BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078F21
ChromosomeX (Build37)
Map Location 43,252,192 - 43,413,672
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1110059M19Rik, LOC100040038, EG385346
Downstream geneLOC100040075, Actrt1, EG245405, LOC665632
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078F21.bB6Ng01-078F21.g
ACCDH894084DH894085
length1,0831,162
definitionDH894084|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078F21, 5' end.DH894085|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078F21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,412,581 - 43,413,672)(43,252,192 - 43,253,370)
sequence
gaattcattatattttaatactattttaaagccgttaattgttcatataa
aatatggtaatttcctcataatataccattttttagcaactattaagatt
ttgatacttttagtattttcatgaactccaatgatgtacatattgtagta
attactgttggctaatattttcatttttaaaggtgtgtttttgaacattt
ggtagagctcacactaacatttcattactggataggaatattacaaactg
cttattagataacaagcatggtgtttatatgggtgtatatttgtattttc
tgactatatcaacttaaatggaggaaagatttattttggatagtggtttc
agaaactatagttcaggggtttagatctttaacaagttagataaaatggt
gaaattcgaaaatcatcattcttcccaggagcctgggaagaaattaaaag
atggatgggagaaaagcaaggaagaaattgtgctttcgaaagtcatgctc
caagttacttatattttcaattttgttctgccttttaatatctcatttat
agatgaaatcagttacctcttgatccaatagccatacaaaagtaggacta
aacattcaaaactgagtcctttgaagatatttctacccaaattatatgga
tttgtaatattttataacctttatctatgttgtgataaggattttttaaa
aattgttctttaatcagattttacactccagaccttattcccctctctgt
ccaccacctgactgttccacatcccatatctcctcccgtatactatgcat
tttcatgaaattattttttaagaacagagatgatgatacttgtttgaaaa
cagagatgatacttccagtaatatttttttatacaggattgttttaacta
ccctggaggtttatttgaattttcttgcattttgtgggttgagttctcat
gatttgcatcaaattaaattatatttttcattgtttctgttaaagtcttt
tgctcacttcagtttgaacttgcatcagatatccttttaaggctattttg
tttatggaggtggggtttctggctgctaaatct
gaattcaataatctcttattttctgcatcttgacccattgtgttttgtat
taatcaccaacaactgtaaaaagaggcttatctgatgttgcttgaaagat
tgattaatctgtaagtatgaatacaataattgagaggaagtttattatta
tatctacctagagaagcaacagtaatagggccccataggactttgaggcc
tttattcctagtatacagctttcaaagtgctagaagctgcaaagtatact
accaagagagaaaagtctttaacagtattatccaactatgaaagctacaa
tagctattaacctgaaagatatccccaatagtgaaatagtggcccaaata
acatggatgtaacctataaccctttttccatatttaacttgtgtattttt
ctgtgcttgtatgtctatatttatgtaatttgtaatttcacataaataag
actatatatattatattacctgacaacacacattgaaaaattaagtatga
acaacactattaatgttataaagttataatggtacatatattctcctcat
atcaatttagcaactggtattgaaattacttattcaaagcattattgtgt
caaaaatatatgtatatttaacaggtataagttaggtgaaatgaagaatt
ctaaaactgtaaacatacttaaaagttattaaaatctaagaaataaacat
acatcatacttatcaatcattagaaaaatcttatcgtgaaaatactccaa
ttactcaaagcaatctatcaaattatggtaatccttaccaaaagccttaa
tcaaatcctaatcagtagtttaaatcagtgattaagaactcaatattaaa
acactacactgcccaaacatgtaataaaagaataccatcaaatgaaagaa
tcctgccttgaagaacttgtcttggttgatggtgaatgtattgttttgaa
aaataggagttaaatgagtgacataaaatagagacaaacaacattgccaa
agaacaggtatttgaagaatgacagaataacattgaaacagaaatgttaa
acaatgagactatgtgcttcccaggtaggtgggtcaggaatatcctcagt
cacatatgatatggactttaagagacataacaacttaacaagtcgttaag
ggcatgcagatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_43412581_43413672
seq2: B6Ng01-078F21.b_44_1126 (reverse)

seq1  AGATATTAGCAGCCAGGAAAACCCCACATCCAATAACAAAATAGCCTAAA  50
      |||| |||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||
seq2  AGAT-TTAGCAGCCAG--AAACCCCACCTCCATAAACAAAATAGCCTTAA  47

seq1  AAGGATATCTGATGCAAAGTTCAAACTGAAGTGAGCAAAAAGACTTTAAA  100
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  AAGGATATCTGATGC-AAGTTCAAACTGAAGTGAGC-AAAAGACTTT-AA  94

seq1  CAGAAACAATGAAAAATATAATTTAATTTGATGCAAATCATGAGAACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACAATGAAAAATATAATTTAATTTGATGCAAATCATGAGAACTCA  144

