BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082F06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 13,249,444 - 13,405,049
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCask
Upstream gene1810030O07Rik, Crsp2, LOC668987, LOC245350, Ppia-psx_132.1, Usp9x, LOC100043000, LOC100043002, LOC675380, Ddx3x, LOC385326, LOC634019, LOC668990, LOC100043947, LOC100043948, Nyx, LOC675416, Gpr34, Gpr82
Downstream geneLOC385327, EG385328
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082F06.bB6Ng01-082F06.g
ACCDH896914DH896915
length1,1861,109
definitionDH896914|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082F06, 5' end.DH896915|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082F06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,403,842 - 13,405,049)(13,249,444 - 13,250,567)
sequence
gaattcttctaatgaaaatttcattttgattattaataattctttaaaga
aactaagacaaattaaaaacatttcttgcattgatgtaggtttttgatga
tacccttggttttagcttctttgctatacttcctagaacaaactctcata
aatctataaatttcctcctgcatgcacatgtttacatgaacacacaaaca
cacacgcaaatgtaagaaaataaataaaaagaggactgagtcctacagtt
gtcctcgcacctctgcatacctgctgtggcatattcatgtgtgtctgtat
gcacacgtgataaaactacaatacaactaaagcatacaactaaacccaac
agttgggtctcttcagagccaattttggttggctactatttcccttcagc
aatttttttctcaatgagttaatattttcaataatatgttataacagttc
ttgttatgagtctccaaaggtggttgttttcatctggctcagtgatttgc
atggactagttatgaagttatgcttcctctctggtagcatggaactgttt
ggctttcttttagtcaggatctctggtgcctgggctatctttattatgta
actgatactgacctcaaattcaaagtagcactcctgcctcaacctcctga
attatagggattgcaaggattgttcatcctgccagcatgaacattttgtt
tcattttcttcaatttattaaagtctgttttcctagggttttccatttgg
tcagcataatttaatgggtaatcaacgattggccagtttaccacaagcat
tttgagccagtgagccttacatcttttgttagggagaatttgtatgtgga
gtggagcagacatttgaagtttaggtaatttataagtctttttaggacct
gaagagatggatcatgagttaagagcttatactgcttttgcaggagacct
gatttagttctcagcatctgtgtctggtagtgttactcacactacctgaa
actccagttccagagtatccaaagcctattttgactctttaggtgcttta
ctgatatgcacataactcacatatgcgtgacttaaaaagtatatgtaaac
atctgcctgatttgtaacaacgacctagtggaataccgtagacaaaccgg
tcgacctgccaccagtatttttttttttcagtgtca
gaattcaatcatgcaaaacgtccatatttcaggtaccttcaacataatgg
tacctgaaatggtataaagggtatcaacattaatgtaagccctctgttga
gtctcactgacagctggagtatggtgcttttgcctagtgctttcttgatt
tgcagtctgagaattacttctctatttccttcttcagcaggtttctaagt
gcttcctaaaaattacatggtatgtccttcggaaaaagaaactaatttaa
cacaacccaaaataaaactacttttaggtccttgcacacactgtttcttc
tatgtgaaatatctccctgtcctcatacaattaccccctcattcaagatt
tccttcaggaaacccttagattctgtcttttactgatacttagcaccact
ctctatagcaatttgtttgtctgtctataaagatcatacccaacaactta
ttttacccttgtatacttgtagcactttaaaaaaatgttgcagctgacca
gacatggtggggtgggagtcacatttctataatatcagcacttgggttgg
tagagttaggaggtcaacctcagctatacagaaagttcaagaccagctgg
ggcaaacatcacaccctgtcttagaaaacaaaaatgaatcccccaagcca
aaccaaaaaccaagaaaaacaaacaaacaaaaaaagatcccgaaaaagac
agctctgtttctttcactggaactcagactaatttccacttttaaaatct
gatacaaccaatcaaatgcaaaaggtccaacatgaaacgagaactgagac
ctaggcacctacgcatctgctaacttccatttctgtgaagacctgagcca
ctgtacttttggacatggggccacataaaaagagtgggggaggtgtcaat
tatgacagagggaaaagcttagcagcttttctagtttctgtacttgagct
ggtgggcagctggtcccatgatcctggccaacagtctgggtacagagtga
gcagtctcatggctctactaactgtacaatagggagcaatgatgcagctg
ttgttaagtcacttatggtgacaaatgtccgactccacggtagtgtataa
aatgttact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_13403842_13405049
seq2: B6Ng01-082F06.b_46_1231 (reverse)

