BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065F02
ChromosomeX (Build37)
Map Location 49,017,466 - 49,119,493
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHs6st2, Usp26
Upstream gene2610018G03Rik, LOC100040422, Rap2c, LOC385355, Mbnl3, LOC665866, LOC385356
Downstream geneLOC100040479, LOC665888, 1700080O16Rik, LOC100040495, Gpc4, Gpc3, Kis2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065F02.bB6Ng01-065F02.g
ACCDH884826DH884827
length1,0871,081
definitionDH884826|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065F02, 5' end.DH884827|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065F02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,118,379 - 49,119,493)(49,017,466 - 49,018,543)
sequence
gaattcaaacagatgacattttctttattctctccaactttagtctagac
tgtgatctctttaagtttaatgttgccttgttgttaaatttggtcctaga
cctaccttctcattttgtttttagcctttggtaattagagaatgtggatc
cacagtagtgacaggcacatagaaacggcttgagatcattaatactgtgt
cttaactagggtacaacatacttgctagggaaggagtaaattattttctg
gacaaacttttgcagtgatattttgctcatgttatttgatggttactgct
ccattgtggttctcctgtactttgggacagaacaagttcccttgttgctg
tggtttttccccattttttctattgtctctatgttcatctaatgactggg
tctttgttcaaaatgtctatgagattagaatgtatcatatggcagagaca
ggggagagaaaagaaatgagatgaaaagtccatgaaaacaagttgagttc
taatgctaggctagatgcctaagatcaagaggaaaacaacaacaaaggtt
ggctgttagctgcatacataaggaaaacgagcaagacccttttttgttta
gccttctgtatattagactttttgtttttaagctgtcagagtgatctagt
gaccaacatgttgtgtttaagaaacaatggtcagcagtctgcagagtcaa
atgtatataccaccacattggtaatttgtgcatatgtgtagtaaaatgat
tggaagagaggattagcagtaaatgggatataagtttccgacaataaaat
atttagacataaaggcagaagccccacccatgcctgttctcaaacgttga
caactaccacaggcaaaagctgtcacttctgcaagtgagaagggaagtaa
gcagtcaccactgttagtgaaattctcttcttgggatgcaaacctaccat
gtgaaatcacaaactttcttatcatgtgagacagtcattctgccctttgt
atacttaaacccacggtatgcatgttcagacttttagactcccatcgttt
cttctatagtgttgcctggcattacacacactgctga
gaattcttaaagaaaggcaattagcataaacagacataccatcaactagg
aaatacagatgggtaacaaggttgtgaaagagtgctgaacatatttagcc
actaagagaaaagcaaaaccacgctgcgatctgactgcacacttatcaaa
aatgtctgaaagttaaaaagtgccaacaccaagtgctgacaagtgtgagg
agagatggatcactcataatacacagatgctgggaatgtgaaatactatg
caatcattctggaaaacatctgggcaatatgaaactcaatgtgtagtggc
atttatcctagagaaagtaaagccaacagagcccctaacatttgaggttg
tcactacaagggctgccacagtttgcatcaaattctgtgcagtagatgag
agtctactgatagttcctgaagtttatgcagccatgagaagtgagtttgg
gccatgaccagatctggaaaaggatagtcaggatcactaatgggcactat
gtcacttagttattgcgatagctgtgtttctctttctcagattcaagtgc
agcttctgacatttcacctgaaatcctactattccttccatattcctaac
tcctgatagtctggggagaactcttccttctcctaggctttgtttgctga
gctcaactcaagtaacaatcaagaaccaagatttccctattccagcactt
gagagcttgcctgtattctgcttcctacagttagagccaagaagcaagac
cgttgtgacattcttaagacccattcccggaccaaagctcacaacctaag
atccccacaccaggctctgggcactagaacagaacatttccacaaggaag
agtgcaggattaaaagaaaatcggggctcggctggtagagtatttgcaga
gcttcacaaagcattgagtttgatcaccaggctgcataaatgtgatgcac
acatctgcatcacacagtgatgcacacattctgcatcacacactccagtc
aaggtcatctatgctgcacatgatttgagacagctagattatgaacgatg
atgagagaggagagaaagagtagaagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_49118379_49119493
seq2: B6Ng01-065F02.b_46_1132 (reverse)

seq1  TCAGCAGTGTGTGTATATGCCAAGGGAAAACAAC-CTATTAGGACAGAAA  49
      ||||||||||||||| |||||| |      |||| ||||      |||| 
seq2  TCAGCAGTGTGTGTA-ATGCCAGG------CAACACTAT------AGAAG  37

seq1  ACCGGATTGTGAGTCTAAAAAGTCTTGGAAACATGCATACCCGTGGGGTT  99
      |   || || |||||| ||||||||    |||||||||| |||||||  |
seq2  AAACGA-TGGGAGTCT-AAAAGTCT---GAACATGCATA-CCGTGGG--T  79

