BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052K18
ChromosomeX (Build37)
Map Location 165,897,421 - 166,003,480
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFrmpd4, EG637566, Msl31, Arhgap6, Amelx, Hccs, LOC100040950, BC022960
Downstream geneMid1, 4933400A11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052K18.bB6Ng01-052K18.g
ACCDH875953DH875954
length1,1461,104
definitionDH875953|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052K18, 5' end.DH875954|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052K18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(165,897,421 - 165,898,610)(166,002,380 - 166,003,480)
sequence
gaattccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtctcgaaaagaa
accaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaccaaaacaaaacaa
gacaaaaaacaaaaaaaccttctcatcagtaacatttatataacaaaata
attgctggcagcaaatgtgactaaccctatataaatggctaaacaatcat
aaccctgaaataattcctatcacttgattgaatttataccctctgaaaag
agcacttttgaaaaaaaatataatatgcatccctttttagtgtatagctt
ggggaactgtagtattatatataatccattacaactcccgtttacaaatt
tatcttgtgacctttgaaaatgaatcacatctctctggctccagactact
gttggacctcttaatacaattaaagttttgccatttctacaatttcacaa
taataaaacaatggcgctttaagctttaaaggttttaacttatttcttcc
atgaggaaagcaaacagtggttgaaacctaagacacagatttcagttgtt
tccttttccatttaaggccaagcgcctcacccacccccacaaaaaaagta
aagaactttgattacttaagagcagaagatagccagtagagacctgtgtt
atcagggatctcataaactctacttaaaggccgtaaatagatgcatcctc
accaactgttgaataccagccctctttcaaggctgagatagatttgaaga
taactttttatattttcttttaaacctgataagaggataccagcaggaca
gggaaaagataagaagagtcattcatcacagaaaactgcaggacacattc
tttcattgatttgtattctaaacatatgctgttgtaaaattaacatcctg
gacacattctcttaaaggatgcaatgccctaagaccacccagtgctatta
tttcatgtttaatttctgtacataagtaattatgtgggactataatggaa
gagaaatgatgctaggtagtatattgtgacactctaacttaagaaattta
gtaataagccactacgcagctagtccatgatactgcataatcgtgtactg
agtatctaaagtgtaaatcatgtaaatgataaagcacatgtgcatt
gaattctgaaacagagactcaaaagtcaaggtcaggagagccagaatcag
gaccgaagttcaaaaatgatcatgggtgagtcagtcagccctgttcatag
ctgttctcatcatacatgaatgagttcatggcaaagaaaataaatcttta
aagtgcctagcattcttcattcaatgtcaagatactactgaccaattgat
tcctggtgatgtctgtctaacttcatgtcttgcagatggccaactttgta
ctatggcctcacatagtctggagggtgggaaggaaaaaggaagaaagaga
gtaagcttgagtatgtatgtgtgtgctttgttttgctttttatcttttct
tataacagcactcatcctaacatgaggaccccaccttatgacctcatctt
agataatcacctcttaagagcttactaaaaaacataacatggaggttaag
actacaacatgtaaattttataaagaaccaaagacttactcctaaacatc
caattgtcgagagaccacaagcatctcacaggaaaaagggggtgggttcc
aataaggaaagagtgactgaacaacttctacctctctacttagtacttct
tattcctctttatgcatatagtatcttcagtgagcccctctctgagacag
ggggcaagttatgaggagagcacagatttccatgtattaagaacagattt
tgtacaggcatttcataacttcaatttcatctggccagcatctctttttg
tgagcctctcttctgtttactgaagagagacattggagcttccactggta
taataattcacatgctcaggtcaaatgttttagcaagggctaggcctagt
tttcttcatgataaaatcacatacttgtaaaattcaatgttctgaagcat
atacttcagtggttttttatatagtcagcaaattggtatgaccatatcta
ctgtcaaataatggaacatttacattacccttgatagaatcccataccta
cccacttatcagtcacaccaatcagcttatacctaaagtgatttcagaat
actaatatgctttctgcattcattggaaatttttgagggatgttttacat
caat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_165897421_165898610
seq2: B6Ng01-052K18.b_44_1189

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAGAA  50

seq1  ACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAACAAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAACAAAACAA  100

seq1  GACAAAAAACAAAAAAACCTTCTCATCAGTAACATTTATATAACAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAAAACAAAAAAACCTTCTCATCAGTAACATTTATATAACAAAATA  150

seq1  ATTGCTGGCAGCAAATGTGACTAACCCTATATAAATGGCTAAACAATCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGGCAGCAAATGTGACTAACCCTATATAAATGGCTAAACAATCAT  200

seq1  AACCCTGAAATAATTCCTATCACTTGATTGAATTTATACCCTCTGAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGAAATAATTCCTATCACTTGATTGAATTTATACCCTCTGAAAAG  250

seq1  AGCACTTTTGAAAAAAAATATAATATGCATCCCTTTTTAGTGTATAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTTTGAAAAAAAATATAATATGCATCCCTTTTTAGTGTATAGCTT  300

