BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071A08
ChromosomeX (Build37)
Map Location 49,533,017 - 49,692,861
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpc3
Upstream geneMbnl3, LOC665866, LOC385356, Hs6st2, Usp26, LOC100040479, LOC665888, 1700080O16Rik, LOC100040495, Gpc4
Downstream geneKis2, LOC100041925, LOC665929, 6330534C20Rik, LOC624936, LOC546298, LOC100040569, Phf6, Hprt1, C430049B03Rik, Plac1, 4632404H22Rik, 4930432H15Rik, LOC385527
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071A08.bB6Ng01-071A08.g
ACCDH888840DH888841
length1,1381,121
definitionDH888840|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071A08, 5' end.DH888841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071A08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,691,722 - 49,692,861)(49,533,017 - 49,534,137)
sequence
gaattcaaaccaatctccaaaactttgacattaaaaatgtttggagttat
tccagcacagatgttgtgcattctgtattgcgtttgtggcccatgccagg
ttccttgattaacagctagaacacatacagacagttcagtaaattaacac
ataatacttgaactctgcctcaaaatgtttgtttgtttggccactgagtg
ccagtactctgttaggtcctgggaatcttgagaagcacaaagatgaatca
aacacacttctgcccttgaaaacccttgggcttcataggggtgacagata
gacacaagcccccacaatattaggttgttgcaatttgaggacaagtcctt
ctgaagaaagtgtagtgagaacacagaagaaacaattagaatcaactcca
ggaatcaggaaaggatgtgtggaggaagtgatatttgagatgattctttg
agaatgaacagtgtgtcaacagggaagatcacacaaggctaagagaacag
cctggacaaggtgcacaggtatggaatggtatggagagcattggagaaca
ttgatgagaaggaggtacatgaagagtcttatgggatagtaagggcaagc
ataccagaatttaaattaagacctttgaattaagagcccaaggatcaagt
ccagacatagaaactttctttaaaagtgtaaagaggaattgggccagggt
agaaagaatctctttgggagtggcacaactcaattagaggcaaggcactc
atatactttagaaaagagaatggcctacgcagtacagtgcagtacacatg
agtaccaaccgaggggtgggtgcgggagagcacagggccatctatagagg
tgagtcacttttcagccaaattgggaaccttggtaccccacctatcctct
tcaaatgtcacagccttcctaaataaaacctgctataactagaatcctat
ttcatgtgtcaataccaagtgactggctgaggagacagctgatagagcag
aaaggattgacagacgattcatctttagtctggaaaaatttgaaatttac
tgatcatagaatctaggtaactgggattgttcttgttttgtttggaacat
aatacctttttaaggttctttgtttgggttggtttttt
gaattccattgaaacatcacttgacaattaggagagcacactggacaaca
tgcagcagggacccattaaaacctcgctttggtggatataaaaatatact
cattttcacagatttaaatacatctcggttctctgcaaagggctgtatga
cagatggcttcaaagcgagtcacatttacaaacagcacacaaaaatattg
tttagcagattctcaaagagttcttcagatccctccagagccagtctttt
tcaccaactcttttgcttgtgatttgcggaggctcccgaaaatgtctctg
gacttcctaacaacatctctgtgtctttcctgggcttccagaataggaca
gttccagagccctggaggtggctcaagtggtattttagaaaacatcatct
aagcatgaaaattagcaattctttaccctaacataatctctaacccaaaa
cttaggggggtgggaaagaatacaaagactgtcataggcgttatgaatca
tgtgtacagctatttagtttacttcaagtcctcgagctggccaaaagcct
ggtactgtatgtagctcaggcctataatcccagcatttgagaggcaggct
gagaaggcaagagattaaaagttagaggtcagccagagttatacagttcc
agactgggatatacagtaagaacctgtctcaaaagcaatagcaggggatg
ggatgtaggtcagttaatagagtgcttgcctagcatagctgaagccctgg
gtgcctataatcctaacactctagtagtggaaacaaaaggaataaaagtt
ctggaccagcctttactatacagtaagtagtagtacagcctgggttacat
gagacattatttcccaaaaagaaaacacagttccacacaacaccacccac
agagaacaattgataaaagatatgtttctggacaactcctgtaaaattga
aatttacacaaagtcacacattgagcataaatactgagcaaaaatagtca
cagtatgggccttgtcctccaagagtgtccagtcttgcgaaggacttaaa
cattactcacaggcagcactgggtggtaaatccggaataggcatgtggtt
gggtgggtctctggtgggcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_49691722_49692861
seq2: B6Ng01-071A08.b_47_1184 (reverse)

seq1  AAAAAACAAACCAAAACAAAAAAACCTAAAAAGGTATTATGTTCACAACA  50
      ||||||| |||| ||||||| || | ||||||||||||||||||  ||||
seq2  AAAAAACCAACCCAAACAAAGAACCTTAAAAAGGTATTATGTTCCAAACA  50

seq1  AAACAAGAACAAT-CCAGTTACCTAGATTTCTATGATCAGTTAAATTTCA  99
      ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  AAACAAGAACAATCCCAGTTACCTAGA-TTCTATGATCAG-TAAATTTCA  98

