BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086J10
ChromosomeX (Build37)
Map Location 49,816,651 - 49,920,982
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpc3
Upstream geneHs6st2, Usp26, LOC100040479, LOC665888, 1700080O16Rik, LOC100040495, Gpc4
Downstream geneKis2, LOC100041925, LOC665929, 6330534C20Rik, LOC624936, LOC546298, LOC100040569, Phf6, Hprt1, C430049B03Rik, Plac1, 4632404H22Rik, 4930432H15Rik, LOC385527, Mospd1, LOC100040609, Etd, Cxx1c, LOC100040644
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086J10.bB6Ng01-086J10.g
ACCDH899943DH899944
length1,1871,115
definitionDH899943|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086J10, 5' end.DH899944|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086J10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,816,651 - 49,817,838)(49,919,855 - 49,920,982)
sequence
gaattcctaccccacaccaaaaaagaatccctacccagagaaaaggcaat
gtattaggaaccaccagtctagataggttgggggagggaggtcaagacta
aaaaatatgtaaaagatccaatatcacagtggaagatattttaaaatatg
cctccaggaggagccaatgtgatagccaacacagatataaactgttttaa
ttacacagccaggaaattagatggaacttagattgtgaaattccctatcc
caacctaccactgtcctttctatactaaacttatggttcaactgaaaagg
caaatacagttcacatgcagtgtaaaggagcctgactctttggagcatgc
agtagctatttctcttactaccattcaactggactacatagctagcctaa
aatgcacctttaaaaaggccccctatcttcctgaaagataggtaagtgag
aacaatgcttcctagctttatctgtctcacatgagtaatggatctgaaag
agttatgagtttatcctcagatatggatacaacacttaccgtaaaatctt
caaaagttaacctcaagtatggcttagcactggtacctgattcaggttac
tcaaacaagaactatcatttattaatataactatccaaaggtaagatttt
tctcaaagctcatatacaacttttcttgtctatgaggtcatatttcttga
aatcaagcaacattttccagtgacgaagatattaaaattgctaagtatat
tctatttgggtaaaactaaaattaaaaaaaagaaaaattctttgtataat
tttgaaaaatgtacaacaatcattcattcctgtttgggggctaaattcac
acacacacacacacacacacacagagagagagagagaaagagctcccttt
tctataaatagataacccaaagcaaaggccacaatggaaatgaatggctc
cattacttctaagttttcataaatatttccctaaaccatatctttaaact
tgctttggtttggaaactactctctttcgaaaggacaggagaagaatctt
tcacattttatgatcccctttggaggcaacaaagcaacagccaagtgctg
agtgatggatgtgccaatgacctaacctggctgcaaatcggaaccagcct
gggggagcttgttaataaagggggcctggtccatccc
gaattcctacattcgaatcccagcactgagaataaaaaaagactcaccca
gagtcctaatattcagaggtgaccatggttataggggttttgttgtagtt
gatgttgttaaaccattttctctgtgcataaaacatgagaaaaggagaga
gagtgggaggatatcatacttgcagacattaaaagcctggtgataaacca
gagcatgcatgtttccctcacttattttcaggtgaattaagataaaatat
taatttgtagccatgaaatgcacttgaacttgaaaattgtgtataatttt
ttatctgtgtgtccttttcagctccttctactgaggccaatagaaatgca
gcacagagaatgtggcttcaattatcttcatagagccattataattcaga
agggctgtgtgtggggctgtgtctgtgtgtgcacccttgtacgtgctggg
tggagattgttccctgttgtgtggtctagtgatgagcattgaactgggac
taagaagatagggctcatgctctgactccatcatgcctcacttgatggcc
ttaagcaattaatgtcatttttctaggctttattttccccatatataaaa
tgtggtgttagagtggataatttctgcagcacctcatagctcaaagagtc
tggaatttaaaaaatcaaacgtgcctgtctggctgggagaacctgaggct
ctgttgctatcttcctagcaagacggagaggtgatgaatctcaagtgtct
ttgttgccagatagaccataggctatcatttttagcctatcacgtgtttg
acttttgaaagggctaaattctccattaggagtaaatgtaagagctgcgg
gttatttatcgggacttacactttccatttataactgccagtgtcaaagg
ctttgttgacatcattgagtcaatcaggtaagctgtaatcagtttagtga
cggctaagtcacaaatatatcactagccaatcgtactgccagagttctct
aaagcttgactgaatattattttgtatgatgaaaatgtctgggctttatg
ggtttctttgaagacttgatcagctgagtctagaagaaaaaagaatcagt
gatgtcttcgatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_49816651_49817838
seq2: B6Ng01-086J10.b_44_1230

seq1  GAATTCCTACCCCACACCAAAAAAGAATCCCTACCCAGAGAAAAGGCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACCCCACACCAAAAAAGAATCCCTACCCAGAGAAAAGGCAAT  50

seq1  GTATTAGGAACCACCAGTCTAGATAGGTTGGGGGAGGGAGGTCAAGACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGGAACCACCAGTCTAGATAGGTTGGGGGAGGGAGGTCAAGACTA  100