seq1  GGGGAACTGTAGTATTATATATAATCCATTACAACTCCCGTTTACAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAACTGTAGTATTATATATAATCCATTACAACTCCCGTTTACAAATT  350

seq1  TATCTTGTGACCTTTGAAAATGAATCACATCTCTCTGGCTCCAGACTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGTGACCTTTGAAAATGAATCACATCTCTCTGGCTCCAGACTACT  400

seq1  GTTGGACCTCTTAATACAATTAAAGTTTTGCCATTTCTACAATTTCACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACCTCTTAATACAATTAAAGTTTTGCCATTTCTACAATTTCACAA  450

seq1  TAATAAAACAATGGCGCTTTAAGCTTTAAAGGTTTTAACTTATTTCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAACAATGGCGCTTTAAGCTTTAAAGGTTTTAACTTATTTCTTCC  500

seq1  ATGAGGAAAGCAAACAGTGGTTGAAACCTAAGACACAGATTTCAGTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAAAGCAAACAGTGGTTGAAACCTAAGACACAGATTTCAGTTGTT  550

seq1  TCCTTTTCCATTTAAGGCCAAGCGCCTCACCCACCCCCACAAAAAAAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCCATTTAAGGCCAAGCGCCTCACCCACCCCCACAAAAAAAGTA  600

seq1  AAGAACTTTGATTACTTAAGAGCAGAAGATAGCCAGTAGAGACCTGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTTTGATTACTTAAGAGCAGAAGATAGCCAGTAGAGACCTGTGTT  650

seq1  ATCAGGGATCTCATAAACTCTACTTAAAGGCCGTAAATAGATGCATCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGATCTCATAAACTCTACTTAAAGGCCGTAAATAGATGCATCCTC  700

seq1  ACCAACTGTTGAATACCAGCCCTCTTTCAAGGCTGAGATAGATTTGAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTGTTGAATACCAGCCCTCTTTCAAGGCTGAGATAGATTTGAAGA  750

seq1  TAACTTTTTATA-TTTCCTTTAAACCTGATAAGAGGATACCAGCAGGACA  799
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTTTATATTTTCTTTTAAACCTGATAAGAGGATACCAGCAGGACA  800

seq1  GGGAAAAGATAAGAAGAGTCATTCATCACAGAAAACTGCAGGACACATTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAGATAAGAAGAGTCATTCATCACAGAAAACTGCAGGACACATTC  850

seq1  TTTCATTGATTTGTATTCTAAACATATGCTGTTGTAAAATTAACATCCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTGATTTGTATTCTAAACATATGCTGTTGTAAAATTAACATCCTG  900

seq1  GACACATTCTCCTTAAAGGATGCAATGCCCCTAAGACCACCCAAGTGCTA  949
      |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  GACACATTCT-CTTAAAGGATGCAATG-CCCTAAGACCACCC-AGTGCTA  947

seq1  TTATTTTCATGTTTAATTTCTGTACATTAGTAATTTATGTTGGGACATAT  999
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||
seq2  TTA-TTTCATGTTTAATTTCTGTACATAAGTAA-TTATG-TGGGAC-TAT  993

seq1  AATTGGAAGAGAAATGATGCTAGGTTAAGTATAATTGTGACAACTCTAAA  1049
      || ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| ||
seq2  AA-TGGAAGAGAAATGATGCTAGGT--AGTAT-ATTGTGAC-ACTCT-AA  1037

seq1  CTTAAAGACATTTTAGTAAAATTATAGCCCAACTTAACGCAGCTAGTCCC  1099
      ||| |||| | |||||||| |    ||||  |||  ||||||||||| ||
seq2  CTT-AAGA-AATTTAGTAATA----AGCC--ACT--ACGCAGCTAGT-CC  1076

seq1  ATGATTATCTGCATAAAATCCTGTGTACTGTAGGTTATTCTAAAGTGTAG  1149
      |||||   ||||||  ||||  |||||||| ||  || ||||||||||| 
seq2  ATGAT--ACTGCAT--AATC--GTGTACTG-AG--TA-TCTAAAGTGTAA  1116

seq1  ATACAATGTTAAATATTGAATAAAAAGCACACATGTGCATT  1190
      ||   |||| ||  ||       ||||  ||||||||||||
seq2  AT--CATGTAAATGAT-------AAAG--CACATGTGCATT  1146

seq1: chrX_166002380_166003480
seq2: B6Ng01-052K18.g_69_1172 (reverse)

seq1  ATTGATGTAAAACATCCC-CAAATATTTTC-ATAGATGCAGAAAGCATAT  48
      |||||||||||||||||| |||| |||| | ||  |||||||||||||||
seq2  ATTGATGTAAAACATCCCTCAAAAATTTCCAATGAATGCAGAAAGCATAT  50

