BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073M08
ChromosomeX (Build37)
Map Location 13,337,097 - 13,454,383
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCask
Upstream geneCrsp2, LOC668987, LOC245350, Ppia-psx_132.1, Usp9x, LOC100043000, LOC100043002, LOC675380, Ddx3x, LOC385326, LOC634019, LOC668990, LOC100043947, LOC100043948, Nyx, LOC675416, Gpr34, Gpr82
Downstream geneLOC385327, EG385328
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073M08.bB6Ng01-073M08.g
ACCDH890800DH890801
length1,1361,098
definitionDH890800|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073M08, 5' end.DH890801|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073M08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,453,232 - 13,454,383)(13,337,097 - 13,338,202)
sequence
gaattcacactgagtgcttcatattaaaaggcactttgtggttcgccttc
atttctaccaacaataaacattttcccagggcttacaaaggttctacttt
aatagtatataaagagactggcaacgtctgatactatattaaaatgctaa
tattatcatgttagattatatagataacataaagattatattggcttcct
taaagatatttcagcattgacttgttacgtttttctttattggttgtcta
gcaacattaaaaagcatcacaatgattttcatcatatgactgtgacaggg
agagggaaaaaggagaacaatattgtgtggttttagtccacagcactctg
ttcagttccaccagcatttatcaagtgcgcactataaacttagaaagtgc
taagggtcatgaacacaaaggcaaattaaaccaggaattcagaatctgtg
ctctagactggattttccaaaagcagaccttggaatggaatttgcaagca
gtatctataagatgagtgtgaaggagtgtgatactggaacaaaggagaat
ttgctggctgctacacaggtctgtggagggctctggggcaagaactgccc
aactgaacatgaatcagtctaaaacctccagcctgaccagccatagactg
tgagcttctaggaaggaccatgagagggagagggaactctgtagcacatg
acctagtacaagaggactctctctaacaaaagcagcccttgaaggggttc
accacccttcctgctgcgggtgaatttcagcagttcatgttggtttctac
catagtctaatgggaagaatataattttatcacaataggagggggagtat
aataaatatatgttcagattactacagaaacatagggcagaactgaagca
gagaaaggaccaaaaattgaggccaatcaatgtattattgtatagttgga
tgactatagaaacataattcactcttccttattttttaaattagaaaaga
gacttatgtatcatcacatcatcactaccaccatcatgtatacatgcatt
agaggagtctcatatgtgatgccagagaacagcttccttcctcatgttac
attgaatcagggttgattcagttggctactagcaca
gaattcaactataaatgtgggaagagtcacaagtactcatatacttgtag
tggattcaagccccttctcctaagtcagctgtctttaatatgtcacactt
ggaaaacagaaaattaatgttattaccggttctgctgacagagcatttgg
aaggaaacattaatatccatgagcatctttgaatttttttatttaaaata
tttttagacattttgttaacagtattagaacaatttttttatcttctcat
tgttcataaaaactcattgtttacttgggaagaaagaaaacagtacttaa
aataagcaaacagaaattatagagatgagattgatgttgctaagattaag
gtaactccaaaattaattgatgatacacagttgaaacaaagggcaggaaa
ttatacattatctatactatatgatatgcagtaagatgaagaacttcaaa
catccttattctttttttctgccatcaatactttaatcatgtgtgcatac
atattaatttgttaaatgattataacttgaatgattatcagaaatcctgc
taagttcttgtaatgattattttcatttcccatcaacctaggtgcccctc
accctacttggaaacacatattgagggcataggaggctcatttaaggatc
cattgaatgggtccttagggaaagcatgtctgcctctagccccaccatcc
ccaactcaataagataaaaggaaaaccataaaggttctgaagattgagac
agcgctatgtggatgtagtactctgagtactctgatcctcggaggaggga
tcttccttctcagtgtgtcccagagcggatgctgaaggcaccaagtttaa
ccttccaggttctccaccatggtctatgtaaggagaaagtggacccaata
gaaagcttcctgcttccaaaaccaccggatgctctttgggctcttttttc
agacagactctgttggaaatgtctcatttgtgccaagcatgctgggttta
ttctaatctagttgccagctttgtgaagaaagtatcatcatcttcataaa
gctgaagtcatgctgtacagaacaaattggaatgtctgacctcagctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_13453232_13454383
seq2: B6Ng01-073M08.b_47_1182 (reverse)

seq1  TGTGCTAAGTATGCCAACTTGAATTCAACCCCTGGAATCAATGTAAACAT  50
      |||||| |||| |||||| |||| |||||||   || ||||||| |||||
seq2  TGTGCT-AGTA-GCCAAC-TGAA-TCAACCC--TGATTCAATGT-AACAT  43

seq1  GGAAGGAGAGAAGCTGTTCTCTGGCATCCACATATGTGGAACTCCTCCTA  100
      |  ||||  |||||||||||||||||| |||||||| |  |||||| |||
seq2  G--AGGAAGGAAGCTGTTCTCTGGCAT-CACATATGAG--ACTCCT-CTA  87

