BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051F02
ChromosomeX (Build37)
Map Location 140,882,379 - 141,011,625
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrpc5, LOC100039436
Upstream genePak3, Capn6, Dcx, LOC666628, LOC666633, LOC100039378, LOC100039243, Alg13, LOC100039407
Downstream geneZcchc16, LOC666655, LOC623591, Lhfpl1, Amot
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051F02.bB6Ng01-051F02.g
ACCDH874996DH874997
length1,1521,065
definitionDH874996|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051F02, 5' end.DH874997|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051F02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,882,379 - 140,883,526)(141,010,556 - 141,011,625)
sequence
gaattctatgtagctaagttgggatgttatacaggttagctgtattaaag
gcagttttgacttatattttgaactggccatggatctgttagaacaacct
atcctaagtggagaggaatctgtattgaacctttagcctcacctgagctc
tgatttgtggtggaactgaaaacaagcctttgagtttgagcctgtatttg
tggaacagtggtgttgcctgccttataggactgatgtcaactagacagat
catgggtgagaagtactttgcagtgttctcaacattgggcaggtggctag
gtgtctttgattacatgacagaataatacaagctacaggagtatagaatg
cttctaatgataacattgcaaagttaggggcatagtctttactttataat
cagacggagagaccctgggattcaaatggcagccattttgcaggatgccc
ataggaaagttacttaatgtctctggcactctgtttccctgtctgcaaaa
tgaggattataaagtaacctgtatcgtagtgtcattataaggactaagag
agttgattaagttgtcagacaactaagaaacatgtgtttttaaaatcatg
gattattatgagggttaaatgagctcttcattcaagaaagggtagctact
ttcatcattattggttttatacaatatatggagagttgttgctccctgtg
tatatagtactgtgatgatgcgatgtatgattcagtgcagtcatgcttag
acaaaatttgaatgcatcatgcttgcctccattgtcagtcgctctgcaca
ttctcctgatgtgatgtgtcctgttatgctaattattggctttaaactct
ggaggggcgattgatggtggtggcaagagggagaaagatggtgaggtaca
agagagctattgtattgaaaagtacatacaattggagtcagcacactcct
tattgtagtcagatccaatgaaaaacctctacaatcgaattctggagagg
aaaactagattgttatgcagctgcatcatagaggatgaagggcagttggt
agataacagagaaaaagttttttgttggtgggagtctggcgagttaggga
ccgatgaaaggaagggctggcacacctgtggatctccttgggcgctgctt
tg
gaattccaggtggacacttctatgcccaacacaaagtattttcttagagt
acaaagcagtaatatacaagagtcacaactgaccataccaacactaccct
tagtacactcattctcttgattaatatcacaaattgccgatatataagtt
gagattttcaatgctgaacttcccaagctaagaacagcaaacagaatgat
gataaattctgagttaggaaatcagcccagggagtcactaggctgattga
tctcttcttattttcagaaataaagtatgtggattatttatcagataaaa
tgaaattttagtgttccttttgggctcttatatatgagaaaaatgggctt
ggtatttataagctttttaaaaaaatctttatggtgcctagaaaagaaaa
tttctgtctatgactaaggtggcagctaaactcatttaaaagaaaaaggc
aaagggatgaagagggagtgggagagaaaggaaaaaaagcctatacacct
gtttatttgatggatgtacctagtagtgatagattgccaccaggttctta
gaaaattatgcacaggggccctgaagggtttttctttatcaaattgattt
atcaatcacctttgctcaagtgcagactgcaccgcccacattgctataac
gttttcactctaaatggagaggagaactgaggttgaagaaggattacatg
aacatctggaccatgacaaaccactgccctgggccactttacccacccgt
ttgatttacagtctttcttcatgaaatctgatggtaggaaaagaagatta
atatcatttaaagcagtataacattaggatgaaaagagctagttgtgtat
actatgataatgaagccttcttaaagaggtgctagatacagggtcataga
aaaagggagagtgtttcaaatgctgtatagccaccagggatagagataca
atgagtatagcaataaaatgagtattgatgggaaaggcatttcagtatga
gagtctcttattggcattgcatgctgaccaaaagagatagatacccttcc
caccaataaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_140882379_140883526
seq2: B6Ng01-051F02.b_45_1196

seq1  GAATTCTATGTAGCTAAGTTGGGATGTTATACAGGTTAGCTGTATTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGTAGCTAAGTTGGGATGTTATACAGGTTAGCTGTATTAAAG  50

seq1  GCAGTTTTGACTTATATTTTGAACTGGCCATGGATCTGTTAGAACAACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTTGACTTATATTTTGAACTGGCCATGGATCTGTTAGAACAACCT  100

seq1  ATCCTAAGTGGAGAGGAATCTGTATTGAACCTTTAGCCTCACCTGAGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAAGTGGAGAGGAATCTGTATTGAACCTTTAGCCTCACCTGAGCTC  150

