BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080B21
ChromosomeX (Build37)
Map Location 96,931,506 - 96,979,264
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOphn1, Yipf6, LOC100042932, Stard8, LOC436219, Efnb1, Pja1, LOC100042947
Downstream genePcna-ps1, EG620592, Eda, Dgat2l4, Otud6a, Igbp1, LOC668257, Dgat2l3, LOC620734, P2ry4, Arr3, Pdzd11, Kif4, Gdpd2, Dlg3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080B21.bB6Ng01-080B21.g
ACCDH895343DH895344
length1,1131,076
definitionDH895343|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080B21, 5' end.DH895344|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080B21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,931,506 - 96,932,626)(96,978,187 - 96,979,264)
sequence
gaattcagtatgtagttttctatgggtaggacaggatatgctgatgtaag
agtgttggactgtgaagcattttagcaggacaggtagatttctgcctcta
gaagttatggaatttgtccactaattgcttgaaaatgggaaagactgtag
aagtaatgtttgagagggaggagagcatgctctattttgaacataatatg
tatttcaggtgtactagacattctagtggagatgtgaaacaggatctcag
atgctgtcgagtcagaaactcaagcaaggatgtgggtggcttgaagagat
ggaatgtggaaattatcagactttagccacgaggctacaatgtatatttc
tgacaatattgtctctgagatgctcaggcaatatcttattcctacaagac
acctataaattctggacaaaagataacacatgtctttttaaacacattac
tgagctcaaaaggaaataagcgagattcaagagcccaaacagagaattga
actgaaagaagcagctaggtgctctaccactgaactacatcctaactcct
accttttgattttttttttaataatgcacataattgtcattttaggggag
catatttgtatccttctggtgaccctttatatattttcttgaaagatatg
ttcactcaagtcccttgtccattaaaaagatttaacttatttcaaattgt
gcttatatctgttaatctttgtggatatttgcacctacgtacagatgtct
gtggaggctagaagagggcatctgatcccccagggcttgagttatagtgg
ctgtaagccaacctatgtgcttggttgaatctgaactcatgtcctctgca
acagtagcaagaattcttgacagcggaagtgtctctccagctccttttgc
ccattgttaattgtttttctgctgagtgtagcaagtcttagttgttatat
atttgggatattactcctcctgcagacacatagagcataaatataatgaa
cgcctcagattaaatgtttgtgtcatgtgctactgacttttatagcaaat
aggtatgagaaactggaaagcccaccacacagatgaatggaccttatcta
tactcttacaaag
gaattcattacagttaaacccagaattccaacacaaccttttggggggca
ttaaaagctgattctaaaagttatatcaaagtacaaagggccaagtttag
cagctgatacttattgttcagggaagattacagttttctaatatcgtatt
aaatacttacatgtgttttggtggggcagacatgtgagggagtgttttcc
tgaagtggacagaggtgagaggatgtttctctaaggcagtctagtgaaag
gatgcatgatgttaagaaggacccaacagacagtgggtgatgctggacgg
tattggtataccttaccattgtttattggtcatcatttgttgggactcca
cggagaggaacacactaaaagaactggtggtgggtggtgtactggcagct
tctgtgtatttgggctgattggcagagtaatgtcagctgatacaggctca
catgaagttttgctgttacgtacagaagtaagacacatgttgaggcaaga
tccccagatgacacatgatgtttagagggagtataaataggactcaacag
actgtgagaggggcttggcttgcttacatagctagctttgcaacacttct
tgatctcccagctttgttgatcttcacttcattgagagaggcatggcaaa
gaactcctggcatccttggtggtcctgggtcctcctgctgactcatactg
attaggccaaggcttagctgactctgctattctagcactaccaaactgga
ctgctggtattatttgtgaagtgtttgcaagtggatctagctgctgctga
ttcttgtgaactgaactgctgatttcctaacaacgcatatgagatttgct
caaaggaacaatttctaacagatccacttctcactagaacggaggctaaa
gcatgtaggagccatcatttaaagtagggatgagaaaaattaaagcttac
gcatgcgtatttacaattcttgcattagcaagacgtttagtaataaatgt
atttagctacagctgtaaaatgacaagtcttttaagcttagcgttctagc
atggaagatagcatactaaagcttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_96931506_96932626
seq2: B6Ng01-080B21.b_45_1157

seq1  GAATTCAGTATGTAGTTTTCTATGGGTAGGACAGGATATGCTGATGTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATGTAGTTTTCTATGGGTAGGACAGGATATGCTGATGTAAG  50

seq1  AGTGTTGGACTGTGAAGCATTTTAGCAGGACAGGTAGATTTCTGCCTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGGACTGTGAAGCATTTTAGCAGGACAGGTAGATTTCTGCCTCTA  100

seq1  GAAGTTATGGAATTTGTCCACTAATTGCTTGAAAATGGGAAAGACTGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTATGGAATTTGTCCACTAATTGCTTGAAAATGGGAAAGACTGTAG  150