seq1  TTAAGTATTACAAAGGGCAGGAATTGACTTGTTCTTCACAATGAATAAGA  149
      ||||||| ||||||||||||  | |||| |||   |||| ||| ||||||
seq2  TTAAGTA-TACAAAGGGCAG--AATGAC-TGT--CTCAC-ATG-ATAAGA  121

seq1  AAGTTTGTGATTTCACATGGTAGGTTTGCATCCCAAGAAGAGAATTTCAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGTGATTTCACATGGTAGGTTTGCATCCCAAGAAGAGAATTTCAC  171

seq1  TAACAGTGGTGACTGCTTACTTCCCTTCTCACTTGCAGAAGTGACAGCTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTGGTGACTGCTTACTTCCCTTCTCACTTGCAGAAGTGACAGCTT  221

seq1  TTGCCTGTGGTAGTTGTCAACGTTTGAGAACAGGCATGGGTGGGGCTTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGTGGTAGTTGTCAACGTTTGAGAACAGGCATGGGTGGGGCTTCT  271

seq1  GCCTTTATGTCTAAATATTTTATTGTCGGAAACTTATATCCCATTTACTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTATGTCTAAATATTTTATTGTCGGAAACTTATATCCCATTTACTG  321

seq1  CTAATCCTCTCTTCCAATCATTTTACTACACATATGCACAAATTACCAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCCTCTCTTCCAATCATTTTACTACACATATGCACAAATTACCAAT  371

seq1  GTGGTGGTATATACATTTGACTCTGCAGACTGCTGACCATTGTTTCTTAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGTATATACATTTGACTCTGCAGACTGCTGACCATTGTTTCTTAA  421

seq1  ACACAACATGTTGGTCACTAGATCACTCTGACAGCTTAAAAACAAAAAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACATGTTGGTCACTAGATCACTCTGACAGCTTAAAAACAAAAAGT  471

seq1  CTAATATACAGAAGGCTAAACAAAAAAGGGTCTTGCTCGTTTTCCTTATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATACAGAAGGCTAAACAAAAAAGGGTCTTGCTCGTTTTCCTTATG  521

seq1  TATGCAGCTAACAGCCAACCTTTGTTGTTGTTTTCCTCTTGATCTTAGGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGCTAACAGCCAACCTTTGTTGTTGTTTTCCTCTTGATCTTAGGC  571

seq1  ATCTAGCCTAGCATTAGAACTCAACTTGTTTTCATGGACTTTTCATCTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCCTAGCATTAGAACTCAACTTGTTTTCATGGACTTTTCATCTCA  621

seq1  TTTCTTTTCTCTCCCCTGTCTCTGCCATATGATACATTCTAATCTCATAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTCTCTCCCCTGTCTCTGCCATATGATACATTCTAATCTCATAG  671

seq1  ACATTTTGAACAAAGACCCAGTCATTAGATGAACATAGAGACAATAGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTGAACAAAGACCCAGTCATTAGATGAACATAGAGACAATAGAAA  721

seq1  AAATGGGGAAAAACCACAGCAACAAGGGAACTTGTTCTGTCCCAAAGTAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGGAAAAACCACAGCAACAAGGGAACTTGTTCTGTCCCAAAGTAC  771

seq1  AGGAGAACCACAATGGAGCAGTAACCATCAAATAACATGAGCAAAATATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAACCACAATGGAGCAGTAACCATCAAATAACATGAGCAAAATATC  821

seq1  ACTGCAAAAGTTTGTCCAGAAAATAATTTACTCCTTCCCTAGCAAGTATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAAAAGTTTGTCCAGAAAATAATTTACTCCTTCCCTAGCAAGTATG  871

seq1  TTGTACCCTAGTTAAGACACAGTATTAATGATCTCAAGCCGTTTCTATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACCCTAGTTAAGACACAGTATTAATGATCTCAAGCCGTTTCTATGT  921

seq1  GCCTGTCACTACTGTGGATCCACATTCTCTAATTACCAAAGGCTAAAAAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCACTACTGTGGATCCACATTCTCTAATTACCAAAGGCTAAAAAC  971

seq1  AAAATGAGAAGGTAGGTCTAGGACCAAATTTAACAACAAGGCAACATTAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGAAGGTAGGTCTAGGACCAAATTTAACAACAAGGCAACATTAA  1021

seq1  ACTTAAAGAGATCACAGTCTAGACTAAAGTTGGAGAGAATAAAGAAAATG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAGAGATCACAGTCTAGACTAAAGTTGGAGAGAATAAAGAAAATG  1071

seq1  TCATCTGTTTGAATTC  1115
      ||||||||||||||||
seq2  TCATCTGTTTGAATTC  1087

seq1: chrX_49017466_49018543
seq2: B6Ng01-065F02.g_67_1147

seq1  GAATTCTTAAAGAAAGGCAATTAGCATAAACAGACATACCATCAACTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAAGAAAGGCAATTAGCATAAACAGACATACCATCAACTAGG  50