seq1  TGATTTGTGGTGGAACTGAAAACAAGCCTTTGAGTTTGAGCCTGTATTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGTGGTGGAACTGAAAACAAGCCTTTGAGTTTGAGCCTGTATTTG  200

seq1  TGGAACAGTGGTGTTGCCTGCCTTATAGGACTGATGTCAACTAGACAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAGTGGTGTTGCCTGCCTTATAGGACTGATGTCAACTAGACAGAT  250

seq1  CATGGGTGAGAAGTACTTTGCAGTGTTCTCAACATTGGGCAGGTGGCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTGAGAAGTACTTTGCAGTGTTCTCAACATTGGGCAGGTGGCTAG  300

seq1  GTGTCTTTGATTACATGACAGAATAATACAAGCTACAGGAGTATAGAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTTGATTACATGACAGAATAATACAAGCTACAGGAGTATAGAATG  350

seq1  CTTCTAATGATAACATTGCAAAGTTAGGGGCATAGTCTTTACTTTATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAATGATAACATTGCAAAGTTAGGGGCATAGTCTTTACTTTATAAT  400

seq1  CAGACGGAGAGACCCTGGGATTCAAATGGCAGCCATTTTGCAGGATGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGGAGAGACCCTGGGATTCAAATGGCAGCCATTTTGCAGGATGCCC  450

seq1  ATAGGAAAGTTACTTAATGTCTCTGGCACTCTGTTTCCCTGTCTGCAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAAGTTACTTAATGTCTCTGGCACTCTGTTTCCCTGTCTGCAAAA  500

seq1  TGAGGATTATAAAGTAACCTGTATCGTAGTGTCATTATAAGGACTAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATTATAAAGTAACCTGTATCGTAGTGTCATTATAAGGACTAAGAG  550

seq1  AGTTGATTAAGTTGTCAGACAACTAAGAAACATGTGTTTTTAAAATCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATTAAGTTGTCAGACAACTAAGAAACATGTGTTTTTAAAATCATG  600

seq1  GATTATTATGAGGGTTAAATGAGCTCTTCATTCAAGAAAGGGTAGCTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTATGAGGGTTAAATGAGCTCTTCATTCAAGAAAGGGTAGCTACT  650

seq1  TTCATCATTATTGGTTTTATACAATATATGGAGAGTTGTTGCTCCCTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCATTATTGGTTTTATACAATATATGGAGAGTTGTTGCTCCCTGTG  700

seq1  TATATAGTACTGTGATGATGCGATGTATGATTCAGTGCAGTCATGCTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGTACTGTGATGATGCGATGTATGATTCAGTGCAGTCATGCTTAG  750

seq1  ACAAAATTTGAATGCATCATGCTTGCCTCCATTGTCAGTCGCTCTGCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTTGAATGCATCATGCTTGCCTCCATTGTCAGTCGCTCTGCACA  800

seq1  TTCTCCTGATGTGATGTGTCCTGTTATGCTAATTATTGGCTTTAAACTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGATGTGATGTGTCCTGTTATGCTAATTATTGGCTTTAAACTCT  850

seq1  GGAGGGGCGATTGATGGTGGTGGCAAGAGGGAGAAAAGATGGTGAGGTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGCGATTGATGGTGGTGGCAAGAGGGAG-AAAGATGGTGAGGTAC  899

seq1  AAGAGAGCTATTGTATTGAAAAAGTACATACAATTGGAGTCAGCACACTC  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGCTATTGTATTG-AAAAGTACATACAATTGGAGTCAGCACACTC  948

seq1  CTTATTGTAGTCAGATCCAATGAAAAACCTCTAACAATCGAATTCTGGAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTTATTGTAGTCAGATCCAATGAAAAACCTCT-ACAATCGAATTCTGGAG  997

seq1  AGGAAAACTAGATTGTTATGCAAGCTGCATCATAGAGGATGAAGGGCAGT  1050
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGAAAACTAGATTGTTATGC-AGCTGCATCATAGAGGATGAAGGGCAG-  1045

seq1  TTGGTAGATAACAGAGAAAA--GTTTTTGTT-GTGGGAGTCTGGCGAGTT  1097
      ||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAGATAACAGAGAAAAAGTTTTTTGTTGGTGGGAGTCTGGCGAGTT  1095

seq1  A-GGACAGTAGAAAGG-ATGGCTGACA-AGCTGTGGAATCT-CTTG---G  1140
      | |||| |  |||||| | ||||| || | |||||| |||| ||||   |
seq2  AGGGACCGATGAAAGGAAGGGCTGGCACACCTGTGG-ATCTCCTTGGGCG  1144

seq1  CTGCTTTG  1148
      ||||||||
seq2  CTGCTTTG  1152

seq1: chrX_141010556_141011625
seq2: B6Ng01-051F02.g_67_1131 (reverse)

