BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083F16
ChromosomeX (Build37)
Map Location 130,833,647 - 130,969,067
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem35, Cenpi, Drp2
Upstream geneLOC100040794, Pcdh19, LOC100040831, Tnmd, Tspan6, Srpx2, Sytl4, LOC665889, Cstf2, Nox1, Xkrx, Arl13a, 4732479N06Rik, LOC100040849
Downstream geneTaf7l, LOC669370, LOC674122, Timm8a1, Btk, Rpl36a, Gla, Hnrph2, LOC665936, LOC665941, Armcx1, LOC100040933, LOC100040520, Armcx6, Armcx3, Armcx2, LOC637800, LOC100040987, Nxf2, B930008K04Rik, EG621246, LOC100040635, Tceal6, EG621322, Pramel3, EG621352, EG331529, EG621380, EG666040
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083F16.bB6Ng01-083F16.g
ACCDH897640DH897641
length1,0131,026
definitionDH897640|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083F16, 5' end.DH897641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083F16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,833,647 - 130,834,681)(130,968,023 - 130,969,067)
sequence
gaattctggcactcttggcatcacagtttccttatttgtcacatggagat
aagaattcctacctcaaagggctgcaaacattaaccgagacagcattttt
ataatgtctgctacagtgtttgctacagtaggtgctcaaggaaagtgttg
ggtgagatgatggtgataattgattctattttatgcagtggtttccaaac
taatttgaatagtcatttaaggggctagaatcaagcgtgcagaacaaaat
gtactttcatgtgcccttgtgagcagacctttatgcaatcagataatatt
gaagaatccactagctgctgtgtaatgcatagtgagtcttctagagaatt
agcatatgtatctctgaataatccatttggtatgtgttgtctcatacctc
ccccagattaaggaagtgttattatagtcttctatatcccaagtgactcc
tgcaggatcggaaactcccttgactgaatgcctcattagttcacttgaat
tgggagacaatgtttgcagcctcctgtgcagtgactgggagtatatggat
gaataacttgcatgcaatttggattcagctttctgtagtggtggttctat
ccagaagaccacatatgtattaataagcaaacaccaaaatcctgtcacaa
agaagccaaagaatttggaccctggggaccatggggcaagtctctggttc
tttccatcccttcatagaaaagatttgttgattctattaatctgggtatc
tgtagtcagttaaatactccccctgtttgtgcaatcctagtgagacattc
ccaacatgttttgtgcagttatttaatgtccatgggcaatcttttatgct
tcaatcagtgccataatgcttcactagtaatagatagtattcactgatgc
tagacttcttggaggtggtgcagataatttattcctagagaaaaaataaa
cctgagatgtgatgtgactggcttgtcacaggccacaagctgaccatacc
ctcatcaggctgc
gaattctccattgacaagtgcacatcagagatggcaagctggtgggccag
atcattcactaacttcaccccatctttcacaggagagaattcttctttga
atagctagaacaccggaacccaagtgccacagcagacagagtagggaaga
ggacacgttactcagtcaccggaactctcccctttccatgtacagggtta
gtctcaacaacacttcttagctacttagccatttgtgcaataaactaagc
catgtgcggccactggttttatccttttcttctattcatttcagaaaagc
atagaaagaggaaacagtaagaccgaaaagactataaacaaactagcccc
caatccaacccataactaaaagatgctcagctgaggcccagaccagcaac
taagtctcggcagaaagaacactggcactgtgaaaggacatcaggtctca
gtcagggtaggatccttaccttgatggcttggatatgctctgggagggaa
tcaataaagagatctcctatgggctcccacgtggctcggactccctctgc
ttgggtcaaagtactgctcaattcctccattgccccttggatctccaata
gatgttccagagtatgctcaatgtggcgatgctgatctacacagcgggct
gtcagcttctcccacagctcactggccactgttgcctgcttccatacaaa
gcgactaaggttttgaatccgctgtctgggggaggtatctgtgaggccaa
ccaggaagacaagacaagctaactcagcagaggcaactcagagaaagacc
aaggcatactcctcctctttatacaatgcttgcttgtggatttggggata
ttggtgtgtgtttgtaaacatagatcatacttacatatacatttccatgg
ttgcactccttttgccatcagggatttaaaattccattacattgttatgc
attatactactctgagaggagtgtgtgtccacgtgttgggtgtagtcaaa
agacagtgtgctcgagtggtctttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_130833647_130834681
seq2: B6Ng01-083F16.b_48_1060

seq1  GAATTCTGGCACTCTTGGCATCACAGTTTCCTTATTTGTCACATGGAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCACTCTTGGCATCACAGTTTCCTTATTTGTCACATGGAGAT  50

seq1  AAGAATTCCTACCTCAAAGGGCTGCAAACATTAACCGAGACAGCATTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTCCTACCTCAAAGGGCTGCAAACATTAACCGAGACAGCATTTTT  100

