BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078B20
ChromosomeX (Build37)
Map Location 54,430,696 - 54,586,647
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCd40lg, Arhgef6
Upstream geneGm773, LOC100039254, LOC100039266, LOC100039276, 1600025M17Rik, Zfp449, LOC100039317, 6330419J24Rik, 6530403M18Rik, LOC100039346, Ddx26b, Gm648, Tmem32, Slc9a6, LOC100039342, Fhl1, Mtap7d3, Gpr112, Brs3, Htatsf1, Vgll1
Downstream geneRbmx, Snord61, Gm364, Gpr101, Aldoa-ps, EG666441, LOC666447, Zic3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078B20.bB6Ng01-078B20.g
ACCDH893905DH893906
length994922
definitionDH893905|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B20, 5' end.DH893906|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,430,696 - 54,431,625)(54,585,729 - 54,586,647)
sequence
gaattcaggtatggcaactgtgatcacaagatctatgcctttggaaacct
ctcacacagatttctagtcactcgtcatctcaagactgtccccgtgaggg
taaagcaccttgaggagaaggcggaaatgatgacatagaggtggccaaga
gatccacatctacttcacatcgtcattacccactgagacctttggcctac
ttgggcttcatcctttctgataggatgagaacgatttgatacggaatcca
cactcaggtgctaacattgtagaatgacccctttcactcagattttaagt
ttaaagcgaatctcagatagcttgagatgtttctaaaggtggtgtccaag
catgctgacttctaacctccaagtcccaggattagaagagttattaataa
gttttaaatgagttttttccttcttttttttgctcttaatttatttgttt
acagcctgatagcaaccctctctacttccagtcccaccctcatacacacc
ccatccccccattccttttctctcagtgaaggagagctccccatgggtac
caatccactctaggacatcaagtcccagcaggactgagtgcatcctctcc
cactgaggccagacaagacagcccatatatggggaagagatccaatggca
ggcaacagagtcagagtcagcccccactctaattgctcgaggacacacat
gtagaccaagctgctcatttgcaacatctgtgtaggggtcctaggtccag
cccctgcatgctcttttggtttgtggttcagtctctgtgagccccttatg
ggcccaggttagttgaccctgtaggtcttcttatgatgtccttgatccct
ccagctccctcaatccttccctccattcttccacaagactctctgagctc
caactactgtttcactatgggtctctgcatgtgtttccttcagctgctgg
atgaagcctctcagaaagacagttatgttaaggatcctgtctgc
gaattcaatgtggtgggtatcattacagagagctattttaagggttggac
aaaataattcatctacacttcttaatgtatcactgcatctaagcatgaat
cccactgctgttaccttatgactaggtgctctttgtactgttgtgcaaaa
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaacctgagtcactcacagagccctcaaggaag
gcacatagaatcaccacagaaggaatgagacttaaagatgagccggaaag
cacggagcagccaagtatgtgacctgtccagtctcaaagtttccaggtag
ctgaaaaacagacctatacagaagtattctcaaaggtcatggaggaagag
ggagagagggagagagacagagagatgaagagacactaagacagacacag
aaagagacagagagagacacacagagacacacagagaaaatgagagaatg
agagaagtcaggtaccaagtacttagaacagtgtgaggcataggacatgc
ttggtggatctcagttaactttgtaaagctctaagtgtatgaaacgcaag
aatagggcttgactctttcccaggatacactatcatttatctaaagaaag
gctgccagtttgaaccagttgctttggaagattgaaccactgagtcagag
aggtgctgactgaatttggggttcagaattggaagactacattataacac
ttggcctctccagatgacctccatctttttgttggtccatacagctaaaa
acataaatctggaggacaaacctttccaactttccttaaaaaaaagtctt
atttatttatttttatgtaagtacacttagctgtcttcagacgcatcaga
agagggcatctgatctcatttacagatggttgtggagccatcatgatgat
gcttgggatttgaatccaggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_54430696_54431625
seq2: B6Ng01-078B20.b_46_976

seq1  GAATTCAGGTATGGCAACTGTGATCACAAGATCTATGCCTTTGGAAACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTATGGCAACTGTGATCACAAGATCTATGCCTTTGGAAACCT  50

