BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077A07
ChromosomeX (Build37)
Map Location 164,605,431 - 164,793,406
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFrmpd4, EG667822
Upstream geneTmsb4x, Tlr8, Tlr7, Prps2, EG627311
Downstream geneEG637566, Msl31, Arhgap6, Amelx, Hccs, LOC100040950, BC022960
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077A07.bB6Ng01-077A07.g
ACCDH893104DH893105
length1,2141,082
definitionDH893104|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077A07, 5' end.DH893105|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077A07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(164,605,431 - 164,606,696)(164,792,391 - 164,793,406)
sequence
gaattctcacgtttttttccctcgactatggagttggagctattatcgtc
agaaaggcaaaatggaagcctttagagttgcctctgccaagaaaaagagt
gaatcaaaacagtaccacatacgtggagagactgcagaagttagtgctac
catcaagggcttgaaaagtgcagggttggaggttctcaccacatctccct
ttaacccccatagttggccagtacagaagacaggtggatcatggaaaatg
acaattgaatattgaaaaaaaaaactcaatcaagtagtgaatctgatggc
agctgctgtgccagatgtggtatccttctgtgatcagattaacacatctc
ttggtacctggcacggagctattatctagcaaatgcatttttcttagtac
ctatccataaggacaacctcaaggatacattaactttccagacatgtatc
ataatttagttaaaagggaccctgatcatctgtcttgttcacaaataaca
cattggtgaactatatgaatgatattatgctgattggaccaaatgaacag
gtgatagcaaccacttttttggtaataggcctacacaaggattgttcata
tagccacatccaccctaacacatatatacacagaatttttaaaaaataaa
aataagtaaatatgtaagtgagaaaacatctaaaactactgttatattta
catttaagcatgcacacatgcaggtgtgcatgtgtacagtttcacgtata
tgtgtacaaatgacgtgtttgcagatatgtgggagtcagaaggattcttc
tctgatttctatctcattttatttgtttgtttctagtgtgtgtgtccaac
ttagttttgagatagggcccatcactaaccctgtagctcatcaatttagg
tagacaagctggtgagcaatctccagtcattcttctgtgtccacttcccc
agtgctggataaaacacatgctggcatgcttgcatttacctgtgtggttt
gggaaccaaaatcaagtctttcaagcttgtgcagtaaactttttatcatc
ttcccagcccattttcctaattcatcaccaccctcctagttagtttggga
cattgaaagattcctccctctgaaatgcctttctctacatgggaaacaat
aatctagtctttgtggactagaattcttttgtatcggatccatatgcgaa
tgaaattgctttgc
gaattcacttctagtctaaacatttaaggtagaacgacacaccgctgatc
tgaatcttgaggcaggaagacacaccttcaatctggaccacacctagcag
tgaaagcctattttaaggacatggaatgaggcaaaatttgctctcagcct
gcttgcccttgccttgccttcactgacataggagcctacttcttcagatt
accagcatataaagaagatcagatgagataccagccttgtgggactgagc
aattggtagactcttgtactttccattaacaggtagccattgttggatta
gttgaactgcagcctctaagtcatcccaataaattccctttagagggatt
cattatataagctcggtgagtctagagaaccccgacttattcaaagagtt
aaacatgcttttaagctaccatgtgtgtgtgtatatgtgatgagaactga
acctgtgtcctctgtaagtgctctttactgctaagtcaatttccttgccc
caattttcttttttaaatataaaaatgtttagtgctgtggtcctctgtga
acaacagaagactatatatctatatagtaatataaatgttttataggggc
tggagagatgctctgagattaagagcactggctattctactggaccaagg
tttgatccccagcatccactttgcagcttggcaccaccactaataccagt
tctaggagatgcaatgtcctcttttggcttctttggataccagctataca
tgtagtgtgcatacatacatgcaggcaaaataccccacacataacaaata
aatgcatcctaatattatcctgagctcttgctataacattatttagcttt
gcactgttattctatatcattgtgtcctatattataggaccataacttgg
ttatacaactgcaaatccttctttgagattgtttcagatcttggtgcgta
tggtgttgggactatttggaagaactggaacatcttattgcatgtataac
ttgtaaacccttccaaattgaactgatgaatagcccatctgacttcaatc
ctgatgaccagagttcatcctagagtgattgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_164605431_164606696
seq2: B6Ng01-077A07.b_117_1260

seq1  TTTAGAGTTGCCTCTGCCAAGAAAAAGAGTGAATCAAAACAGTACCACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGTTGCCTCTGCCAAGAAAAAGAGTGAATCAAAACAGTACCACAT  50

seq1  ACGTGGAGAGACTGCAGAAGTTAGTGCTACCATCAAGGGCTTGAAAAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGGAGAGACTGCAGAAGTTAGTGCTACCATCAAGGGCTTGAAAAGTG  100

seq1  CAGGGTTGGAGGTTCTCACCACATCTCCCTTTAACCCCCATAGTTGGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTGGAGGTTCTCACCACATCTCCCTTTAACCCCCATAGTTGGCCA  150