seq1  ATAATGTCTGCTACAGTGTTTGCTACAGTAGGTGCTCAAGGAAAGTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTCTGCTACAGTGTTTGCTACAGTAGGTGCTCAAGGAAAGTGTTG  150

seq1  GGTGAGATGATGGTGATAATTGATTCTATTTTATGCAGTGGTTTCCAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGATGATGGTGATAATTGATTCTATTTTATGCAGTGGTTTCCAAAC  200

seq1  TAATTTGAATAGTCATTTAAGGGGCTAGAATCAAGCGTGCAGAACAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGAATAGTCATTTAAGGGGCTAGAATCAAGCGTGCAGAACAAAAT  250

seq1  GTACTTTCATGTGCCCTTGTGAGCAGACCTTTATGCAATCAGATAATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTCATGTGCCCTTGTGAGCAGACCTTTATGCAATCAGATAATATT  300

seq1  GAAGAATCCACTAGCTGCTGTGTAATGCATAGTGAGTCTTCTAGAGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATCCACTAGCTGCTGTGTAATGCATAGTGAGTCTTCTAGAGAATT  350

seq1  AGCATATGTATCTCTGAATAATCCATTTGGTATGTGTTGTCTCATACCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATGTATCTCTGAATAATCCATTTGGTATGTGTTGTCTCATACCTC  400

seq1  CCCCAGATTAAGGAAGTGTTATTATAGTCTTCTATATCCCAAGTGACTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGATTAAGGAAGTGTTATTATAGTCTTCTATATCCCAAGTGACTCC  450

seq1  TGCAGGATCGGAAACTCCCTTGACTGAATGCCTCATTAGTTCACTTGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGATCGGAAACTCCCTTGACTGAATGCCTCATTAGTTCACTTGAAT  500

seq1  TGGGAGACAATGTTTGCAGCCTCCTGTGCAGTGACTGGGAGTATATGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGACAATGTTTGCAGCCTCCTGTGCAGTGACTGGGAGTATATGGAT  550

seq1  GAATAACTTGCATGCAATTTGGATTCAGCTTTCTGTAGTGGTGGTTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAACTTGCATGCAATTTGGATTCAGCTTTCTGTAGTGGTGGTTCTAT  600

seq1  CCAGAAGACCACATATGTATTAATAAGCAAACACCAAAATCCTGTCACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGACCACATATGTATTAATAAGCAAACACCAAAATCCTGTCACAA  650

seq1  AGAAGCCAAAGAATTTGGACCCTGGGGACCATGGGGCAAGTCTCTGGTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCAAAGAATTTGGACCCTGGGGACCATGGGGCAAGTCTCTGGTTC  700

seq1  TTTCCATCCCTTCATAGAAAAGATTTGTTGATTCTATTAATCTGGTTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTCCATCCCTTCATAGAAAAGATTTGTTGATTCTATTAATCTGGGTATC  750

seq1  TGTAGTCAGTTAAATACT-CCCCTGTTTGTGCAATCCTAGTGAGACATTC  799
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCAGTTAAATACTCCCCCTGTTTGTGCAATCCTAGTGAGACATTC  800

seq1  CCAACATG-TTTGTGCAGTTTATTTAATGTCCATGGGCAATCTTTTATGC  848
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATGTTTTGTGCAG-TTATTTAATGTCCATGGGCAATCTTTTATGC  849

seq1  TTCCAATCAGTGCCATTAATTGCCTTCCAACTAGGTAATAGGATAGTAAT  898
      || |||||||||||| ||||   ||||  |||| |||||| |||||| ||
seq2  TT-CAATCAGTGCCA-TAAT--GCTTC--ACTA-GTAATA-GATAGT-AT  890

seq1  TCACTGATGCTTAGACTTCTTGGAGGTGGTGCAGTATATCTATTCCCTTA  948
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||   || ||||||  ||
seq2  TCACTGATGC-TAGACTTCTTGGAGGTGGTGCAGATAATTTATTCC--TA  937

seq1  GAGAGAAAATAGACCCTGAGATGTGATGTGACTTGCTTGGTTCACACAGC  998
      |||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||     ||||| 
seq2  GAGAAAAAATA-AACCTGAGATGTGATGTGACTGGCTTG----TCACAGG  982

seq1  CACACAAGCTGAACCATACACATCTCATCAAAGCTGC  1035
      | ||||||||| |||||||    |||||| | |||||
seq2  C-CACAAGCTG-ACCATAC---CCTCATC-AGGCTGC  1013

seq1: chrX_130968023_130969067
seq2: B6Ng01-083F16.g_69_1094 (reverse)

seq1  AGAAAGAGAGGGCCAACTCGAGCACACTGTCTTTTGACTTCCACA-CAAA  49
      |||||||      | ||||||||||||||||||||||||   ||| | ||
seq2  AGAAAGA------CCACTCGAGCACACTGTCTTTTGACT---ACACCCAA  41