seq1  TAGTA-TCTGGAATCACTTTAGGTATAAGCTGATGGGTGTGACTGAT-AG  96
      ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  TAGTATTCTGAAATCACTTTAGGTATAAGCTGATTGGTGTGACTGATAAG  100

seq1  TGGGTAGGTATGGGATTCTATCAAGGGTAATGTAAATGTTCCATAATTTG  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGGTAGGTATGGGATTCTATCAAGGGTAATGTAAATGTTCCATTATTTG  150

seq1  ACAGTAGATATGGTCATA-CAAATTGCTGACTATATTAAAAACCACTGAA  195
      |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACAGTAGATATGGTCATACCAATTTGCTGACTATATAAAAAACCACTGAA  200

seq1  GTATATGCTTCAGAACATTGAATTTTAC-AGTATGTGAATTTTATCATGA  244
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  GTATATGCTTCAGAACATTGAATTTTACAAGTATGTG-ATTTTATCATGA  249

seq1  AGAAAACTAGGCCTAGCCCTTGCTTAAAACATTTGACCTGAGCATGTGAA  294
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACTAGGCCTAGCCCTTGC-TAAAACATTTGACCTGAGCATGTGAA  298

seq1  TTATTATAACCAGTGGAAGCTCCAATGTCTCTCTTCAGTAAAACAGAAGA  344
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTATTAT-ACCAGTGGAAGCTCCAATGTCTCTCTTCAGT-AAACAGAAGA  346

seq1  GAGGCTCAC-AAAAGAGATGCTGGCCAGATGAAATTGAAGTTATGAAATG  393
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCACAAAAAGAGATGCTGGCCAGATGAAATTGAAGTTATGAAATG  396

seq1  CCTGTACAAAATCTGTTCTTAATACATGGAAATCTGTGCTCTCCTCATAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTACAAAATCTGTTCTTAATACATGGAAATCTGTGCTCTCCTCATAA  446

seq1  CTTGCCCCCTGTCTCAGAGAGGGGCTCACTGAAGATACTATATGCATAAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCCCTGTCTCAGAGAGGGGCTCACTGAAGATACTATATGCATAAA  496

seq1  GAGGAATAAGAAGTACTAAGTAGAGAGGTAGAAGTTGTTCAGTCACTCTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATAAGAAGTACTAAGTAGAGAGGTAGAAGTTGTTCAGTCACTCTT  546

seq1  TCCTTATTGGAACCCACCCCCTTTTTCCTGTGAGATGCTTGTGGTCTCTC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATTGGAACCCACCCCCTTTTTCCTGTGAGATGCTTGTGGTCTCTC  596

seq1  GACAATTGGATGTTTAGGAGTAAGTCTTTGGTTCTTTATAAAATTTACAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATTGGATGTTTAGGAGTAAGTCTTTGGTTCTTTATAAAATTTACAT  646

seq1  GTTGTAGTCTTAACCTCCATGTTATGTTTTTTAGTAAGCTCTTAAGAGGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAGTCTTAACCTCCATGTTATGTTTTTTAGTAAGCTCTTAAGAGGT  696

seq1  GATTATCTAAGATGAGGTCATAAGGTGGGGTCCTCATGTTAGGATGAGTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATCTAAGATGAGGTCATAAGGTGGGGTCCTCATGTTAGGATGAGTG  746

seq1  CTGTTATAAGAAAAGATAAAAAGCAAAACAAAGCACACACATACATACTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATAAGAAAAGATAAAAAGCAAAACAAAGCACACACATACATACTC  796

seq1  AAGCTTACTCTCTTTCTTCCTTTTTCCTTCCCACCCTCCAGACTATGTGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTACTCTCTTTCTTCCTTTTTCCTTCCCACCCTCCAGACTATGTGA  846

seq1  GGCCATAGTACAAAGTTGGCCATCTGCAAGACATGAAGTTAGACAGACAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATAGTACAAAGTTGGCCATCTGCAAGACATGAAGTTAGACAGACAT  896

seq1  CACCAGGAATCAATTGGTCAGTAGTATCTTGACATTGAATGAAGAATGCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGAATCAATTGGTCAGTAGTATCTTGACATTGAATGAAGAATGCT  946

seq1  AGGCACTTTAAAGATTTATTTTCTTTGCCATGAACTCATTCATGTATGAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTTTAAAGATTTATTTTCTTTGCCATGAACTCATTCATGTATGAT  996

seq1  GAGAACAGCTATGAACAGGGCTGACTGACTCACCCATGATCATTTTTGAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAGCTATGAACAGGGCTGACTGACTCACCCATGATCATTTTTGAA  1046

seq1  CTTCGGTCCTGATTCTGGCTCTCCTGACCTTGACTTTTGAGTCTCTGTTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGGTCCTGATTCTGGCTCTCCTGACCTTGACTTTTGAGTCTCTGTTT  1096

seq1  CAGAATTC  1101
      ||||||||
seq2  CAGAATTC  1104