BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072P11
ChromosomeX (Build37)
Map Location 162,199,737 - 162,332,585
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040753
Upstream geneMospd2, Fancb, LOC627045, Glra2
Downstream geneGemin8, Gpm6b, Ofd1, Trappc2, Rab9, LOC100040795, A630018P17Rik, Egfl6, LOC100041912, LOC641660
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072P11.bB6Ng01-072P11.g
ACCDH890234DH890235
length9911,053
definitionDH890234|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072P11, 5' end.DH890235|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072P11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(162,199,737 - 162,200,706)(162,331,521 - 162,332,585)
sequence
gaattctagaaaatataaagttacctctattataaagttatgtttgcttt
cttttatctagacctggacttttttcagtaaggagaaaaaagaattggtg
gtaaagatactgacttgaaaattggatatagctttgagttcactgatccc
aacaggtgaagaaaaattgaagtcagctgagacattctttccaaactggt
atacaaaccagccacttcatcaaacttggccttttggatgatagtatcat
atctcaggaggtgtgaatattttaaggcaaaatatttcagttaaaacatc
acgttttaaactataattttgtgtcatgttttattgacatcaattattaa
ttatttcatgataactacatcataatgccaattatttccatacacataat
cctttgggaaatgagaggaggaaagataaatatttggctgtctgctctga
atagtaaatttcaattatattacttttataaatgttttaaatgatacaaa
acattggcacataaatttgcttgactcataagactacagctcaatgaatt
gtcataaactaagcacatctatgtaacacccagatcaaaaaatagacaca
atcaccaccatgaagtgtccctctgttttgtacccatttctaatcccttt
tcatctcaagagagaccactatcctaatctaataaaatagattggtttgc
ctgtctttgaagtttatatttctttgagcattatgcttgtaagattcatc
tctgtaactgcccatggttgtagatagtttatttttattatacacagtat
tgtataacctgaaaatgcaatatcatatttatgtgttctaagtggccagg
cgaatgcacatttaggtagttagtatgttaagccttattgtgaatgatgg
tactatgaaaattctagtggtatgtttgtctgcatagtaaaacacacaaa
atgtgtcttttaggcacttatctagagtggtattggtaagg
gaattcatgcttgcctacaagtaatgatgttcatccatgaacaaaacaga
gacatcaacttccttgactatgaacttttctctgaaaggggatcttctag
tttacaatataatagaccattttattatttttttattctatacctttata
acaactgtatagcttattttagaatgcaatgatctgataattcagctttt
caatagactacacaatttagtaaaatcactccaatagctaaagtcccctt
tgtaccttaaaaccaatttgcaagtataattaaactatgggagagattgt
gtatctgacatttaagatatccttctgtatagttgtcatcaattgcctgt
atccttttctttgtctcagtcctacttaatataggaatgtcatcctcaga
tcgagtctcagggatagcgttcttgaaaaattaagaaaattttaaattct
tcagtggtcaatactttatgaactgttttatggtggcacataccaacatt
ttgatctctgataattgtctgatgacactgagtgtcagaacatccagata
gtgtatgcagttgcatatgcctttgggttgctctatttcgagtacaaaaa
agatggaggtgaagctgccatcttttcataatggaggaaaaattgggtaa
gtcaacagcaccatgaagcaaatttgacatttatgtatgtatgcattcaa
gggcttgtttttttttttaaatacccaacttacatttaaaataagattga
atctgcaagcacacaattggctcagcatctatgagacagacttcttgtac
ataaagcaagcaccatatggtaatattctccccaatgctttgggaccaca
gtgttatctgatcagacgtcagaacattatttgtggcttttgtatcattc
ttaatccactatttatatattaaattatttttcttagacatttatcgtct
cacaaaatatggacatgcaaatttcttctgatcttcatatataccatttt
tctaccttgaggatataaatttatcagaataattatactcaatatagttc
aaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_162199737_162200706
seq2: B6Ng01-072P11.b_44_1012

seq1  GAATTCTAGAAAATATAAAGTTACCTCTATTATAAAGTTATGTTTGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAAAATATAAAGTTACCTCTATTATAAAGTTATGTTTGCTTT  50

seq1  CTTTTATCTAGACCTGGACTTTTTTCAGTAAGGAGAAAAAAGAATTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATCTAGACCTGGACTTTTTTCAGTAAGGAGAAAAAAGAATTGGTG  100