seq1  CACTGTGGAACACACACATACTCTCAGAGTATGTATAAATGCATAAACAA  99
      ||| |||| |||||||| | ||||||||||| |||| |||||||||   |
seq2  CAC-GTGG-ACACACAC-TCCTCTCAGAGTA-GTAT-AATGCATAA--CA  84

seq1  ATGTAATGGAATTTTAAATCCCTGAATGTGCAAAAAGGAGTGCAACCATG  149
      |||||||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATGGAATTTTAAATCCCTGA---TGGCAAAAGGAGTGCAACCATG  131

seq1  GAAATGTATATGTAAGTATGAATCTATGTATACAAACACACACCAATATC  199
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTATATGTAAGTATG-ATCTATGTTTACAAACACACACCAATATC  180

seq1  CCCAAATCCACAAGCAAGCATTGTATAAAGAGGAGGAGTATGCCTTGGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATCCACAAGCAAGCATTGTATAAAGAGGAGGAGTATGCCTTGGTC  230

seq1  TTTCTCTGAGTTGCCTCTGCTGAGTTAGCTTGTCTTGTCTTCCTGGTTGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGAGTTGCCTCTGCTGAGTTAGCTTGTCTTGTCTTCCTGGTTGG  280

seq1  CCTCACAGATACCTCCCCCAGACAGCGGATTCAAAACCTTAGTCGCTTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGATACCTCCCCCAGACAGCGGATTCAAAACCTTAGTCGCTTTG  330

seq1  TATGGAAGCAGGCAACAGTGGCCAGTGAGCTGTGGGAGAAGCTGACAGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAAGCAGGCAACAGTGGCCAGTGAGCTGTGGGAGAAGCTGACAGCC  380

seq1  CGCTGTGTAGATCAGCATCGCCACATTGAGCATACTCTGGAACATCTATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTGTAGATCAGCATCGCCACATTGAGCATACTCTGGAACATCTATT  430

seq1  GGAGATCCAAGGGGCAATGGAGGAATTGAGCAGTACTTTGACCCAAGCAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCCAAGGGGCAATGGAGGAATTGAGCAGTACTTTGACCCAAGCAG  480

seq1  AGGGAGTCCGAGCCACGTGGGAGCCCATAGGAGATCTCTTTATTGATTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTCCGAGCCACGTGGGAGCCCATAGGAGATCTCTTTATTGATTCC  530

seq1  CTCCCAGAGCATATCCAAGCCATCAAGGTAAGGATCCTACCCTGACTGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGAGCATATCCAAGCCATCAAGGTAAGGATCCTACCCTGACTGAG  580

seq1  ACCTGATGTCCTTTCACAGTGCCAGTGTTCTTTCTGCCGAGACTTAGTTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATGTCCTTTCACAGTGCCAGTGTTCTTTCTGCCGAGACTTAGTTG  630

seq1  CTGGTCTGGGCCTCAGCTGAGCATCTTTTAGTTATGGGTTGGATTGGGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTGGGCCTCAGCTGAGCATCTTTTAGTTATGGGTTGGATTGGGGG  680

seq1  CTAGTTTGTTTATAGTCTTTTCGGTCTTACTGTTTCCTCTTTCTATGCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTTGTTTATAGTCTTTTCGGTCTTACTGTTTCCTCTTTCTATGCTT  730

seq1  TTCTGAAATGAATAGAAGAAAAGGATAAAACCAGTGGCCGCACATGGCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAATGAATAGAAGAAAAGGATAAAACCAGTGGCCGCACATGGCTT  780

seq1  AGTTTATTGCACAAATGGCTAAGTAGCTAAGAAGTGTTGTTGAGACTAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATTGCACAAATGGCTAAGTAGCTAAGAAGTGTTGTTGAGACTAAC  830

seq1  CCTGTACATGGAAAGGGGAGAGTTCCGGTGACTGAGTAACGTGTCCTCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTACATGGAAAGGGGAGAGTTCCGGTGACTGAGTAACGTGTCCTCTT  880

seq1  CCCTACTCTGTCTGCTGTGGCACTTGGGTTCCGGTGTTCTAGCTATTCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTCTGTCTGCTGTGGCACTTGGGTTCCGGTGTTCTAGCTATTCAA  930

seq1  AGAAGAATTCTCTCCTGTGAAAGATGGGGTGAAGTTAGTGAATGATCTGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATTCTCTCCTGTGAAAGATGGGGTGAAGTTAGTGAATGATCTGG  980

seq1  CCCACCAGCTTGCCATCTCTGATGTGCACTTGTCAATGGAGAATTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAGCTTGCCATCTCTGATGTGCACTTGTCAATGGAGAATTC  1026