BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052I08
ChromosomeX (Build37)
Map Location 65,850,183 - 65,983,418
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC434788, Fmr1
Upstream geneGm1140, LOC666842, LOC619873, 4933436I01Rik, LOC100040194, EG236844, LOC385372, LOC627888
Downstream geneFmr1nb, LOC100040244, EG627927, LOC666882, LOC671950, LOC100040255, Aff2, EG666577
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052I08.bB6Ng01-052I08.g
ACCDH875851DH875852
length1,1281,083
definitionDH875851|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052I08, 5' end.DH875852|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052I08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,850,183 - 65,851,326)(65,982,331 - 65,983,418)
sequence
gaattctgatctggcaatcctccgattacatcctttcgcagaaacgaagg
ccccatgaaacagagtatatatttccctgtggatcaccaccaactcttta
aatggcaatttttgcaagaatcccaagaattcttcagcctgattccacat
catattcaggcatctccttgagatctttcttcctggaacaggccataact
taactcttgtaaatccccacaaatgaggtttcaacaaagcaccaccattt
ggaatgggcttgattacacagcctagagagtggacatgctttttcatgag
attcctcctgatatagaggtaagctagaatgagaagaatgcctaacccct
ctttttaatgcacagcttttagcagcgtaaaaattctgaattggatccca
gcattcaaaactgttataaaggtgtttttgtcaaagcagaaaggtaacac
ttaatagtctgttactatgatttataactgttaaatatttagaggaaatg
atatgcagagttcacaaagttctcttgtgctctgcaaagggtatgaatgt
gctggttagtttttgtcagttgacacaaactagcgttcactgtgaggaga
aacctcatgtaaggaattgtcaccatcatattggctagtgggcatatcta
tgaggatattttctcagttgctgattgatatttgaagacccagcccactg
tggacttttctatccctggtcaaatgggcctgatcaagttagctaagcaa
gccaggggaaggataccagtaaactgcattcctcaatctatctgcttcag
tgttctgcctccaggtttctgctttaaacacttaccctgacttccctcag
tgatagaatgtgacatggaagtgtaaatgaagtaacccctttcctatccc
aagctgcttttggtcaatgttttataacagcacagaaagcaaactagact
ctctcatgctgagcataagtgtctttccaaaaccatatgtacacataatt
taattttaattcaacacattattcctcaattgtttttcagttgaactatc
ttcagcaatgaatctagtctcttttattgggatgtgggaatatcgggagt
acttgttatgaatcactcaatgcagact
gaattccattgtcatgtagtaccacttaaggaaactgcagtgcatgccaa
aggtagtcagagtctttatgagtgctgatcaggaagggtggggattgcaa
ccccttagtagagagtagatccaaagcaggcaaaatctactatgtctcca
tgtaaggagaaggagcctctaaattaatctactaacataagccagtaatg
aattttctgctgtgtgatattcaatctgaaatacatgcttgtgaactttt
caaggagcacaggctctagaattatcaatggcttatttgtatgtgaggaa
aaaaaaaagcttttgtggtgattttgttactatgggagaactgaacatat
atcgactgggtaggtagatatcatcatgaataggatggatggcacacagg
ttcacttaactttctaattccaggtattttactgcttttagaatgtcatc
tttgctacatgattagtatagagatgtttcttgatttagcttgtggaaga
ggtttccaaagggagtatggcatacatttgattaatagtctcattctggg
tggcctgctcaaaaagggatgctgttagcagttcataattctatagaaaa
gtagattgtgttcatcaaaaagcagactgctttattgctcaaagcactac
ctgaagttccatctcttgtgcagagtgggttatgctatgaatttctaaca
tgtattatcattccatcatggaggatggaatagtagtatttttcatcatg
gaggaaggccatctcatatggtaagcagacttcttcatatggtatccagt
ctcaaatttgaaagtcctgttgagcctgtatgtagctcaggcaaagcagc
aattaaactaacatagtagacactgcatggaccttcacttgtccttgcag
ttgcattgtctgcaaggatgcatcctttctatcacatgtcttcatctgtc
ctatattcatttctcagttacaaactctctagcttgatttctattgctgt
ataagtaccgtgaccaaaaacaaccttgggaaggaaatgtctaatttgac
ttacatgctcgaatctatactctattatgaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_65850183_65851326
seq2: B6Ng01-052I08.b_42_1169

seq1  GAATTCTGATCTGGCAATCCTCCGATTACATCCTTTCGCAGAAACGAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGATCTGGCAATCCTCCGATTACATCCTTTCGCAGAAACGAAGG  50

seq1  CCCCATGAAACAGAGTATATATTTCCCTGTGGATCACCACCAACTCTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGAAACAGAGTATATATTTCCCTGTGGATCACCACCAACTCTTTA  100

seq1  AATGGCAATTTTTGCAAGAATCCCAAGAATTCTTCAGCCTGATTCCACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCAATTTTTGCAAGAATCCCAAGAATTCTTCAGCCTGATTCCACAT  150