seq1  CTCACACAGATTTCTAGTCACTCGTCATCTCAAGACTGTCCCCGTGAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACAGATTTCTAGTCACTCGTCATCTCAAGACTGTCCCCGTGAGGG  100

seq1  TAAAGCACCTTGAGGAGAAGGCGGAAATGATGACATAGAGGTGGCCAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCACCTTGAGGAGAAGGCGGAAATGATGACATAGAGGTGGCCAAGA  150

seq1  GATCCACATCTACTTCACATCGTCATTACCCACTGAGACCTTTGGCCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCACATCTACTTCACATCGTCATTACCCACTGAGACCTTTGGCCTAC  200

seq1  TTGGGCTTCATCCTTTCTGATAGGATGAGAACGATTTGATACGGAATCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTTCATCCTTTCTGATAGGATGAGAACGATTTGATACGGAATCCA  250

seq1  CACTCAGGTGCTAACATTGTAGAATGACCCCTTTCACTCAGATTTTAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGGTGCTAACATTGTAGAATGACCCCTTTCACTCAGATTTTAAGT  300

seq1  TTAAAGCGAATCTCAGATAGCTTGAGATGTTTCTAAAGGTGGTGTCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCGAATCTCAGATAGCTTGAGATGTTTCTAAAGGTGGTGTCCAAG  350

seq1  CATGCTGACTTCTAACCTCCAAGTCCCAGGATTAGAAGAGTTATTAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGACTTCTAACCTCCAAGTCCCAGGATTAGAAGAGTTATTAATAA  400

seq1  GTTTTAAATGAGTTTTTTCCTTCTTTTTTTTGCTCTTAATTTATTTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAATGAGTTTTTTCCTTCTTTTTTTTGCTCTTAATTTATTTGTTT  450

seq1  ACAGCCTGATAGCAACCCTCTCTACTTCCAGTCCCACCCTCATACACACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGATAGCAACCCTCTCTACTTCCAGTCCCACCCTCATACACACC  500

seq1  CCATCCCCCCATTCCTTTTCTCTCAGTGAAGGAGAGCTCCCCATGGGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCCCCATTCCTTTTCTCTCAGTGAAGGAGAGCTCCCCATGGGTAC  550

seq1  CAATCCACTCTAGGACATCAAGTCCCAGCAGGACTGAGTGCATCCTCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCACTCTAGGACATCAAGTCCCAGCAGGACTGAGTGCATCCTCTCC  600

seq1  CACTGAGGCCAGACAAGACAGCCCATATATGGGGAAGAGATCCAATGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGGCCAGACAAGACAGCCCATATATGGGGAAGAGATCCAATGGCA  650

seq1  GGCAACAGAGTCAGAGTCAGCCCCCACTCTAATTGCTCGAGGACACACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAGAGTCAGAGTCAGCCCCCACTCTAATTGCTCGAGGACACACAT  700

seq1  GTAGACCAAGCTGCTCATTTGCAACATCTGTGTAGGGGTCCTAGGTCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACCAAGCTGCTCATTTGCAACATCTGTGTAGGGGTCCTAGGTCCAG  750

seq1  CCCCTGCATGCTC-TTTGGTTTGTGGTTCAGTCTCTGTGAGCCCCTTATG  799
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCATGCTCTTTTGGTTTGTGGTTCAGTCTCTGTGAGCCCCTTATG  800

seq1  GGCCCAGGTTAGTTGACCCTGTAGGTCTTCTTATGATGTCCTTGATCCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGGTTAGTTGACCCTGTAGGTCTTCTTATGATGTCCTTGATCCCT  850

seq1  CCAGCTCCCTCAATCCTTCCCTCCATTCTTCCACAAGACTCTCTGAGCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCCCTCAATCCTTCCCTCCATTCTTCCACAAGACTCTCTGAGCTC  900

seq1  CAACTACTGTTTCACTATGGGTCTCTGCATG  930
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACTGTTTCACTATGGGTCTCTGCATG  931

seq1: chrX_54585729_54586647
seq2: B6Ng01-078B20.g_69_990 (reverse)

