BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056A06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 152,034,962 - 152,133,687
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtchd1
Upstream geneLOC100040899, LOC667331, LOC100040925, LOC100040937, Magea6, Magea3, LOC626034, Magea8, Magea2, Magea5, Magea1, 1700042B14Rik, LOC245676, Amd-ps1, LOC667369, Sat1, Acot9, LOC667383, Prdx4, LOC667394
Downstream gene4930503H13Rik, LOC640803
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056A06.bB6Ng01-056A06.g
ACCDH878307DH878308
length1,1611,105
definitionDH878307|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056A06, 5' end.DH878308|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,034,962 - 152,036,141)(152,132,571 - 152,133,687)
sequence
gaattcttcaaccaatggcagatgggaattgatctagctccctttccatg
ggtgggattatgcttttaaatttgttttaaatttgcttcccagagcttcc
taagtgatgttatgatccagatgcctgcagcactccactcacctgctgaa
ttacccacccttttagactttctctcttttccagcttacttctttgttcc
acacctagttatctttcaaataaactgtctttgaattcttgttttaggat
tggcttgtaaggaaacataaactcaaacaatgttcagtaatgtgtaatgc
ctttggaatgtgctttttagtgtcctgaaaacactaaactattccaaaac
caccaccaccatgtcttggatattcagttatggttatgtagtaaagaaac
tcatcactgagaataaagttagaatcttttcatgtccaatctttccatat
ttccataagcaactaatatttttttccaggtagtcttgagaagttcattg
atatatacatctcacaatgctactaattaaatttcttcctctttggggga
atatctctactatatttctttaaagagcaaagttaagaatatggtagttc
tagggtatgttgatgcctcggctatatcataactccttaagaagggctta
cgtctgcatcttgccagggattgaaaactgtagaatgatattattacaca
tctttctcttgctgataataaaagcagctatctctttgactttcacttat
tttaaaaaagaagacaaaaagcaacaacaacaacaacaacaacaacaaca
acaacaaaaaaccccctcaagtttagcaatatacttagaagtttctttga
atccttctggaacatctcagtaggtctcagcttcagtgttctccgttgac
agcaaatgctggcgggttgcctaagtggatagagtccctatctttacatt
ctgtatttctgctgttatggcagtagtgtgtgggagagacagctgatgtg
ttcactggattctttcccaggcagtgatgtgtctggggagtatgtgctgg
tggaaacaaatctctttgcatcattgtgctgcagtacagtgttgaaagtc
tcatggtgcatgggtggacttagtaaactgagtgaatttgctggcagatt
tggctactttc
gaattcaatccctgggaccaacatagaagagcatactacacacacacaca
caaacacatgaatgtgatattttaaaatttttagataaataaataaactg
atgtaaatctattggtattaaaattgtaggaatgcagagggtcatattga
catatataaatctaactccaatagtaatataattcaggtgttaaaaccgg
ttttcagtatacacaaccagaagatatttctcttaaataccaagaaacta
ttggattaatagttatggatgctgaattctcaatctgctttccttttttc
agtgcgaaacttaagtatatattaacttcccagggtttcctgtacttctt
cctaaaccacagattattctcttactcacccacttcataatgggtattta
aactaaacaattaatgacctgggtaccttaaaaaatgccaagtgttttgc
caaggtttattatatggtcccaggcataataatgccactacaggaatttc
tttcattgaattagatgttgtttaaatgtaagaaataaatgaccctttaa
tcggaaaataaatagcttggtatcaattgaacaagactaatattttcact
atctgaaataatccagtctaaatcactgaatataaagaatgcatacaaat
taatcagtgccgcattcattctgattatggtttgtatttaacatcaaagt
agtctccagcatgcctggcatacagatgttgctgtccacaaatgaagctt
tttaggggatgggtaagagcacaatctcaggtccaaataaattaatctac
ttccagtttagaaagtctttgaattaaatgaggtgtcagtttttctttgt
aaataggaatgattgcatctctgttgatatgttatgaggatgtccacaca
cagggagtagggagcttgatgacttcagaagtaagtgctgataagtgttg
cattcatacgctatccatgttagttggcatcttagatagcataatagact
acaatagctttttcacatcatgtcacattcttgttctacaaggtttcatt
ctatgtctaataggacatcgtaattgtgatttatatttttattaacttta
gtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_152034962_152036141
seq2: B6Ng01-056A06.b_48_1208

seq1  GAATTCTTCAACCAATGGCAGATGGGAATTGATCTAGCTCCCTTTCCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAACCAATGGCAGATGGGAATTGATCTAGCTCCCTTTCCATG  50

seq1  GGTGGGATTATGCTTTTAAATTTGTTTTAAATTTGCTTCCCAGAGCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGATTATGCTTTTAAATTTGTTTTAAATTTGCTTCCCAGAGCTTCC  100

seq1  TAAGTGATGTTATGATCCAGATGCCTGCAGCACTCCACTCACCTGCTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGATGTTATGATCCAGATGCCTGCAGCACTCCACTCACCTGCTGAA  150

seq1  TTACCCACCCTTTTAGACTTTCTCTCTTTTCCAGCTTACTTCTTTGTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCACCCTTTTAGACTTTCTCTCTTTTCCAGCTTACTTCTTTGTTCC  200

seq1  ACACCTAGTTATCTTTCAAATAAACTGTCTTTGAATTCTTGTTTTAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTAGTTATCTTTCAAATAAACTGTCTTTGAATTCTTGTTTTAGGAT  250

seq1  TGGCTTGTAAGGAAACATAAACTCAAACAATGTTCAGTAATGTGTAATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTAAGGAAACATAAACTCAAACAATGTTCAGTAATGTGTAATGC  300

seq1  CTTTGGAATGTGCTTTTTAGTGTCCTGAAAACACTAAACTATTCCAAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAATGTGCTTTTTAGTGTCCTGAAAACACTAAACTATTCCAAAAC  350

seq1  CACCACCACCATGTCTTGGATATTCAGTTATGGTTATGTAGTAAAGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCACCATGTCTTGGATATTCAGTTATGGTTATGTAGTAAAGAAAC  400

seq1  TCATCACTGAGAATAAAGTTAGAATCTTTTCATGTCCAATCTTTCCATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCACTGAGAATAAAGTTAGAATCTTTTCATGTCCAATCTTTCCATAT  450

seq1  TTCCATAAGCAACTAATATTTTTTTCCAGGTAGTCTTGAGAAGTTCATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATAAGCAACTAATATTTTTTTCCAGGTAGTCTTGAGAAGTTCATTG  500

seq1  ATATATACATCTCACAATGCTACTAATTAAATTTCTTCCTCTTTGGGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACATCTCACAATGCTACTAATTAAATTTCTTCCTCTTTGGGGGA  550

seq1  ATATCTCTACTATATTTCTTTAAAGAGCAAAGTTAAGAATATGGTAGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCTACTATATTTCTTTAAAGAGCAAAGTTAAGAATATGGTAGTTC  600

seq1  TAGGGTATGTTGATGCCTCGGCTATATCATAACTCCTTAAGAAGGGCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTATGTTGATGCCTCGGCTATATCATAACTCCTTAAGAAGGGCTTA  650

seq1  CGTCTGCATCTTGCCAGGGATTGAAAACTGTAGAATGATATTATTACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTGCATCTTGCCAGGGATTGAAAACTGTAGAATGATATTATTACACA  700

seq1  TCTTTCTCTTGCTGATAATAAAAGCAGCTATCTCTTTGACTTTCACTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCTTGCTGATAATAAAAGCAGCTATCTCTTTGACTTTCACTTAT  750

seq1  TTTAAAAAAGAAGACAAAAAGCAACAACAACAACAACAACAACAACAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAAGAAGACAAAAAGCAACAACAACAACAACAACAACAACAACA  800

seq1  ACAACAAAAAACCCCCTCAAGTTTAGCAATATACTTAGAAGTTTCTTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAAAAACCCCCTCAAGTTTAGCAATATACTTAGAAGTTTCTTTGA  850

seq1  ATCCTTCTGGAACATCTCAGTAGGTCTCAGGCTTCAGTGTTCTCCGTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCTGGAACATCTCAGTAGGTCTCA-GCTTCAGTGTTCTCCGTTGA  899

seq1  CAGCAAATGCTGGCGGGTTGCCTAAGTTGGATAAGAGTCCCTATCTTTAC  950
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGCAAATGCTGGCGGGTTGCCTAAG-TGGAT-AGAGTCCCTATCTTTAC  947

seq1  ATTTCTGTATTTCTGCTGTTATGGCAGTAGGTGTGTGGGAGAGACAGCTG  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  A-TTCTGTATTTCTGCTGTTATGGCAGTA-GTGTGTGGGAGAGACAGCTG  995

seq1  ATGTGTTCACTGGATTCTTTCCCAGGCAGTGATGTGTCTGGGGAGTATGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTCACTGGATTCTTTCCCAGGCAGTGATGTGTCTGGGGAGTATGT  1045

seq1  GCTGGTGGAGACAAATTCTCTATGCATCATTTGTGCTGCCAGTACAGGTG  1100
      ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||
seq2  GCTGGTGGAAACAAA-TCTCTTTGCATCA-TTGTGCTG-CAGTACA-GTG  1091

seq1  TTGAAAGTCTCCATGGTGGCAGTGTGTTGGACTTCAGTAAAACTGAGTGG  1150
      |||||||||| |||||| ||| || | ||||||| ||| |||||||||| 
seq2  TTGAAAGTCT-CATGGT-GCA-TG-GGTGGACTT-AGT-AAACTGAGTGA  1135

seq1  ATTTGTCTGCCAAGATTTGGGCTACCTTTC  1180
      ||||| ||| | |||||| ||||| |||||
seq2  ATTTG-CTGGC-AGATTT-GGCTA-CTTTC  1161

seq1: chrX_152132571_152133687
seq2: B6Ng01-056A06.g_69_1173 (reverse)