seq1  AAAAATATGTAAAAGATCCAATATCACAGTGGAAGATATTTTAAAATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATGTAAAAGATCCAATATCACAGTGGAAGATATTTTAAAATATG  150

seq1  CCTCCAGGAGGAGCCAATGTGATAGCCAACACAGATATAAACTGTTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGAGGAGCCAATGTGATAGCCAACACAGATATAAACTGTTTTAA  200

seq1  TTACACAGCCAGGAAATTAGATGGAACTTAGATTGTGAAATTCCCTATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAGCCAGGAAATTAGATGGAACTTAGATTGTGAAATTCCCTATCC  250

seq1  CAACCTACCACTGTCCTTTCTATACTAAACTTATGGTTCAACTGAAAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTACCACTGTCCTTTCTATACTAAACTTATGGTTCAACTGAAAAGG  300

seq1  CAAATACAGTTCACATGCAGTGTAAAGGAGCCTGACTCTTTGGAGCATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACAGTTCACATGCAGTGTAAAGGAGCCTGACTCTTTGGAGCATGC  350

seq1  AGTAGCTATTTCTCTTACTACCATTCAACTGGACTACATAGCTAGCCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTATTTCTCTTACTACCATTCAACTGGACTACATAGCTAGCCTAA  400

seq1  AATGCACCTTTAAAAAGGCCCCCTATCTTCCTGAAAGATAGGTAAGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACCTTTAAAAAGGCCCCCTATCTTCCTGAAAGATAGGTAAGTGAG  450

seq1  AACAATGCTTCCTAGCTTTATCTGTCTCACATGAGTAATGGATCTGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGCTTCCTAGCTTTATCTGTCTCACATGAGTAATGGATCTGAAAG  500

seq1  AGTTATGAGTTTATCCTCAGATATGGATACAACACTTACCGTAAAATCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGAGTTTATCCTCAGATATGGATACAACACTTACCGTAAAATCTT  550

seq1  CAAAAGTTAACCTCAAGTATGGCTTAGCACTGGTACCTGATTCAGGTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTTAACCTCAAGTATGGCTTAGCACTGGTACCTGATTCAGGTTAC  600

seq1  TCAAACAAGAACTATCATTTATTAATATAACTATCCAAAGGTAAGATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAAGAACTATCATTTATTAATATAACTATCCAAAGGTAAGATTTT  650

seq1  TCTCAAAGCTCATATACAACTTTTCTTGTCTATGAGGTCATATTTCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAGCTCATATACAACTTTTCTTGTCTATGAGGTCATATTTCTTGA  700

seq1  AATCAAGCAACATTTTCCAGTGACGAAGATATTAAAATTGCTAAGTATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGCAACATTTTCCAGTGACGAAGATATTAAAATTGCTAAGTATAT  750

seq1  TCTATTTGGGTAAAACTAAAATTAAAAAAAAGAAAAATTCTTTGTATAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGGGTAAAACTAAAATTAAAAAAAAGAAAAATTCTTTGTATAAT  800

seq1  TTTGAAAAATGTACAACAATCATTCATTCCTGTTTGGGGGCTAAATTCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAATGTACAACAATCATTCATTCCTGTTTGGGGGCTAAATTCAC  850

seq1  ACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGCTCCCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGCTCCCTTT  900

seq1  TCTATAAATAGATAACCCAAAGCAAAGGCCACAATGGAAATGAATGGCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAATAGATAACCCAAAGCAAAGGCCACAATGGAAATGAATGGCTC  950

seq1  CATTACTTCTTAAGTTTTCATAAATATTTCCCTAAACCATATCTTTAAAC  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTTC-TAAGTTTTCATAAATATTTCCCTAAACCATATCTTTAAAC  999

seq1  TTGCTTTGTTTTGGAAACTACTCTCTTTCGAAAGGACAGGAGAAGAATCT  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTGGTTTGGAAACTACTCTCTTTCGAAAGGACAGGAGAAGAATCT  1049

seq1  TTCACATTTTATGATCCCCTTTGGAGGCAACAAAGCAACAGCCAAGTGCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATTTTATGATCCCCTTTGGAGGCAACAAAGCAACAGCCAAGTGCT  1099

seq1  GAGTTGATGGATGTGCCAATGAACTAACCTGGCTGCAAATCGGAA-CAGC  1149
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAG-TGATGGATGTGCCAATGACCTAACCTGGCTGCAAATCGGAACCAGC  1148

seq1  CT-GGGGAGCTTGTTAAATAAAGGGGGCTGGCTCCATCCC  1188
      || |||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||
seq2  CTGGGGGAGCTTGTT-AATAAAGGGGGCCTGGTCCATCCC  1187

seq1: chrX_49919855_49920982
seq2: B6Ng01-086J10.g_67_1181 (reverse)