seq1  ATGCATGTATACATGATGGTGGTGGTGATGATGTTGATGATACATAAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGCATGTATACATGATGGTGGTAGTGATGATG-TGATGATACATAAGTC  136

seq1  TCTTTTTCTAATTTAAAAAATAAGGAAGAGTGAATTATTGTTTCTATAGT  200
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TC-TTTTCTAATTTAAAAAATAAGGAAGAGTGAATTA-TGTTTCTATAGT  184

seq1  CATCCAACTATACAATAATACATTGATTGGCCTCAATTTTTGGTCCTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAACTATACAATAATACATTGATTGGCCTCAATTTTTGGTCCTTTC  234

seq1  TCTGCTTCAGTTCTGCCCTATGTTTCTGTAGTAATCTGAACATATATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCAGTTCTGCCCTATGTTTCTGTAGTAATCTGAACATATATTTA  284

seq1  TTATACTCCCCCTCCTATTGTGATAAAATTATATTCTTCCCATTAGACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTCCCCCTCCTATTGTGATAAAATTATATTCTTCCCATTAGACTA  334

seq1  TGGTAGAAACCAACATGAACTGCTGAAATTCACCCGCAGCAGGAAGGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGAAACCAACATGAACTGCTGAAATTCACCCGCAGCAGGAAGGGTG  384

seq1  GTGAACCCCTTCAAGGGCTGCTTTTGTTAGAGAGAGTCCTCTTGTACTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACCCCTTCAAGGGCTGCTTTTGTTAGAGAGAGTCCTCTTGTACTAG  434

seq1  GTCATGTGCTACAGAGTTCCCTCTCCCTCTCATGGTCCTTCCTAGAAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTGCTACAGAGTTCCCTCTCCCTCTCATGGTCCTTCCTAGAAGCT  484

seq1  CACAGTCTATGGCTGGTCAGGCTGGAGGTTTTAGACTGATTCATGTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCTATGGCTGGTCAGGCTGGAGGTTTTAGACTGATTCATGTTCAG  534

seq1  TTGGGCAGTTCTTGCCCCAGAGCCCTCCACAGACCTGTGTAGCAGCCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAGTTCTTGCCCCAGAGCCCTCCACAGACCTGTGTAGCAGCCAGC  584

seq1  AAATTCTCCTTTGTTCCAGTATCACACTCCTTCACACTCATCTTATAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTCCTTTGTTCCAGTATCACACTCCTTCACACTCATCTTATAGAT  634

seq1  ACTGCTTGCAAATTCCATTCCAAGGTCTGCTTTTGGAAAATCCAGTCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTGCAAATTCCATTCCAAGGTCTGCTTTTGGAAAATCCAGTCTAG  684

seq1  AGCACAGATTCTGAATTCCTGGTTTAATTTGCCTTTGTGTTCATGACCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGATTCTGAATTCCTGGTTTAATTTGCCTTTGTGTTCATGACCCT  734

seq1  TAGCACTTTCTAAGTTTATAGTGCGCACTTGATAAATGCTGGTGGAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTTCTAAGTTTATAGTGCGCACTTGATAAATGCTGGTGGAACTG  784

seq1  AACAGAGTGCTGTGGACTAAAACCACACAATATTGTTCTCCTTTTTCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGTGCTGTGGACTAAAACCACACAATATTGTTCTCCTTTTTCCCT  834

seq1  CTCCCTGTCACAGTCATATGATGAAAATCATTGTGATGCTTTTTAATGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGTCACAGTCATATGATGAAAATCATTGTGATGCTTTTTAATGTT  884

seq1  GCTAGACAACCAATAAAGAAAAACGTAACAAGTCAATGCTGAAATATCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGACAACCAATAAAGAAAAACGTAACAAGTCAATGCTGAAATATCTT  934

seq1  TAAGGAAGCCAATATAATCTTTATGTTATCTATATAATCTAACATGATAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAAGCCAATATAATCTTTATGTTATCTATATAATCTAACATGATAA  984

seq1  TATTAGCATTTTAATATAGTATCAGACGTTGCCAGTCTCTTTATATACTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCATTTTAATATAGTATCAGACGTTGCCAGTCTCTTTATATACTA  1034

seq1  TTAAAGTAGAACCTTTGTAAGCCCTGGGAAAATGTTTATTGTTGGTAGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTAGAACCTTTGTAAGCCCTGGGAAAATGTTTATTGTTGGTAGAA  1084

seq1  ATGAAGGCGAACCACAAAGTGCCTTTTAATATGAAGCACTCAGTGTGAAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGCGAACCACAAAGTGCCTTTTAATATGAAGCACTCAGTGTGAAT  1134

seq1  TC  1152
      ||
seq2  TC  1136

seq1: chrX_13337097_13338202
seq2: B6Ng01-073M08.g_70_1167

seq1  GAATTCAACTATAAATGTGGGAAGAGTCACAAGTACTCATATACTTGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTATAAATGTGGGAAGAGTCACAAGTACTCATATACTTGTAG  50