seq1  AACCAACAAAAATGCAAGAAAATTCAAATAAAACCTCCAGGGTAGTTAAA  200
      | |||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACCCA--CAAAATGCAAGAAAATTCAAAT-AAACCTCCAGGGTAGTTAAA  191

seq1  ACAATCCTGTATAAAAAAATATTACTGGAAGTATCATCTCTGTTTTCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCTGTATAAAAAAATATTACTGGAAGTATCATCTCTGTTTTCAAA  241

seq1  CAAGTATCATCATCTCTGTTCTTAAAAAATAATTTCATGAAAATGCATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATCATCATCTCTGTTCTTAAAAAATAATTTCATGAAAATGCATAG  291

seq1  TATACGGGAGGAGATATGGGATGTGGAACAGTCAGGTGGTGGACAGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACGGGAGGAGATATGGGATGTGGAACAGTCAGGTGGTGGACAGAGAG  341

seq1  GGGAATAAGGTCTGGAGTGTAAAATCTGATTAAAGAACAATTTTTAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAAGGTCTGGAGTGTAAAATCTGATTAAAGAACAATTTTTAAAAA  391

seq1  ATCCTTATCACAACATAGATAAAGGTTATAAAATATTACAAATCCATATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTATCACAACATAGATAAAGGTTATAAAATATTACAAATCCATATA  441

seq1  ATTTGGGTAGAAATATCTTCAAAGGACTCAGTTTTGAATGTTTAGTCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGTAGAAATATCTTCAAAGGACTCAGTTTTGAATGTTTAGTCCTA  491

seq1  CTTTTGTATGGCTATTGGATCAAGAGGTAACTGATTTCATCTATAAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTATGGCTATTGGATCAAGAGGTAACTGATTTCATCTATAAATGA  541

seq1  GATATTAAAAGGCAGAACAAAATTGAAAATATAAGTAACTTGGAGCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTAAAAGGCAGAACAAAATTGAAAATATAAGTAACTTGGAGCATGA  591

seq1  CTTTCGAAAGCACAATTTCTTCCTTGCTTTTCTCCCATCCATCTTTTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCGAAAGCACAATTTCTTCCTTGCTTTTCTCCCATCCATCTTTTAAT  641

seq1  TTCTTCCCAGGCTCCTGGGAAGAATGATGATTTTCGAATTTCACCATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCCAGGCTCCTGGGAAGAATGATGATTTTCGAATTTCACCATTTT  691

seq1  ATCTAACTTGTTAAAGATCTAAACCCCTGAACTATAGTTTCTGAAACCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACTTGTTAAAGATCTAAACCCCTGAACTATAGTTTCTGAAACCAC  741

seq1  TATCCAAAATAAATCTTTCCTCCATTTAAGTTGATATAGTCAGAAAATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAAATAAATCTTTCCTCCATTTAAGTTGATATAGTCAGAAAATAC  791

seq1  AAATATACACCCATATAAACACCATGCTTGTTATCTAATAAGCAGTTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACACCCATATAAACACCATGCTTGTTATCTAATAAGCAGTTTGT  841

seq1  AATATTCCTATCCAGTAATGAAATGTTAGTGTGAGCTCTACCAAATGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCCTATCCAGTAATGAAATGTTAGTGTGAGCTCTACCAAATGTTC  891

seq1  AAAAACACACCTTTAAAAATGAAAATATTAGCCAACAGTAATTACTACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACACCTTTAAAAATGAAAATATTAGCCAACAGTAATTACTACAA  941

seq1  TATGTACATCATTGGAGTTCATGAAAATACTAAAAGTATCAAAATCTTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACATCATTGGAGTTCATGAAAATACTAAAAGTATCAAAATCTTAA  991

seq1  TAGTTGCTAAAAAATGGTATATTATGAGGAAATTACCATATTTTATATGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGCTAAAAAATGGTATATTATGAGGAAATTACCATATTTTATATGA  1041

seq1  ACAATTAACGGCTTTAAAATAGTATTAAAATATAATGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTAACGGCTTTAAAATAGTATTAAAATATAATGAATTC  1083

seq1: chrX_43252192_43253370
seq2: B6Ng01-078F21.g_67_1228

seq1  GAATTCAATAATCTCTTATTTTCTGCATCTTGACCCATTGTGTTTTGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAATCTCTTATTTTCTGCATCTTGACCCATTGTGTTTTGTAT  50

seq1  TAATCACCAACAACTGTAAAAAGAGGCTTATCTGATGTTGCTTGAAAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACCAACAACTGTAAAAAGAGGCTTATCTGATGTTGCTTGAAAGAT  100

seq1  TGATTAATCTGTAAGTATGAATACAATAATTGAGAGGAAGTTTATTATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAATCTGTAAGTATGAATACAATAATTGAGAGGAAGTTTATTATTA  150