seq1  GTAAAGATACTGACTTGAAAATTGGATATAGCTTTGAGTTCACTGATCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGATACTGACTTGAAAATTGGATATAGCTTTGAGTTCACTGATCCC  150

seq1  AACAGGTGAAGAAAAATTGAAGTCAGCTGAGACATTCTTTCCAAACTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTGAAGAAAAATTGAAGTCAGCTGAGACATTCTTTCCAAACTGGT  200

seq1  ATACAAACCAGCCACTTCATCAAACTTGGCCTTTTGGATGATAGTATCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAACCAGCCACTTCATCAAACTTGGCCTTTTGGATGATAGTATCAT  250

seq1  ATCTCAGGAGGTGTGAATATTTTAAGGCAAAATATTTCAGTTAAAACATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGGAGGTGTGAATATTTTAAGGCAAAATATTTCAGTTAAAACATC  300

seq1  ACGTTTTAAACTATAATTTTGTGTCATGTTTTATTGACATCAATTATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTTAAACTATAATTTTGTGTCATGTTTTATTGACATCAATTATTAA  350

seq1  TTATTTCATGATAACTACATCATAATGCCAATTATTTCCATACACATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCATGATAACTACATCATAATGCCAATTATTTCCATACACATAAT  400

seq1  CCTTTGGGAAATGAGAGGAGGAAAGATAAATATTTGGCTGTCTGCTCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGGAAATGAGAGGAGGAAAGATAAATATTTGGCTGTCTGCTCTGA  450

seq1  ATAGTAAATTTCAATTATATTACTTTTATAAATGTTTTAAATGATACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAAATTTCAATTATATTACTTTTATAAATGTTTTAAATGATACAAA  500

seq1  ACATTGGCACATAAATTTGCTTGACTCATAAGACTACAGCTCAATGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGCACATAAATTTGCTTGACTCATAAGACTACAGCTCAATGAATT  550

seq1  GTCATAAACTAAGCACATCTATGTAACACCCAGATCAAAAAATAGACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAAACTAAGCACATCTATGTAACACCCAGATCAAAAAATAGACACA  600

seq1  ATCACCACCATGAAGTGTCCCTCTGTTTTGTACCCATTTCTAATCCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCACCATGAAGTGTCCCTCTGTTTTGTACCCATTTCTAATCCCTTT  650

seq1  TCATCTCAAGAGAGACCACTATCCTAATCTAATAAAATAGATTGGTTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCAAGAGAGACCACTATCCTAATCTAATAAAATAGATTGGTTTGC  700

seq1  CTGTCTTTGAAGTTTATATTTCTTTGAGCATTATGCTTGTAAGATTCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTTGAAGTTTATATTTCTTTGAGCATTATGCTTGTAAGATTCATC  750

seq1  TCTGTAACTGCCCATGGTTGTAGATAGTTTATTTTTATTATACACAGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAACTGCCCATGGTTGTAGATAGTTTATTTTTATTATACACAGTAT  800

seq1  TGTATAACCTGAAAATGCAATATCATATTTATGTGTTCTAAGTGGCCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAACCTGAAAATGCAATATCATATTTATGTGTTCTAAGTGGCCAGG  850

seq1  CGAATGCACATTTAGGTAGTTAGTATGTTAAGCCTTATTGTGAATGATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGCACATTTAGGTAGTTAGTATGTTAAGCCTTATTGTGAATGATGG  900

seq1  TACTATGAAAATTCTAGTGGTATGTTTGTCTGCATAGTAAAACACACAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TACTATGAAAATTCTAGTGGTATGTTTGTCTGCATAGTAAAACACAC-AA  949

seq1  AATGTGTCTTTTAGGCACTT  970
      ||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTCTTTTAGGCACTT  969

seq1: chrX_162331521_162332585
seq2: B6Ng01-072P11.g_71_1123 (reverse)

seq1  TTTGAACTATATTGAGTTATATATTATTTCTGATTAAATTTATATCCCTT  50
      |||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||  |
seq2  TTTGAACTATATTGAG-TATA-ATTA-TTCTGA-TAAATTTATATCC--T  44

seq1  CAAGGTAGAAAAATGGTAATAATTATGAAGATCAAGAAGAAATTTGCCAT  100
      ||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CAAGGTAGAAAAATGGT-ATA--TATGAAGATC-AGAAGAAATTTG-CAT  89