seq1  AAAACTAATAGTTTATAGAATATTTAAAATCACATATACGATGTCCTATT  50
      |||||||| |||| ||| || || | ||||||||  |||||||||||| |
seq2  AAAACTAA-AGTTAATA-AAAATAT-AAATCACAATTACGATGTCCTA-T  46

seq1  TAGACCACTAGAATGGAACCCTTGTAG-ACAGGATTGTGACATGATGTGA  99
      |||||   |||||| ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||
seq2  TAGAC--ATAGAAT-GAAACCTTGTAGAACAAGAATGTGACATGATGTGA  93

seq1  AAAAGCTTAGTGGTAGTCTAATTATGCTATCTAAGATGCCAACTAACATG  149
      |||||||   | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCT--ATTGTAGTCT-ATTATGCTATCTAAGATGCCAACTAACATG  140

seq1  GATAGCGTATGAGTGCAACACTTATCAGCACTTACTTCTGAAGTCATCAA  199
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCGTATGAATGCAACACTTATCAGCACTTACTTCTGAAGTCATCAA  190

seq1  GCTCCCTACTCCCTGTGTGTGGACATTCCTCATAACATATCAACAGAGAT  249
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTACTCCCTGTGTGTGGACA-TCCTCATAACATATCAACAGAGAT  239

seq1  GCAATCATTCCTATTTTACAAAGGAAAAACTGACACCTCATTTAATTCAA  299
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCATTCCTA-TTTACAAA-GAAAAACTGACACCTCATTTAATTCAA  287

seq1  AGACTTTCTAAACTGGAAGTAGATTAATTTATTTGGACCTGAGATTGTGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTCTAAACTGGAAGTAGATTAATTTATTTGGACCTGAGATTGTGC  337

seq1  TCTTACCCATCCCCTAAAAAGCTTCATTTGTGGACAGCAACATCTGTATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCCATCCCCTAAAAAGCTTCATTTGTGGACAGCAACATCTGTATG  387

seq1  CCAGGCATGCTGGAGACTACTTTGATGTTAAATACAAACCATAATCAGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCATGCTGGAGACTACTTTGATGTTAAATACAAACCATAATCAGAA  437

seq1  TGAATGCGGCACTGATTAATTTGTATGCATTCTTTATATTCAGTGATTTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCGGCACTGATTAATTTGTATGCATTCTTTATATTCAGTGATTTA  487

seq1  GACTGGATTATTTCAGATAGTGAAAATATTAGTCTTGTTCAATTGATACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGATTATTTCAGATAGTGAAAATATTAGTCTTGTTCAATTGATACC  537

seq1  AAGCTATTTATTTTCCGATTAAAGGGTCATTTATTTCTTACATTTAAACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATTTATTTTCCGATTAAAGGGTCATTTATTTCTTACATTTAAACA  587

seq1  ACATCTAATTCAATGAAAGAAATTCCTGTAGTGGCATTATTATGCCTGGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTAATTCAATGAAAGAAATTCCTGTAGTGGCATTATTATGCCTGGG  637

seq1  ACCATATAATAAACCTTGGCAAAACACTTGGCATTTTTTAAGGTACCCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATATAATAAACCTTGGCAAAACACTTGGCATTTTTTAAGGTACCCAG  687

seq1  GTCATTAATTGTTTAGTTTAAATACCCATTATGAAGTGGGTGAGTAAGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTAATTGTTTAGTTTAAATACCCATTATGAAGTGGGTGAGTAAGAG  737

seq1  AATAATCTGTGGTTTAGGAAGAAGTACAGGAAACCCTGGGAAGTTAATAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCTGTGGTTTAGGAAGAAGTACAGGAAACCCTGGGAAGTTAATAT  787

seq1  ATACTTAAGTTTCGCACTGAAAAAAGGAAAGCAGATTGAGAATTCAGCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTAAGTTTCGCACTGAAAAAAGGAAAGCAGATTGAGAATTCAGCAT  837

seq1  CCATAACTATTAATCCAATAGTTTCTTGGTATTTAAGAGAAATATCTTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACTATTAATCCAATAGTTTCTTGGTATTTAAGAGAAATATCTTCT  887

seq1  GGTTGTGTATACTGAAAACCGGTTTTAACACCTGAATTATATTACTATTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGTATACTGAAAACCGGTTTTAACACCTGAATTATATTACTATTG  937

seq1  GAGTTAGATTTATATATGTCAATATGACCCTCTGCATTCCTACAATTTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGATTTATATATGTCAATATGACCCTCTGCATTCCTACAATTTTA  987

seq1  ATACCAATAGATTTACATCAGTTTATTTATTTATCTAAAAATTTTAAAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAATAGATTTACATCAGTTTATTTATTTATCTAAAAATTTTAAAAT  1037

seq1  ATCACATTCATGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTAGTATGCTCTTCTATGTTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATTCATGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTAGTATGCTCTTCTATGTTG  1087

seq1  GTCCCAGGGATTGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGGGATTGAATTC  1105