seq1  TA-TTCTCCAGACTAAAGATGAATCGTCTGTCAATCCTTTCTGCTCTATC  148
       | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTCCAGACTAAAGATGAATCGTCTGTCAATCCTTTCTGCTCTATC  148

seq1  AGCTGTCTCCTCAGCCAGTCACTTGGTATTGACACATGAAATAGGATTCT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCTCCTCAGCCAGTCACTTGGTATTGACACATGAAATAGGATTCT  198

seq1  AGTTTATAGCAGGTTTTATTTAGGAAGGCTGTGACATTTGAAGAGGATAG  248
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TTATAGCAGGTTTTATTTAGGAAGGCTGTGACATTTGAAGAGGATAG  247

seq1  GTGGGGTACCAAGGTTCCCAATTTGGCCTGAAAAGTGACTCACCTCTATA  298
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTACCAAGGTTCCCAATTTGG-CTGAAAAGTGACTCACCTCTATA  296

seq1  GATGGCCCTGTGCTCTCCCGCACCCACCCCTCGGTTGGTACTCATGTGTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCCTGTGCTCTCCCGCACCCACCCCTCGGTTGGTACTCATGTGTA  346

seq1  CTGCACTGTACTGCGTAGGCCATTCTCTTTTCTAAAGTATATGAGTGCCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTGTACTGCGTAGGCCATTCTCTTTTCTAAAGTATATGAGTGCCT  396

seq1  TGCCTCTAATTGAGTTGTGCCACTCCCAAAGAGATTCTTTCTACCCTGGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTAATTGAGTTGTGCCACTCCCAAAGAGATTCTTTCTACCCTGGC  446

seq1  CCAATTCCTCTTTACACTTTTAAAGAAAGTTTCTATGTCTGGACTTGATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCCTCTTTACACTTTTAAAGAAAGTTTCTATGTCTGGACTTGATC  496

seq1  CTTGGGCTCTTAATTCAAAGGTCTTAATTTAAATTCTGGTATGCTTGCCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCTCTTAATTCAAAGGTCTTAATTTAAATTCTGGTATGCTTGCCC  546

seq1  TTACTATCCCATAAGACTCTTCATGTACCTCCTTCTCATCAATGTTCTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATCCCATAAGACTCTTCATGTACCTCCTTCTCATCAATGTTCTCC  596

seq1  AATGCTCTCCATACCATTCCATACCTGTGCACCTTGTCCAGGCTGTTCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTCTCCATACCATTCCATACCTGTGCACCTTGTCCAGGCTGTTCTC  646

seq1  TTAGCCTTGTGTGATCTTCCCTGTTGACACACTGTTCATTCTCAAAGAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCTTGTGTGATCTTCCCTGTTGACACACTGTTCATTCTCAAAGAAT  696

seq1  CATCTCAAATATCACTTCCTCCACACATCCTTTCCTGATTCCTGGAGTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCAAATATCACTTCCTCCACACATCCTTTCCTGATTCCTGGAGTTG  746

seq1  ATTCTAATTGTTTCTTCTGTGTTCTCACTACACTTTCTTCAGAAGGACTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAATTGTTTCTTCTGTGTTCTCACTACACTTTCTTCAGAAGGACTT  796

seq1  GTCCTCAAATTGCAACAACCTAATATTGTGGGGGCTTGTGTCTATCTGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAAATTGCAACAACCTAATATTGTGGGGGCTTGTGTCTATCTGTC  846

seq1  ACCCCTATGAAGCCCAAGGGTTTTCAAGGGCAGAAGTGTGTTTGATTCAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTATGAAGCCCAAGGGTTTTCAAGGGCAGAAGTGTGTTTGATTCAT  896

seq1  CTTTGTGCTTCTCAAGATTCCCAGGACCTAACAGAGTACTGGCACTCAGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGCTTCTCAAGATTCCCAGGACCTAACAGAGTACTGGCACTCAGT  946

seq1  GGCCAAACAAACAAACATTTTGAGGCAGAGTTCAAGTATTATGTGTTAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAACAAACAAACATTTTGAGGCAGAGTTCAAGTATTATGTGTTAAT  996

seq1  TTACTGAACTGTCTGTATGTGTTCTAGCTGTTAATCAAGGAACCTGGCAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAACTGTCTGTATGTGTTCTAGCTGTTAATCAAGGAACCTGGCAT  1046

seq1  GGGCCACAAACGCAATACAGAATGCACAACATCTGTGCTGGAATAACTCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACAAACGCAATACAGAATGCACAACATCTGTGCTGGAATAACTCC  1096

seq1  AAACATTTTTAATGTCAAAGTTTTGGAGATTGGTTTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTTTAATGTCAAAGTTTTGGAGATTGGTTTGAATTC  1138

seq1: chrX_49533017_49534137
seq2: B6Ng01-071A08.g_67_1187

seq1  GAATTCCATTGAAACATCACTTGACAATTAGGAGAGCACACTGGACAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTGAAACATCACTTGACAATTAGGAGAGCACACTGGACAACA  50