seq1  TGACACTTTGTAAAAAAAAAAAATAACTGGTGTGCAGTGCTGTACGGGTT  50
      ||||||    | |||||||||||| ||||||| |||  | |  || ||||
seq2  TGACAC----TGAAAAAAAAAAAT-ACTGGTG-GCA--GGTCGACCGGTT  42

seq1  TGTCTCTGGGTATTCCACTAGGTTCCTTTGGTTTACAAATCAAGGCAGAT  100
      |||||   |||||||||||||||  | |||  ||||||||| ||||||||
seq2  TGTCT-ACGGTATTCCACTAGGT--CGTTG--TTACAAATC-AGGCAGAT  86

seq1  GTTTACATATTACTTTTTTAAGTCACGCATATGTGAGTTTATGTGCATAT  150
      ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTTACATA-TAC-TTTTTAAGTCACGCATATGTGAG-TTATGTGCATAT  133

seq1  CAGTAAAGGCACCTAAAGAGTCCAAAATAGGCTTTGGATACTCTGGAACT  200
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAA-GCACCTAAAGAGT-CAAAATAGGCTTTGGATACTCTGGAACT  181

seq1  GGAGTTTCAGGTAGTTGTGAGTTACCACTACCAGACACAGATGCTGAGAA  250
      |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTTCAGGTAG-TGTGAG-TAACACTACCAGACACAGATGCTGAGAA  229

seq1  CTCAATTCAGGTCTCCTGCAAGAGCAGTATAAGCTCTTAACTCATGATCC  300
      || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-AAATCAGGTCTCCTGCAAAAGCAGTATAAGCTCTTAACTCATGATCC  278

seq1  ATCTCTTCAGGTCCTAAAAAGACTTATAAATTACCTAAACTTCAAATGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTCAGGTCCTAAAAAGACTTATAAATTACCTAAACTTCAAATGTC  328

seq1  TGCTCCACTCCACATACAAATTCTCCCTAACAAAAGATGTAAGGCTCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCACTCCACATACAAATTCTCCCTAACAAAAGATGTAAGGCTCACT  378

seq1  GGCTCAAAATGCTTGTGGTAAACTGGCCAATCGTTGATTACCCATTAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAAAATGCTTGTGGTAAACTGGCCAATCGTTGATTACCCATTAAAT  428

seq1  TATGCTGACCAAATGGAAAACCCTAGGAAAACAGACTTTAATAAATTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGACCAAATGGAAAACCCTAGGAAAACAGACTTTAATAAATTGAA  478

seq1  GAAAATGAAACAAAATGTTCATGCTGGCAGGATGAACAATCCTTGCAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGAAACAAAATGTTCATGCTGGCAGGATGAACAATCCTTGCAATC  528

seq1  CCTATAATTCAGGAGGTTGAGGCAGGAGTGCTACTTTGAATTTGAGGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAATTCAGGAGGTTGAGGCAGGAGTGCTACTTTGAATTTGAGGTCA  578

seq1  GTATCAGTTACATAATAAAGATAGCCCAGGCACCAGAGATCCTGACTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGTTACATAATAAAGATAGCCCAGGCACCAGAGATCCTGACTAAA  628

