BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019N02
ChromosomeX (Build37)
Map Location 115,918,706 - 116,047,224
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665066, EG624388, ENSMUSG00000072994, LOC100039551, Tgifx1, LOC665087
Downstream geneLOC385417, Pabpc5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019N02.bB6Ng01-019N02.g
ACCDH852795DH852796
length746958
definitionDH852795|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019N02, 5' end.DH852796|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,918,706 - 115,919,451)(116,046,266 - 116,047,224)
sequence
gaattcaaactctaatgatattataatcacatattattagaattttaagt
gagtctgtatttagacaaaataatttagtcattttctcatacagtcactc
tttagcattaattatcaaatatataagatatttttatcataaaaacacag
aagtagttcatgagagaaatgatttactttggctcaaaatttcaggccaa
ggttagccctttttaatgctgtgggctgagatagggttgaactctgtggt
agggaacatatggaggagaaaaactgctcacttcacgttggacagggagt
agataacaggaagtagaactccctaaattaaatcactgaatgatgaattc
ttattttttaatttgatattttatacatttatattttaaattttatctcc
tttcccgttttccccaatgtaaatcccttatcccatccccccttaccctg
tttctatgagggtgcttctgcacccaccaacccctgcctcaccgccctag
cattcttctatactggttcatcaagtcttcacaggagcaatggtctaccc
tctcactgatgccagataagacaccttcagctccttcagttctttcctta
atgcctccattgtggtagctatgctcagtctgatggttgactgcaagcat
ccacatctgtattggttaggatctggaagaccctctcaggagattcacac
cacaacacaagcattatctcaaaggctatagatgttgtgtatgtat
gaattcctgttctcattctgttgatgatagacaatgtcttagaaagagtt
aattcactctaacctgttaatcatctggctaggagttcactgctcagaaa
aatagttttacttgaagatatgctaacagaggggagactaattatcccct
taatgaaatataggccaaaatccaagaatgatttttctggtatgttgatt
cctcagtcattctatgaagctccattttgccttcctgaatgcctctgatt
tgctgactttcatcaccaaaggtctagctatcactcttcattcaaatagc
tgccaagattttatgcttgcgccccttaatgattttctctaaaaataata
aatttgtcctcaaacttaaaaacttaaaaacacaaataaataaggaagag
aatctacattagatagcccaacacataaaatcggaaatagagctcagaaa
tagagcaagaatatacatgaaaatttatatgatagtgtataacattgatc
tcaacatttggaaggcagaagtgtggggaattgcaggctggtctccagtc
gagctgaggtctgaaccccgatggtcacaattcacttacatgacacagta
agcattccctcatgctcctggggctctggcccctgactaagttatcaccc
cccacagcccccacaagagaagcatgctcagtggtcacatagacaatggc
ccaagcttctgactttcaggctaaaccacttcccagttacctagcaatag
tgaagatcataaaaaggggtgctcagcccctacctcacctcactctcttg
ctctcttactcttactccttgtcctttacctctcacttctctcatttctc
tctcctcttccatttctctttgtcttctttcctctcttctattccttttt
ctctctctttctagcattctctctctctctctctctctctctctctctct
ctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_115918706_115919451
seq2: B6Ng01-019N02.b_46_791

seq1  GAATTCAAACTCTAATGATATTATAATCACATATTATTAGAATTTTAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTCTAATGATATTATAATCACATATTATTAGAATTTTAAGT  50

seq1  GAGTCTGTATTTAGACAAAATAATTTAGTCATTTTCTCATACAGTCACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGTATTTAGACAAAATAATTTAGTCATTTTCTCATACAGTCACTC  100

seq1  TTTAGCATTAATTATCAAATATATAAGATATTTTTATCATAAAAACACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCATTAATTATCAAATATATAAGATATTTTTATCATAAAAACACAG  150

seq1  AAGTAGTTCATGAGAGAAATGATTTACTTTGGCTCAAAATTTCAGGCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTTCATGAGAGAAATGATTTACTTTGGCTCAAAATTTCAGGCCAA  200

seq1  GGTTAGCCCTTTTTAATGCTGTGGGCTGAGATAGGGTTGAACTCTGTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCCCTTTTTAATGCTGTGGGCTGAGATAGGGTTGAACTCTGTGGT  250

seq1  AGGGAACATATGGAGGAGAAAAACTGCTCACTTCACGTTGGACAGGGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACATATGGAGGAGAAAAACTGCTCACTTCACGTTGGACAGGGAGT  300

seq1  AGATAACAGGAAGTAGAACTCCCTAAATTAAATCACTGAATGATGAATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACAGGAAGTAGAACTCCCTAAATTAAATCACTGAATGATGAATTC  350

seq1  TTATTTTTTAATTTGATATTTTATACATTTATATTTTAAATTTTATCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTTAATTTGATATTTTATACATTTATATTTTAAATTTTATCTCC  400

seq1  TTTCCCGTTTTCCCCAATGTAAATCCCTTATCCCATCCCCCCTTACCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCGTTTTCCCCAATGTAAATCCCTTATCCCATCCCCCCTTACCCTG  450

seq1  TTTCTATGAGGGTGCTTCTGCACCCACCAACCCCTGCCTCACCGCCCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGAGGGTGCTTCTGCACCCACCAACCCCTGCCTCACCGCCCTAG  500

seq1  CATTCTTCTATACTGGTTCATCAAGTCTTCACAGGAGCAATGGTCTACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTCTATACTGGTTCATCAAGTCTTCACAGGAGCAATGGTCTACCC  550

seq1  TCTCACTGATGCCAGATAAGACACCTTCAGCTCCTTCAGTTCTTTCCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGATGCCAGATAAGACACCTTCAGCTCCTTCAGTTCTTTCCTTA  600

seq1  ATGCCTCCATTGTGGTAGCTATGCTCAGTCTGATGGTTGACTGCAAGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCCATTGTGGTAGCTATGCTCAGTCTGATGGTTGACTGCAAGCAT  650

seq1  CCACATCTGTATTGGTTAGGATCTGGAAGACCCTCTCAGGAGATTCACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTGTATTGGTTAGGATCTGGAAGACCCTCTCAGGAGATTCACAC  700

seq1  CACAACACAAGCATTATCTCAAAGGCTATAGATGTTGTGTATGTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACACAAGCATTATCTCAAAGGCTATAGATGTTGTGTATGTAT  746

seq1: chrX_116046266_116047224
seq2: B6Ng01-019N02.g_68_1025 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGCTAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGCTAGAA  50

seq1  AGAGAGAGAAAAAGGAATAGAAGAGAGGAAAGAAGACAAAGAGAAATGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAAAAAGGAATAGAAGAGAGGAAAGAAGACAAAGAGAAATGGA  100

seq1  AGAGGAGAGAGAAATGAGAGAAGTGAGAGGTAAAGGAACAAGGAGTAAGA  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAGGAGAGAGAAATGAGAGAAGTGAGAGGTAAAGG-ACAAGGAGTAAGA  149

seq1  GTAAGAGAGCAAGAGAGTGAGGTGAGGTAGGGGCTGAGCACCCCTTTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGAGCAAGAGAGTGAGGTGAGGTAGGGGCTGAGCACCCCTTTTTA  199

seq1  TGATCTTCACTATTGCTAGGTAACTGGGAAGTGGTTTAGCCTGAAAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTCACTATTGCTAGGTAACTGGGAAGTGGTTTAGCCTGAAAGTCA  249

seq1  GAAGCTTGGGCCATTGTCTATGTGACCACTGAGCATGCTTCTCTTGTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTGGGCCATTGTCTATGTGACCACTGAGCATGCTTCTCTTGTGGG  299

seq1  GGCTGTGGGGGGTGATAACTTAGTCAGGGGCCAGAGCCCCAGGAGCATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGGGGGTGATAACTTAGTCAGGGGCCAGAGCCCCAGGAGCATGA  349

seq1  GGGAATGCTTACTGTGTCATGTAAGTGAATTGTGACCATCGGGGTTCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGCTTACTGTGTCATGTAAGTGAATTGTGACCATCGGGGTTCAGA  399

seq1  CCTCAGCTCGACTGGAGACCAGCCTGCAATTCCCCACACTTCTGCCTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTCGACTGGAGACCAGCCTGCAATTCCCCACACTTCTGCCTTCC  449

seq1  AAATGTTGAGATCAATGTTATACACTATCATATAAATTTTCATGTATATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTGAGATCAATGTTATACACTATCATATAAATTTTCATGTATATT  499

seq1  CTTGCTCTATTTCTGAGCTCTATTTCCGATTTTATGTGTTGGGCTATCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCTATTTCTGAGCTCTATTTCCGATTTTATGTGTTGGGCTATCTA  549

seq1  ATGTAGATTCTCTTCCTTATTTATTTGTGTTTTTAAGTTTTTAAGTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGATTCTCTTCCTTATTTATTTGTGTTTTTAAGTTTTTAAGTTTGA  599

seq1  GGACAAATTTATTATTTTTAGAGAAAATCATTAAGGGGCGCAAGCATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAATTTATTATTTTTAGAGAAAATCATTAAGGGGCGCAAGCATAAA  649

seq1  ATCTTGGCAGCTATTTGAATGAAGAGTGATAGCTAGACCTTTGGTGATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGCAGCTATTTGAATGAAGAGTGATAGCTAGACCTTTGGTGATGA  699

seq1  AAGTCAGCAAATCAGAGGCATTCAGGAAGGCAAAATGGAGCTTCATAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGCAAATCAGAGGCATTCAGGAAGGCAAAATGGAGCTTCATAGAA  749

seq1  TGACTGAGGAATCAACATACCAGAAAAATCATTCTTGGATTTTGGCCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAGGAATCAACATACCAGAAAAATCATTCTTGGATTTTGGCCTAT  799

seq1  ATTTCATTAAGGGGATAATTAGTCTCCCCTCTGTTAGCATATCTTCAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATTAAGGGGATAATTAGTCTCCCCTCTGTTAGCATATCTTCAAGT  849

seq1  AAAACTATTTTTCTGAGCAGTGAACTCCTAGCCAGATGATTAACAGGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATTTTTCTGAGCAGTGAACTCCTAGCCAGATGATTAACAGGTTA  899

seq1  GAGTGAATTAACTCTTTCTAAGACATTGTCTATCATCAACAGAATGAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAATTAACTCTTTCTAAGACATTGTCTATCATCAACAGAATGAGAA  949

seq1  CAGGAATTC  959
      |||||||||
seq2  CAGGAATTC  958