BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-014O06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 151,923,462 - 152,133,687
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667394, Ptchd1
Upstream geneEG434881, LOC100040899, LOC667331, LOC100040925, LOC100040937, Magea6, Magea3, LOC626034, Magea8, Magea2, Magea5, Magea1, 1700042B14Rik, LOC245676, Amd-ps1, LOC667369, Sat1, Acot9, LOC667383, Prdx4
Downstream gene4930503H13Rik, LOC640803
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-014O06.bB6Ng01-014O06.g
ACCDH849306DH849307
length1,0661,102
definitionDH849306|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014O06, 5' end.DH849307|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014O06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,923,462 - 151,924,535)(152,132,558 - 152,133,687)
sequence
gaattcagaaaattctgcctgatatttggtggttcaaattagtgtttatc
actgagctctgtgatgactgtattttatcagttagggaaataactaactc
tgcctgaagtggcacagacatgatggaaaagcagagctgcggcaggcttt
gatctcagaataatgctaaatccagggttatttccactatgtctcaagtg
aaaatgatcaggtgtcactgagctttaggcaaggagaggacacacatata
actttagaagtccctgaaatgcttgtgcagtctttcagagggagaataga
atcatacagcagctattctctggaaaatacaaatcctggtagccacaaac
acaaggttctggttccaaggagcaagtagcacagagaacaagttaaggag
gcttacacatcatcctcatttagtgtcttctcttagaatttgaaaacttc
catatgatatgccctctttcacccatgtgccccccctcaaccccatctag
atttgctgtggtggagtaatcatctgtcatcacctggcggagctaattct
caagatgctgagtagtcaaagccttggtgtcttttgccttgcagaagttt
tgcaactttatgaggtcccatttatcgatttttgatcttacagcacaagc
cattgctgttctattcaggaattttccccctgtacccatatcttcgaggt
ttttccctactttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtgg
agttccttaatccacttagatttgaccttagaacaaggagataagaattg
aaaaatctgtatgataagaacttcaagtctctgaagaaagaaattgaaga
agatctcagaagatggaaagatctcccatgctcatggattgacaggatca
atatagtaaaaatgcctatcttgccaatagcatctacagattcaatgcaa
tccccatcaaattccaactcaattcttcacgattagaaaggcaatcggca
gattcatctggataacaaaaaaacctaggatagcaaaactcttcctagga
taaaagacctctggtg
gaattcaatccctgggaccaacatagaagagcatactacacacacacaca
caaacacatgaatgtgatattttaaaatttttagataaataaataaactg
atgtaaatctattggtattaaaattgtaggaatgcagagggtcatattga
catatataaatctaactccaatagtaatataattcaggtgttaaaaccgg
ttttcagtatacacaaccagaagatatttctcttaaataccaagaaacta
ttggattaatagttatggatgctgaattctcaatctgctttccttttttc
agtgcgaaacttaagtatatattaacttcccagggtttcctgtacttctt
cctaaaccacagattattctcttactcacccacttcataatgggtattta
aactaaacaattaatgacctgggtaccttaaaaaatgccaagtgttttgc
caaggtttattatatggtcccaggcataataatgccactacaggaatttc
tttcattgaattagatgttgtttaaatgtaagaaataaatgaccctttaa
tcggaaaataaatagcttggtatcaattgaacaagactaatattttcact
atctgaaataatccagtctaaatcactgaatataaagaatgcatacaaat
taatcagtgccgcattcattctgattatggtttgtatttaacatcaaagt
agtctccagcatgcctggcatacagatgttgctgtccacaaatgaagctt
tttaggggatgggtaagagcacaatctcagtccaaataaattaatctact
tccagtttagaaagtctttgaattaaatgaggtgtcagtttttcctttgt
aaataggaatgattgcatctctgttgatatgtatgaggaatgtcacacac
agggagtaggagcttgatgacttcagagtaagtgctgataagtgttgcac
tcatacgctatccatgttagttggcatctagatagcatatagactaccac
tagcttttcacatcatgtcccaatcctgtttcaaggttccatcatggtct
ataggacctcgaatgtgatttaatattcctaaactatagtttgatgtcca
ac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_151923462_151924535
seq2: B6Ng01-014O06.b_44_1109

seq1  GAATTCAGAAAATTCTGCCTGATATTTGGTGGTTCAAATTAGTGTTTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAAATTCTGCCTGATATTTGGTGGTTCAAATTAGTGTTTATC  50

seq1  ACTGAGCTCTGTGATGACTGTATTTTATCAGTTAGGGAAATAACTAACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCTCTGTGATGACTGTATTTTATCAGTTAGGGAAATAACTAACTC  100