seq1  GTACAGAAGACAGGTGGATCATGGAAAATGACAATTGAATATTGAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAAGACAGGTGGATCATGGAAAATGACAATTGAATATTGAAAAAA  200

seq1  AAAACTCAATCAAGTAGTGAATCTGATGGCAGCTGCTGTGCCAGATGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCAATCAAGTAGTGAATCTGATGGCAGCTGCTGTGCCAGATGTGG  250

seq1  TATCCTTCTGTGATCAGATTAACACATCTCTTGGTACCTGGCACGGAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTCTGTGATCAGATTAACACATCTCTTGGTACCTGGCACGGAGCT  300

seq1  ATTATCTAGCAAATGCATTTTTCTTAGTACCTATCCATAAGGACAACCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTAGCAAATGCATTTTTCTTAGTACCTATCCATAAGGACAACCTC  350

seq1  AAGGATACATTAACTTTCCAGACATGTATCATAATTTAGTTAAAAGGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATACATTAACTTTCCAGACATGTATCATAATTTAGTTAAAAGGGAC  400

seq1  CCTGATCATCTGTCTTGTTCACAAATAACACATTGGTGAACTATATGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCATCTGTCTTGTTCACAAATAACACATTGGTGAACTATATGAAT  450

seq1  GATATTATGCTGATTGGACCAAATGAACAGGTGATAGCAACCACTTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTATGCTGATTGGACCAAATGAACAGGTGATAGCAACCACTTTTTT  500

seq1  GGTAATAGGCCTACACAAGGATTGTTCATATAGCCACATCCACCCTAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATAGGCCTACACAAGGATTGTTCATATAGCCACATCCACCCTAACA  550

seq1  CATATATACACAGAATTTTTAAAAAATAAAAATAAGTAAATATGTAAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATACACAGAATTTTTAAAAAATAAAAATAAGTAAATATGTAAGTG  600

seq1  AGAAAACATCTAAAACTACTGTTATATTTACATTTAAGCATGCACACATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACATCTAAAACTACTGTTATATTTACATTTAAGCATGCACACATG  650

seq1  CAGGTGTGCATGTGTACAGTTTCACGTATATGTGTACAAATGACGTGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTGCATGTGTACAGTTTCACGTATATGTGTACAAATGACGTGTTT  700

seq1  GCAGATATGTGGGAGTCAGAAGGATTCTTCTCTGATTTCTATCTCATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATATGTGGGAGTCAGAAGGATTCTTCTCTGATTTCTATCTCATTTT  750

seq1  ATTTGTTTGTTTCTAGTGTGTGTGTCCAACTTAGTTTTTGAGATAGGGCC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTGTTTCTAGTGTGTGTGTCCAACTTAG-TTTTGAGATAGGGCC  799

seq1  CATCACTAACCCTGTAGCTCATCAATTTAGGTAGACAAGCTGGTGAGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTAACCCTGTAGCTCATCAATTTAGGTAGACAAGCTGGTGAGCAA  849

seq1  TCTCCAGTCATTCTCCTGTGTCCACTTCCCCAGTGCTGGATTAAAACACA  900
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTCCAGTCATTCTTCTGTGTCCACTTCCCCAGTGCTGGA-TAAAACACA  898

seq1  TGCTGGCATGCCTGCATTTACCTGTGTGGTTTGGGAACCAAAATCAGGTC  950
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGCTGGCATGCTTGCATTTACCTGTGTGGTTTGGGAACCAAAATCAAGTC  948

seq1  -TTCAGGCTTGTGCAGTAAACTCTTTATCATCTTCCCAGCCCATTTTTCC  999
       |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTCAAGCTTGTGCAGTAAACTTTTTATCATCTTCCCAGCCCA-TTTTCC  997

seq1  TATGTCATCACCAACTCTCCTAGTTAGTTATGTGACATTGAAAAGATCCT  1049
      ||  |||||||| || ||||||||||||| || ||||||||||   ||||
seq2  TAATTCATCACC-ACCCTCCTAGTTAGTT-TGGGACATTGAAAGATTCCT  1045

seq1  CTCTCTGAAATGCCTTTTCTTCTACATGGTGAAAACAATAATATCTAGGT  1099
      | |||||||||||||||   ||||||||  | ||||||||  ||||| ||
seq2  CCCTCTGAAATGCCTTT--CTCTACATG--GGAAACAATA--ATCTA-GT  1088

seq1  TCTTGTGAGACTAGAATATCCTTTTGTATACAGGAGTCTACATTAAATGC  1149
        ||||| |||||||  || |||||||||   |||   | |||   ||||
seq2  CTTTGTG-GACTAGA--ATTCTTTTGTAT--CGGA---TCCAT---ATGC  1127

seq1  TGAATGAAATATAGCTTTTGTACAACTGTTGATGTTTATGTTATACTAAC  1199
       |||||||  || |||||                                
seq2  -GAATGAA--ATTGCTTTGC------------------------------  1144