seq1  TGGATTCAAGCCCCTTCTCCTAAGTCAGCTGTCTTTAATATGTCACACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCAAGCCCCTTCTCCTAAGTCAGCTGTCTTTAATATGTCACACTT  100

seq1  GGAAAACAGAAAATTAATGTTATTACCGGTTCTGCTGACAGAGCATTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACAGAAAATTAATGTTATTACCGGTTCTGCTGACAGAGCATTTGG  150

seq1  AAGGAAACATTAATATCCATGAGCATCTTTGAATTTTTTTATTTAAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAACATTAATATCCATGAGCATCTTTGAATTTTTTTATTTAAAATA  200

seq1  TTTTTAGACATTTTGTTAACAGTATTAGAACAATTTTTTTATCTTCTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGACATTTTGTTAACAGTATTAGAACAATTTTTTTATCTTCTCAT  250

seq1  TGTTCATAAAAACTCATTGTTTACTTGGGAAGAAAGAAAACAGTACTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATAAAAACTCATTGTTTACTTGGGAAGAAAGAAAACAGTACTTAA  300

seq1  AATAAGCAAACAGAAATTATAGAGATGAGATTGATGTTGCTAAGATTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCAAACAGAAATTATAGAGATGAGATTGATGTTGCTAAGATTAAG  350

seq1  GTAACTCCAAAATTAATTGATGATACACAGTTGAAACAAAGGGCAGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCCAAAATTAATTGATGATACACAGTTGAAACAAAGGGCAGGAAA  400

seq1  TTATACATTATCTATACTATATGATATGCAGTAAGATGAAGAACTTCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATTATCTATACTATATGATATGCAGTAAGATGAAGAACTTCAAA  450

seq1  CATCCTTATTCTTTTTTTCTGCCATCAATACTTTAATCATGTGTGCATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTATTCTTTTTTTCTGCCATCAATACTTTAATCATGTGTGCATAC  500

seq1  ATATTAATTTGTTAAATGATTATAACTTGAATGATTATCAGAAATCCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATTTGTTAAATGATTATAACTTGAATGATTATCAGAAATCCTGC  550

seq1  TAAGTTCTTGTAATGATTATTTTCATTTCCCATCAACCTAGGTGCCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTCTTGTAATGATTATTTTCATTTCCCATCAACCTAGGTGCCCCTC  600

seq1  ACCCTACTTGGAAACACATATTGAGGGCATAGGAGGCTCATTTAAGGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTACTTGGAAACACATATTGAGGGCATAGGAGGCTCATTTAAGGATC  650

seq1  CATTGAATGGGTCCTTAGGGAAAGCATGTCTGCCTCTAGCCCCACCATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAATGGGTCCTTAGGGAAAGCATGTCTGCCTCTAGCCCCACCATCC  700

seq1  CCAACTCAATAAGATAAAAGGAAAACCATAAAGGTTCTGAAGATTGAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCAATAAGATAAAAGGAAAACCATAAAGGTTCTGAAGATTGAGAC  750

seq1  AGCGCTATGTGGATGTAGTACTCTGAGTACTCTGATCCTCGGAGGAGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCTATGTGGATGTAGTACTCTGAGTACTCTGATCCTCGGAGGAGGGA  800

seq1  TCTTCCTTCTCAGTGTGTCCCAGAGCAGGATGCTGAAGGCACCAAGTTCA  850
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTTCCTTCTCAGTGTGTCCCAGAGC-GGATGCTGAAGGCACCAAGTTTA  849

seq1  ACCTTCCAGGTTCTCCACCATGGTCTATGTAAGGAGAAAGTGGACCCAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCAGGTTCTCCACCATGGTCTATGTAAGGAGAAAGTGGACCCAAT  899

seq1  AGAAAGCTTCCTGCTTCCAAAACCACCGGATGCTCTTTGGGCTCTTTTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAAAGCTTCCTGCTTCCAAAACCACCGGATGCTCTTTGGGCTC-TTTTT  948

seq1  TCAGACAGACTCCTGTTGGAAATGTCTCATTTGTGCCAAGCATTGGCTTG  1000
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||
seq2  TCAGACAGACT-CTGTTGGAAATGTCTCATTTGTGCCAAGCAT--GC-TG  994

seq1  GGTTTATTCTTAATCTTAGTGCCAGCTCTGTGAAGACAGTATCATCATCC  1050
      ||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| |||||||||||| 
seq2  GGTTTATTC-TAATCTAGTTGCCAGCTTTGTGAAGAAAGTATCATCATCT  1043

seq1  TCATAAAAGCTGAGGTCATGCTGTACAGACAAATTTGGAATGTCTGACTT  1100
      |||| |||||||| |||||||||||||||  || |||||||||||||| |
seq2  TCAT-AAAGCTGAAGTCATGCTGTACAGAACAAATTGGAATGTCTGACCT  1092

seq1  CAGCTC  1106
      ||||||
seq2  CAGCTC  1098