seq1  CATATTCAGGCATCTCCTTGAGATCTTTCTTCCTGGAACAGGCCATAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTCAGGCATCTCCTTGAGATCTTTCTTCCTGGAACAGGCCATAACT  200

seq1  TAACTCTTGTAAATCCCCACAAATGAGGTTTCAACAAAGCACCACCATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTTGTAAATCCCCACAAATGAGGTTTCAACAAAGCACCACCATTT  250

seq1  GGAATGGGCTTGATTACACAGCCTAGAGAGTGGACATGCTTTTTCATGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGGCTTGATTACACAGCCTAGAGAGTGGACATGCTTTTTCATGAG  300

seq1  ATTCCTCCTGATATAGAGGTAAGCTAGAATGAGAAGAATGCCTAACCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCCTGATATAGAGGTAAGCTAGAATGAGAAGAATGCCTAACCCCT  350

seq1  CTTTTTAATGCACAGCTTTTAGCAGCGTAAAAATTCTGAATTGGATCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTAATGCACAGCTTTTAGCAGCGTAAAAATTCTGAATTGGATCCCA  400

seq1  GCATTCAAAACTGTTATAAAGGTGTTTTTGTCAAAGCAGAAAGGTAACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCAAAACTGTTATAAAGGTGTTTTTGTCAAAGCAGAAAGGTAACAC  450

seq1  TTAATAGTCTGTTACTATGATTTATAACTGTTAAATATTTAGAGGAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGTCTGTTACTATGATTTATAACTGTTAAATATTTAGAGGAAATG  500

seq1  ATATGCAGAGTTCACAAAGTTCTCTTGTGCTCTGCAAAGGGTATGAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCAGAGTTCACAAAGTTCTCTTGTGCTCTGCAAAGGGTATGAATGT  550

seq1  GCTGGTTAGTTTTTGTCAGTTGACACAAACTAGCGTTCACTGTGAGGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTAGTTTTTGTCAGTTGACACAAACTAGCGTTCACTGTGAGGAGA  600

seq1  AACCTCATGTAAGGAATTGTCACCATCATATTGGCTAGTGGGCATATCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCATGTAAGGAATTGTCACCATCATATTGGCTAGTGGGCATATCTA  650

seq1  TGAGGATATTTTCTCAGTTGCTGATTGATATTTGAAGACCCAGCCCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATATTTTCTCAGTTGCTGATTGATATTTGAAGACCCAGCCCACTG  700

seq1  TGGACTTTTCTATCCCTGGTCAAATGGGCCTGATCAAGTTAGCTAAGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTTTCTATCCCTGGTCAAATGGGCCTGATCAAGTTAGCTAAGCAA  750

seq1  GCCAGGGGAAGGATACCAGTAAACTGCATTCCTCAATCTATCTGCTTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGGAAGGATACCAGTAAACTGCATTCCTCAATCTATCTGCTTCAG  800

seq1  TGTTCTGCCTCCAGGTTTCTGCTTTAAACACTTACCCTGACTTCCCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGCCTCCAGGTTTCTGCTTTAAACACTTACCCTGACTTCCCTCAG  850

seq1  TGATAGAATGTGACATGGAAGTGTAAATGAAGTAACCCCTTTCCTATCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGAATGTGACATGGAAGTGTAAATGAAGTAACCCCTTTCCTATCCC  900

seq1  AAGCTGCTTTTGGTCAATGTTTTATAACAGCAACAGAAAAGCAAACTAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| 
seq2  AAGCTGCTTTTGGTCAATGTTTTATAACAGC-ACAG-AAAGCAAACTAG-  947

seq1  ACTCTCTCATGCTGAGCATAAGTGTCTTTCCAAAAACCATATGTACACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTCATGCTGAGCATAAGTGTCTTTCC-AAAACCATATGTACACAT  996

seq1  AATTTTAATTTTAATTCCAAACACATTATTTCCTCAATTGTTTTTCAGTT  1050
      || ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||  
seq2  AA-TTTAATTTTAATTC--AACACATTA-TTCCTCAATTGTTTTTCAG--  1040

seq1  TTGAACTTATCTTCAGCAACATGAAATCTAGGTCTCTATTA-TGGGATGT  1099
      |||||| |||||||||||  ||| |||||| |||||| ||| ||||||||
seq2  TTGAAC-TATCTTCAGCA--ATG-AATCTA-GTCTCTTTTATTGGGATGT  1085

seq1  GTGAATATTGGAAGTACTTGTTATGAAATCACTCAATGCAAGACT  1144
      | |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  GGGAATATCGGGAGTACTTGTTATG-AATCACTCAATGC-AGACT  1128

seq1: chrX_65982331_65983418
seq2: B6Ng01-052I08.g_66_1148 (reverse)

