BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072E19
ChromosomeX (Build37)
Map Location 16,606,529 - 16,691,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043063
Upstream geneLOC100043949, LOC100043950, Cypt6, LOC100038939, LOC668993, Maoa, Maob, Ndph
Downstream geneEfhc2, Fundc1, EG278181, EG668994, EG436196, EG331391
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072E19.bB6Ng01-072E19.g
ACCDH889755DH889756
length1,0761,147
definitionDH889755|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072E19, 5' end.DH889756|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072E19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,690,656 - 16,691,751)(16,606,529 - 16,607,686)
sequence
gaattccacaaaaatccaaaattctggacttcaaaaagcctcagcaaagt
agtaagggaacttattcatttggataaaaaaggtaccttatggaaagaag
aaaaaaggtaaaaaaccctacagctaatctcattgtgtgaacggcatatt
ttctttgtaagatcatgaaagagctgcattgtacagcatggaatacagat
gtcagataagtccagtaaaagatatttgcatgataactttgggagaattt
aaagtcataacagcacttatatatacttaattgaacacctagaattccat
ttaattcacattcagttttggcaaggatgtggaacacttggcacattgct
ggtgggcatgtaggttagagtgacaaacttggaaaacaatgtagtagttt
ctttaaaagctcaaagttttcctttgctaaaatgtcattttatttttaat
tatgttgtatatatttgtgtgcccttcccccagacttgagcaggctaaat
agaccttaagtgtttgccactattggaccttaatgatccaggtggagtca
attccctacaggagtagactgccagctgagcttgttttgtaactcaatcc
agctgaaacaaaggatggggaggggtctgtgggttttccctatataagca
cagtgctgactattaaactttgagccttgatcagaaatctttgtcttggc
ttcatccttctcttgcctgcccatcctttttcattcccagcctcactttc
agatacccagttctctgtggctgcatgacagctacaggtggtgccagcat
gaggggcctgaaaactgggggacccactgagaaatgctgtcttggatgga
gctccacagaaaacagaagaaaagtaacagtatcctgcatcgtggtaagc
aacaaacagcattgatgttagtgctagtgtaaatttctttggaggctgtg
ttgcaagaaatgcattaaggccacagctagtgaagagtgtgacccaatgc
tgattcactaggtgatagtgcatgacaggaaattctatatatgcatttgt
ccacagcaagaactgcatcagtgaga
gaattcccctacataaaagccaaaacaaacccttcctcctcaagttgctt
ttgtctagtgttttgtcacaaaaccacagctatcagaaaaatatgtaaaa
tacctgtactgtgggaaaggctccatccaagctacagatataaaagactg
gagtatgtccctaagaaagtttccacctgccacaaaggcatcttttctta
gtcaggctgctattctgtaagtttggggtgaggagaggccaggggaagca
tacaagctaagaagaaagggtccccaagagagtttgtttgcaacataatg
gggacaacaggcaaaaggatgactgtaaaaagcttaggggaagttgggta
ggagtgaccacataataggcagagggcttctttgtgagatgataggagta
ttctggaactaaatagatgagtggttatgcaaaactggaaaaataaacta
tacaattctacacttaaatggttaaacgataaattttgttatctgacact
tatctcacttaaaataagtatttttcttttaaaatgaggtgacctaaatg
agattgcctgtcttgctacctatacattataagggattatatgtttttgt
tttgatttttttttaaaaaaatcaaacaaaaaacccaaaatcatttgtta
aggtttgtttgtgggaggtatcttaattattttaatattgctgtaaagag
ataccatgactaaggtaattttataaaagaaatcatttaattggcagctt
gctcacagttgcagagggggagtccatgaccatcaagataggaagctcag
cagcaggcaggaactgtaacaatagctgagagttgcatccttatctttaa
gtaggagacagaggcagaactaacatcaaagtctaccctgaagtgacata
tgtcattccacaggccatgcttctaatccttcccaaatagttcaccaact
gaggaccagacattcaaataaatgagcctatggtggttgcttctcattca
aatcaccacagatggtttttctctttttcttcttggtggttctgggtatc
cactcaggtcatcatgactggcaacaggtttccattactgatacatttca
gctcccgactgccctttctttatgtaaggttcaatgctggccttaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_16690656_16691751
seq2: B6Ng01-072E19.b_46_1121 (reverse)

seq1  TCTCACTTGATGCAGTTCTTGCCTGTGGACAAATGCCTATATAGAATTTC  50
      |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TCTCAC-TGATGCAGTTCTTG-CTGTGGACAAATGCATATATAGAATTT-  47

seq1  CCTGTCCAATTGCACTATCACCCCTAGTTGAATTCAGCATTGGGTCAACA  100
      ||||||    ||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||| |||
seq2  CCTGTC---ATGCACTATCA--CCTAG-TGAA-TCAGCATTGGGTC-ACA  89

seq1  CCTCTTCAACCTAGCCTGTGGCCCCTTAATGCATTTCTTGCAACAACAGC  150
       |||||||  |||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  -CTCTTCA--CTAG-CTGTGG--CCTTAATGCATTTCTTGCAAC-ACAGC  132