seq1  GTCCATATTTTGTGAGACGATAAATGTCTAAGAAAAATAATTTAATATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCCATATTTTGTGAGACGATAAATGTCTAAGAAAAATAATTTAATA-TA  138

seq1  TAAATAGTGGATTAAGAATGATACAAAAGCCACAAATAATGTTCTGACGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTGGATTAAGAATGATACAAAAGCCACAAATAATGTTCTGACGT  188

seq1  CTGATCAGATAACACTGTGGTCCCAAAGCATTGGGGAGAATATTACCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCAGATAACACTGTGGTCCCAAAGCATTGGGGAGAATATTACCATA  238

seq1  TGGTGCTTGCTTTATGTACAAGAAGTCTGTCTCATAGATGCTGAGCCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTTGCTTTATGTACAAGAAGTCTGTCTCATAGATGCTGAGCCAAT  288

seq1  TGTGTGCTTGCAGATTCAATCTTATTTTAAATGTAAGTTGGGTATTTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCTTGCAGATTCAATCTTATTTTAAATGTAAGTTGGGTATTTAAA  338

seq1  AAAAAAAACAAGCCCTTGAATGCATACATACATAAATGTCAAATTTGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAACAAGCCCTTGAATGCATACATACATAAATGTCAAATTTGCTT  388

seq1  CATGGTGCTGTTGACTTACCCAATTTTTCCTCCATTATGAAAAGATGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGCTGTTGACTTACCCAATTTTTCCTCCATTATGAAAAGATGGCA  438

seq1  GCTTCACCTCCATCTTTTTTGTACTCGAAATAGAGCAACCCAAAGGCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACCTCCATCTTTTTTGTACTCGAAATAGAGCAACCCAAAGGCATA  488

seq1  TGCAACTGCATACACTATCTGGATGTTCTGACACTCAGTGTCATCAGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTGCATACACTATCTGGATGTTCTGACACTCAGTGTCATCAGACA  538

seq1  ATTATCAGAGATCAAAATGTTGGTATGTGCCACCATAAAACAGTTCATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCAGAGATCAAAATGTTGGTATGTGCCACCATAAAACAGTTCATAA  588

seq1  AGTATTGACCACTGAAGAATTTAAAATTTTCTTAATTTTTCAAGAACGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGACCACTGAAGAATTTAAAATTTTCTTAATTTTTCAAGAACGCT  638

seq1  ATCCCTGAGACTCGATCTGAGGATGACATTCCTATATTAAGTAGGACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGAGACTCGATCTGAGGATGACATTCCTATATTAAGTAGGACTGA  688

seq1  GACAAAGAAAAGGATACAGGCAATTGATGACAACTATACAGAAGGATATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGAAAAGGATACAGGCAATTGATGACAACTATACAGAAGGATATC  738

seq1  TTAAATGTCAGATACACAATCTCTCCCATAGTTTAATTATACTTGCAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTCAGATACACAATCTCTCCCATAGTTTAATTATACTTGCAAAT  788

seq1  TGGTTTTAAGGTACAAAGGGGACTTTAGCTATTGGAGTGATTTTACTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTAAGGTACAAAGGGGACTTTAGCTATTGGAGTGATTTTACTAAA  838

seq1  TTGTGTAGTCTATTGAAAAGCTGAATTATCAGATCATTGCATTCTAAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAGTCTATTGAAAAGCTGAATTATCAGATCATTGCATTCTAAAAT  888

seq1  AAGCTATACAGTTGTTATAAAGGTATAGAATAAAAAAATAATAAAATGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATACAGTTGTTATAAAGGTATAGAATAAAAAAATAATAAAATGGT  938

seq1  CTATTATATTGTAAACTAGAAGATCCCCTTTCAGAGAAAAGTTCATAGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATATTGTAAACTAGAAGATCCCCTTTCAGAGAAAAGTTCATAGTC  988

seq1  AAGGAAGTTGATGTCTCTGTTTTGTTCATGGATGAACATCATTACTTGTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTTGATGTCTCTGTTTTGTTCATGGATGAACATCATTACTTGTA  1038

seq1  GGCAAGCATGAATTC  1065
      |||||||||||||||
seq2  GGCAAGCATGAATTC  1053