seq1  CCTTCATAATAGAGTAT-GATTTGAACATGTAAGTCAAATTAGACATTTC  49
      ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATAATAGAGTATAGATTCGAGCATGTAAGTCAAATTAGACATTTC  50

seq1  CTTCCCAA-GTTGTTTTTGGTCACGGTACTTATCACAGCAATAGAAATCA  98
      |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTTCCCAAGGTTGTTTTTGGTCACGGTACTTAT-ACAGCAATAGAAATCA  99

seq1  AGCTAGAAGAGTTTGTAACTGAGAAATGAAATATAGTGACCAGATGAAGA  148
      |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||
seq2  AGCTAG-AGAGTTTGTAACTGAGAAATG-AATATAG-GA-CAGATGAAGA  145

seq1  CATGTGAATAGAAAGGATGCATCCTTGCAGACAATGCAACTGCAAGGACA  198
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTG-ATAGAAAGGATGCATCCTTGCAGACAATGCAACTGCAAGGACA  194

seq1  AGTGAAGGTCCATGCAGTGTCTACTATGTTAGTTTAATTGCCTGCTTTGC  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTGAAGGTCCATGCAGTGTCTACTATGTTAGTTTAATTG-CTGCTTTGC  243

seq1  CTGAGCTACATACAGGCTCAACAGGACTTTCAAATTTGAGACTGGATACC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTACATACAGGCTCAACAGGACTTTCAAATTTGAGACTGGATACC  293

seq1  ATATGAAGAAGTCTGCTTACCATATGAGATGGCCTTCCTCCATGATGAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAGAAGTCTGCTTACCATATGAGATGGCCTTCCTCCATGATGAAA  343

seq1  AATACTACTATTCCATCCTCCATGATGGAATGATAATACATGTTAGAAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTACTATTCCATCCTCCATGATGGAATGATAATACATGTTAGAAAT  393

seq1  TCATAGCATAACCCACTCTGCACAAGAGATGGAACTTCAGGTAGTGCTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCATAACCCACTCTGCACAAGAGATGGAACTTCAGGTAGTGCTTT  443

seq1  GAGCAATAAAGCAGTCTGCTTTTTGATGAACACAATCTACTTTTCTATAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATAAAGCAGTCTGCTTTTTGATGAACACAATCTACTTTTCTATAG  493

seq1  AATTATGAACTGCTAACAGCATCCCTTTTTGAGCAGGCCACCCAGAATGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGAACTGCTAACAGCATCCCTTTTTGAGCAGGCCACCCAGAATGA  543

seq1  GACTATTAATCAAATGTATGCCATACTCCCTTTGGAAACCTCTTCCACAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATTAATCAAATGTATGCCATACTCCCTTTGGAAACCTCTTCCACAA  593

seq1  GCTAAATCAAGAAACATCTCTATACTAATCATGTAGCAAAGATGACATTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATCAAGAAACATCTCTATACTAATCATGTAGCAAAGATGACATTC  643

seq1  TAAAAGCAGTAAAATACCTGGAATTAGAAAGTTAAGTGAACCTGTGTGCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCAGTAAAATACCTGGAATTAGAAAGTTAAGTGAACCTGTGTGCC  693

seq1  ATCCATCCTATTCATGATGATATCTACCTACCCAGTCGATATATGTTCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCCTATTCATGATGATATCTACCTACCCAGTCGATATATGTTCAG  743

seq1  TTCTCCCATAGTAACAAAATCACCACAAAAGCTTTTTTTTTTCCTCACAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCATAGTAACAAAATCACCACAAAAGCTTTTTTTTTTCCTCACAT  793

seq1  ACAAATAAGCCATTGATAATTCTAGAGCCTGTGCTCCTTGAAAAGTTCAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAAGCCATTGATAATTCTAGAGCCTGTGCTCCTTGAAAAGTTCAC  843

seq1  AAGCATGTATTTCAGATTGAATATCACACAGCAGAAAATTCATTACTGGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTATTTCAGATTGAATATCACACAGCAGAAAATTCATTACTGGC  893

seq1  TTATGTTAGTAGATTAATTTAGAGGCTCCTTCTCCTTACATGGAGACATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTAGTAGATTAATTTAGAGGCTCCTTCTCCTTACATGGAGACATA  943

seq1  GTAGATTTTGCCTGCTTTGGATCTACTCTCTACTAAGGGGTTGCAATCCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTTTGCCTGCTTTGGATCTACTCTCTACTAAGGGGTTGCAATCCC  993

seq1  CACCCTTCCTGATCAGCACTCATAAAGACTCTGACTACCTTTGGCATGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTCCTGATCAGCACTCATAAAGACTCTGACTACCTTTGGCATGCA  1043

seq1  CTGCAGTTTCCTTAAGTGGTACTACATGACAATGGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTTTCCTTAAGTGGTACTACATGACAATGGAATTC  1083