seq1  CTCCAAAAGAAATTTACACCTAGCACTAACATCAATGCTGTTTGTTGCTT  200
      |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCC-AAAGAAATTTACA-CTAGCACTAACATCAATGCTGTTTGTTGCTT  180

seq1  ACCACGATGCAGGATACTGTTACTTTTCTTCTGTTTTCTGTGGAGCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGATGCAGGATACTGTTACTTTTCTTCTGTTTTCTGTGGAGCTCCA  230

seq1  TCCAAGACAGCATTTCTCAGTGGGTCCCCCAGTTTTCAGGCCCCTCATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGACAGCATTTCTCAGTGGGTCCCCCAGTTTTCAGGCCCCTCATGC  280

seq1  TGGCACCACCTGTAGCTGTCATGCAGCCACAGAGAACTGGGTATCTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCACCTGTAGCTGTCATGCAGCCACAGAGAACTGGGTATCTGAAA  330

seq1  GTGAGGCTGGGAATGAAAAAGGATGGGCAGGCAAGAGAAGGATGAAGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCTGGGAATGAAAAAGGATGGGCAGGCAAGAGAAGGATGAAGCCA  380

seq1  AGACAAAGATTTCTGATCAAGGCTCAAAGTTTAATAGTCAGCACTGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAGATTTCTGATCAAGGCTCAAAGTTTAATAGTCAGCACTGTGCT  430

seq1  TATATAGGGAAAACCCACAGACCCCTCCCCATCCTTTGTTTCAGCTGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGGGAAAACCCACAGACCCCTCCCCATCCTTTGTTTCAGCTGGAT  480

seq1  TGAGTTACAAAACAAGCTCAGCTGGCAGTCTACTCCTGTAGGGAATTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTACAAAACAAGCTCAGCTGGCAGTCTACTCCTGTAGGGAATTGAC  530

seq1  TCCACCTGGATCATTAAGGTCCAATAGTGGCAAACACTTAAGGTCTATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTGGATCATTAAGGTCCAATAGTGGCAAACACTTAAGGTCTATTT  580

seq1  AGCCTGCTCAAGTCTGGGGGAAGGGCACACAAATATATACAACATAATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCTCAAGTCTGGGGGAAGGGCACACAAATATATACAACATAATTA  630

seq1  AAAATAAAATGACATTTTAGCAAAGGAAAACTTTGAGCTTTTAAAGAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAATGACATTTTAGCAAAGGAAAACTTTGAGCTTTTAAAGAAAC  680

seq1  TACTACATTGTTTTCCAAGTTTGTCACTCTAACCTACATGCCCACCAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACATTGTTTTCCAAGTTTGTCACTCTAACCTACATGCCCACCAGCA  730

seq1  ATGTGCCAAGTGTTCCACATCCTTGCCAAAACTGAATGTGAATTAAATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCAAGTGTTCCACATCCTTGCCAAAACTGAATGTGAATTAAATGG  780

seq1  AATTCTAGGTGTTCAATTAAGTATATATAAGTGCTGTTATGACTTTAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAGGTGTTCAATTAAGTATATATAAGTGCTGTTATGACTTTAAAT  830

seq1  TCTCCCAAAGTTATCATGCAAATATCTTTTACTGGACTTATCTGACATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAAAGTTATCATGCAAATATCTTTTACTGGACTTATCTGACATCT  880

seq1  GTATTCCATGCTGTACAATGCAGCTCTTTCATGATCTTACAAAGAAAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCCATGCTGTACAATGCAGCTCTTTCATGATCTTACAAAGAAAATA  930

seq1  TGCCGTTCACACAATGAGATTAGCTGTAGGGTTTTTTACCTTTTTTCTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGTTCACACAATGAGATTAGCTGTAGGGTTTTTTACCTTTTTTCTTC  980

seq1  TTTCCATAAGGTACCTTTTTTATCCAAATGAATAAGTTCCCTTACTACTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATAAGGTACCTTTTTTATCCAAATGAATAAGTTCCCTTACTACTT  1030

seq1  TGCTGAGGCTTTTTGAAGTCCAGAATTTTGGATTTTTGTGGAATTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGCTTTTTGAAGTCCAGAATTTTGGATTTTTGTGGAATTC  1076

seq1: chrX_16606529_16607686
seq2: B6Ng01-072E19.g_67_1213

seq1  GAATTCCCCTACATAAAAGCCAAAACAAACCCTTCCTCCTCAAGTTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCTACATAAAAGCCAAAACAAACCCTTCCTCCTCAAGTTGCTT  50

seq1  TTGTCTAGTGTTTTGTCACAAAACCACAGCTATCAGAAAAATATGTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTAGTGTTTTGTCACAAAACCACAGCTATCAGAAAAATATGTAAAA  100