seq1  AGAAAGCCAAACAGTTCCATGCTACCAGAGAGGAAGCATAACTTCATAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCAAACAGTTCCATGCTACCAGAGAGGAAGCATAACTTCATAAC  678

seq1  TAGTCCATGCAAATCACTGAGCCAGATGAAAACAACCACCTTTGGAGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCATGCAAATCACTGAGCCAGATGAAAACAACCACCTTTGGAGACT  728

seq1  CATAACAAGAACTGTTATAACATATTATTGAAAATATTAACTCATTGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACAAGAACTGTTATAACATATTATTGAAAATATTAACTCATTGAGA  778

seq1  AAAAAATTGCTGAAGGGAAATAGTAGCCAACCAAAATTGGCTCTGAAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTGCTGAAGGGAAATAGTAGCCAACCAAAATTGGCTCTGAAGAG  828

seq1  ACCCAACTGTTGGGTTTAGTTGTATGCTTTAGTTGTATTGTAGTTTTATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACTGTTGGGTTTAGTTGTATGCTTTAGTTGTATTGTAGTTTTATC  878

seq1  ACGTGTGCATACAGACACACATGAATATGCCACAGCAGGTATGCAGAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTGCATACAGACACACATGAATATGCCACAGCAGGTATGCAGAGGT  928

seq1  GCGAGGACAACTGTAGGACTCAGTCCTCTTTTTATTTATTTTCTTACATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGGACAACTGTAGGACTCAGTCCTCTTTTTATTTATTTTCTTACATT  978

seq1  TGCGTGTGTGTTTGTGTGTTCATGTAAACATGTGCATGCAGGAGGAAATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGTGTGTTTGTGTGTTCATGTAAACATGTGCATGCAGGAGGAAATT  1028

seq1  TATAGATTTATGAGAGTTTGTTCTAGGAAGTATAGCAAAGAAGCTAAAAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATTTATGAGAGTTTGTTCTAGGAAGTATAGCAAAGAAGCTAAAAC  1078

seq1  CAAGGGTATCATCAAAAACCTACATCAATGCAAGAAATGTTTTTAATTTG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGTATCATCAAAAACCTACATCAATGCAAGAAATGTTTTTAATTTG  1128

seq1  TCTTAGTTTCTTTAAAGAATTATTAATAATCAAAATGAAATTTTCATTAG  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTTTCTTTAAAGAATTATTAATAATCAAAATGAAATTTTCATTAG  1178

seq1  AAGAATTC  1208
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1186

seq1: chrX_13249444_13250567
seq2: B6Ng01-082F06.g_69_1177

seq1  GAATTCAATCATGCAAAACGTCCATATTTCAGGTACCTTCAACATAATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCATGCAAAACGTCCATATTTCAGGTACCTTCAACATAATGG  50

seq1  TACCTGAAATGGTATAAAGGGTATCAACATTAATGTAAGCCCTCTGTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGAAATGGTATAAAGGGTATCAACATTAATGTAAGCCCTCTGTTGA  100

seq1  GTCTCACTGACAGCTGGAGTATGGTGCTTTTGCCTAGTGCTTTCTTGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACTGACAGCTGGAGTATGGTGCTTTTGCCTAGTGCTTTCTTGATT  150

seq1  TGCAGTCTGAGAATTACTTCTCTATTTCCTTCTTCAGCAGGTTTCTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCTGAGAATTACTTCTCTATTTCCTTCTTCAGCAGGTTTCTAAGT  200

seq1  GCTTCCTAAAAATTACATGGTATGTCCTTCGGAAAAAGAAACTAATTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTAAAAATTACATGGTATGTCCTTCGGAAAAAGAAACTAATTTAA  250

seq1  CACAACCCAAAATAAAACTACTTTTAGGTCCTTGCACACACTGTTTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCCAAAATAAAACTACTTTTAGGTCCTTGCACACACTGTTTCTTC  300