seq1  TGCCTGAAGTGGCACAGACATGATGGAAAAGCAGAGCTGCGGCAGGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGAAGTGGCACAGACATGATGGAAAAGCAGAGCTGCGGCAGGCTTT  150

seq1  GATCTCAGAATAATGCTAAATCCAGGGTTATTTCCACTATGTCTCAAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCAGAATAATGCTAAATCCAGGGTTATTTCCACTATGTCTCAAGTG  200

seq1  AAAATGATCAGGTGTCACTGAGCTTTAGGCAAGGAGAGGACACACATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATCAGGTGTCACTGAGCTTTAGGCAAGGAGAGGACACACATATA  250

seq1  ACTTTAGAAGTCCCTGAAATGCTTGTGCAGTCTTTCAGAGGGAGAATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGAAGTCCCTGAAATGCTTGTGCAGTCTTTCAGAGGGAGAATAGA  300

seq1  ATCATACAGCAGCTATTCTCTGGAAAATACAAATCCTGGTAGCCACAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACAGCAGCTATTCTCTGGAAAATACAAATCCTGGTAGCCACAAAC  350

seq1  ACAAGGTTCTGGTTCCAAGGAGCAAGTAGCACAGAGAACAAGTTAAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTTCTGGTTCCAAGGAGCAAGTAGCACAGAGAACAAGTTAAGGAG  400

seq1  GCTTACACATCATCCTCATTTAGTGTCTTCTCTTAGAATTTGAAAACTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACACATCATCCTCATTTAGTGTCTTCTCTTAGAATTTGAAAACTTC  450

seq1  CATATGATATGCCCTCTTTCACCCATGTGCCCCCCCTCAACCCCATCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGATATGCCCTCTTTCACCCATGTGCCCCCCCTCAACCCCATCTAG  500

seq1  ATTTGCTGTGGTGGAGTAATCATCTGTCATCACCTGGCGGAGCTAATTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTGTGGTGGAGTAATCATCTGTCATCACCTGGCGGAGCTAATTCT  550

seq1  CAAGATGCTGAGTAGTCAAAGCCTTGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGCTGAGTAGTCAAAGCCTTGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAGTTT  600

seq1  TGCAACTTTATGAGGTCCCATTTATCGATTTTTGATCTTACAGCACAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTTTATGAGGTCCCATTTATCGATTTTTGATCTTACAGCACAAGC  650

seq1  CATTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTCCCCCTGTACCCATATCTTCGAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTCCCCCTGTACCCATATCTTCGAGGT  700

seq1  TTTTCCCTACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCTACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGG  750

seq1  AGTTCCTTAATCCACTTAGATTTGACCTTAGAACAAGGAGATAAGAATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTTAATCCACTTAGATTTGACCTTAGAACAAGGAGATAAGAATTG  800

seq1  AAAAATCTGTATGATAAGAACTTCAAGTCTCTGAAGAAAGAAATTGAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTGTATGATAAGAACTTCAAGTCTCTGAAGAAAGAAATTGAAGA  850

seq1  AGATCTCAGAAGATGGAAAGATCTCCCATGCTCATGGATTGACAGGATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCAGAAGATGGAAAGATCTCCCATGCTCATGGATTGACAGGATCA  900

seq1  ATATAGTAAAAATGCCTATCTTGCCAATAGCAATCTACAGATTCAATGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTAAAAATGCCTATCTTGCCAATAGC-ATCTACAGATTCAATGCA  949

seq1  ATCCCCATCAAAATTCCAACTCAATTCTTCAACGAATTAGAAAGGGCAAT  1000
      ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||
seq2  ATCCCCATC-AAATTCCAACTCAATTCTTC-ACG-ATTAGAAA-GGCAAT  995

seq1  CGGCAGATTCATCTGGAATAAC-AAAAAACCTAGGATAGCAAAAACTCTT  1049
      |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CGGCAGATTCATCTGG-ATAACAAAAAAACCTAGGATAGC-AAAACTCTT  1043

seq1  CTCAAGGATAAAAGAACCTCTGGTG  1074
      | | |||||||||| ||||||||||
seq2  C-CTAGGATAAAAG-ACCTCTGGTG  1066

seq1: chrX_152132558_152133687
seq2: B6Ng01-014O06.g_66_1167 (reverse)

seq1  GTTGGACATATCAAAAACTAATAGTTTATAGAATATTTAAAATCACATAT  50
      |||||||||     ||||| ||||||||  |||||||  |||||||  ||
seq2  GTTGGACAT----CAAACT-ATAGTTTA-GGAATATT--AAATCAC--AT  40

