCACTAGGATGCC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCACAGACAGTGGGATTCTGGAAGGAGACAAGGCACTAGGATGCC  540

seq1  ACCAGTAGCAACCTGAGTTCTTTTCAGAGACCTGCACTCAAATGAAGCCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTAGCAACCTGAGTTCTTTTCAGAGACCTGCACTCAAATGAAGCCA  590

seq1  AGGTTTTCGACTGCAAGCAGAATTTCAGATGGAGTCAGTTTGAAGCAGAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTCGACTGCAAGCAGAATTTCAGATGGAGTCAGTTTGAAGCAGAG  640

seq1  TTGGAGTTTATCAGGAAGAGTGTTTGACACAGATTTGACCTTGGGGGTGT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTTTATCAGGAAGAGTGTTTGACACAGATTTGACCTTGGGGGTGT  690

seq1  TAATAGAAAAGTGCTCAGGAAAAGGATGAAATACACCTGTGAGCGTCAGC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGAAAAGTGCTCAGGAAAAGGATGAAATACACCTGTGAGCGTCAGC  740

seq1  CTGAGCTTCTCATGCGAGAAACCCCCTTGAATGCCTTAGTGGTAGCTCAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTTCTCATGCGAGAAACCCCCTTGAATGCCTTAGTGGTAGCTCAA  790

seq1  TATAAGATTTTGGAGGTTTTTGAAATTATATACATCAAGGTGTTTCAAAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGATTTTGGAGGTTTTTGAAATTATATACATCAAGGTGTTTCAAAG  840

seq1  GGAACACCACTCCTCTGTCTCTTTTCTTCGTTTTAATAAGGAGAAGAATG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACCACTCCTCTGTCTCTTTTCTTCGTTTTAATAAGGAGAAGAATG  890

seq1  GAATGGCTCTGTAGGAGCCTTGGGTAAGAGTGCAACCTGATCAGGTAAAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCTCTGTAGGAGCCTTGGGTAAGAGTGCAACCTGATCAGGTAAAA  940

seq1  CCAGGGGTCCGCAGGTTGTACAAGGCTGTTAAGATGTGCCTTTTACTAGA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGTCCGCAGGTTGTACAAGGCTGTTAAGATGTGCCTTTTACTAGA  990

seq1  AATGTGGTGGTGATTGTGAGATTCCTTAACAGTTGACAGCTTCGAGAAGA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGTGGTGATTGTGAGATTCCTTAACAGTTGACAGCTTCGAGAAGA  1040

seq1  TAGTCCCTCATGTCCCTGTCCTACTATCCTGCCGCATTACCACCTCACTT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCTCATGTCCCTGTCCTACTATCCTGCCGCATTACCACCTCACTT  1090

seq1  ACTGCTTATTCATAGGTGACTTAAAAAGTCCACTGCTAAGGCATTCAAGG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTATTCATAGGTGACTTAAAAAGTCCACTGCTAAGGCATTCAAGG  1140

seq1  GGAATTC  1148
      |||||||
seq2  GGAATTC  1147

seq1: chrX_137095726_137096802
seq2: B6Ng01-011K07.g_69_1141

seq1  GAATTCCAAAGAAAACATGAGAAGTGAGTGGGATGTTGGCAAGGTAGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGAAAACATGAGAAGTGAGTGGGATGTTGGCAAGGTAGACA  50

seq1  ATAAACTGTCATTTACTGACAGTAGTGGTAGTAGAAGTAATCATAGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTGTCATTTACTGACAGTAGTGGTAGTAGAAGTAATCATAGAAAG  100

seq1  GATGATGAAAATGGTAATGATTATAGCTACTACTGTTGAAAATTTGTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGAAAATGGTAATGATTATAGCTACTACTGTTGAAAATTTGTAAT  150

seq1  GTATTAGGCATTGTGCTAAGTGTTTTTCACACATTAATTCATTTATTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGGCATTGTGCTAAGTGTTTTTCACACATTAATTCATTTATTTGT  200