seq1  AAATACAGATGGGTAACAAGGTTGTGAAAGAGTGCTGAACATATTTAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAGATGGGTAACAAGGTTGTGAAAGAGTGCTGAACATATTTAGCC  100

seq1  ACTAAGAGAAAAGCAAAACCACGCTGCGATCTGACTGCACACTTATCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAGAAAAGCAAAACCACGCTGCGATCTGACTGCACACTTATCAAA  150

seq1  AATGTCTGAAAGTTAAAAAGTGCCAACACCAAGTGCTGACAAGTGTGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTGAAAGTTAAAAAGTGCCAACACCAAGTGCTGACAAGTGTGAGG  200

seq1  AGAGATGGATCACTCATAATACACAGATGCTGGGAATGTGAAATACTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGATCACTCATAATACACAGATGCTGGGAATGTGAAATACTATG  250

seq1  CAATCATTCTGGAAAACATCTGGGCAATATGAAACTCAATGTGTAGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATTCTGGAAAACATCTGGGCAATATGAAACTCAATGTGTAGTGGC  300

seq1  ATTTATCCTAGAGAAAGTAAAGCCAACAGAGCCCCTAACATTTGAGGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCCTAGAGAAAGTAAAGCCAACAGAGCCCCTAACATTTGAGGTTG  350

seq1  TCACTACAAGGGCTGCCACAGTTTGCATCAAATTCTGTGCAGTAGATGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACAAGGGCTGCCACAGTTTGCATCAAATTCTGTGCAGTAGATGAG  400

seq1  AGTCTACTGATAGTTCCTGAAGTTTATGCAGCCATGAGAAGTGAGTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTACTGATAGTTCCTGAAGTTTATGCAGCCATGAGAAGTGAGTTTGG  450

seq1  GCCATGACCAGATCTGGAAAAGGATAGTCAGGATCACTAATGGGCACTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGACCAGATCTGGAAAAGGATAGTCAGGATCACTAATGGGCACTAT  500

seq1  GTCACTTAGTTATTGCGATAGCTGTGTTTCTCTTTCTCAGATTCAAGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTAGTTATTGCGATAGCTGTGTTTCTCTTTCTCAGATTCAAGTGC  550

seq1  AGCTTCTGACATTTCACCTGAAATCCTACTATTCCTTCCATATTCCTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTGACATTTCACCTGAAATCCTACTATTCCTTCCATATTCCTAAC  600

seq1  TCCTGATAGTCTGGGGAGAACTCTTCCTTCTCCTAGGCTTTGTTTGCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATAGTCTGGGGAGAACTCTTCCTTCTCCTAGGCTTTGTTTGCTGA  650

seq1  GCTCAACTCAAGTAACAATCAAGAACCAAGATTTCCCTATTCCAGCACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACTCAAGTAACAATCAAGAACCAAGATTTCCCTATTCCAGCACTT  700

seq1  GAGAGCTTGCCTGTATTCTGCTTCCTACAGTTAGAGCCAAGAAGCAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTTGCCTGTATTCTGCTTCCTACAGTTAGAGCCAAGAAGCAAGAC  750

seq1  CGTTGTGACATTCTTAAGACCCATT-CCGGACCAAAGCTCACAACCTAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTGACATTCTTAAGACCCATTCCCGGACCAAAGCTCACAACCTAAG  800

seq1  ATCCCCACACCAGGCTCTGGGCACTAGAACAGAACATTTCCACAAGGAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCACACCAGGCTCTGGGCACTAGAACAGAACATTTCCACAAGGAAG  850

seq1  AGTGCAGGATTAAAAGAAAATCGGGGCTCGGCTGGTAGAGTATTTGCAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGGATTAAAAGAAAATCGGGGCTCGGCTGGTAGAGTATTTGCAGA  900

seq1  GCTTTCACAAAGCATTGAGTTTGATCACCAGGCTGCATAAATGGTGATGC  949
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GC-TTCACAAAGCATTGAGTTTGATCACCAGGCTGCATAAAT-GTGATGC  948

seq1  ACACATCTGCAATCACAACAAGTGATGCACACA-TCTGCAATCACAACAC  998
      |||||||||| ||||||   ||||||||||||| ||||| ||||| ||||
seq2  ACACATCTGC-ATCACA--CAGTGATGCACACATTCTGC-ATCAC-ACAC  993

seq1  TCCAAGTCAAGGTCATCTTATGCTGCACAATGGATTTGAGACCAGCTAAG  1048
      ||| ||||||||||||| |||||||||||   ||||||||| ||||| ||
seq2  TCC-AGTCAAGGTCATC-TATGCTGCACA--TGATTTGAGA-CAGCT-AG  1037

seq1  AATAT--------AT--GAGACGAGAGAAAGAG----AGAGAGA  1078
      | |||        ||  |||| |||||||||||    |||||||
seq2  ATTATGAACGATGATGAGAGAGGAGAGAAAGAGTAGAAGAGAGA  1081