seq1  GTCCTGAGTTCAAATCCC-AGCAACCACATGGTGGCT-CACAACCATCTG  48
      ||||||  |||||||||| |||| |  |||| ||||| ||||||||||||
seq2  GTCCTGGATTCAAATCCCAAGCATCATCATGATGGCTCCACAACCATCTG  50

seq1  T-AATGAGATCAGATGCCCTCTTCTGGTGCGTCTGAAGACAGCTACAGTG  97
      | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  TAAATGAGATCAGATGCCCTCTTCTGATGCGTCTGAAGACAGCTA-AGTG  99

seq1  TACTTACAT-AAAATAAATAAATAAGACTTTTTTTTAAGG-AAGTTGGAA  145
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TACTTACATAAAAATAAATAAATAAGACTTTTTTTTAAGGAAAGTTGGAA  149

seq1  AGGTTTTGTCCTCCAGATTTATGTTTTTAGCTGTATGGACCAACAAAAAG  195
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGG-TTTGTCCTCCAGATTTATGTTTTTAGCTGTATGGACCAACAAAAAG  198

seq1  ATGGAGGTCATCTGGAGAGGCCAAGTGTTATAATGTAGTCTTCCAATTCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGTCATCTGGAGAGGCCAAGTGTTATAATGTAGTCTTCCAATTCT  248

seq1  GAACCCCAAATTCAGTCAGCACCTCTCTGACTCAGTGGTTCAATCTTCCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCAAATTCAGTCAGCACCTCTCTGACTCAGTGGTTCAATCTTCCA  298

seq1  AAGCAACTGGTTCAAACTGGCAGCCTTTCTTTAGATAAATGATAGTGTAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACTGGTTCAAACTGGCAGCCTTTCTTTAGATAAATGATAGTGTAT  348

seq1  CCTGGGAAAGAGTCAAGCCCTATTCTTGCGTTTCATACACTTAGAGCTTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAAAGAGTCAAGCCCTATTCTTGCGTTTCATACACTTAGAGCTTT  398

seq1  ACAAAGTTAACTGAGATCCACCAAGCATGTCCTATGCCTCACACTGTTCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTAACTGAGATCCACCAAGCATGTCCTATGCCTCACACTGTTCT  448

seq1  AAGTACTTGGTACCTGACTTCTCTCATTCTCTCATTTTCTCTGTGTGTCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACTTGGTACCTGACTTCTCTCATTCTCTCATTTTCTCTGTGTGTCT  498

seq1  CTGTGTGTCTCTCTCTGTCTCTTTCTGTGTCTGTCTTTGTGTCTCTTCAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGTGTGTCTCTCTCTGTCTCTTTCTGTGTCTGTCTTAGTGTCTCTTCAT  548

seq1  CTCTCTGTCTCTCTCCCTCTCTCCCTCTTCCTCCATGACCTTTGAGAATA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGTCTCTCTCCCTCTCTCCCTCTTCCTCCATGACCTTTGAGAATA  598

seq1  CTTCTGTATAGGTCTGTTTTTCAGCTACCTGGAAACTTTGAGACTGGACA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTATAGGTCTGTTTTTCAGCTACCTGGAAACTTTGAGACTGGACA  648

seq1  GGTCACATACTTGGCTGCTCCGTGCTTTCCGGCTCATCTTTAAGTCTCAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACATACTTGGCTGCTCCGTGCTTTCCGGCTCATCTTTAAGTCTCAT  698

seq1  TCCTTCTGTGGTGATTCTATGTGCCTTCCTTGAGGGCTCTGTGAGTGACT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGTGGTGATTCTATGTGCCTTCCTTGAGGGCTCTGTGAGTGACT  748

seq1  CAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCACAACAGTACAAAGAGCACC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCACAACAGTACAAAGAGCACC  798

seq1  TAGTCATAAGGTAACAGCAGTGGGATTCATGCTTAGATGCAGTGATACAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATAAGGTAACAGCAGTGGGATTCATGCTTAGATGCAGTGATACAT  848

seq1  TAAGAAGTGTAGATGAATTATTTTGTCCAACCCTTAAAATAGCTCTCTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGTGTAGATGAATTATTTTGTCCAACCCTTAAAATAGCTCTCTGT  898

seq1  AATGATACCCACCACATTGAATTC  919
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATACCCACCACATTGAATTC  922