BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072A24
ChromosomeX (Build37)
Map Location 156,211,796 - 156,252,412
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSh3kbp1
Upstream geneLOC436243, LOC100040371, Rps6ka3, Eif1ay, Mtap7d2, A830080D01Rik, LOC100041359
Downstream geneLOC667524, Pdha1, LOC100041403, LOC100041416, LOC100041427, Gpr64, Phka2, Ppef1, Rs1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072A24.bB6Ng01-072A24.g
ACCDH889582DH889583
length1,0741,103
definitionDH889582|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072A24, 5' end.DH889583|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,211,796 - 156,212,806)(156,251,302 - 156,252,412)
sequence
gattccaactccaaatactttaaaatgcatgaaacagaaataagataaaa
gtgaatttcctaaagattagcattgtcaatatctatatttaagaaggaat
cttgaataagtaacctaactttgtaccttaaagaatgaggaaggccaggt
atggagtgcctgactttgttcccagcacttgcaaggcagaggcatgaggg
tctctgtgagttcaacactagcctggtctacagagtgagttccagaaccg
ccagggctacacagagaaaccctgctcgaaaataaaaaacaatgaggaga
gaaaaatcaaaatgaacaggcagaaagatgaacaaagactacagtggaaa
gaaatgaaatagagaatagaaaactaacgtagaaaccagtcatacagagc
ttggttctcagctggacgtggtgcctgcctcatagctgtaatctttgcac
ttagtaggtagagtcaggaagatcaggaattcaaggttaccctgggctac
atagagaatttgagtttaaggtcacctgggctatataagattttgtctca
aacaaaacaaaacctatagtaaaaggaaggaaattatggactagttgaca
caattgatagatgtttaattatagcgatcgagagagaagttctccatcgc
cacatgagaaattagaggacatacctgtcaatcttaagagacattaaaag
gattgtaagggactattatcaataactggtacattattgatggaacttta
aagttggataaccagtttggagaaatagtgtggatcacaatgatcctgcc
tttgcctcctgagtgcagtttaatttgcctagatctcaaacttctaactt
ctatgtaatccctaaattgatgcccaggtaaagcgcgaagatacatattc
atatgcacacatacatatatccatacctacatgcatatatacattgtact
tgattattcctagcagcattattcataaacaacccaaatgtttagcagct
gatgcgtaatgaaatgaccaatcgtttggactaaaccatggatgatctca
acgagctgatgctgaatgaaggaa
gaattcactgcaagtctgcgtaccaatattcacaggatatgtagcatggg
gtccttatgcttgccctgaataaagaccagtaaaataacctccttcctcc
caggaatcacagggcaagggatccacaaccaaggtcaggatccacaactg
agtgatctgtggcacaattcctggaatcggagggaggctgaaccaactcc
agatattcagtctgatgatgtctgaaatattcatgttcccaataagcagc
tctagtgtgagattccaggaaagcactcctgacgtgaaggatcaacagct
gcctactgggaaaacaaaggcatcttcgccctgccacacccccagatgcc
agtatcactgtcattccacggcctgggagtctatgggaaaactacagagg
tctatcattagctacacagcaaatggaagggttgacaataaaaccattgc
tcgtcacctgggggatactcttccaattgcagcttccatggatgcaaggg
gtgtttccttgtgacctgagccctcttggggggaaagcctggtaccataa
ccactaagagctatgtaatacaatttctttctacagtctgctgctttagt
ctcaagactgagcctggagagaggagaaaatattatccttctattcacac
tatctgtcttctgagatcatctagtttaatttccacataaagacaaaggc
actgaagcccagaatgatgattccccctattaagcacagtgccaacacat
tcacgacaggcaaatcattaaaagaaatcctctatgacagcctatcgagt
cctaattgactcatataaaagtggagtgggggagggcggggttctctcca
atgaggagcaaaagggaacacaaatcctgattatagttaccattgtccta
gtcaggtcctgcacacaagcctgtgtagccattctggtgacgtcatattt
actaaacagttatcctatactgccttatgacccaagggatagattcattg
atgatcagaacccatgagacttcatccagaggtttaagaatgctccatta
ggtaagtgatgccatgcaacgtagacttttaattgacctagttacccatg
taa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_156211796_156212806
seq2: B6Ng01-072A24.b_102_1111

seq1  GATTAGCATTGTCAATATCTATATTTAAGAAGGAATCTTGAATAAGTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGCATTGTCAATATCTATATTTAAGAAGGAATCTTGAATAAGTAAC  50

seq1  CTAACTTTGTACCTTAAAGAATGAGGAAGGCCAGGTATGGAGTGCCTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTTGTACCTTAAAGAATGAGGAAGGCCAGGTATGGAGTGCCTGAC  100

seq1  TTTGTTCCCAGCACTTGCAAGGCAGAGGCATGAGGGTCTCTGTGAGTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCCAGCACTTGCAAGGCAGAGGCATGAGGGTCTCTGTGAGTTCA  150

seq1  ACACTAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGAACCGCCAGGGCTACACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGAACCGCCAGGGCTACACAG  200

seq1  AGAAACCCTGCTCGAAAATAAAAAACAATGAGGAGAGAAAAATCAAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCTGCTCGAAAATAAAAAACAATGAGGAGAGAAAAATCAAAATG  250

seq1  AACAGGCAGAAAGATGAACAAAGACTACAGTGGAAAGAAATGAAATAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCAGAAAGATGAACAAAGACTACAGTGGAAAGAAATGAAATAGAG  300

seq1  AATAGAAAACTAACGTAGAAACCAGTCATACAGAGCTTGGTTCTCAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAAACTAACGTAGAAACCAGTCATACAGAGCTTGGTTCTCAGCTG  350

seq1  GACGTGGTGCCTGCCTCATAGCTGTAATCTTTGCACTTAGTAGGTAGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGGTGCCTGCCTCATAGCTGTAATCTTTGCACTTAGTAGGTAGAGT  400

seq1  CAGGAAGATCAGGAATTCAAGGTTACCCTGGGCTACATAGAGAATTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGATCAGGAATTCAAGGTTACCCTGGGCTACATAGAGAATTTGAG  450

seq1  TTTAAGGTCACCTGGGCTATATAAGATTTTGTCTCAAACAAAACAAAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGTCACCTGGGCTATATAAGATTTTGTCTCAAACAAAACAAAACC  500

seq1  TATAGTAAAAGGAAGGAAATTATGGACTAGTTGACACAATTGATAGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAAAAGGAAGGAAATTATGGACTAGTTGACACAATTGATAGATGT  550

seq1  TTAATTATAGCGATCAAGAGAGAAGTTCTCCATCGCCACATGAGAAATTA  600
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATAGCGATCGAGAGAGAAGTTCTCCATCGCCACATGAGAAATTA  600

seq1  GAGGACATACCTGTCAATCTTAAGAGACATTAAAAGGATTGTAAGGGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACATACCTGTCAATCTTAAGAGACATTAAAAGGATTGTAAGGGACT  650

seq1  ATTATCAATAACTGGTACATTATTGATGGAACTTTAAAGTTGGATAACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCAATAACTGGTACATTATTGATGGAACTTTAAAGTTGGATAACCA  700

seq1  GTTTGGAGAAATAGTGTGGATCACAATGATCCTGCCTTTGCCTCCTGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAGAAATAGTGTGGATCACAATGATCCTGCCTTTGCCTCCTGAGT  750

seq1  GCAGTTTAATTTGCCTAGATCTCAAACTTCTAACTTCTATGTAATCCAGA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  GCAGTTTAATTTGCCTAGATCTCAAACTTCTAACTTCTATGTAATCCCTA  800

seq1  AATTGATGCCCAGGTAAAGCGAGAAGATACATATTCATATGCACACATAC  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATGCCCAGGTAAAGCGCGAAGATACATATTCATATGCACACATAC  850

seq1  ATATATCCATCCATACATGCATATATACATTGTACTTGATTATTCCTAGC  900
      |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCCATACCTACATGCATATATACATTGTACTTGATTATTCCTAGC  900

seq1  AGCATTATTCATAAACAACCCAGATGTTTAGCAGCTGATGCGTAAATGAA  950
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||
seq2  AGCATTATTCATAAACAACCCAAATGTTTAGCAGCTGATGCGTAATGAAA  950

seq1  TGAACAATCTTTGGTACTAAACCATGGATGAACCTCCAACAGCTGATGCT  1000
      ||| ||||| || | ||||||||||||||| | ||| |  ||||||||||
seq2  TGACCAATCGTTTGGACTAAACCATGGATG-ATCTCAACGAGCTGATGCT  999

seq1  GAGTGAAGGAA  1011
      || ||||||||
seq2  GAATGAAGGAA  1010

seq1: chrX_156251302_156252412
seq2: B6Ng01-072A24.g_63_1165 (reverse)

seq1  TTACATGGGT-ACTGGGTCCAATACAAGTCCTCTGTTTGCATGGCCATCA  49
      |||||||||| ||| |||| | || |||||  |   |||||||| |||||
seq2  TTACATGGGTAACTAGGTCAATTAAAAGTCTAC--GTTGCATGG-CATCA  47

seq1  CTTTACCTATGGGAGCATTTCTTAAA-CTCTGGGATGAGGTCTTCATGGG  98
      | |||||||  |||||| |||||||| |||| |||||| ||| |||||||
seq2  C-TTACCTAATGGAGCA-TTCTTAAACCTCT-GGATGAAGTC-TCATGGG  93