seq1  TGCAGCAGGGACCCATTAAAACCTCGCTTTGGTGGATATAAAAATATACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAGGGACCCATTAAAACCTCGCTTTGGTGGATATAAAAATATACT  100

seq1  CATTTTCACAGATTTAAATACATCTCGGTTCTCTGCAAAGGGCTGTATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCACAGATTTAAATACATCTCGGTTCTCTGCAAAGGGCTGTATGA  150

seq1  CAGATGGCTTCAAAGCGAGTCACATTTACAAACAGCACACAAAAATATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGCTTCAAAGCGAGTCACATTTACAAACAGCACACAAAAATATTG  200

seq1  TTTAGCAGATTCTCAAAGAGTTCTTCAGATCCCTCCAGAGCCAGTCTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCAGATTCTCAAAGAGTTCTTCAGATCCCTCCAGAGCCAGTCTTTT  250

seq1  TCACCAACTCTTTTGCTTGTGATTTGCGGAGGCTCCCGAAAATGTCTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAACTCTTTTGCTTGTGATTTGCGGAGGCTCCCGAAAATGTCTCTG  300

seq1  GACTTCCTAACAACATCTCTGTGTCTTTCCTGGGCTTCCAGAATAGGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCTAACAACATCTCTGTGTCTTTCCTGGGCTTCCAGAATAGGACA  350

seq1  GTTCCAGAGCCCTGGAGGTGGCTCAAGTGGTATTTTAGAAAACATCATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGAGCCCTGGAGGTGGCTCAAGTGGTATTTTAGAAAACATCATCT  400

seq1  AAGCATGAAAATTAGCAATTCTTTACCCTAACATAATCTCTAACCCAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGAAAATTAGCAATTCTTTACCCTAACATAATCTCTAACCCAAAA  450

seq1  CTTAGGGGGGTGGGAAAGAATACAAAGACTGTCATAGGCGTTATGAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGGGGTGGGAAAGAATACAAAGACTGTCATAGGCGTTATGAATCA  500

seq1  TGTGTACAGCTATTTAGTTTACTTCAAGTCCTCGAGCTGGCCAAAAGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACAGCTATTTAGTTTACTTCAAGTCCTCGAGCTGGCCAAAAGCCT  550

seq1  GGTACTGTATGTAGCTCAGGCCTATAATCCCAGCATTTGAGAGGCAGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTGTATGTAGCTCAGGCCTATAATCCCAGCATTTGAGAGGCAGGCT  600

seq1  GAGAAGGCAAGAGATTAAAAGTTAGAGGTCAGCCAGAGTTATACAGTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGCAAGAGATTAAAAGTTAGAGGTCAGCCAGAGTTATACAGTTCC  650

seq1  AGACTGGGATATACAGTAAGAACCTGTCTCAAAAGCAATAGCAGGGGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGGATATACAGTAAGAACCTGTCTCAAAAGCAATAGCAGGGGATG  700

seq1  GGATGTAGGTCAGTTAATAGAGTGCTTGCCTAGCATAGCTGAAGCCCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTAGGTCAGTTAATAGAGTGCTTGCCTAGCATAGCTGAAGCCCTGG  750

seq1  GTGCCTATAATCCTAACACTCTAGTAGTGGAAACAAAAGGAATAAAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTATAATCCTAACACTCTAGTAGTGGAAACAAAAGGAATAAAAGTT  800

seq1  CTGGACCAGCCTTTACTATACAGTAAGTAGTAGTACAGCCTGGGTTACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACCAGCCTTTACTATACAGTAAGTAGTAGTACAGCCTGGGTTACAT  850

seq1  GAGACATTATTT-CCAAAAAGAAAACACAGTTCCACACAACACCACCCAC  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATTATTTCCCAAAAAGAAAACACAGTTCCACACAACACCACCCAC  900

seq1  AGAGAACAA-TGATAAAAGATATGTTTCTGGACAACTCCTGTAAAATTGA  948
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACAATTGATAAAAGATATGTTTCTGGACAACTCCTGTAAAATTGA  950

seq1  AATTTACAACAAAGTCACACATTGAGCATAAATACTGAGCAAAAAATAGT  998
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATTTAC-ACAAAGTCACACATTGAGCATAAATACTGAGC-AAAAATAGT  998

seq1  CACAGTATGGGCCTTGTCCTCCAAGAGTGTCCAGCCTTGCGAAGGACCTA  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  CACAGTATGGGCCTTGTCCTCCAAGAGTGTCCAGTCTTGCGAAGGACTTA  1048

seq1  AACATTAACTCACAAGGCAGGCACTGTGTGTTAAATCCAG-ATAGGCA-G  1096
      |||||| |||||| ||||| |||||| ||| ||||||| | ||||||| |
seq2  AACATT-ACTCAC-AGGCA-GCACTGGGTGGTAAATCCGGAATAGGCATG  1095

seq1  TGTGTGGTGGGGTCACT-GTGGGCAG  1121
      ||  |||  ||||| || ||||||||
seq2  TGGTTGGGTGGGTCTCTGGTGGGCAG  1121