seq1  TATGTGAAATATCTCCCTGTCCTCATACAATTACCCCCTCATTCAAGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAAATATCTCCCTGTCCTCATACAATTACCCCCTCATTCAAGATT  350

seq1  TCCTTCAGGAAACCCTTAGATTCTGTCTTTTACTGATACTTAGCACCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAGGAAACCCTTAGATTCTGTCTTTTACTGATACTTAGCACCACT  400

seq1  CTCTATAGCAATTTGTTTGTCTGTCTATAAAGATCATACCCAACAACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAGCAATTTGTTTGTCTGTCTATAAAGATCATACCCAACAACTTA  450

seq1  TTTTACCCTTGTATACTTGTAGCACTTTAAAAAAATGTTGCAGCTGACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCCTTGTATACTTGTAGCACTTTAAAAAAATGTTGCAGCTGACCA  500

seq1  GACATGGTGGGGTGGGAGTCACATTTCTATAATATCAGCACTTGGGTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGTGGGGTGGGAGTCACATTTCTATAATATCAGCACTTGGGTTGG  550

seq1  TAGAGTTAGGAGGTCAACCTCAGCTATACAGAAAGTTCAAGACCAGCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTAGGAGGTCAACCTCAGCTATACAGAAAGTTCAAGACCAGCTGG  600

seq1  GGCAAACATCACACCCTGTCTTAGAAAACAAAAATGAATCCCCCAAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACATCACACCCTGTCTTAGAAAACAAAAATGAATCCCCCAAGCCA  650

seq1  AACCAAAAACCAAGAAAAACAAACAAACAAAAAAAGATCCCGAAAAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAAACCAAGAAAAACAAACAAACAAAAAAAGATCCCGAAAAAGAC  700

seq1  AGCTCTGTTTCTTTCACTGGAACTCAGACTAA-TTCCACTTTTAAAATCT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGTTTCTTTCACTGGAACTCAGACTAATTTCCACTTTTAAAATCT  750

seq1  GATACAACCAATCAAATGCAAAAGGTCCAACATGAAACGAGAACTGAGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAACCAATCAAATGCAAAAGGTCCAACATGAAACGAGAACTGAGAC  800

seq1  CTAGGCACCTACGCATCTGCTAACTTCCATTTCTGTGAAGACCTGAGCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCACCTACGCATCTGCTAACTTCCATTTCTGTGAAGACCTGAGCCA  850

seq1  CTGTACTTTTGGACATGGGGCCACATAAAAAGAGTGGGGGAGGTGTCAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTTTTGGACATGGGGCCACATAAAAAGAGTGGGGGAGGTGTCAAT  900

seq1  TATGACAGAGGGAAAAAGCTTAGCAGC-TCTCTAGTTTCTGTTACTTGAG  948
      |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||
seq2  TATGACAGAGGG-AAAAGCTTAGCAGCTTTTCTAGTTTCTG-TACTTGAG  948

seq1  CTGGTGGGCAGCTGGTCCCATGATCCTGGCCAACAGTCTGGGTAACAGAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  CTGGTGGGCAGCTGGTCCCATGATCCTGGCCAACAGTCTGGGT-ACAGA-  996

seq1  GTGAGCAGTTCCTCCATGGCTCTAACTAAACTGTACAATAGGGAGCAAAT  1048
      |||||||||  || ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||
seq2  GTGAGCAGT--CT-CATGGCTCT-ACT-AACTGTACAATAGGGAGC-AAT  1040

seq1  GATGCCAGCTGTTGTTTAAAGTCACTTAGTGTTGACAAATGGTCAGACTC  1098
      |||| |||||||||||  |||||||||| || |||||||| ||| |||||
seq2  GATG-CAGCTGTTGTT--AAGTCACTTA-TGGTGACAAAT-GTCCGACTC  1085

seq1  CAACAGTATGTGATAAAAATGTTACT  1124
      | || ||| |||   |||||||||||
seq2  C-ACGGTA-GTGTATAAAATGTTACT  1109