seq1  ACGATGTCCTATTTAGACCACTAGAATGGAACCCTTGTAGACAGGATTGT  100
       ||| ||||||  ||||||   |  |||||| ||||| | ||||||||| 
seq2  TCGAGGTCCTA--TAGACC---ATGATGGAA-CCTTG-AAACAGGATTGG  83

seq1  GACATGATGTGAAAAAGCTTAGTGGTAGTCTAATTATGCTATCTAAGATG  150
      ||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||||||||| |||||
seq2  GACATGATGTG-AAAAGC-TAGTGGTAGTCTA--TATGCTATCT-AGATG  128

seq1  CCAACTAACATGGATAGCGTATGAGTGCAACACTTATCAGCACTTACTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAACTAACATGGATAGCGTATGAGTGCAACACTTATCAGCACTTAC-TC  177

seq1  TGAAGTCATCAAGCTCCCTACTCCCTGTGTGTGGACATTCCTCATAACAT  250
      ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  TGAAGTCATCAAGCT-CCTACTCCCTGTGTGT-GACATTCCTCAT-ACAT  224

seq1  ATCAACAGAGATGCAATCATTCCTATTTTACAAAGGAAAAACTGACACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACAGAGATGCAATCATTCCTA-TTTACAAAGGAAAAACTGACACCT  273

seq1  CATTTAATTCAAAGACTTTCTAAACTGGAAGTAGATTAATTTATTTGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATTTAATTCAAAGACTTTCTAAACTGGAAGTAGATTAATTTATTTGGA-  322

seq1  CTGAGATTGTGCTCTTACCCATCCCCTAAAAAGCTTCATTTGTGGACAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATTGTGCTCTTACCCATCCCCTAAAAAGCTTCATTTGTGGACAGC  372

seq1  AACATCTGTATGCCAGGCATGCTGGAGACTACTTTGATGTTAAATACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCTGTATGCCAGGCATGCTGGAGACTACTTTGATGTTAAATACAAA  422

seq1  CCATAATCAGAATGAATGCGGCACTGATTAATTTGTATGCATTCTTTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATCAGAATGAATGCGGCACTGATTAATTTGTATGCATTCTTTATA  472

seq1  TTCAGTGATTTAGACTGGATTATTTCAGATAGTGAAAATATTAGTCTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGATTTAGACTGGATTATTTCAGATAGTGAAAATATTAGTCTTGT  522

seq1  TCAATTGATACCAAGCTATTTATTTTCCGATTAAAGGGTCATTTATTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTGATACCAAGCTATTTATTTTCCGATTAAAGGGTCATTTATTTCT  572

seq1  TACATTTAAACAACATCTAATTCAATGAAAGAAATTCCTGTAGTGGCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTAAACAACATCTAATTCAATGAAAGAAATTCCTGTAGTGGCATT  622

seq1  ATTATGCCTGGGACCATATAATAAACCTTGGCAAAACACTTGGCATTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCCTGGGACCATATAATAAACCTTGGCAAAACACTTGGCATTTTT  672

seq1  TAAGGTACCCAGGTCATTAATTGTTTAGTTTAAATACCCATTATGAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTACCCAGGTCATTAATTGTTTAGTTTAAATACCCATTATGAAGTG  722

seq1  GGTGAGTAAGAGAATAATCTGTGGTTTAGGAAGAAGTACAGGAAACCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTAAGAGAATAATCTGTGGTTTAGGAAGAAGTACAGGAAACCCTG  772

seq1  GGAAGTTAATATATACTTAAGTTTCGCACTGAAAAAAGGAAAGCAGATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTAATATATACTTAAGTTTCGCACTGAAAAAAGGAAAGCAGATTG  822

seq1  AGAATTCAGCATCCATAACTATTAATCCAATAGTTTCTTGGTATTTAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCAGCATCCATAACTATTAATCCAATAGTTTCTTGGTATTTAAGA  872

seq1  GAAATATCTTCTGGTTGTGTATACTGAAAACCGGTTTTAACACCTGAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATCTTCTGGTTGTGTATACTGAAAACCGGTTTTAACACCTGAATT  922

seq1  ATATTACTATTGGAGTTAGATTTATATATGTCAATATGACCCTCTGCATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACTATTGGAGTTAGATTTATATATGTCAATATGACCCTCTGCATT  972

seq1  CCTACAATTTTAATACCAATAGATTTACATCAGTTTATTTATTTATCTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAATTTTAATACCAATAGATTTACATCAGTTTATTTATTTATCTAA  1022

seq1  AAATTTTAAAATATCACATTCATGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTAGTATGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTAAAATATCACATTCATGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTAGTATGC  1072

seq1  TCTTCTATGTTGGTCCCAGGGATTGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTATGTTGGTCCCAGGGATTGAATTC  1102