seq1  TATCTACCTAGAGAAGCAACAGTAATAGGGCCCCATAGGACTTTGAGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACCTAGAGAAGCAACAGTAATAGGGCCCCATAGGACTTTGAGGCC  200

seq1  TTTATTCCTAGTATACAGCTTTCAAAGTGCTAGAAGCTGCAAAGTATACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCCTAGTATACAGCTTTCAAAGTGCTAGAAGCTGCAAAGTATACT  250

seq1  ACCAAGAGAGAAAAGTCTTTAACAGTATTATCCAACTATGAAAGCTACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGAGAGAAAAGTCTTTAACAGTATTATCCAACTATGAAAGCTACAA  300

seq1  TAGCTATTAACCTGAAAGATATCCCCAATAGTGAAATAGTGGCCCAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATTAACCTGAAAGATATCCCCAATAGTGAAATAGTGGCCCAAATA  350

seq1  ACATGGATGTAACCTATAACCCTTTTTCCATATTTAACTTGTGTATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGATGTAACCTATAACCCTTTTTCCATATTTAACTTGTGTATTTTT  400

seq1  CTGTGCTTGTATGTCTATATTTATGTAATTTGTAATTTCACATAAATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTTGTATGTCTATATTTATGTAATTTGTAATTTCACATAAATAAG  450

seq1  ACTATATATATTATATTACCTGACAACACACATTGAAAAATTAAGTATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATATATTATATTACCTGACAACACACATTGAAAAATTAAGTATGA  500

seq1  ACAACACTATTAATGTTATAAAGTTATAATGGTACATATATTCTCCTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACTATTAATGTTATAAAGTTATAATGGTACATATATTCTCCTCAT  550

seq1  ATCAATTTAGCAACTGGTATTGAAATTACTTATTCAAAGCATTATTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTTAGCAACTGGTATTGAAATTACTTATTCAAAGCATTATTGTGT  600

seq1  CAAAAATATATGTATATTTAACAGGTATAAGTTAGGTGAAATGAAGAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATATATGTATATTTAACAGGTATAAGTTAGGTGAAATGAAGAATT  650

seq1  CTAAAACTGTAAACATACTTAAAAGTTATTAAAATCTAAGAAATAAACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACTGTAAACATACTTAAAAGTTATTAAAATCTAAGAAATAAACAT  700

seq1  ACATCATACTTATCAATCATTAGAAAAATCTTATCGTGAAAATACTCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATACTTATCAATCATTAGAAAAATCTTATCGTGAAAATACTCCAA  750

seq1  TTACTCAAAGCAATCTATCAAATTATGGTAATCCTTACCAAAAGCCTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCAAAGCAATCTATCAAATTATGGTAATCCTTACCAAAAGCCTTAA  800

seq1  TCAAATCCTAATCAGTAGTTTAAATCAGTGATTAAGAACTCAATATTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCCTAATCAGTAGTTTAAATCAGTGATTAAGAACTCAATATTAAA  850

seq1  ACACTACACTGCCCAAACATGTAATAAAAGAATACCATCAAATGAAAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACACTGCCCAAACATGTAATAAAAGAATACCATCAAATGAAAGAA  900

seq1  TCCTGCCTTGAAGGAACTTGTCTTGGTTGATGGTGAATGTTATTGTTTTG  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCCTGCCTTGAA-GAACTTGTCTTGGTTGATGGTGAATG-TATTGTTTTG  948

seq1  AAAAATAGGAGTTAAATGAGTGACAATAAAATAGAGACAAACAACATTGC  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGGAGTTAAATGAGTGAC-ATAAAATAGAGACAAACAACATTGC  997

seq1  CAAAGAACAAGGTATTTGAAGAAATGACAGGAAATAACATTGAAACAGAA  1050
      |||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAC-AGGTATTTGAAG-AATGACAG--AATAACATTGAAACAGAA  1043

seq1  ATGTTAAAACAATGAGACTAATGTGCTTTCCCAGTA-GTGGGTCAGGGAT  1099
      ||||| ||||||||||||| |||||||| ||  ||| |||||||||| ||
seq2  ATGTT-AAACAATGAGACT-ATGTGCTTCCCAGGTAGGTGGGTCAGGAAT  1091

seq1  ATCCTCAGTCACAAATTAAATGATTATGAACTTT-AGAGACATTAACAAC  1148
      ||||||||||||| || |      |||| ||||| ||||||| |||||||
seq2  ATCCTCAGTCACATATGA------TATGGACTTTAAGAGACA-TAACAAC  1134

seq1  TTACACAAGGTCGTTTAGGGCATGCAAGATC  1179
      ||| |||| |||||| ||||||||| |||||
seq2  TTA-ACAA-GTCGTTAAGGGCATGC-AGATC  1162