seq1  TTCTGATCACCAATGAATCTAT-CCTTGGGTCATAAGGCAGTATAGGATA  147
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATCATCAATGAATCTATCCCTTGGGTCATAAGGCAGTATAGGATA  143

seq1  ACTGTTTAGTAAATATTGACGTCACCAGAATGGCTACACAGGCTTGGTGT  197
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTGTTTAGTAAATA-TGACGTCACCAGAATGGCTACACAGGCTT-GTGT  191

seq1  GGCAGGACCTGACTAAGAACAATGGTAAC-ATAATCAGGATTTCTTGTTC  246
       ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||  |||||
seq2  -GCAGGACCTGACT-AGGACAATGGTAACTATAATCAGGATTT-GTGTTC  238

seq1  CCTTTTGCTCCTCATAGGAGGGAACCCCGCCCTCCCCCACTCCACTTTTA  296
      ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGCTCCTCATTGGAGAGAACCCCGCCCTCCCCCACTCCACTTTTA  288

seq1  TATGAGTCAATTAGGACTCGATAGGCTGTCATAGAGGATTTCTTTTAATG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTCAATTAGGACTCGATAGGCTGTCATAGAGGATTTCTTTTAATG  338

seq1  ATTTGCCTGTCGTGAATGTGTTGGCACTGTGCTTAATAGGGGGAATCATC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCTGTCGTGAATGTGTTGGCACTGTGCTTAATAGGGGGAATCATC  388

seq1  ATTCTGGGCTTCAGTGCCTTTGTCTTTATGTGGAAATTAAACTAGATGAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGGCTTCAGTGCCTTTGTCTTTATGTGGAAATTAAACTAGATGAT  438

seq1  CTCAGAAGACAGCTAGTGTGAATAGAAGGATAATATTTTCTCCTCTCTCC  496
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGACAGATAGTGTGAATAGAAGGATAATATTTTCTCCTCTCTCC  488

seq1  AGGCTCAGTCTTGAGACTAAAGCAGCAGACTGTAGAAAGAAATTGTATTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGTCTTGAGACTAAAGCAGCAGACTGTAGAAAGAAATTGTATTA  538

seq1  CATAGCTCTTAGTGGTTATGGTACCAGGCTTTCCCCCCAAGAGGGCTCAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTCTTAGTGGTTATGGTACCAGGCTTTCCCCCCAAGAGGGCTCAG  588

seq1  GTCACAAGGAAACACCCCTTGCATCCATGGAAGCTGCAATTGGAAGAGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAAGGAAACACCCCTTGCATCCATGGAAGCTGCAATTGGAAGAGTA  638

seq1  TCCCCCAGGTGACGAGCAATGGTTTTATTGTCAACCCTTCCATTTGCTGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCAGGTGACGAGCAATGGTTTTATTGTCAACCCTTCCATTTGCTGT  688

seq1  GTAGCTAATGATAGACCTCTGTAGTTTTCCCATAGACTCCCAGGCCGTGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTAATGATAGACCTCTGTAGTTTTCCCATAGACTCCCAGGCCGTGG  738

seq1  AATGACAGTGATACTGGCATCTGGGGGTGTGGCAGGGCGAAGATGCCTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAGTGATACTGGCATCTGGGGGTGTGGCAGGGCGAAGATGCCTTT  788

seq1  GTTTTCCCAGTAGGCAGCTGCTGATCCTTCACGTCAGGAGTGCTTTCCTG  846
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCCAGTAGGCAGCTGTTGATCCTTCACGTCAGGAGTGCTTTCCTG  838

seq1  GAATCTCACACTAGAGCTGCTTATTGGGAACATGAATATTTCAGACATCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCACACTAGAGCTGCTTATTGGGAACATGAATATTTCAGACATCA  888

seq1  TCAGACTGAATATCTGGAGTTGGTTCAGCCTCCCTCCGCTGCCAGGAATT  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
seq2  TCAGACTGAATATCTGGAGTTGGTTCAGCCTCCCTCCGATTCCAGGAATT  938

seq1  GTGCCACAGATCACTCAGTTGTGGATCCTGACCTTGGTTGTGGATCCCTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACAGATCACTCAGTTGTGGATCCTGACCTTGGTTGTGGATCCCTT  988

seq1  GCCCTGTGATTCCTGGGAGGAAGGAGGTTATTTTACTGGTCTTTATTCAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTGATTCCTGGGAGGAAGGAGGTTATTTTACTGGTCTTTATTCAG  1038

seq1  GGCAAGCATAAGGACCCCATGCTACATATCCTGTGACTATTGGTATGCAG  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  GGCAAGCATAAGGACCCCATGCTACATATCCTGTGAATATTGGTACGCAG  1088

seq1  ACTCGCAGTGAATTC  1111
      ||| |||||||||||
seq2  ACTTGCAGTGAATTC  1103