BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-024H22
ChromosomeX (Build37)
Map Location 39,232,258 - 39,386,422
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThoc2, LOC665488, EG333830, LOC100039838
Upstream geneLOC385344, Gria3, LOC100039802, LOC676077
Downstream geneBirc4, Stag2, LOC100039899, Sh2d1a, Odz1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-024H22.bB6Ng01-024H22.g
ACCDH856113DH856114
length1,1061,134
definitionDH856113|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024H22, 5' end.DH856114|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024H22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,385,311 - 39,386,422)(39,232,258 - 39,233,413)
sequence
gaattcataggggcctcctaccttttttgtttactggccatctaatgtga
gctgtttgcttaaaggaattatctcatttaaatgtcatgacacataatca
cacctatcactccagcactcagggagctgaaacaggaggattgcttagag
ttcagacctgagctagaatatgacacctttaattaaaaaaaaaatggagg
aggttggaaatacaggtcagttggtagaacgcctgcctgtcatgcataaa
acctttggttcaatacccaatacttcagaaaacaggtgtgatgacataca
cctataatcccaaggcttggaaggtagaggcagggtcaggagttcaaggt
catccttggctacttcaagactagcctgggctatagaggaccatgcctca
gaaaaccaaaaagtagaaataaataccaaacaaaaaatccaataaaatta
attaattaaaaaaataagcctgtctcatagcaatcgtagtaggcttggtg
ggtgagacctggcatgccaatccttgggaagcagaaagagaactgccttg
agatccaggctagcccagatgacagagcgatactcttgtatccaaaacca
aaccaaacccccccaacaatctcttactgtgggtatcactgtcacttgat
acatgaatgatctatattaaactgttaaggtaattaaagttattagtata
tagctcaattgctataatgcttgtctagcatgcttgagaggggcaagaga
agtgccttttatttagggctatatgaagatgaaaaggatgagagaagaac
tgtcaccagtgaaatgatgtctaaaaagaagaggaaggagtcaggatcca
tcagcatagaggctgtagttgtacagataaaatccaagtcataactgtgg
ttaactttccctgggaatggtggagtttgcaaagtggggagtacctttaa
atgctgaaaggtaaaagccctctgtagtaagctaccgtttgagtcttgac
attaaaagatgggtgtgtgtgcacatgctgaggtttacttatatgccttg
gtatgggatgctagggacccagccaggctagtaccagtgaggcgggatca
gaggag
gaattcatattagctaagaacaaactctaaatactcagtgagccatttaa
ttaactcaccaaatcctgggaattaaaagtaataaactgaagtaactcca
acttggcaaacccttgaagataaggcttgctttaaaggtaatatatgtct
agcaatgttatatgtttggactcaaaattacagaaagaacaaaactgatg
gggaagccatgctcagttatttaatcaatagctaagattagacaaataaa
ttttcaaaacatattatttgtaaatccatgttttcctcagagacactacc
tttaattggaaatcaaagaattattcctttttgagaaaaaagtcttatat
gaattcttatatgaattctggataaatacaacacaaactttttatcctca
aaaccaatgtacttttaatgactttgactaatcttactcattttaaaatt
aagacttaaaagggaacgtttgagattcagagaaatctcattgaatgaca
tgatgtagttactataattgcagaaatgcaggcaaatgtgagaaaacttg
actttttttttacttgaaattagcccatttagctcaaacttacataaata
tacattatcaatcaaaaaagtatactgttaaattaaattataaaatttat
aaagtaattatatttgatttacaaaactatattctgtgtaaagttaaaaa
tgattgaagatttgcagaaaatctgcacgtttgtaaaaaaaaaaaagcat
ttaacctgatcttatcacaaaattgttacatgcaaaataaacatttccca
cctacctaatatgcagaacacgtcagcaaggataagaaggcatatcctca
cggaattcctacattaaagatttacaatcagttccagaatagcacggaaa
aagtgttattattcaaaacaatctcatcaatcaagtagaagtcaactaaa
gtccagcatgtctacatagatctcaggtaaggtcataagtataagatgtc
gatcagtagaagaaaggactgggctgcatgtgtacaggctttatcccagt
acaaacaggcagagcagcatgcagcagcttctgtcagtcatgcttgcata
tgtcatatgtcgccaacccctgttagcaggctac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_39385311_39386422
seq2: B6Ng01-024H22.b_43_1148 (reverse)

seq1  CTCCT-GGATCCCGCCTCACTGGTACTAAGCCCTGGGCTGGGTCCCTAGC  49
      |||||  |||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGATCCCGCCTCACTGGTACT-AGCC--TGGCTGGGTCCCTAGC  47

seq1  ATCACATACCCAGGCATAT-AGTAACACCTCTAGCATGTGCACACACACC  98
      ||| |||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATACCAAGGCATATAAGTAA-ACCTC-AGCATGTGCACACACACC  95

seq1  CATCTTTTAATTGTCAAGACTCAAACGGTAGCTTACTACAGAGGGCTTTT  148
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATCTTTTAA-TGTCAAGACTCAAACGGTAGCTTACTACAGAGGGC-TTT  143

seq1  TACCTTTCAGCCTTTTAAAGGTACTCCCCACTTTGCAAACTCCACCATTC  198
      |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTCAG-CATTTAAAGGTACTCCCCACTTTGCAAACTCCACCATTC  192

seq1  CCAAGGAAAGTTAACCACAGTTATGACTTGGATTTTATCTGTACAACTAC  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAAAGTTAACCACAGTTATGACTTGGATTTTATCTGTACAACTAC  242

seq1  AGCCTCTATGCTGATGGATCCTGACTCCTTCCTCTTCTTTTTAGACATCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTATGCTGATGGATCCTGACTCCTTCCTCTTCTTTTTAGACATCA  292

seq1  TTTCACTGGTGACAGTTCTTCTCTCATCCTTTTCATCTTCATATAGCCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGGTGACAGTTCTTCTCTCATCCTTTTCATCTTCATATAGCCCT  342

seq1  AAATAAAAGGCACTTCTCTTGCCCCTCTCAAGCATGCTAGACAAGCATTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAGGCACTTCTCTTGCCCCTCTCAAGCATGCTAGACAAGCATTA  392

seq1  TAGCAATTGAGCTATATACTAATAACTTTAATTACCTTAACAGTTTAATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATTGAGCTATATACTAATAACTTTAATTACCTTAACAGTTTAATA  442

seq1  TAGATCATTCATGTATCAAGTGACAGTGATACCCACAGTAAGAGATTGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCATTCATGTATCAAGTGACAGTGATACCCACAGTAAGAGATTGTT  492

seq1  GGGGGGGTTTGGTTTGGTTTTGGATACAAGAGTATCGCTCTGTCATCTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGTTTGGTTTGGTTTTGGATACAAGAGTATCGCTCTGTCATCTGG  542

seq1  GCTAGCCTGGATCTCAAGGCAGTTCTCTTTCTGCTTCCCAAGGATTGGCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCTGGATCTCAAGGCAGTTCTCTTTCTGCTTCCCAAGGATTGGCA  592

seq1  TGCCAGGTCTCACCCACCAAGCCTACTACGATTGCTATGAGACAGGCTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGTCTCACCCACCAAGCCTACTACGATTGCTATGAGACAGGCTTA  642

seq1  TTTTTTTAATTAATTAATTTTATTGGATTTTTTGTTTGGTATTTATTTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAATTAATTAATTTTATTGGATTTTTTGTTTGGTATTTATTTCT  692

seq1  ACTTTTTGGTTTTCTGAGGCATGGTCCTCTATAGCCCAGGCTAGTCTTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTGGTTTTCTGAGGCATGGTCCTCTATAGCCCAGGCTAGTCTTGA  742

seq1  AGTAGCCAAGGATGACCTTGAACTCCTGACCCTGCCTCTACCTTCCAAGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCAAGGATGACCTTGAACTCCTGACCCTGCCTCTACCTTCCAAGC  792

seq1  CTTGGGATTATAGGTGTATGTCATCACACCTGTTTTCTGAAGTATTGGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGATTATAGGTGTATGTCATCACACCTGTTTTCTGAAGTATTGGGT  842

seq1  ATTGAACCAAAGGTTTTATGCATGACAGGCAGGCGTTCTACCAACTGACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACCAAAGGTTTTATGCATGACAGGCAGGCGTTCTACCAACTGACC  892

seq1  TGTATTTCCAACCTCCTCCATTTTTTTTTTAATTAAAGGTGTCATATTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCCAACCTCCTCCATTTTTTTTTTAATTAAAGGTGTCATATTCT  942

seq1  AGCTCAGGTCTGAACTCTAAGCAATCCTCCTGTTTCAGCTCCCTGAGTGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGGTCTGAACTCTAAGCAATCCTCCTGTTTCAGCTCCCTGAGTGC  992

seq1  TGGAGTGATAGGTGTGATTATGTGTCATGACATTTAAATGAGATAATTCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGATAGGTGTGATTATGTGTCATGACATTTAAATGAGATAATTCC  1042

seq1  TTTAAGCAAACAGCTCACATTAGATGGCCAGTAAACAAAAAAGGTAGGAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCAAACAGCTCACATTAGATGGCCAGTAAACAAAAAAGGTAGGAG  1092

seq1  GCCCCTATGAATTC  1112
      ||||||||||||||
seq2  GCCCCTATGAATTC  1106

seq1: chrX_39232258_39233413
seq2: B6Ng01-024H22.g_68_1201

seq1  GAATTCATATTAGCTAAGAACAAACTCTAAATACTCAGTGAGCCATTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTAGCTAAGAACAAACTCTAAATACTCAGTGAGCCATTTAA  50

seq1  TTAACTCACCAAATCCTGGGAATTAAAAGTAATAAACTGAAGTAACTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTCACCAAATCCTGGGAATTAAAAGTAATAAACTGAAGTAACTCCA  100