seq1  AAGTAATGTTTGAGAGGGAGGAGAGCATGCTCTATTTTGAACATAATATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATGTTTGAGAGGGAGGAGAGCATGCTCTATTTTGAACATAATATG  200

seq1  TATTTCAGGTGTACTAGACATTCTAGTGGAGATGTGAAACAGGATCTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCAGGTGTACTAGACATTCTAGTGGAGATGTGAAACAGGATCTCAG  250

seq1  ATGCTGTCGAGTCAGAAACTCAAGCAAGGATGTGGGTGGCTTGAAGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTCGAGTCAGAAACTCAAGCAAGGATGTGGGTGGCTTGAAGAGAT  300

seq1  GGAATGTGGAAATTATCAGACTTTAGCCACGAGGCTACAATGTATATTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTGGAAATTATCAGACTTTAGCCACGAGGCTACAATGTATATTTC  350

seq1  TGACAATATTGTCTCTGAGATGCTCAGGCAATATCTTATTCCTACAAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATATTGTCTCTGAGATGCTCAGGCAATATCTTATTCCTACAAGAC  400

seq1  ACCTATAAATTCTGGACAAAAGATAACACATGTCTTTTTAAACACATTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATAAATTCTGGACAAAAGATAACACATGTCTTTTTAAACACATTAC  450

seq1  TGAGCTCAAAAGGAAATAAGCGAGATTCAAGAGCCCAAACAGAGAATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCAAAAGGAAATAAGCGAGATTCAAGAGCCCAAACAGAGAATTGA  500

seq1  ACTGAAAGAAGCAGCTAGGTGCTCTACCACTGAACTACATCCTAACTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAGAAGCAGCTAGGTGCTCTACCACTGAACTACATCCTAACTCCT  550

seq1  ACCTTTTGATTTTTTTTTTAATAATGCACATAATTGTCATTTTAGGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTGATTTTTTTTTTAATAATGCACATAATTGTCATTTTAGGGGAG  600

seq1  CATATTTGTATCCTTCTGGTGACCCTTTATATATTTTCTTGAAAGATATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTGTATCCTTCTGGTGACCCTTTATATATTTTCTTGAAAGATATG  650

seq1  TTCACTCAAGTCCCTTGTCCATTAAAAAGATTTAACTTATTTCAAATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCAAGTCCCTTGTCCATTAAAAAGATTTAACTTATTTCAAATTGT  700

seq1  GCTTATATCTGTTAATCTTTGTGGATATTTGCACCTACGTACAGATGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATATCTGTTAATCTTTGTGGATATTTGCACCTACGTACAGATGTCT  750

seq1  GTGGAGGCTAGAAGAGGGCATCTGAT-CCCCAGGGCTTGAGTTATAGTGG  799
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGCTAGAAGAGGGCATCTGATCCCCCAGGGCTTGAGTTATAGTGG  800

seq1  CTGTAAGCCAACCTATGTGCTTGGTTGAATCTGAACTCATGTCCTCTGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGCCAACCTATGTGCTTGGTTGAATCTGAACTCATGTCCTCTGCA  850

seq1  ACAGTAGCAAGAATTCTTGACAGCGGAAGTGTCTCTCCAGCTCCTTTTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGCAAGAATTCTTGACAGCGGAAGTGTCTCTCCAGCTCCTTTTGC  900

seq1  CCATTGTTAATTGTTTTTTCTGCTGAGTTGTAGCAAGTCTTAGTTGTTAT  949
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTTAATTG-TTTTTCTGCTGAG-TGTAGCAAGTCTTAGTTGTTAT  948

seq1  ATATTTGGGATATTAACTCCTCCTGCAGACACATAGAGCAATAAAATATA  999
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  ATATTTGGGATATT-ACTCCTCCTGCAGACACATAGAGCA--TAAATATA  995

seq1  ATGAAGGCCTCAGATTAAATGTTTGTGTTCATGTGCTACTGAACTTTTAT  1049
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGAACGCCTCAGATTAAATGTTTGTG-TCATGTGCTACTG-ACTTTTAT  1043

seq1  AGCAAATAGTATTGAGAAAACTGGAAAGCC--ACACACAGAATGAAATTG  1097
      |||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||| |||||  ||
seq2  AGCAAATAGGTATGAG-AAACTGGAAAGCCCACCACACAG-ATGAA--TG  1089

seq1  AACCCTTATCTATACTC-TACAAAG  1121
       | |||||||||||||| |||||||
seq2  GA-CCTTATCTATACTCTTACAAAG  1113

seq1: chrX_96978187_96979264
seq2: B6Ng01-080B21.g_66_1141 (reverse)

seq1  TCAA-CTTTAGTTATGCTATATTTCATGCTAGAACACTAAACTTTAAAGA  49
      |||| |||||| |||||||| || ||||||||||| |||| ||| |||||
seq2  TCAAGCTTTAG-TATGCTATCTTCCATGCTAGAACGCTAAGCTTAAAAGA  49

seq1  CTTGTCATTTTTACAGGTGTTACTAAATACATTTATTACTAAACTTTTTT  99
      ||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||  | ||
seq2  CTTGTCA-TTTTACAGCTGTAGCTAAATACATTTATTACTAAAC-GTCTT  97

seq1  GCTAATGC-AGAATT-TAAATACCCATGCGTAAGCTTTAATTTTTCTCAA  147
      |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCTAATGCAAGAATTGTAAATACGCATGCGTAAGCTTTAATTTTTCTCAT  147

seq1  CCCTACTTTAAATGATGGTTCTTACATGCTTTAGCCTCCCTTCTAGTGAG  197
      |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCTACTTTAAATGATGGCTCCTACATGCTTTAGCCTCCGTTCTAGTGAG  197

seq1  AAGTGGATCTGTTTAGAAATTGTTCTTTGGAGCAAATCTCATATTGCGTT  247
      ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||
seq2  AAGTGGATCTG-TTAGAAATTGTTCCTTTGAGCAAATCTCATA-TGCGTT  245

seq1  GTTAGGAAATCAGCAGTTCAGTTCACAAGAATCAGCAGCAGCTAGATCCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGAAATCAGCAGTTCAGTTCACAAGAATCAGCAGCAGCTAGATCCA  295

seq1  CTTGCAAACACTTCACAAATAATACCAGCAGTCCAGTTTGGTAGTGCTAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAAACACTTCACAAATAATACCAGCAGTCCAGTTTGGTAGTGCTAG  345

seq1  AATAGCAGAGTCAGCTAAGCCTTGGCCTAATCAGTATGAGTCAGCAGGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCAGAGTCAGCTAAGCCTTGGCCTAATCAGTATGAGTCAGCAGGAG  395

seq1  GACCCAGGACCACCAAGGATGCCAGGAGTTCTTTGCCATGCCTCTCTCAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGGACCACCAAGGATGCCAGGAGTTCTTTGCCATGCCTCTCTCAA  445

seq1  TGAAGTGAAGATCAACAAAGCTGGGAGATCAAGAAGTGTTGCAAAGCTAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGAAGATCAACAAAGCTGGGAGATCAAGAAGTGTTGCAAAGCTAG  495

seq1  CTATGTAAGCAAGCCAAGCCCCTCTCACAGTCTGTTGAGTCCTATTTATA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAAGCAAGCCAAGCCCCTCTCACAGTCTGTTGAGTCCTATTTATA  545

seq1  CTCCCTCTAAACATCATGTGTCATCTGGGGATCTTGCCTCAACATGTGTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCTAAACATCATGTGTCATCTGGGGATCTTGCCTCAACATGTGTC  595

seq1  TTACTTCTGTACGTAACAGCAAAACTTCATGTGAGCCTGTATCAGCTGAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCTGTACGTAACAGCAAAACTTCATGTGAGCCTGTATCAGCTGAC  645

seq1  ATTACTCTGCCAATCAGCCCAAATACACAGAAGCTGCCAGTACACCACCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTCTGCCAATCAGCCCAAATACACAGAAGCTGCCAGTACACCACCC  695

seq1  ACCACCAGTTCTTTTAGTGTGTTCCTCTCCGTGGAGTCCCAACAAATGAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAGTTCTTTTAGTGTGTTCCTCTCCGTGGAGTCCCAACAAATGAT  745

seq1  GACCAATAAACAATGGTAAGGTATACCAATACCGTCCAGCATCACCCACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATAAACAATGGTAAGGTATACCAATACCGTCCAGCATCACCCACT  795

seq1  GTCTGTTGGGTCCTTCTTAACATCATGCATCCTTTCACTAGACTGCCTTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTGGGTCCTTCTTAACATCATGCATCCTTTCACTAGACTGCCTTA  845

seq1  GAGAAACATCCTCTCACCTCTGTCCACTTCAGGAAAACACTCCCTCACAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACATCCTCTCACCTCTGTCCACTTCAGGAAAACACTCCCTCACAT  895

seq1  GTCTGCCCCACCAAAACACATGTAAGTATTTAATACGATATTAGAAAACT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCCCACCAAAACACATGTAAGTATTTAATACGATATTAGAAAACT  945

seq1  GTAATCTTCCCTGAACAATAAGTATCAGCTGCTAAACTTGGCCCTTTGTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTTCCCTGAACAATAAGTATCAGCTGCTAAACTTGGCCCTTTGTA  995

seq1  CTTTGATATAACTTTTAGAATCAGCTTTTAATGCCCCCCAAAAGGTTGTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATATAACTTTTAGAATCAGCTTTTAATGCCCCCCAAAAGGTTGTG  1045

seq1  TTGGAATTCTGGGTTTAACTGTAATGAATTC  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATTCTGGGTTTAACTGTAATGAATTC  1076