seq1  TACCTGTACTGTGGGAAAGGCTCCATCCAAGCTACAGATATAAAAGACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTACTGTGGGAAAGGCTCCATCCAAGCTACAGATATAAAAGACTG  150

seq1  GAGTATGTCCCTAAGAAAGTTTCCACCTGCCACAAAGGCATCTTTTCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGTCCCTAAGAAAGTTTCCACCTGCCACAAAGGCATCTTTTCTTA  200

seq1  GTCAGGCTGCTATTCTGTAAGTTTGGGGTGAGGAGAGGCCAGGGGAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCTGCTATTCTGTAAGTTTGGGGTGAGGAGAGGCCAGGGGAAGCA  250

seq1  TACAAGCTAAGAAGAAAGGGTCCCCAAGAGAGTTTGTTTGCAACATAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGCTAAGAAGAAAGGGTCCCCAAGAGAGTTTGTTTGCAACATAATG  300

seq1  GGGACAACAGGCAAAAGGATGACTGTAAAAAGCTTAGGGGAAGTTGGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAACAGGCAAAAGGATGACTGTAAAAAGCTTAGGGGAAGTTGGGTA  350

seq1  GGAGTGACCACATAATAGGCAGAGGGCTTCTTTGTGAGATGATAGGAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGACCACATAATAGGCAGAGGGCTTCTTTGTGAGATGATAGGAGTA  400

seq1  TTCTGGAACTAAATAGATGAGTGGTTATGCAAAACTGGAAAAATAAACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAACTAAATAGATGAGTGGTTATGCAAAACTGGAAAAATAAACTA  450

seq1  TACAATTCTACACTTAAATGGTTAAACGATAAATTTTGTTATCTGACACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTCTACACTTAAATGGTTAAACGATAAATTTTGTTATCTGACACT  500

seq1  TATCTCACTTAAAATAAGTATTTTTCTTTTAAAATGAGGTGACCTAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCACTTAAAATAAGTATTTTTCTTTTAAAATGAGGTGACCTAAATG  550

seq1  AGATTGCCTGTCTTGCTACCTATACATTATAAGGGATTATATGTTTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCCTGTCTTGCTACCTATACATTATAAGGGATTATATGTTTTTGT  600

seq1  TTTGATTTTTTTTTAAAAAAATCAAACAAAAAACCCAAAATCATTTGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTTTTTTTTAAAAAAATCAAACAAAAAACCCAAAATCATTTGTTA  650

seq1  AGGTTTGTTTGTGGGAGGTATCTTAATTATTTTAATATTGCTGTAAAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGTTTGTGGGAGGTATCTTAATTATTTTAATATTGCTGTAAAGAG  700

seq1  ATACCATGACTAAGGTAA-TTTATAAAAGAAATCATTTAATTGGCAGCTT  749
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATGACTAAGGTAATTTTATAAAAGAAATCATTTAATTGGCAGCTT  750

seq1  GCTCACAGTTGCAGAGGGGGAGTCCATGACCATCAAGATAGGAAGCTCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGTTGCAGAGGGGGAGTCCATGACCATCAAGATAGGAAGCTCAG  800

seq1  CAGCAGGCAGGAACTGTAACAATAGCTGAGAGTTGCATCCTTATCTTTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGCAGGAACTGTAACAATAGCTGAGAGTTGCATCCTTATCTTTAA  850

seq1  GTAGGAGACAGAGGCAGAACTAACATCAAAGTCTACCCTGAAGTGACATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGACAGAGGCAGAACTAACATCAAAGTCTACCCTGAAGTGACATA  900

seq1  TGTCATTCCACAAGGCCATGCCTCCTAATCCTTCCCAAATAGTTCCACCA  949
      ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTCATTCCAC-AGGCCATG-CTTCTAATCCTTCCCAAATAGTT-CACCA  947

seq1  ACTGAGGACCAGACATTCAAATAAATGAGCCTATGGTGGTTGC-TCTCAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTGAGGACCAGACATTCAAATAAATGAGCCTATGGTGGTTGCTTCTCAT  997

seq1  TCAAATCACCACAGATGG-TTCTCTC-TTTTCTTCTTGTGGGTTCTGGGT  1046
      |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||  ||||||||||
seq2  TCAAATCACCACAGATGGTTTTTCTCTTTTTCTTCTTGGTGGTTCTGGGT  1047

seq1  ATCCAACTCAGGTCATCATGACTGGCAACAAAGGTTCCCATTACTGTATC  1096
      |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| || 
seq2  ATCC-ACTCAGGTCATCATGACTGGCAAC--AGGTTTCCATTACTG-ATA  1093

seq1  CATTTACCAGCTCCCGACTGCACATTTCTTTTATGTTAAGGTTTCAAATT  1146
      |||||  |||||||||||||| | |||| |||||| ||||| |||||  |
seq2  CATTT--CAGCTCCCGACTGC-CCTTTC-TTTATG-TAAGG-TTCAA--T  1135

seq1  GCTGGCCTTAAT  1158
      ||||||||||||
seq2  GCTGGCCTTAAT  1147