seq1  ACTTGGCAAACCCTTGAAGATAAGGCTTGCTTTAAAGGTAATATATGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCAAACCCTTGAAGATAAGGCTTGCTTTAAAGGTAATATATGTCT  150

seq1  AGCAATGTTATATGTTTGGACTCAAAATTACAGAAAGAACAAAACTGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTTATATGTTTGGACTCAAAATTACAGAAAGAACAAAACTGATG  200

seq1  GGGAAGCCATGCTCAGTTATTTAATCAATAGCTAAGATTAGACAAATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCCATGCTCAGTTATTTAATCAATAGCTAAGATTAGACAAATAAA  250

seq1  TTTTCAAAACATATTATTTGTAAATCCATGTTTTCCTCAGAGACACTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAACATATTATTTGTAAATCCATGTTTTCCTCAGAGACACTACC  300

seq1  TTTAATTGGAAATCAAAGAATTATTCCTTTTTGAGAAAAAAGTCTTATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGGAAATCAAAGAATTATTCCTTTTTGAGAAAAAAGTCTTATAT  350

seq1  GAATTCTTATATGAATTCTGGATAAATACAACACAAACTTTTTATCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATATGAATTCTGGATAAATACAACACAAACTTTTTATCCTCA  400

seq1  AAACCAATGTACTTTTAATGACTTTGACTAATCTTACTCATTTTAAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAATGTACTTTTAATGACTTTGACTAATCTTACTCATTTTAAAATT  450

seq1  AAGACTTAAAAGGGAACGTTTGAGATTCAGAGAAATCTCATTGAATGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTAAAAGGGAACGTTTGAGATTCAGAGAAATCTCATTGAATGACA  500

seq1  TGATGTAGTTACTATAATTGCAGAAATGCAGGCAAATGTGAGAAAACTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTAGTTACTATAATTGCAGAAATGCAGGCAAATGTGAGAAAACTTG  550

seq1  ACTTTTTTTTTACTTGAAATTAGCCCATTTAGCTCAAACTTACATAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTTTTACTTGAAATTAGCCCATTTAGCTCAAACTTACATAAATA  600

seq1  TACATTATCAATCAAAAAAGTATACTGTTAAATTAAATTATAAAATTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATCAATCAAAAAAGTATACTGTTAAATTAAATTATAAAATTTAT  650

seq1  AAAGTAATTATATTTGATTTACAAAACTATATTCTGTGTAAAGTTAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAATTATATTTGATTTACAAAACTATATTCTGTGTAAAGTTAAAAA  700

seq1  TGATTGAAGATTTGCAGAAAATCTGCACGTTTGTAAAAAAAAAAAAGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGAAGATTTGCAGAAAATCTGCACGTTTGTAAAAAAAAAAAAGCAT  750

seq1  TTAACCTGATCTTATCACAAAATTGTTACATGCAAAATAAACATTTCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTGATCTTATCACAAAATTGTTACATGCAAAATAAACATTTCCCA  800

seq1  CCTACCTAATATGCAGAACACGTCAGCAAGGAT-AGAAGGCATATCCTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCTACCTAATATGCAGAACACGTCAGCAAGGATAAGAAGGCATATCCTCA  850

seq1  CGGAATTCCTACATTAAAGATTTACAATCAGTTCCAGAATAGCACGGAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAATTCCTACATTAAAGATTTACAATCAGTTCCAGAATAGCACGGAAA  900

seq1  AAGTGTTATTATTTCAAAACAATTCTCATCAATCAAGTAGAAGTCAACTA  949
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTATTA-TTCAAAACAA-TCTCATCAATCAAGTAGAAGTCAACTA  948

seq1  AAGTCCAGCATGTCTACATTAGAATTCTCCAAGGTAAGGTTCATAAGTAT  999
      |||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||| ||||||||||
seq2  AAGTCCAGCATGTCTACA-TAGA--TCTC--AGGTAAGG-TCATAAGTAT  992

seq1  AAGAATGTCGATCAGTTAGAAGAAAGGACTTGGGCTGCATGTGTACAGGC  1049
      ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAG-ATGTCGATCAG-TAGAAGAAAGGAC-TGGGCTGCATGTGTACAGGC  1039

seq1  CTTTAATCCCAGTACAGACAGGCAGAGGCAGGCAGGCAAGCAGGCTTCTG  1099
        || ||||||||||| ||||||||| ||| ||| || |||| |||||||
seq2  --TTTATCCCAGTACAAACAGGCAGA-GCA-GCATGC-AGCA-GCTTCTG  1083

seq1  TCAGTCATGTCTGCAGTATGTCAGTATGTCTGCAAACCCCTTGTTAGCCA  1149
      |||||||||  |||| ||||||| |||||| || |||||| |||||||  
seq2  TCAGTCATGCTTGCA-TATGTCA-TATGTC-GCCAACCCC-TGTTAGC--  1127

seq1  GGGCTAC  1156
       ||||||
seq2  AGGCTAC  1134