seq1  AAAATCTGAAAGACAATCACTGA-TCTTTTATCTTCTAGACTTCAAGCTG  49
      ||||||   ||||| |||||||| |||||| |||||||||||   |||||
seq2  AAAATC--GAAGAC-ATCACTGATTCTTTTTTCTTCTAGACT--CAGCTG  45

seq1  AATCAAGTTCTTCAAAGAAAACCCAATAAAGCCCAGACATTTTCATCATA  99
       |||||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||| 
seq2  -ATCAAG-TCTTCAAAGAAA--CCCATAAAGCCCAGACATTTTCATCAT-  90

seq1  ACAAAATAAATAATTCAGTCAAGCTTTAGAGAACTCCTGGCAGTACGATT  149
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACAAAATAA--TATTCAGTCAAGCTTTAGAGAACT-CTGGCAGTACGATT  137

seq1  GGCTAGTTGATATATTTGTGACTTAGCCGTCACTAAACTGATTACAGCTT  199
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAG-TGATATATTTGTGACTTAGCCGTCACTAAACTGATTACAGCTT  186

seq1  ACCTGATTGACTCAATGATGTCAACAAAGCCTTTGACACTGGCAGTTATA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATTGACTCAATGATGTCAACAAAGCCTTTGACACTGGCAGTTATA  236

seq1  AATGGAAAGTGTAAGTCCCGATAAATAACCCGCAGCTCTTACATTTACTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAAGTGTAAGTCCCGATAAATAACCCGCAGCTCTTACATTTACTC  286

seq1  CTAATGGAGAATTTAGCCCTTTCAAAAGTCAAACACCTGATAGGCTAAAA  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTAATGGAGAATTTAGCCCTTTCAAAAGTCAAACACGTGATAGGCTAAAA  336

seq1  ATGATAGCCTATGGTCTATCTGGCAACAAAGACACTTGAGATTCATCACC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGCCTATGGTCTATCTGGCAACAAAGACACTTGAGATTCATCACC  386

seq1  TCTCCGTCTTGCTAGGAAGATAGCAACAGAGCCTCAGGTTCTCCCAGCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCGTCTTGCTAGGAAGATAGCAACAGAGCCTCAGGTTCTCCCAGCCA  436

seq1  GACAGGCACGTTTGATTTTTTAAATTCCAGACTCTTTGAGCTATGAGGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGCACGTTTGATTTTTTAAATTCCAGACTCTTTGAGCTATGAGGTG  486

seq1  CTGCAGAAATTATCCACTCTAACACCACATTTTATATATGGGGAAAATAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAAATTATCCACTCTAACACCACATTTTATATATGGGGAAAATAA  536

seq1  AGCCTAGAAAAATGACATTAATTGCTTAAGGCCATCAAGTGAGGCATGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGAAAAATGACATTAATTGCTTAAGGCCATCAAGTGAGGCATGAT  586

seq1  GGAGTCAGAGCATGAGCCCTATCTTCTTAGTCCCAGTTCAATGCTCATCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCAGAGCATGAGCCCTATCTTCTTAGTCCCAGTTCAATGCTCATCA  636

seq1  CTAGACCACACAACAGGGAACAATCTCCACCCAGCACGTACAAGGGTGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACCACACAACAGGGAACAATCTCCACCCAGCACGTACAAGGGTGCA  686

seq1  CACACAGACACAGCCCCACACACAGCCCTTCTGAATTATAATGGCTCTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGACACAGCCCCACACACAGCCCTTCTGAATTATAATGGCTCTAT  736

seq1  GAAGATAATTGAAGCCACATTCTCTGTGCTGCATTTCTATTGGCCTCAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAATTGAAGCCACATTCTCTGTGCTGCATTTCTATTGGCCTCAGT  786

seq1  AGAAGGAGCTGAAAAGGACACACAGATAAAAAATTATACACAATTTTCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGCTGAAAAGGACACACAGATAAAAAATTATACACAATTTTCAA  836

seq1  GTTCAAGTGCATTTCATGGCTACAAATTAATATTTTATCTTAATTCACCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGTGCATTTCATGGCTACAAATTAATATTTTATCTTAATTCACCT  886

seq1  GAAAATAAGTGAGGGAAACATGCATGCTCTGGTTTATCACCAGGCTTTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAAGTGAGGGAAACATGCATGCTCTGGTTTATCACCAGGCTTTTA  936

seq1  ATGTCTGCAAGTATGATATCCTCCCACTCTCTCTCCTTTTCTCATGTTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGCAAGTATGATATCCTCCCACTCTCTCTCCTTTTCTCATGTTTT  986

seq1  ATGCACAGAGAAAATGGTTTAACAACATCAACTACAACAAAACCCCTATA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACAGAGAAAATGGTTTAACAACATCAACTACAACAAAACCCCTATA  1036

seq1  ACCATGGTCACCTCTGAATATTAGGACTCTGGGTGAGTCTTTTTTTATTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGGTCACCTCTGAATATTAGGACTCTGGGTGAGTCTTTTTTTATTC  1086

seq1  TCAGTGCTGGGATTCGAATGTAGGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCTGGGATTCGAATGTAGGAATTC  1115