seq1  AGTGAAGTCCCACCAAGTGTCTGAGTTAGACCTGGGGGTGACCATTCATA  1249
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1144

seq1  AACATTTTAGGCTTTGC  1266
                       
seq2  -----------------  1144

seq1: chrX_164792391_164793406
seq2: B6Ng01-077A07.g_144_1150 (reverse)

seq1  CCATTCACTCTAGGGATTGAACTCTGGTCATCAGGGATTTGAAGTCAGAT  50
      ||| ||||||||||   ||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  CCAATCACTCTAGG--ATGAACTCTGGTCATCAGG--ATTGAAGTCAGAT  46

seq1  GGGCTATTTCATCAGTTCAATTTGGAAGGGTTTTACAGTTATACATGCCA  100
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||
seq2  GGGCTA-TTCATCAGTTCAATTTGGAAGGGTTTACAAGTTATACATG-CA  94

seq1  ATAAGATGTTCCAGTTCTTCCAAATAGTTCCCAACACCATACGCACCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATGTTCCAGTTCTTCCAAATAG-TCCCAACACCATACGCACCAAG  143

seq1  ATCTGAAACAATTCTCAAAGAAGGATTTGCAGTTTGTATAACCAAGTTAT  200
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAACAA-TCTCAAAGAAGGATTTGCAG-TTGTATAACCAAGTTAT  191

seq1  GGTCCTATAATATAGGACACAATGATATAGAATAACAGTGCAAAGCTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTATAATATAGGACACAATGATATAGAATAACAGTGCAAAGCTAAA  241

seq1  TAATGTTATAGCAAGAGCTCAGGATAATATTAGGATGCATTTATTTGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTATAGCAAGAGCTCAGGATAATATTAGGATGCATTTATTTGTTA  291

seq1  TGTGTGGGGTATTTTGCCTGCATGTATGTATGCACACTACATGTATAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGGGTATTTTGCCTGCATGTATGTATGCACACTACATGTATAGCT  341

seq1  GGTATCCAAAGAAGCCAAAAGAGGACATTGCATCTCCTAGAACTGGTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCCAAAGAAGCCAAAAGAGGACATTGCATCTCCTAGAACTGGTATT  391

seq1  AGTGGTGGTGCCAAGCTGCAAAGTGGATGCTGGGGATCAAACCTTGGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGGTGCCAAGCTGCAAAGTGGATGCTGGGGATCAAACCTTGGTCC  441

seq1  AGTAGAATAGCCAGTGCTCTTAATCTCAGAGCATCTCTCCAGCCCCTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAATAGCCAGTGCTCTTAATCTCAGAGCATCTCTCCAGCCCCTATA  491

seq1  AAACATTTATATTACTATATAGATATATAGTCTTCTGTTGTTCACAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTATATTACTATATAGATATATAGTCTTCTGTTGTTCACAGAGG  541

seq1  ACCACAGCACTAAACATTTTTATATTTAAAAAAGAAAATTGGGGCAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGCACTAAACATTTTTATATTTAAAAAAGAAAATTGGGGCAAGGA  591

seq1  AATTGACTTAGCAGTAAAGAGCACTTACAGAGGACACAGGTTCAGTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACTTAGCAGTAAAGAGCACTTACAGAGGACACAGGTTCAGTTCTC  641

seq1  ATCACATATACACACACACATGGTAGCTTAAAAGCATGTTTAACTCTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATATACACACACACATGGTAGCTTAAAAGCATGTTTAACTCTTTG  691

seq1  AATAAGTCGGGGTTCTCTAGACTCACCGAGCTTATATAATGAATCCCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTCGGGGTTCTCTAGACTCACCGAGCTTATATAATGAATCCCTCT  741

seq1  AAAGGGAATTTATTGGGATGACTTAGAGGCTGCAGTTCAACTAATCCAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAATTTATTGGGATGACTTAGAGGCTGCAGTTCAACTAATCCAAC  791

seq1  AATGGCTACCTGTTAATGGAAAGTACAAGAGTCTACCAATTGCTCAGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTACCTGTTAATGGAAAGTACAAGAGTCTACCAATTGCTCAGTCC  841

seq1  CACAAGGCTGGTATCTCATCTGATCTTCTTTATATGCTGGTAATCTGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGCTGGTATCTCATCTGATCTTCTTTATATGCTGGTAATCTGAAG  891

seq1  AAGTAGGCTCCTATGTCAGTGAAGGCAAGGCAAGGGCAAGCAGGCTGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGCTCCTATGTCAGTGAAGGCAAGGCAAGGGCAAGCAGGCTGAGA  941

seq1  GCAAATTTTGCCTCATTCCATGTCCTTAAAATAGGCTTTCACTGCTAGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTTTGCCTCATTCCATGTCCTTAAAATAGGCTTTCACTGCTAGGT  991

seq1  GTGGTCCAGATTGAAG  1016
      ||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCAGATTGAAG  1007