seq1  AATTATCCAATGAGAAACATTACAGATGATAAATAAGCAGAAACCTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCCAATGAGAAACATTACAGATGATAAATAAGCAGAAACCTAAAG  250

seq1  AGGTTGTAACTAGCCTAAAGAGGTTGTAACTAGCCTAAGATCTAGTTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTAACTAGCCTAAAGAGGTTGTAACTAGCCTAAGATCTAGTTAAC  300

seq1  TGTGGACTCATATCCTTCCCCCTTATATAGCCCTTATTGCCTGTGCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACTCATATCCTTCCCCCTTATATAGCCCTTATTGCCTGTGCCAGG  350

seq1  CTCAAGTTTTCAACTACCCAACCAACCAAACAAGGAAACAAACCATCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTTTCAACTACCCAACCAACCAAACAAGGAAACAAACCATCAAG  400

seq1  TTCCAGCCTTTGTATATTGGCCTCTTAGGAGCTTAAGAGACCAGTTACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCCTTTGTATATTGGCCTCTTAGGAGCTTAAGAGACCAGTTACCT  450

seq1  GGAATTTGTTTTTCTTTACTGCTATTTCTGATAGGCTAACATTTCACCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTGTTTTTCTTTACTGCTATTTCTGATAGGCTAACATTTCACCTT  500

seq1  GGGGTTTGTTTATGAACACCCAGTTGATGGAATAAGAATGACACACAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTGTTTATGAACACCCAGTTGATGGAATAAGAATGACACACAAAT  550

seq1  ACTCCAACAACTTTTGCTCCTGGTTCTGCCATGAAATTGTTACAGGGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAACAACTTTTGCTCCTGGTTCTGCCATGAAATTGTTACAGGGTTC  600

seq1  TTGGTAAGTTTCATCCATAGACACACAGACTTTGTCTCTTTAGGTATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAGTTTCATCCATAGACACACAGACTTTGTCTCTTTAGGTATAAA  650

seq1  AGCTAATAGTGGGCTGATGATATGGCTCACTTGGAGAATGCTTGCATAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATAGTGGGCTGATGATATGGCTCACTTGGAGAATGCTTGCATAGC  700

seq1  ACGCGTGAAGCCCTAGCTTTAACATCTGGCACTATATAAATGGGATGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCGTGAAGCCCTAGCTTTAACATCTGGCACTATATAAATGGGATGTGG  750

seq1  -AAGCAGGAGGATTAAAAAAGAAGTTTAGGGTCACCTTCAACTACATAGA  799
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGGAGGATTAAAAAAGAAGTTTAGGGTCACCTTCAACTACATAGA  800

seq1  TAAATTCAAGGCCAGTATGGGCTACATGAGAGCCTGCCTCAAAAATCAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCAAGGCCAGTATGGGCTACATGAGAGCCTGCCTCAAAAATCAAT  850

seq1  CAATTGATCAATAGAATAAAATCTATAAGTGCCAAATATGTTTTGAAGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGATCAATAGAATAAAATCTATAAGTGCCAAATATGTTTTGAAGGA  900

seq1  CCCATG-ACCAGGTTCTGCATGTACTCCCTCACCCTGCTAACCTCAAAGT  948
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCCATGAACCAGGTTCTGCATGTACTCCCTCAACCTGCTAACCTCAAAGT  950

seq1  GTTCCTCCCCTACTTCCATTTAAGGTTTGGTCTTTTTTTTTTTTTTTGTG  998
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |
seq2  GTT-CTCCCCTACTTCCATTTAAGGTTGGGTCTTTTTTTTTTTTTTGTGG  999

seq1  AGTC-TGCTGCCAGGTGTTGGCTACTCATCAGCATGATTTCCAACCAAGT  1047
      |||| ||||| |||| ||||||| ||||||||  |||||| |||||||||
seq2  AGTCTTGCTG-CAGG-GTTGGCT-CTCATCAGACTGATTT-CAACCAAGT  1045

seq1  CTTCTCTCACTAAACATGTAGCAACATCTT  1077
      |||||||||||||||||| |   |||||||
seq2  CTTCTCTCACTAAACATGAA--CACATCTT  1073