seq1  TTTTTTTTTTTGGTGGGAAGGGTATCTATCTCTTTTTGGTCAGCAATGCA  50
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TTTTTTTTATTGGTGGGAAGGGTATCTATCTC-TTTTGGTCAGC-ATGCA  48

seq1  ATGCC-ATTAGAGACTTCTCATACTGAAAATGGCTTTTCCCATCAATACT  99
      ||||| || |||||| |||||||||||||   || |||||||||||||||
seq2  ATGCCAATAAGAGAC-TCTCATACTGAAA--TGCCTTTCCCATCAATACT  95

seq1  CATTTTATTTGCTATACTCATTTGTATCTCTATCCCTGGTGGCTATACAG  149
      ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTA-TTGCTATACTCA-TTGTATCTCTATCCCTGGTGGCTATACAG  143

seq1  CATTTGAAACACTCTCCCTTTTTCTATGACCCTGTATCTAGCACCTCTTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAAACACTCTCCCTTTTTCTATGACCCTGTATCTAGCACCTCTTT  193

seq1  AAGAAGGCTTCATTATCATAGTATACACAACTAGCTCTTTTCATCCTAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGCTTCATTATCATAGTATACACAACTAGCTCTTTTCATCCTAAT  243

seq1  GTTATACTGCTTTAAATGATATTAATCTTCTTTTCCTACCATCAGATTTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATACTGCTTTAAATGATATTAATCTTCTTTTCCTACCATCAGATTTC  293

seq1  ATGAAG-AAGACTGTAAATCAAACGGGTGGGTAAAGTGGCCCAGGGCAGT  348
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAAGACTGTAAATCAAACGGGTGGGTAAAGTGGCCCAGGGCAGT  343

seq1  GGTTTGTCATGGTCCAGATGTTCATGTAATCCTTCTTCAACCTCAGTTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTCATGGTCCAGATGTTCATGTAATCCTTCTTCAACCTCAGTTCT  393

seq1  CCTCTCCATTTAGAGTGAAAACGTTATAGCAATGTGGGCGGTGCAGTCTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCATTTAGAGTGAAAACGTTATAGCAATGTGGGCGGTGCAGTCTG  443

seq1  CACTTGAGCAAAGGTGATTGATAAATCAATTTGATAAAGAAAAACCCTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAGCAAAGGTGATTGATAAATCAATTTGATAAAGAAAAACCCTTC  493

seq1  AGGGCCCCTGTGCATAATTTTCTAAGAACCTGGTGGCAATCTATCACTAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCCCTGTGCATAATTTTCTAAGAACCTGGTGGCAATCTATCACTAC  543

seq1  TAGGTACATCCATCAAATAAACAGGTGTATAGGCTTTTTTTCCTTTCTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACATCCATCAAATAAACAGGTGTATAGGCTTTTTTTCCTTTCTCT  593

seq1  CCCACTCCCTCTTCATCCCTTTGCCTTTTTCTTTTAAATGAGTTTAGCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCCCTCTTCATCCCTTTGCCTTTTTCTTTTAAATGAGTTTAGCTG  643

seq1  CCACCTTAGTCATAGACAGAAATTTTCTTTTCTAGGCACCATAAAGATTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTAGTCATAGACAGAAATTTTCTTTTCTAGGCACCATAAAGATTT  693

seq1  TTTTAAAAAGCTTATAAATACCAAGCCCATTTTTCTCATATATAAGAGCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAGCTTATAAATACCAAGCCCATTTTTCTCATATATAAGAGCC  743

seq1  CAAAAGGAACACTAAAATTTCATTTTATCTGATAAATAATCCACATACTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGAACACTAAAATTTCATTTTATCTGATAAATAATCCACATACTT  793

seq1  TATTTCTGAAAATAAGAAGAGATCAATCAGCCTAGTGACTCCCTGGGCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGAAAATAAGAAGAGATCAATCAGCCTAGTGACTCCCTGGGCTG  843

seq1  ATTTCCTAACTCAGAATTTATCATCATTCTGTTTGCTGTTCTTAGCTTGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTAACTCAGAATTTATCATCATTCTGTTTGCTGTTCTTAGCTTGG  893

seq1  GAAGTTCAGCATTGAAAATCTCAACTTATATATCGGCAATTTGTGATATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCAGCATTGAAAATCTCAACTTATATATCGGCAATTTGTGATATT  943

seq1  AATCAAGAGAATGAGTGTACTAAGGGTAGTGTTGGTATGGTCAGTTGTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGAGAATGAGTGTACTAAGGGTAGTGTTGGTATGGTCAGTTGTGA  993

seq1  CTCTTGTATATTACTGCTTTGTACTCTAAGAAAATACTTTGTGTTGGGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTATATTACTGCTTTGTACTCTAAGAAAATACTTTGTGTTGGGCA  1043

seq1  TAGAAGTGTCCACCTGGAATTC  1070
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTGTCCACCTGGAATTC  1065